Skip to main content

Table 2 Coverage depth of the data from the two panels

From: Comparison between two amplicon-based sequencing panels of different scales in the detection of somatic mutations associated with gastric cancer

   Selective hotspot Panel Comprehensive Cancer Panel
Case Sample Mapped Reads On Target Mean Depth Uniformity Mapped Reads On Target Mean Depth Uniformity
Case 1 Buffy coat 484124 98.0 % 1402 94.0 % 1097404 96.4 % 307 96.0 %
Case 2 Buffy coat 426768 98.1 % 1233 94.0 % 1267404 96.3 % 355 96.1 %
Case 3 Buffy coat 518868 98.2 % 1507 93.8 % 810553 96.3 % 221 95.0 %
Case 4 Buffy coat 542769 98.4 % 1576 93.9 % 379011 96.1 % 106 94.5 %
Case 5 Buffy coat 624920 97.9 % 1796 94.3 % 11170406 96.8 % 3112 95.1 %
Case 6 Buffy coat 164634 98.9 % 477 93.5 % 2069779 97.9 % 611 90.6 %
Case 7 Buffy coat 126183 99.0 % 363 91.0 % 2256973 97.8 % 666 91.0 %
Case 8 Buffy coat 108641 99.1 % 315 90.5 % 2027465 97.7 % 601 92.0 %
Case 9 Buffy coat 166684 99.0 % 487 94.7 % 1857285 97.8 % 551 92.2 %
Case 10 Buffy coat 107898 99.0 % 314 90.7 % 2013379 98.0 % 593 89.0 %
Case 11 Buffy coat 79551 99.2 % 231 87.1 % 2106246 98.1 % 624 88.7 %
Case 12 Buffy coat 67486 99.2 % 197 88.3 % 1859173 98.3 % 542 82.5 %
Case 13 Buffy coat 60485 99.2 % 175 91.2 % 1918204 98.3 % 548 78.6 %
Case 14 Buffy coat 260250 98.8 % 759 92.4 % 1295372 96.7 % 360 94.9 %
Case 15 Buffy coat 235410 98.7 % 680 94.2 % 1053705 96.9 % 293 94.6 %
Case 16 Buffy coat 246227 99.0 % 715 93.7 % 845571 97.0 % 234 94.7 %
Case 17 Buffy coat 268465 98.8 % 779 94.4 % 1223358 96.8 % 341 95.2 %
Case 18 Buffy coat 280097 99.1 % 811 93.9 % 3130126 97.0 % 902 93.6 %
Case 19 Buffy coat 256281 98.9 % 744 94.5 % 3423132 97.0 % 987 94.4 %
Case 20 Buffy coat 207402 98.9 % 598 92.4 % 2913580 97.0 % 830 93.6 %
  Mean ± SD 261657 ± 170658 98.7 ± 0.42 % 758 ± 493 92.6 ± 2.1 % 2235906 ± 2247475 97.2 ± 0.71 % 639 ± 627 92.1 ± 4.6 %
Case 1 Tumor 403252 98.5 % 1143 87.8 % 2025838 97.7 % 522 71.0 %
Case 2 Tumor 426999 98.4 % 1222 91.6 % 999656 96.9 % 276 94.1 %
Case 3 Tumor 524706 98.5 % 1502 91.8 % 1032722 96.3 % 281 94.6 %
Case 4 Tumor 467625 98.0 % 1337 91.0 % 789820 95.8 % 210 95.2 %
Case 5 Tumor 412941 98.5 % 1186 90.7 % 829933 96.0 % 223 94.9 %
Case 6 Tumor 72752 99.3 % 207 84.8 % 1949114 98.6 % 577 83.2 %
Case 7 Tumor 119809 99.3 % 340 85.8 % 2511041 97.6 % 718 91.2 %
Case 8 Tumor 85768 99.2 % 246 88.2 % 1521154 98.6 % 437 82.4 %
Case 9 Tumor 182739 99.2 % 523 89.0 % 2048473 98.2 % 583 88.3 %
Case 10 Tumor 110281 98.0 % 311 88.5 % 2702014 97.3 % 762 87.2 %
Case 11 Tumor 96338 99.2 % 273 89.8 % 2668972 98.0 % 750 86.1 %
Case 12 Tumor 106265 99.2 % 303 87.7 % 2382665 97.8 % 673 89.0 %
Case 13 Tumor site1 87099 98.8 % 250 92.4 % 2861114 97.5 % 819 91.1 %
Case 13 Tumor site2 138279 99.3 % 395 88.9 % 2705723 97.9 % 777 91.5 %
Case 14 Tumor 230616 98.9 % 662 92.6 % 781688 96.5 % 211 95.1 %
Case 15 Tumor 262428 99.1 % 742 65.8 % 631147 96.6 % 171 95.2 %
Case 16 Tumor 179627 99.1 % 512 87.8 % 3189103 95.9 % 929 95.8 %
Case 17 Tumor 153577 99.0 % 434 85.7 % 539462 96.5 % 145 95.0 %
Case 18 Tumor 145284 98.4 % 411 94.7 % 2514172 96.4 % 697 91.0 %
Case 19 Tumor 184785 97.6 % 520 94.0 % 2333968 95.0 % 637 91.4 %
Case 20 Tumor 105210 97.8 % 294 95.0 % 1663278 96.6 % 436 80.3 %
  Mean ± SD 214113 ± 143314 98.7 ± 0.54 % 610 ± 411 88.7 ± 6.0 % 1841955 ± 850360 97.0 ± 1.0 % 516 ± 247 89.7 ± 6.3 %