TY - JOUR AU - Margulies, M. AU - Egholm, M. AU - Altman, W. E. AU - Attiya, S. AU - Bader, J. S. AU - Bemben, L. A. AU - Berka, J. AU - Braverman, M. S. AU - Chen, Y. J. AU - Chen, Z. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genome sequencing in microfabricated high-density picolitre reactors JO - Nature VL - 437 ID - Margulies2005 ER - TY - JOUR AU - Dijk, E. L. AU - Auger, H. AU - Jaszczyszyn, Y. AU - Thermes, C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Ten years of next-generation sequencing technology JO - Trends in Genetics: TIG VL - 30 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2014.07.001 DO - 10.1016/j.tig.2014.07.001 ID - Dijk2014 ER - TY - JOUR AU - Li, H. PY - 2011 DA - 2011// TI - A statistical framework for SNP calling, mutation discovery, association mapping and population genetical parameter estimation from sequencing data JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr509 DO - 10.1093/bioinformatics/btr509 ID - Li2011 ER - TY - JOUR AU - Koboldt, D. C. AU - Zhang, Q. AU - Larson, D. E. AU - Shen, D. AU - McLellan, M. D. AU - Lin, L. AU - Miller, C. A. AU - Mardis, E. R. AU - Ding, L. AU - Wilson, R. K. PY - 2012 DA - 2012// TI - VarScan 2: somatic mutation and copy number alteration discovery in cancer by exome sequencing JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.129684.111 DO - 10.1101/gr.129684.111 ID - Koboldt2012 ER - TY - JOUR AU - Goya, R. AU - Sun, M. G. AU - Morin, R. D. AU - Leung, G. AU - Ha, G. AU - Wiegand, K. C. AU - Senz, J. AU - Crisan, A. AU - Marra, M. A. AU - Hirst, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - SNVMix: predicting single nucleotide variants from next-generation sequencing of tumors JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq040 DO - 10.1093/bioinformatics/btq040 ID - Goya2010 ER - TY - JOUR AU - Carter, S. L. AU - Cibulskis, K. AU - Helman, E. AU - McKenna, A. AU - Shen, H. AU - Zack, T. AU - Laird, P. W. AU - Onofrio, R. C. AU - Winckler, W. AU - Weir, B. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Absolute quantification of somatic DNA alterations in human cancer JO - Nat Biotechnol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2203 DO - 10.1038/nbt.2203 ID - Carter2012 ER - TY - JOUR AU - Cibulskis, K. AU - Lawrence, M. S. AU - Carter, S. L. AU - Sivachenko, A. AU - Jaffe, D. AU - Sougnez, C. AU - Gabriel, S. AU - Meyerson, M. AU - Lander, E. S. AU - Getz, G. PY - 2013 DA - 2013// TI - Sensitive detection of somatic point mutations in impure and heterogeneous cancer samples JO - Nat Biotechnol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2514 DO - 10.1038/nbt.2514 ID - Cibulskis2013 ER - TY - JOUR AU - Meacham, C. E. AU - Morrison, S. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Tumour heterogeneity and cancer cell plasticity JO - Nature VL - 501 UR - https://doi.org/10.1038/nature12624 DO - 10.1038/nature12624 ID - Meacham2013 ER - TY - JOUR AU - Crowley, E. AU - Nicolantonio, F. AU - Loupakis, F. AU - Bardelli, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Liquid biopsy: monitoring cancer-genetics in the blood JO - Nat Rev Clin Oncol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nrclinonc.2013.110 DO - 10.1038/nrclinonc.2013.110 ID - Crowley2013 ER - TY - JOUR AU - Diehl, F. AU - Li, M. AU - Dressman, D. AU - He, Y. AU - Shen, D. AU - Szabo, S. AU - Diaz, L. A. AU - Goodman, S. N. AU - David, K. A. AU - Juhl, H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Detection and quantification of mutations in the plasma of patients with colorectal tumors JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0507904102 DO - 10.1073/pnas.0507904102 ID - Diehl2005 ER - TY - JOUR AU - McElroy, K. E. AU - Luciani, F. AU - Thomas, T. PY - 2012 DA - 2012// TI - GemSIM: general, error-model based simulator of next-generation sequencing data JO - BMC Genomics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-74 DO - 10.1186/1471-2164-13-74 ID - McElroy2012 ER - TY - JOUR AU - Bragg, L. M. AU - Stone, G. AU - Butler, M. K. AU - Hugenholtz, P. AU - Tyson, G. W. PY - 2013 DA - 2013// TI - Shining a light on dark sequencing: characterising errors in Ion Torrent PGM data JO - PLoS Comput Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003031 DO - 10.1371/journal.pcbi.1003031 ID - Bragg2013 ER - TY - JOUR AU - Ross, M. G. AU - Russ, C. AU - Costello, M. AU - Hollinger, A. AU - Lennon, N. J. AU - Hegarty, R. AU - Nusbaum, C. AU - Jaffe, D. B. PY - 2013 DA - 2013// TI - Characterizing and measuring bias in sequence data JO - Genome Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2013-14-5-r51 DO - 10.1186/gb-2013-14-5-r51 ID - Ross2013 ER - TY - JOUR AU - Saunders, C. T. AU - Wong, W. S. AU - Swamy, S. AU - Becq, J. AU - Murray, L. J. AU - Cheetham, R. K. PY - 2012 DA - 2012// TI - Strelka: accurate somatic small-variant calling from sequenced tumor-normal sample pairs JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts271 DO - 10.1093/bioinformatics/bts271 ID - Saunders2012 ER - TY - JOUR AU - Harismendy, O. AU - Schwab, R. B. AU - Bao, L. AU - Olson, J. AU - Rozenzhak, S. AU - Kotsopoulos, S. K. AU - Pond, S. AU - Crain, B. AU - Chee, M. S. AU - Messer, K. PY - 2011 DA - 2011// TI - Detection of low prevalence somatic mutations in solid tumors with ultra-deep targeted sequencing JO - Genome Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2011-12-12-r124 DO - 10.1186/gb-2011-12-12-r124 ID - Harismendy2011 ER - TY - JOUR AU - Hoaglin, D. C. PY - 1980 DA - 1980// TI - A poissonness plot JO - Am Stat VL - 34 ID - Hoaglin1980 ER - TY - CHAP AU - Hoaglin, D. C. AU - Mosteller, F. AU - Tukey, J. W. ED - Hoaglin, D. C. ED - Mosteller, F. ED - Tukey, J. W. PY - 2011 DA - 2011// TI - Checking the Shape of Discrete Distributions BT - Checking the Shape of Discrete Distributions, in Exploring Data Tables, Trends, and Shapes PB - Sons, Inc CY - Hoboken ID - Hoaglin2011 ER - TY - BOOK AU - Friendly, M. PY - 2000 DA - 2000// TI - Visualizing Categorical Data PB - SAS Institute CY - Cary ID - Friendly2000 ER - TY - JOUR AU - Lambert, D. PY - 1992 DA - 1992// TI - Zero-Inflated Poisson Regression, with an Application to Defects in Manufacturing JO - Technometrics VL - 34 UR - https://doi.org/10.2307/1269547 DO - 10.2307/1269547 ID - Lambert1992 ER - TY - STD TI - Greene WH. Accounting for Excess Zeros and Sample Selection in Poisson and Negative Binomial Regression Models. In: NYU Working Paper No. EC-94-10; 1994. ID - ref20 ER - TY - JOUR AU - Vuong, Q. H. PY - 1989 DA - 1989// TI - Likelihood Ratio Tests for Model Selection and Non-Nested Hypotheses JO - Econometrica VL - 57 UR - https://doi.org/10.2307/1912557 DO - 10.2307/1912557 ID - Vuong1989 ER - TY - JOUR AU - Cameron, A. C. AU - Trivedi, P. K. PY - 1990 DA - 1990// TI - Regression-Based Tests for Overdispersion in the Poisson Model JO - J Econometrics VL - 46 UR - https://doi.org/10.1016/0304-4076(90)90014-K DO - 10.1016/0304-4076(90)90014-K ID - Cameron1990 ER - TY - JOUR AU - Robinson, M. D. AU - McCarthy, D. J. AU - Smyth, G. K. PY - 2010 DA - 2010// TI - edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp616 DO - 10.1093/bioinformatics/btp616 ID - Robinson2010 ER - TY - JOUR AU - Kennedy, S. R. AU - Schmitt, M. W. AU - Fox, E. J. AU - Kohrn, B. F. AU - Salk, J. J. AU - Ahn, E. H. AU - Prindle, M. J. AU - Kuong, K. J. AU - Shen, J. C. AU - Risques, R. A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Detecting ultralow-frequency mutations by Duplex Sequencing JO - Nat Protoc VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2014.170 DO - 10.1038/nprot.2014.170 ID - Kennedy2014 ER - TY - JOUR AU - Schmitt, M. W. AU - Fox, E. J. AU - Prindle, M. J. AU - Reid-Bayliss, K. S. AU - True, L. D. AU - Radich, J. P. AU - Loeb, L. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Sequencing small genomic targets with high efficiency and extreme accuracy JO - Nat Methods VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3351 DO - 10.1038/nmeth.3351 ID - Schmitt2015 ER -