TY - JOUR AU - Pauling, L. AU - Zuckerkandl, E. PY - 1963 DA - 1963// TI - Chemical paleogenetics, molecular restoration studies of extinct forms of life JO - Acta Chem Scand. VL - 17 UR - https://doi.org/10.3891/acta.chem.scand.17s-0009 DO - 10.3891/acta.chem.scand.17s-0009 ID - Pauling1963 ER - TY - JOUR AU - Blanchette, M. AU - Green, E. D. AU - Miller, W. AU - Haussler, D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Reconstructing large regions of an ancestral mammalian genome in silico JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.2800104 DO - 10.1101/gr.2800104 ID - Blanchette2004 ER - TY - STD TI - Snir S, Pachter L. Phylogenetic profiling of insertions and deletions in vertebrate genomes. In: Research in Computational Molecular Biology, 10th Annual International Conference, RECOMB 2006, Venice, Italy, April 2-5, 2006, Proceedings: 2006. p. 265–80, doi:10.1007/11732990_23. UR - http://dx.doi.org/10.1007/11732990_23 ID - ref3 ER - TY - JOUR AU - Paten, B. AU - Herrero, J. AU - Fitzgerald, S. AU - Beal, K. AU - Flicek, P. AU - Holmes, I. AU - Birney, E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genome-wide nucleotide-level mammalian ancestor reconstruction JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.076521.108 DO - 10.1101/gr.076521.108 ID - Paten2008 ER - TY - JOUR AU - Higgs, P. G. AU - Lehman, N. PY - 2015 DA - 2015// TI - The rna world: molecular cooperation at the origins of life JO - Nat Rev Genet VL - 16 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3841 DO - 10.1038/nrg3841 ID - Higgs2015 ER - TY - JOUR AU - Chen, Y. AU - Carlini, D. B. AU - Baines, J. F. AU - Parsch, J. AU - Braverman, J. M. AU - Tanda, S. AU - Stephan, W. PY - 1999 DA - 1999// TI - Rna secondary structure and compensatory evolution JO - Genes Genet Syst VL - 74 UR - https://doi.org/10.1266/ggs.74.271 DO - 10.1266/ggs.74.271 ID - Chen1999 ER - TY - JOUR AU - Gruber, A. R. AU - Bernhart, S. H. AU - Hofacker, I. L. AU - Washietl, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Strategies for measuring evolutionary conservation of rna secondary structures JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-122 DO - 10.1186/1471-2105-9-122 ID - Gruber2008 ER - TY - JOUR AU - Knies, J. L. AU - Dang, K. K. AU - Vision, T. J. AU - Hoffman, N. G. AU - Swanstrom, R. AU - Burch, C. L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Compensatory evolution in rna secondary structures increases substitution rate variation among sites JO - Mol Biol Evol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msn130 DO - 10.1093/molbev/msn130 ID - Knies2008 ER - TY - JOUR AU - Srivastava, A. AU - Cai, L. AU - Mrázek, J. AU - Malmberg, R. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Mutational patterns in rna secondary structure evolution examined in three rna families JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0020484 DO - 10.1371/journal.pone.0020484 ID - Srivastava2011 ER - TY - JOUR AU - Nasrallah, C. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - The dynamics of alternative pathways to compensatory substitution JO - BMC Bioinformatics VL - 14 Suppl 15 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-14-S15-S2 DO - 10.1186/1471-2105-14-S15-S2 ID - Nasrallah2013 ER - TY - JOUR AU - de Boer, F. K. AU - Hogeweg, P. PY - 2014 DA - 2014// TI - Mutation rates and evolution of multiple coding in rna-based protocells JO - J Mol Evol VL - 79 UR - https://doi.org/10.1007/s00239-014-9648-6 DO - 10.1007/s00239-014-9648-6 ID - de Boer2014 ER - TY - JOUR AU - Hoeppner, M. P. AU - Gardner, P. P. AU - Poole, A. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Comparative analysis of rna families reveals distinct repertoires for each domain of life JO - PLoS Comput Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002752 DO - 10.1371/journal.pcbi.1002752 ID - Hoeppner2012 ER - TY - JOUR AU - Bustamante, C. PY - 1999 DA - 1999// TI - How rna folds JO - J Mol Biol VL - 293 UR - https://doi.org/10.1006/jmbi.1999.3001 DO - 10.1006/jmbi.1999.3001 ID - Bustamante1999 ER - TY - JOUR AU - Gutell, R. R. AU - Lee, J. C. AU - Cannone, J. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - The accuracy of ribosomal rna comparative structure models JO - Curr Opin Struct Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1016/S0959-440X(02)00339-1 DO - 10.1016/S0959-440X(02)00339-1 ID - Gutell2002 ER - TY - JOUR AU - Bradley, R. K. AU - Holmes, I. PY - 2009 DA - 2009// TI - Evolutionary triplet models of structured rna JO - PLoS Comput Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000483 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000483 ID - Bradley2009 ER - TY - JOUR AU - Klosterman, P. S. AU - Uzilov, A. V. AU - Bendaña, Y. R. AU - Bradley, R. K. AU - Chao, S. AU - Kosiol, C. AU - Goldman, N. AU - Holmes, I. PY - 2006 DA - 2006// TI - Xrate: a fast prototyping, training and annotation tool for phylo-grammars JO - BMC Bioinformatics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-428 DO - 10.1186/1471-2105-7-428 ID - Klosterman2006 ER - TY - JOUR AU - Yao, Z. AU - Weinberg, Z. AU - Ruzzo, W. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - Cmfinder–a covariance model based rna motif finding algorithm JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btk008 DO - 10.1093/bioinformatics/btk008 ID - Yao2006 ER - TY - JOUR AU - Knudsen, B. AU - Hein, J. PY - 1999 DA - 1999// TI - Rna secondary structure prediction using stochastic context-free grammars and evolutionary history JO - Bioinformatics VL - 15 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/15.6.446 DO - 10.1093/bioinformatics/15.6.446 ID - Knudsen1999 ER - TY - JOUR AU - Eddy, S. R. AU - Durbin, R. PY - 1994 DA - 1994// TI - Rna sequence analysis using covariance models JO - Nucleic Acids Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/nar/22.11.2079 DO - 10.1093/nar/22.11.2079 ID - Eddy1994 ER - TY - JOUR AU - Schuster, P. AU - Fontana, W. AU - Stadler, P. F. AU - Hofacker, I. L. PY - 1994 DA - 1994// TI - From sequences to shapes and back: a case study in RNA secondary structures JO - Proc Biol Sci VL - 255 UR - https://doi.org/10.1098/rspb.1994.0040 DO - 10.1098/rspb.1994.0040 ID - Schuster1994 ER - TY - JOUR AU - Fitch, W. M. PY - 1971 DA - 1971// TI - Toward defining the course of evolution: Minimum change for a specific tree topology JO - Syst Biol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/sysbio/20.4.406 DO - 10.1093/sysbio/20.4.406 ID - Fitch1971 ER - TY - JOUR AU - Sankoff, D. PY - 1975 DA - 1975// TI - Minimal mutation trees of sequences JO - SIAM J Appl Math VL - 28 UR - https://doi.org/10.1137/0128004 DO - 10.1137/0128004 ID - Sankoff1975 ER - TY - JOUR AU - Urban, J. H. AU - Vogel, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Two seemingly homologous noncoding rnas act hierarchically to activate glms mrna translation JO - PLoS Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0060064 DO - 10.1371/journal.pbio.0060064 ID - Urban2008 ER - TY - JOUR AU - Biesen, T. AU - Soderbom, F. AU - Wagner, E. G. H. AU - Frost, L. S. PY - 1993 DA - 1993// TI - Structural and functional analyses of the finp antisense rna regulatory system of the f conjugative piasmid JO - Mol Microbiol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.1993.tb00901.x DO - 10.1111/j.1365-2958.1993.tb00901.x ID - Biesen1993 ER - TY - JOUR AU - Nawrocki, E. P. AU - Burge, S. W. AU - Bateman, A. AU - Daub, J. AU - Eberhardt, R. Y. AU - Eddy, S. R. AU - Floden, E. W. AU - Gardner, P. P. AU - Jones, T. A. AU - Tate, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Rfam 12.0: updates to the RNA families database JO - Nucleic Acids Res. VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku1063 DO - 10.1093/nar/gku1063 ID - Nawrocki2015 ER - TY - JOUR AU - Gardner, P. P. AU - Daub, J. AU - Tate, J. AU - Moore, B. L. AU - Osuch, I. H. AU - Griffiths-Jones, S. AU - Finn, R. D. AU - Nawrocki, E. P. AU - Kolbe, D. L. AU - Eddy, S. R. AU - Bateman, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Rfam: Wikipedia, clans and the “decimal” release JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq1129 DO - 10.1093/nar/gkq1129 ID - Gardner2011 ER - TY - JOUR AU - Stombaugh, J. AU - Zirbel, C. L. AU - Westhof, E. AU - Leontis, N. B. PY - 2009 DA - 2009// TI - Frequency and isostericity of rna base pairs JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp011 DO - 10.1093/nar/gkp011 ID - Stombaugh2009 ER - TY - JOUR AU - Lorenz, R. AU - Bernhart, S. H. AU - Zu Siederdissen, C. H. AU - Tafer, H. AU - Flamm, C. AU - Stadler, P. F. AU - Hofacker, I. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - ViennaRNA package 2.0 JO - Algorithms Mol Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1748-7188-6-26 DO - 10.1186/1748-7188-6-26 ID - Lorenz2011 ER - TY - JOUR AU - Lyngsø, R. B. AU - Anderson, J. W. AU - Sizikova, E. AU - Badugu, A. AU - Hyland, T. AU - Hein, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Frnakenstein: multiple target inverse RNA folding JO - BMC Bioinformatics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-13-260 DO - 10.1186/1471-2105-13-260 ID - Lyngsø2012 ER - TY - JOUR AU - Vogel, F. AU - Kopun, M. PY - 1977 DA - 1977// TI - Higher frequencies of transitions among point mutations JO - J Mol Evol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1007/BF01732746 DO - 10.1007/BF01732746 ID - Vogel1977 ER - TY - JOUR AU - Tremblay-Savard, O. AU - Benzaid, B. AU - Lang, B. F. AU - El-Mabrouk, N. PY - 2015 DA - 2015// TI - Evolution of trna repertoires in bacillus inferred with orthoalign JO - Mol Biol Evol VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msv029 DO - 10.1093/molbev/msv029 ID - Tremblay-Savard2015 ER - TY - JOUR AU - Gillespie, J. J. AU - Wattam, A. R. AU - Cammer, S. A. AU - Gabbard, J. L. AU - Shukla, M. P. AU - Dalay, O. AU - Driscoll, T. AU - Hix, D. AU - Mane, S. P. AU - Mao, C. AU - Nordberg, E. K. AU - Scott, M. AU - Schulman, J. R. AU - Snyder, E. E. AU - Sullivan, D. E. AU - Wang, C. AU - Warren, A. AU - Williams, K. P. AU - Xue, T. AU - Seung Yoo, H. AU - Zhang, C. AU - Zhang, Y. AU - Will, R. AU - Kenyon, R. W. AU - Sobral, B. W. PY - 2011 DA - 2011// TI - Patric: the comprehensive bacterial bioinformatics resource with a focus on human pathogenic species JO - Infect Immun VL - 79 UR - https://doi.org/10.1128/IAI.00207-11 DO - 10.1128/IAI.00207-11 ID - Gillespie2011 ER - TY - JOUR AU - Sorescu, D. A. AU - Möhl, M. AU - Mann, M. AU - Backofen, R. AU - Will, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - CARNA—alignment of RNA structure ensembles JO - Nucleic Acids Res. VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks491 DO - 10.1093/nar/gks491 ID - Sorescu2012 ER - TY - JOUR AU - Yang, Z. PY - 2007 DA - 2007// TI - Paml 4: phylogenetic analysis by maximum likelihood JO - Mol Biol Evol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msm088 DO - 10.1093/molbev/msm088 ID - Yang2007 ER - TY - JOUR AU - Jerome, L. J. AU - van Biesen, T. AU - Frost, L. S. PY - 1999 DA - 1999// TI - Degradation of finp antisense {RNA} from f-like plasmids: the rna-binding protein, fino, protects finp from ribonuclease {E1} JO - J Mol Biol VL - 285 UR - https://doi.org/10.1006/jmbi.1998.2404 DO - 10.1006/jmbi.1998.2404 ID - Jerome1999 ER - TY - JOUR AU - Robert, K. AU - Martin, M. AU - Rolf, B. PY - 2015 DA - 2015// TI - antarna-ant colony based rna sequence design JO - Bioinformatics VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv319 DO - 10.1093/bioinformatics/btv319 ID - Robert2015 ER - TY - JOUR AU - Reinharz, V. AU - Ponty, Y. AU - Waldispühl, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - A weighted sampling algorithm for the design of rna sequences with targeted secondary structure and nucleotide distribution JO - Bioinformatics VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt217 DO - 10.1093/bioinformatics/btt217 ID - Reinharz2013 ER - TY - JOUR AU - Kutchko, K. M. AU - Sanders, W. AU - Ziehr, B. AU - Phillips, G. AU - Solem, A. AU - Halvorsen, M. AU - Weeks, K. M. AU - Moorman, N. AU - Laederach, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Multiple conformations are a conserved and regulatory feature of the rb1 5’ utr JO - RNA VL - 21 UR - https://doi.org/10.1261/rna.049221.114 DO - 10.1261/rna.049221.114 ID - Kutchko2015 ER - TY - JOUR AU - Rogers, E. AU - Heitsch, C. E. PY - 2014 DA - 2014// TI - Profiling small rna reveals multimodal substructural signals in a boltzmann ensemble JO - Nucleic Acids Res VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku959 DO - 10.1093/nar/gku959 ID - Rogers2014 ER -