Skip to main content

Table 3 The proportion of genes that were shared between the DESeq2 and edgeR analyses (Table 2) within GO biological processes

From: Sea lampreys elicit strong transcriptomic responses in the lake trout liver during parasitism

Biological process Leans up Leans down Siscowets up Siscowets down
Cellular component organization or biogenesis (GO:0071840) 6.10 % 1.30 % 4.60 % 2.00 %
Cellular process (GO:0009987) 17.60 % 16.90 % 18.40 % 18.20 %
Localization (GO:0051179) 9.20 % 8.10 % 10.70 % 9.30 %
Apoptotic process (GO:0006915) 3.10 % 3.80 % 1.50 % 2.00 %
Reproduction (GO:0000003) 1.50 % 1.90 % 2.10 % 1.10 %
Biological regulation (GO:0065007) 9.20 % 8.10 % 10.10 % 9.50 %
Response to stimulus (GO:0050896) 6.90 % 10.00 % 6.30 % 8.60 %
Developmental process (GO:0032502) 6.10 % 7.50 % 6.90 % 5.60 %
Multicellular organismal process (GO:0032501) 3.10 % 4.40 % 5.40 % 4.10 %
Metabolic process (GO:0008152) 31.30 % 29.40 % 28.50 % 32.70 %
Immune system process (GO:0002376) 6.10 % 6.30 % 4.00 % 4.30 %
Locomotion (GO:0040011) 0 % 0.60 % 0.20 % 0.40 %
Biological adhesion (GO:0022610) 0 % 1.90 % 1.30 % 2.20 %