TY - JOUR AU - Park, P. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - ChIP-seq: advantages and challenges of a maturing technology JO - Nat Rev Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2641 DO - 10.1038/nrg2641 ID - Park2009 ER - TY - JOUR AU - Furey, T. S. PY - 2012 DA - 2012// TI - ChIP-seq and beyond: new and improved methodologies to detect and characterize protein-DNA interactions JO - Nat Rev Genet VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3306 DO - 10.1038/nrg3306 ID - Furey2012 ER - TY - JOUR AU - Dunham, I. AU - Kundaje, A. AU - Aldred, S. F. AU - Collins, P. J. AU - Davis, C. AU - Doyle, F. AU - Epstein, C. B. AU - Frietze, S. AU - Harrow, J. AU - Kaul, R. PY - 2012 DA - 2012// TI - An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome JO - Nature VL - 489 UR - https://doi.org/10.1038/nature11247 DO - 10.1038/nature11247 ID - Dunham2012 ER - TY - JOUR AU - Kundaje, A. AU - Meuleman, W. AU - Ernst, J. AU - Bilenky, M. AU - Yen, A. AU - Heravi-Moussavi, A. AU - Kheradpour, P. AU - Zhang, Z. AU - Wang, J. AU - Ziller, M. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Integrative analysis of 111 reference human epigenomes JO - Nature VL - 518 UR - https://doi.org/10.1038/nature14248 DO - 10.1038/nature14248 ID - Kundaje2015 ER - TY - JOUR AU - Bailey, T. AU - Krajewski, P. AU - Ladunga, I. AU - Lefebvre, C. AU - Li, Q. AU - Liu, T. AU - Madrigal, P. AU - Taslim, C. AU - Zhang, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Practical guidelines for the comprehensive analysis of ChIP-seq data JO - PLoS Comput Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003326 DO - 10.1371/journal.pcbi.1003326 ID - Bailey2013 ER - TY - JOUR AU - Leleu, M. AU - Lefebvre, G. AU - Rougemont, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Processing and analyzing ChIP-seq data: from short reads to regulatory interactions JO - Brief Funct Genomics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1093/bfgp/elq022 DO - 10.1093/bfgp/elq022 ID - Leleu2010 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Trapnell, C. AU - Pop, M. AU - Salzberg, S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome JO - Genome Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2009-10-3-r25 DO - 10.1186/gb-2009-10-3-r25 ID - Langmead2009 ER - TY - JOUR AU - Feng, J. AU - Liu, T. AU - Qin, B. AU - Zhang, Y. AU - Liu, X. S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Identifying ChIP-seq enrichment using MACS JO - Nat Protoc VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2012.101 DO - 10.1038/nprot.2012.101 ID - Feng2012 ER - TY - JOUR AU - Rougemont, J. AU - Amzallag, A. AU - Iseli, C. AU - Farinelli, L. AU - Xenarios, I. AU - Naef, F. PY - 2008 DA - 2008// TI - Probabilistic base calling of Solexa sequencing data JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-431 DO - 10.1186/1471-2105-9-431 ID - Rougemont2008 ER - TY - JOUR AU - Beauparlant, C. J. AU - Lamaze, F. C. AU - Deschenes, A. AU - Samb, R. AU - Lemacon, A. AU - Belleau, P. AU - Bilodeau, S. AU - Droit, A. PY - 2016 DA - 2016// TI - metagene Profiles Analyses Reveal Regulatory Element’s Factor-Specific Recruitment Patterns JO - PLoS Comput Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004751 DO - 10.1371/journal.pcbi.1004751 ID - Beauparlant2016 ER - TY - JOUR AU - Barta, E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Command line analysis of ChIP-seq results JO - EMBnet J VL - 17 UR - https://doi.org/10.14806/ej.17.1.209 DO - 10.14806/ej.17.1.209 ID - Barta2011 ER - TY - JOUR AU - Heinz, S. AU - Benner, C. AU - Spann, N. AU - Bertolino, E. AU - Lin, Y. C. AU - Laslo, P. AU - Cheng, J. X. AU - Murre, C. AU - Singh, H. AU - Glass, C. K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Simple combinations of lineage-determining transcription factors prime cis-regulatory elements required for macrophage and B cell identities JO - Mol Cell VL - 38 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2010.05.004 DO - 10.1016/j.molcel.2010.05.004 ID - Heinz2010 ER - TY - JOUR AU - Ji, H. AU - Jiang, H. AU - Ma, W. AU - Johnson, D. S. AU - Myers, R. M. AU - Wong, W. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - An integrated software system for analyzing ChIP-chip and ChIP-seq data JO - Nat Biotechnol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1505 DO - 10.1038/nbt.1505 ID - Ji2008 ER - TY - JOUR AU - Ye, T. AU - Krebs, A. R. AU - Choukrallah, M. A. AU - Keime, C. AU - Plewniak, F. AU - Davidson, I. PY - 2011 DA - 2011// TI - Tora L: seqMINER: an integrated ChIP-seq data interpretation platform JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq1287 DO - 10.1093/nar/gkq1287 ID - Ye2011 ER - TY - JOUR AU - Liu, T. AU - Ortiz, J. A. AU - Taing, L. AU - Meyer, C. A. AU - Lee, B. AU - Zhang, Y. AU - Shin, H. AU - Wong, S. S. AU - Ma, J. AU - Lei, Y. PY - 2011 DA - 2011// TI - Cistrome: an integrative platform for transcriptional regulation studies JO - Genome Biol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2011-12-8-r83 DO - 10.1186/gb-2011-12-8-r83 ID - Liu2011 ER - TY - JOUR AU - Schmid, C. D. AU - Bucher, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - ChIP-Seq data reveal nucleosome architecture of human promoters JO - Cell VL - 131 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2007.11.017 DO - 10.1016/j.cell.2007.11.017 ID - Schmid2007 ER - TY - JOUR AU - Dreos, R. AU - Ambrosini, G. AU - Perier, R. C. AU - Bucher, P. PY - 2015 DA - 2015// TI - The Eukaryotic Promoter Database: expansion of EPDnew and new promoter analysis tools JO - Nucleic Acids Res VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku1111 DO - 10.1093/nar/gku1111 ID - Dreos2015 ER - TY - JOUR AU - Ambrosini, G. AU - Praz, V. AU - Jagannathan, V. AU - Bucher, P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Signal search analysis server JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg611 DO - 10.1093/nar/gkg611 ID - Ambrosini2003 ER - TY - JOUR AU - Auton, A. AU - Brooks, L. D. AU - Durbin, R. M. AU - Garrison, E. P. AU - Kang, H. M. AU - Korbel, J. O. AU - Marchini, J. L. AU - McCarthy, S. AU - McVean, G. A. AU - Abecasis, G. R. PY - 2015 DA - 2015// TI - A global reference for human genetic variation JO - Nature VL - 526 UR - https://doi.org/10.1038/nature15393 DO - 10.1038/nature15393 ID - Auton2015 ER - TY - JOUR AU - Jee, J. AU - Rozowsky, J. AU - Yip, K. Y. AU - Lochovsky, L. AU - Bjornson, R. AU - Zhong, G. AU - Zhang, Z. AU - Fu, Y. AU - Wang, J. AU - Weng, Z. PY - 2011 DA - 2011// TI - ACT: aggregation and correlation toolbox for analyses of genome tracks JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr092 DO - 10.1093/bioinformatics/btr092 ID - Jee2011 ER - TY - JOUR AU - Landt, S. G. AU - Marinov, G. K. AU - Kundaje, A. AU - Kheradpour, P. AU - Pauli, F. AU - Batzoglou, S. AU - Bernstein, B. E. AU - Bickel, P. AU - Brown, J. B. AU - Cayting, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.136184.111 DO - 10.1101/gr.136184.111 ID - Landt2012 ER - TY - JOUR AU - Schmid, C. D. AU - Bucher, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - MER41 repeat sequences contain inducible STAT1 binding sites JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011425 DO - 10.1371/journal.pone.0011425 ID - Schmid2010 ER - TY - JOUR AU - Pjanic, M. AU - Schmid, C. D. AU - Gaussin, A. AU - Ambrosini, G. AU - Adamcik, J. AU - Pjanic, P. AU - Plasari, G. AU - Kerschgens, J. AU - Dietler, G. AU - Bucher, P. PY - 2013 DA - 2013// TI - Nuclear Factor I genomic binding associates with chromatin boundaries JO - BMC Genomics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-99 DO - 10.1186/1471-2164-14-99 ID - Pjanic2013 ER - TY - JOUR AU - Pepke, S. AU - Wold, B. AU - Mortazavi, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Computation for ChIP-seq and RNA-seq studies JO - Nat Methods VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1371 DO - 10.1038/nmeth.1371 ID - Pepke2009 ER - TY - JOUR AU - Tateno, Y. AU - Saitou, N. AU - Okubo, K. AU - Sugawara, H. AU - Gojobori, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - DDBJ in collaboration with mass-sequencing teams on annotation JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki020 DO - 10.1093/nar/gki020 ID - Tateno2005 ER - TY - STD TI - O’Leary NA, Wright MW, Brister JR, Ciufo S, Haddad D, McVeigh R, Rajput B, Robbertse B, Smith-White B, Ako-Adjei D, et al. Reference sequence (RefSeq) database at NCBI: current status, taxonomic expansion, and functional annotation. Nucleic Acids Res. 2016;44(Database issue):D733-45. ID - ref26 ER - TY - JOUR AU - Barrett, T. AU - Wilhite, S. E. AU - Ledoux, P. AU - Evangelista, C. AU - Kim, I. F. AU - Tomashevsky, M. AU - Marshall, K. A. AU - Phillippy, K. H. AU - Sherman, P. M. AU - Holko, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - NCBI GEO: archive for functional genomics data sets--update JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks1193 DO - 10.1093/nar/gks1193 ID - Barrett2013 ER - TY - JOUR AU - Schones, D. E. AU - Cui, K. AU - Cuddapah, S. AU - Roh, T. Y. AU - Barski, A. AU - Wang, Z. AU - Wei, G. AU - Zhao, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Dynamic regulation of nucleosome positioning in the human genome JO - Cell VL - 132 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2008.02.022 DO - 10.1016/j.cell.2008.02.022 ID - Schones2008 ER - TY - JOUR AU - Boyle, A. P. AU - Davis, S. AU - Shulha, H. P. AU - Meltzer, P. AU - Margulies, E. H. AU - Weng, Z. AU - Furey, T. S. AU - Crawford, G. E. PY - 2008 DA - 2008// TI - High-resolution mapping and characterization of open chromatin across the genome JO - Cell VL - 132 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2007.12.014 DO - 10.1016/j.cell.2007.12.014 ID - Boyle2008 ER - TY - JOUR AU - Shiraki, T. AU - Kondo, S. AU - Katayama, S. AU - Waki, K. AU - Kasukawa, T. AU - Kawaji, H. AU - Kodzius, R. AU - Watahiki, A. AU - Nakamura, M. AU - Arakawa, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Cap analysis gene expression for high-throughput analysis of transcriptional starting point and identification of promoter usage JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.2136655100 DO - 10.1073/pnas.2136655100 ID - Shiraki2003 ER - TY - JOUR AU - Cunningham, F. AU - Amode, M. R. AU - Barrell, D. AU - Beal, K. AU - Billis, K. AU - Brent, S. AU - Carvalho-Silva, D. AU - Clapham, P. AU - Coates, G. AU - Fitzgerald, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Ensembl 2015 JO - Nucleic Acids Res VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku1010 DO - 10.1093/nar/gku1010 ID - Cunningham2015 ER - TY - JOUR AU - Kapitonov, V. V. AU - Jurka, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - A universal classification of eukaryotic transposable elements implemented in Repbase JO - Nat Rev Genet VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2165-c1 DO - 10.1038/nrg2165-c1 ID - Kapitonov2008 ER - TY - JOUR AU - Sherry, S. T. AU - Ward, M. H. AU - Kholodov, M. AU - Baker, J. AU - Phan, L. AU - Smigielski, E. M. AU - Sirotkin, K. PY - 2001 DA - 2001// TI - dbSNP: the NCBI database of genetic variation JO - Nucleic Acids Res VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/nar/29.1.308 DO - 10.1093/nar/29.1.308 ID - Sherry2001 ER - TY - JOUR AU - Rosenbloom, K. R. AU - Armstrong, J. AU - Barber, G. P. AU - Casper, J. AU - Clawson, H. AU - Diekhans, M. AU - Dreszer, T. R. AU - Fujita, P. A. AU - Guruvadoo, L. AU - Haeussler, M. PY - 2015 DA - 2015// TI - The UCSC Genome Browser database: 2015 update JO - Nucleic Acids Res VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku1177 DO - 10.1093/nar/gku1177 ID - Rosenbloom2015 ER - TY - JOUR AU - Kolesnikov, N. AU - Hastings, E. AU - Keays, M. AU - Melnichuk, O. AU - Tang, Y. A. AU - Williams, E. AU - Dylag, M. AU - Kurbatova, N. AU - Brandizi, M. AU - Burdett, T. PY - 2015 DA - 2015// TI - ArrayExpress update--simplifying data submissions JO - Nucleic Acids Res VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku1057 DO - 10.1093/nar/gku1057 ID - Kolesnikov2015 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Salzberg, S. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Fast gapped-read alignment with Bowtie 2 JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1923 DO - 10.1038/nmeth.1923 ID - Langmead2012 ER - TY - JOUR AU - Siepel, A. AU - Bejerano, G. AU - Pedersen, J. S. AU - Hinrichs, A. S. AU - Hou, M. AU - Rosenbloom, K. AU - Clawson, H. AU - Spieth, J. AU - Hillier, L. W. AU - Richards, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Evolutionarily conserved elements in vertebrate, insect, worm, and yeast genomes JO - Genome Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gr.3715005 DO - 10.1101/gr.3715005 ID - Siepel2005 ER - TY - JOUR AU - Pollard, K. S. AU - Hubisz, M. J. AU - Rosenbloom, K. R. AU - Siepel, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Detection of nonneutral substitution rates on mammalian phylogenies JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.097857.109 DO - 10.1101/gr.097857.109 ID - Pollard2010 ER - TY - CHAP AU - Karolchik, D. AU - Hinrichs, A. S. AU - Kent, W. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - The UCSC Genome Browser BT - Current protocols in bioinformatics/editoral board, Andreas D Baxevanis [et al.] ID - Karolchik2009 ER - TY - JOUR AU - Bucher, P. AU - Bryan, B. PY - 1984 DA - 1984// TI - Signal search analysis: a new method to localize and characterize functionally important DNA sequences JO - Nucleic Acids Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1093/nar/12.1Part1.287 DO - 10.1093/nar/12.1Part1.287 ID - Bucher1984 ER - TY - JOUR AU - Orenstein, Y. AU - Shamir, R. PY - 2014 DA - 2014// TI - A comparative analysis of transcription factor binding models learned from PBM, HT-SELEX and ChIP data JO - Nucleic Acids Res VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku117 DO - 10.1093/nar/gku117 ID - Orenstein2014 ER - TY - JOUR AU - McLean, C. Y. AU - Bristor, D. AU - Hiller, M. AU - Clarke, S. L. AU - Schaar, B. T. AU - Lowe, C. B. AU - Wenger, A. M. AU - Bejerano, G. PY - 2010 DA - 2010// TI - GREAT improves functional interpretation of cis-regulatory regions JO - Nat Biotechnol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1630 DO - 10.1038/nbt.1630 ID - McLean2010 ER - TY - JOUR AU - Boeva, V. AU - Lermine, A. AU - Barette, C. AU - Guillouf, C. AU - Barillot, E. PY - 2012 DA - 2012// TI - Nebula--a web-server for advanced ChIP-seq data analysis JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts463 DO - 10.1093/bioinformatics/bts463 ID - Boeva2012 ER - TY - JOUR AU - Ma, W. AU - Noble, W. S. AU - Bailey, T. L. PY - 2014 DA - 2014// TI - Motif-based analysis of large nucleotide data sets using MEME-ChIP JO - Nat Protoc VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2014.083 DO - 10.1038/nprot.2014.083 ID - Ma2014 ER - TY - JOUR AU - Robertson, G. AU - Hirst, M. AU - Bainbridge, M. AU - Bilenky, M. AU - Zhao, Y. J. AU - Zeng, T. AU - Euskirchen, G. AU - Bernier, B. AU - Varhol, R. AU - Delaney, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide profiles of STAT1 DNA association using chromatin immunoprecipitation and massively parallel sequencing JO - Nat Methods VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth1068 DO - 10.1038/nmeth1068 ID - Robertson2007 ER - TY - JOUR AU - Ambrosini, G. AU - Dreos, R. AU - Bucher, P. PY - 2015 DA - 2015// TI - Principles of ChIP-seq Data Analysis Illustrated with Examples JO - Genomics Comput Biol VL - 1 UR - https://doi.org/10.18547/gcb.2015.vol1.iss1.e22 DO - 10.18547/gcb.2015.vol1.iss1.e22 ID - Ambrosini2015 ER - TY - JOUR AU - Wilbanks, E. G. AU - Facciotti, M. T. PY - 2010 DA - 2010// TI - Evaluation of algorithm performance in ChIP-seq peak detection JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011471 DO - 10.1371/journal.pone.0011471 ID - Wilbanks2010 ER - TY - STD TI - Mathelier A, Fornes O, Arenillas DJ, Chen CY, Denay G, Lee J, Shi W, Shyr C, Tan G, Worsley-Hunt R, et al. JASPAR 2016: a major expansion and update of the open-access database of transcription factor binding profiles. Nucleic Acids Res 2016;44(Database issue):D110-5. ID - ref48 ER - TY - JOUR AU - Halachev, K. AU - Bast, H. AU - Albrecht, F. AU - Lengauer, T. AU - Bock, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - EpiExplorer: live exploration and global analysis of large epigenomic datasets JO - Genome Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2012-13-10-r96 DO - 10.1186/gb-2012-13-10-r96 ID - Halachev2012 ER - TY - JOUR AU - Chen, T. W. AU - Li, H. P. AU - Lee, C. C. AU - Gan, R. C. AU - Huang, P. J. AU - Wu, T. H. AU - Lee, C. Y. AU - Chang, Y. F. AU - Tang, P. PY - 2014 DA - 2014// TI - ChIPseek, a web-based analysis tool for ChIP data JO - BMC Genomics VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-15-539 DO - 10.1186/1471-2164-15-539 ID - Chen2014 ER - TY - JOUR AU - Goecks, J. AU - Nekrutenko, A. AU - Taylor, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences JO - Genome Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-8-r86 DO - 10.1186/gb-2010-11-8-r86 ID - Goecks2010 ER - TY - JOUR AU - Halbritter, F. AU - Kousa, A. I. AU - Tomlinson, S. R. PY - 2014 DA - 2014// TI - GeneProf data: a resource of curated, integrated and reusable high-throughput genomics experiments JO - Nucleic Acids Res VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt966 DO - 10.1093/nar/gkt966 ID - Halbritter2014 ER - TY - JOUR AU - David, F. P. AU - Delafontaine, J. AU - Carat, S. AU - Ross, F. J. AU - Lefebvre, G. AU - Jarosz, Y. AU - Sinclair, L. AU - Noordermeer, D. AU - Rougemont, J. AU - Leleu, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - HTSstation: a web application and open-access libraries for high-throughput sequencing data analysis JO - PLoS One VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0085879 DO - 10.1371/journal.pone.0085879 ID - David2014 ER - TY - JOUR AU - Kim, R. AU - Smith, O. K. AU - Wong, W. C. AU - Ryan, A. M. AU - Ryan, M. C. AU - Aladjem, M. I. PY - 2015 DA - 2015// TI - ColoWeb: a resource for analysis of colocalization of genomic features JO - BMC Genomics VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s12864-015-1345-3 DO - 10.1186/s12864-015-1345-3 ID - Kim2015 ER - TY - JOUR AU - Lan, X. AU - Bonneville, R. AU - Apostolos, J. AU - Wu, W. AU - Jin, V. X. PY - 2011 DA - 2011// TI - W-ChIPeaks: a comprehensive web application tool for processing ChIP-chip and ChIP-seq data JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq669 DO - 10.1093/bioinformatics/btq669 ID - Lan2011 ER -