Skip to main content

Table 3 Size of D stem and D, V and T loops of 22 tRNA genes in mt genomes of 250 fishes

From: Structure and variation of the mitochondrial genome of fishes

 

D stem (bp)

D loop (nt)

V loop (nt)

T loop (nt)

tRNA

0

3

4

3

4

5

6

7

8

9

10

11

12

13

14

3

4

5

6

3

4

5

6

7

8

9

10

H-strand coded

 Arg

  

250

 

6

153

86

4

1

      

1

248

1

  

1

2

1

244

 

2

 

 Asp

  

250

3

13

29

20

32

86

53

14

    

1

248

1

    

2

248

   

 Gly

  

250

  

17

41

61

112

19

      

249

1

 

1

1

 

3

243

2

  

 His

  

250

2

6

194

42

6

        

247

3

    

5

244

1

  

 Ile

  

250

3

18

116

54

53

6

       

248

2

   

1

 

247

2

  

 Leu (UUR)a

  

250

  

1

 

2

 

18

209

19

1

   

186

64

   

1

1

244

4

  

 Leu (CUN)a

  

250

 

1

 

1

29

219

       

4

245

1

   

1

249

   

 Lys

  

250

  

1

3

6

24

137

65

14

    

7

243

 

1

  

11

238

   

 Metb

  

252

  

182

58

12

        

251

1

    

6

243

3

  

 Phe

  

250

  

172

54

18

5

1

      

244

6

 

1

1

5

208

35

   

 Ser (AGY)a

19c

207

24

81

144

6

          

180

67

3

    

2

4

244

 

 Thr

  

250

  

9

27

145

47

15

6

   

1

 

14

236

 

1

 

2

7

238

1

1

 

 Trp

  

250

 

1

17

29

94

76

31

1

 

1

   

250

    

2

2

246

   

 Val

  

250

  

4

10

35

165

26

10

     

245

5

 

1

 

1

 

248

   

L-strand coded

 Ala

  

250

  

248

1

1

        

250

     

2

248

   

 Asn

  

250

    

2

242

6

      

2

248

     

250

   

 Cys

 

116

134

140

105

5

          

250

   

1

3

109

130

5

1

1

 Gln

  

250

   

1

236

12

1

      

247

3

  

1

1

3

244

1

  

 Glud

  

249

1

27

201

20

         

249

     

1

247

1

  

 Proe

  

248

 

4

29

170

32

7

5

1

     

247

1

    

1

244

2

1

 

 Ser (UCN)a

  

250

  

1

2

234

13

      

1

247

2

    

1

247

1

1

 

 Tyr

  

250

30

39

14

91

76

        

250

   

1

 

3

243

3

  
  1. aDNA degeneracies are represented by IUB (International Union of Biochemistry) code: N(A C G T), R(A G), Y(C T)
  2. b252 genes compared due to gene duplication
  3. cD-arm replacement loop
  4. d249 genes compared
  5. e248 genes compared