Skip to main content

Table 3 Assembly and gene prediction information of Colletotrichum spp. genomes and of other fungi chosen as out-group

From: Gene family expansions and contractions are associated with host range in plant pathogens of the genus Colletotrichum

Abbr. N° Scaffolds Assembly Size max contig N50 N90 BUSCO complete BUSCO partial Proteome size Secretome size % of secreted proteins
CNYM 1884 50 494648 91051 19816 98.54 % 99.79 % 14404 2244 15.58 %
CSIM 929 50 802711 292136 87006 99.17 % 99.93 % 13884 2211 15.92 %
CFIO 1096 49 596408 137254 38253 99.10 % 99.93 % 13759 2200 15.99 %
CSAL 2776 48 217493 46166 10883 98.75 % 99.79 % 13783 2126 15.42 %
CGRA 654 52 1824042 579194 37593 99.17 % 99.86 % 12006 1650 13.74 %
CSUB 1625 47 423147 70717 13454 99.03 % 99.86 % 12699 1820 14.33 %
CHIG 10235 49 49362 6147 2360 87.48 % 98.40 % 16172 2136 13.21 %
CFRU 1241 56 493961 112809 28004 94.92 % 99.37 % 15463 2356 15.24 %
CGLO 4537 53 128447 25337 7246 99.30 % 97.43 % 15736 2376 15.10 %
CORB 526 91 2513218 449288 92779 99.03 % 99.86 % 13479 2149 15.94 %
VALF 26 33 4782674 2315232 1129871 84.49 % 96.31 % 10220 1310 12.82 %
VDAH 52 34 2667998 1273651 499255 96.52 % 99.10 % 10535 1383 13.13 %
FGRA 31 36 8931406 5350016 2732284 98.75 % 99.79 % 13321 1542 11.58 %
FOXY 114 61 4358238 1976106 500264 97.91 % 99.51 % 17701 1935 10.93 %
CPUR 191 32 977986 433221 110809 98.96 % 99.44 % 8823 871 9.87 %
MORY 30 42 4429722 2890137 851181 98.96 % 99.65 % 11054 1832 16.57 %
NCRA 20 41 9798893 6000761 4218384 98.96 % 99.86 % 9907 1040 10.50 %
\