Skip to main content

Table 3 Comparison of the classification performance obtained by Support Vector Machines. For three clustering strategies, we compare 4 different imputation methods: halfMin, kNN3, EM, and SVD. And four feature selection methods: Fisher, Gini, T-test and Stability. These are described in the Methods

From: Metabolomic biosignature differentiates melancholic depressive patients from healthy controls

Imputation

halfMin

kNN3

EM

SVD

FS method

Fisher

Gini

T-test

Stability

Fisher

Gini

T-test

Stability

Fisher

Gini

T-test

Stability

Fisher

Gini

T-test

Stability

Raw Features

 Accuracy

72.13 %

79.52 %

72.13 %

74.64 %

71.08 %

77.77 %

72.74 %

75.68 %

71.22 %

78.68 %

74.56 %

73.73 %

71.99 %

78.74 %

71.85 %

75.54 %

 Sensitivity

65.00 %

71.67 %

65.00 %

70.00 %

65.00 %

71.67 %

65.00 %

70.00 %

60.00 %

73.33 %

60.00 %

65.00 %

65.00 %

73.33 %

68.33 %

75.00 %

 Specificity

74.11 %

81.33 %

74.11 %

76.11 %

72.78 %

79.00 %

74.78 %

77.22 %

74.00 %

80.11 %

78.11 %

76.00 %

73.89 %

80.11 %

72.78 %

76.11 %

Cluster-Representatives (K-means)

 Accuracy

77.83 %

80.20 %

78.68 %

79.73 %

78.06 %

80.57 %

79.66 %

76.46 %

72.96 %

71.14 %

73.79 %

74.00 %

79.65 %

79.43 %

79.65 %

72.67 %

 Sensitivity

78.33 %

86.67 %

81.67 %

78.33 %

80.00 %

83.33 %

83.33 %

75.00 %

65.00 %

70.00 %

70.00 %

70.00 %

78.33 %

76.67 %

78.33 %

71.67 %

 Specificity

78.00 %

79.00 %

78.11 %

80.33 %

78.22 %

80.44 %

79.22 %

77.33 %

75.00 %

71.78 %

75.00 %

75.11 %

80.11 %

80.00 %

80.11 %

72.78 %

Cluster-Representatives (Hierarchical Clustering)

 Accuracy

76.15 %

79.28 %

76.23 %

77.01 %

77.92 %

80.64 %

77.92 %

74.70 %

72.68 %

74.55 %

72.68 %

71.23 %

75.96 %

78.60 %

76.79 %

70.10 %

 Sensitivity

85.00 %

83.33 %

85.00 %

78.33 %

78.33 %

75.00 %

78.33 %

75.00 %

80.00 %

80.00 %

80.00 %

75.00 %

63.33 %

70.00 %

73.33 %

68.33 %

 Specificity

74.78 %

78.78 %

74.89 %

77.11 %

78.11 %

82.33 %

78.11 %

75.11 %

71.67 %

73.78 %

71.67 %

71.00 %

79.00 %

81.00 %

77.89 %

70.78 %