TY - JOUR AU - Moscone, E. A. AU - Scaldaferro, M. A. AU - Grabiele, M. AU - Cecchini, N. M. AU - Sanchez Garcıa, Y. AU - Jarret, R. AU - Davina, J. R. AU - Ducasse, D. A. AU - Barboza, G. E. AU - Ehrendorfer, F. PY - 2007 DA - 2007// TI - The evolution of chili peppers (Capsicum-Solanaceae): a cytogenetic perspective JO - Acta Hort VL - 745 UR - https://doi.org/10.17660/ActaHortic.2007.745.5 DO - 10.17660/ActaHortic.2007.745.5 ID - Moscone2007 ER - TY - JOUR AU - Hernández-Verdugo, S. AU - Luna-Reyes, R. AU - Oyama, K. PY - 2001 DA - 2001// TI - Genetic structure and differentiation of wild and domesticated populations of Capsicum annuum (Solanaceae) from Mexico JO - Plant Syst Evol VL - 226 UR - https://doi.org/10.1007/s006060170061 DO - 10.1007/s006060170061 ID - Hernández-Verdugo2001 ER - TY - STD TI - Lefebvre V: Molecular markers for genetic and breeding. Development and use in pepper (Capsicum spp.). In Molecular marker systems in plant breeding and crop improvement. Edited by Springer, Verlag, Berlin. Biotechnology in agriculture and forestry. 2005;55:189–214. ID - ref3 ER - TY - JOUR AU - Pickersgill, B. PY - 1997 DA - 1997// TI - Genetic resources and breeding of Capsicum spp JO - Euphytica VL - 96 UR - https://doi.org/10.1023/A:1002913228101 DO - 10.1023/A:1002913228101 ID - Pickersgill1997 ER - TY - JOUR AU - Lanteri, S. AU - Acquadro, A. AU - Quagliotti, L. AU - Portis, E. PY - 2003 DA - 2003// TI - RAPD and AFLP assessment of variation in a landrace of pepper (Capsicum annuum L.) grown in North-West Italy JO - Genet Resour Crop Evol VL - 50 UR - https://doi.org/10.1023/A:1025075118200 DO - 10.1023/A:1025075118200 ID - Lanteri2003 ER - TY - JOUR AU - Hammer, K. AU - Arrowsmith, N. AU - Gladis, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Agrobiodiversity with emphasis on plant genetic resources JO - Naturwissenschaften VL - 90 UR - https://doi.org/10.1007/s00114-003-0433-4 DO - 10.1007/s00114-003-0433-4 ID - Hammer2003 ER - TY - JOUR AU - Portis, E. AU - Nervo, G. AU - Cavallanti, F. AU - Barchi, L. AU - Lanteri, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Multivariate analysis of genetic relationships between Italian pepper landraces JO - Crop Sci VL - 46 UR - https://doi.org/10.2135/cropsci2006.04.0216 DO - 10.2135/cropsci2006.04.0216 ID - Portis2006 ER - TY - JOUR AU - Corrado, G. AU - Piffanelli, P. AU - Caramante, M. AU - Coppola, M. AU - Rao, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - SNP genotyping reveals genetic diversity between cultivated landraces and contemporary varieties of tomato JO - BMC Genomics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-835 DO - 10.1186/1471-2164-14-835 ID - Corrado2013 ER - TY - JOUR AU - Cericola, F. AU - Portis, E. AU - Toppino, L. AU - Barchi, L. AU - Acciarri, N. AU - Ciriaci, T. AU - Sala, T. AU - Rotino, G. L. AU - Lanteri, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - The population structure and diversity of eggplant from Asia and the Mediterranean basin JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0073702 DO - 10.1371/journal.pone.0073702 ID - Cericola2013 ER - TY - STD TI - Rodriguez M, Rau D, Bitocchi E, Bellucci E, Biagetti E, Carboni A, Gepts P, Nanni L, Papa R, Attene G. Landscape genetics, adaptive diversity and population structure in Phaseolus vulgaris. New Phytol. 2015; doi:10.1111/nph.13713. ID - ref10 ER - TY - JOUR AU - Geleta, L. F. AU - Labuschagn, M. T. AU - Viljoen, C. D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genetic variability in pepper (Capsicum annuum L.) estimated by morphological data and amplified fragment length polymorphism markers JO - Biodivers Conserv VL - 14 UR - https://doi.org/10.1007/s10531-004-1669-9 DO - 10.1007/s10531-004-1669-9 ID - Geleta2005 ER - TY - JOUR AU - Rai, V. P. AU - Kumar, R. AU - Kumar, S. AU - Rai, A. AU - Kumar, S. AU - Singh, M. AU - Singh, S. P. AU - Rai, A. B. AU - Paliwal, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genetic diversity in Capsicum germplasm based on microsatellite and random amplified microsatellite polymorphism marker JO - Physiol Mol Bio Plant VL - 19 UR - https://doi.org/10.1007/s12298-013-0185-3 DO - 10.1007/s12298-013-0185-3 ID - Rai2013 ER - TY - JOUR AU - Lefebvre, V. AU - Goffinet, B. AU - Chauvet, J. C. AU - Caromel, B. AU - Signoret, P. AU - Brand, R. AU - Palloix, A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Evaluation of genetic distances between pepper inbred lines for cultivar protection purposes: Comparison of AFLP, RAPD and phenotypic data JO - Theor Appl Genet VL - 102 UR - https://doi.org/10.1007/s001220051705 DO - 10.1007/s001220051705 ID - Lefebvre2001 ER - TY - JOUR AU - Dato, F. AU - Parisi, M. AU - Cardi, T. AU - Tripodi, P. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genetic diversity and assessment of markers linked to resistance and pungency genes in Capsicum germplasm JO - Euphytica VL - 1 ID - Dato2014 ER - TY - JOUR AU - Gonzalez-Perez, S. AU - Garces-Claver, A. AU - Mallor, C. AU - Saenz de Miera, L. E. AU - Fayos, O. AU - Pomar, F. AU - Merino, F. AU - Silvar, C. PY - 2014 DA - 2014// TI - New insights into capsicum spp relatedness and the diversification process of Capsicum annuum in Spain JO - PLoS One VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0116276 DO - 10.1371/journal.pone.0116276 ID - Gonzalez-Perez2014 ER - TY - JOUR AU - Nimmakayala, P. AU - Levi, A. AU - Abburi, L. AU - Abburi, V. L. AU - Tomason, Y. R. AU - Saminathan, T. AU - Vajja, V. G. AU - Malkaram, G. AU - Reddy, R. AU - Wehner, T. C. AU - Mitchell, S. E. AU - Reddy, U. K. PY - 2014 DA - 2014// TI - Single nucleotide polymorphisms generated by genotyping by sequencing to characterize genome-wide diversity, linkage disequilibrium, and selective sweeps in cultivated watermelon JO - BMC Genomics VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-15-767 DO - 10.1186/1471-2164-15-767 ID - Nimmakayala2014 ER - TY - JOUR AU - Elshire, R. J. AU - Glaubitz, J. C. AU - Sun, Q. AU - Poland, J. A. AU - Kawamoto, K. AU - Buckler, E. S. AU - Mitchell, S. E. PY - 2011 DA - 2011// TI - A robust, simple genotyping-by-sequencing (GBS) approach for high diversity species JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0019379 DO - 10.1371/journal.pone.0019379 ID - Elshire2011 ER - TY - JOUR AU - Kim, C. AU - Guo, H. AU - Kong, W. AU - Chandnani, R. AU - Shuang, L. S. AU - Paterson, A. H. PY - 2015 DA - 2015// TI - Application of genotyping by sequencing technology to a variety of crop breeding programs JO - Plant Sci VL - 242 ID - Kim2015 ER - TY - JOUR AU - Deschamps, S. AU - Llaca, V. AU - May, G. D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genotyping-by-sequencing in plants JO - Biology VL - 1 UR - https://doi.org/10.3390/biology1030460 DO - 10.3390/biology1030460 ID - Deschamps2012 ER - TY - STD TI - Ray S, Satya P. Next generation sequencing technologies for next generation plant breeding. Front Plant Sci. 2014; doi: 10.3389/fpls.2014.00367. ID - ref20 ER - TY - JOUR AU - Huang, X. AU - Feng, Q. AU - Qian, Q. AU - Zhao, Q. AU - Wang, L. AU - Wang, A. AU - Guan, J. AU - Fan, D. AU - Weng, Q. AU - Huang, T. AU - Dong, G. AU - Sang, T. AU - Han, B. PY - 2009 DA - 2009// TI - High throughput genotyping by whole-genome resequencing JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.089516.108 DO - 10.1101/gr.089516.108 ID - Huang2009 ER - TY - JOUR AU - Rabbi, I. Y. AU - Kulakow, P. A. AU - Manu-Aduening, J. A. AU - Dankyi, A. A. AU - Asibuo, J. Y. AU - Parkes, E. Y. AU - Abdoulaye, T. AU - Girma, G. AU - Gedil, M. A. AU - Ramu, P. AU - Reyes, B. AU - Maredia, M. K. PY - 2015 DA - 2015// TI - Tracking crop varieties using genotyping by-sequencing markers: a case study using cassava (Manihot esculenta Crantz) JO - BMC Genet VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s12863-015-0273-1 DO - 10.1186/s12863-015-0273-1 ID - Rabbi2015 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Vikram, P. AU - Singh, R. P. AU - Kilian, A. AU - Carling, J. AU - Song, J. AU - Burgueno-Ferreira, J. A. AU - Bhavani, S. AU - Huerta-Espino, J. AU - Payne, T. AU - Sehgal, D. AU - Wenzl, P. AU - Singh, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - A high density GBS map of bread wheat and its application for dissecting complex disease resistance traits JO - BMC Genomics VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s12864-015-1424-5 DO - 10.1186/s12864-015-1424-5 ID - Li2015 ER - TY - JOUR AU - Fu, Y. B. AU - Cheng, B. AU - Peterson, G. W. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genetic diversity analysis of yellow mustard (Sinapis alba L.) germplasm based on genotyping by sequencing JO - Genet Resour Crop Evol VL - 61 UR - https://doi.org/10.1007/s10722-013-0058-1 DO - 10.1007/s10722-013-0058-1 ID - Fu2014 ER - TY - JOUR AU - Arbelaez, J. D. AU - Moreno, L. T. AU - Singh, N. AU - Tung, C. W. AU - Maron, L. G. AU - Ospina, Y. AU - Martinez, C. P. AU - Grenier, C. AU - Lorieux, M. AU - McCouch, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Development and GBS-genotyping of introgression lines (ILs) using two wild species of rice, O. meridionalis and O. rufipogon, in a common recurrent parent, O. sativa cv. Curinga JO - Mol Breed VL - 35 UR - https://doi.org/10.1007/s11032-015-0276-7 DO - 10.1007/s11032-015-0276-7 ID - Arbelaez2015 ER - TY - JOUR AU - Jeong, H. S. AU - Jang, S. AU - Han, K. AU - Kwon, J. K. AU - Kang, B. C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Marker-assisted backcross breeding for development of pepper varieties (Capsicum annuum) containing capsinoids JO - Mol Breed VL - 35 UR - https://doi.org/10.1007/s11032-015-0417-z DO - 10.1007/s11032-015-0417-z ID - Jeong2015 ER - TY - JOUR AU - Jung, Y. G. AU - Nou, I. S. AU - Cho, Y. G. AU - Kim, M. K. AU - Kim, H. T. AU - Kang, K. K. PY - 2016 DA - 2016// TI - Identification of an SNP variation of elite tomato (Solanum lycopersicum L.) lines using genome resequencing analysis JO - Hortic Environ Biote VL - 57 UR - https://doi.org/10.1007/s13580-016-0132-7 DO - 10.1007/s13580-016-0132-7 ID - Jung2016 ER - TY - JOUR AU - Cortes-Olmos, C. AU - Vilanova, S. AU - Pascual, L. AU - Roselló, J. AU - Cebolla-Cornejo, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - SNP markers applied to the characterization of Spanish tomato (Solanum lycopersicum L.) landraces JO - Sci Hort VL - 194 UR - https://doi.org/10.1016/j.scienta.2015.07.036 DO - 10.1016/j.scienta.2015.07.036 ID - Cortes-Olmos2015 ER - TY - JOUR AU - Ashrafi, H. AU - Hill, T. AU - Stoffel, K. AU - Kozik, A. AU - Yao, J. AU - Chin-Wo, S. R. AU - Deynze, A. PY - 2012 DA - 2012// TI - De novo assembly of the pepper transcriptome (Capsicum annuum): a benchmark for in silico discovery of SNPs, SSRs and candidate genes JO - BMC Genomics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-571 DO - 10.1186/1471-2164-13-571 ID - Ashrafi2012 ER - TY - JOUR AU - Barchi, L. AU - Lanteri, S. AU - Portis, E. AU - Acquadro, A. AU - Valè, G. AU - Toppino, L. AU - Rotino, G. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Identification of SNP and SSR markers in eggplant using RAD tag sequencing JO - BMC Genomics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-12-304 DO - 10.1186/1471-2164-12-304 ID - Barchi2011 ER - TY - JOUR AU - Uitdewilligen, J. G. AU - Wolters, A. A. AU - D’hoop, B. B. AU - Borm, T. J. AU - Visser, R. G. AU - Eck, H. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - A next-generation sequencing method for genotyping-by-sequencing of highly heterozygous autotetraploid potato JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0062355 DO - 10.1371/journal.pone.0062355 ID - Uitdewilligen2013 ER - TY - JOUR AU - Qin, C. AU - Yu, C. AU - Shen, Y. AU - Fang, X. AU - Chen, L. AU - Min, J. AU - Cheng, J. AU - Zhao, S. AU - Xu, M. AU - Luo, Y. AU - Yang, Y. AU - Wu, Z. AU - Mao, L. AU - Wu, H. AU - Ling-Hu, C. AU - Zhou, H. AU - Lin, H. AU - González-Morales, S. AU - Trejo-Saavedra, D. L. AU - Tian, H. AU - Tang, X. AU - Zhao, M. AU - Huang, Z. AU - Zhou, A. AU - Yao, X. AU - Cui, J. AU - Li, W. AU - Chen, Z. AU - Feng, Y. AU - Niu, Y. AU - Bi, S. AU - Yang, X. AU - Li, W. AU - Cai, H. AU - Luo, X. AU - Montes-Hernández, S. AU - Leyva-González, M. A. AU - Xiong, Z. AU - He, X. AU - Bai, L. AU - Tan, S. AU - Tang, X. AU - Liu, D. AU - Liu, J. AU - Zhang, S. AU - Chen, M. AU - Zhang, L. AU - Zhang, L. AU - Zhang, Y. AU - Liao, W. AU - Zhang, Y. AU - Wang, M. AU - Lv, X. AU - Wen, B. AU - Liu, H. AU - Luan, H. AU - Zhang, Y. AU - Yang, S. AU - Wang, X. AU - Xu, J. AU - Li, X. AU - Li, S. AU - Wang, J. AU - Palloix, A. AU - Bosland, P. W. AU - Li, Y. AU - Krogh, A. AU - Rivera-Bustamante, R. F. AU - Herrera-Estrella, L. AU - Yin, Y. AU - Yu, J. AU - Hu, K. AU - Zhang, Z. PY - 2014 DA - 2014// TI - Whole-genome sequencing of cultivated and wild peppers provides insights into Capsicum domestication and specialization JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 111 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1400975111 DO - 10.1073/pnas.1400975111 ID - Qin2014 ER - TY - JOUR AU - Kim, S. AU - Park, M. AU - Yeom, S. I. AU - Kim, Y. M. AU - Lee, J. M. AU - Lee, H. A. AU - Seo, E. AU - Choi, J. AU - Cheong, K. AU - Kim, K. T. AU - Jung, K. AU - Lee, G. W. AU - Oh, S. K. AU - Bae, C. AU - Kim, S. B. AU - Lee, H. Y. AU - Kim, S. Y. AU - Kim, M. S. AU - Kang, B. C. AU - Jo, Y. D. AU - Yang, H. B. AU - Jeong, H. J. AU - Kang, W. H. AU - Kwon, J. K. AU - Shin, C. AU - Lim, J. Y. AU - Park, J. H. AU - Huh, J. H. AU - Kim, J. S. AU - Kim, B. D. AU - Cohen, O. AU - Paran, I. AU - Suh, M. C. AU - Lee, S. B. AU - Kim, Y. K. AU - Shin, Y. AU - Noh, S. J. AU - Park, J. AU - Seo, Y. S. AU - Kwon, S. Y. AU - Kim, H. A. AU - Park, J. M. AU - Kim, H. J. AU - Choi, S. B. AU - Bosland, P. W. AU - Reeves, G. AU - Jo, S. H. AU - Lee, B. W. AU - Cho, H. T. AU - Choi, H. S. AU - Lee, M. S. AU - Yu, Y. AU - Do Choi, Y. AU - Park, B. S. AU - Deynze, A. AU - Ashrafi, H. AU - Hill, T. AU - Kim, W. T. AU - Pai, H. S. AU - Ahn, H. K. AU - Yeam, I. AU - Giovannoni, J. J. AU - Rose, J. K. AU - Sørensen, I. AU - Lee, S. J. AU - Kim, R. W. AU - Choi, I. Y. AU - Choi, B. S. AU - Lim, J. S. AU - Lee, Y. H. AU - Choi, D. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genome sequence of the hot pepper provides insights into the evolution of pungency in Capsicum species JO - Nat Genet VL - 46 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2877 DO - 10.1038/ng.2877 ID - Kim2014 ER - TY - JOUR AU - Glaubitz, J. C. AU - Casstevens, T. M. AU - Lu, F. AU - Harriman, J. AU - Elshire, R. J. AU - Sun, Q. AU - Buckler, E. S. PY - 2014 DA - 2014// TI - TASSEL-GBS: a high capacity genotyping by sequencing analysis pipeline JO - PLoS One VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0090346 DO - 10.1371/journal.pone.0090346 ID - Glaubitz2014 ER - TY - JOUR AU - Quinlan, A. R. AU - Hall, I. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq033 DO - 10.1093/bioinformatics/btq033 ID - Quinlan2010 ER - TY - JOUR AU - Wu, F. AU - Eannetta, N. T. AU - Durrett, Y. X. R. AU - Mazourek, M. AU - Jahn, M. M. AU - Tanksley, S. D. PY - 2009 DA - 2009// TI - A COSII genetic map of the pepper genome provides a detailed picture of synteny with tomato and new insights into recent chromosome evolution in the genus Capsicum JO - Theor Appl Genet VL - 118 UR - https://doi.org/10.1007/s00122-009-0980-y DO - 10.1007/s00122-009-0980-y ID - Wu2009 ER - TY - STD TI - Fernandez-Pozo N, Menda N, Edwards JD, Saha S, Tecle IY, Strickler SR, Bombarely A, Fisher-York T, Pujar A, Foerster H, Yan A, Mueller LA. The Sol Genomics Network (SGN) - from genotype to phenotype to breeding. Nucleic Acids Res. 2015: doi: 10.1093/nar/gku1195. ID - ref37 ER - TY - JOUR AU - Liu, K. AU - Muse, S. V. PY - 2005 DA - 2005// TI - PowerMarker: an integrated analysis environment for genetic marker analysis JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti282 DO - 10.1093/bioinformatics/bti282 ID - Liu2005 ER - TY - JOUR AU - Pritchard, J. K. AU - Stephens, M. AU - Donnelly, P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Inference of population structure using multilocus genotype data JO - Genetics VL - 155 ID - Pritchard2005 ER - TY - STD TI - StrAuto (v0.3.1) program [www.crypticlineage.net/pages/software.html] UR - http://www.crypticlineage.net/pages/software.html ID - ref40 ER - TY - JOUR AU - Evanno, G. AU - Regnaut, S. AU - Goudet, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Detecting the number of clusters of individuals using the software STRUCTURE: A simulation study JO - Mol Ecol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-294X.2005.02553.x DO - 10.1111/j.1365-294X.2005.02553.x ID - Evanno2005 ER - TY - JOUR AU - Earl, D. A. AU - vonHoldt, B. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - STRUCTURE HARVESTER: a website and program for visualizing STRUCTURE output and implementing the Evanno method JO - Conservation Genet Resour VL - 4 UR - https://doi.org/10.1007/s12686-011-9548-7 DO - 10.1007/s12686-011-9548-7 ID - Earl2012 ER - TY - JOUR AU - Jakobsson, M. AU - Rosenberg, N. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - CLUMPP. a cluster matching and permutation program for dealing with label switching and multimodality in analysis of population structure JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm233 DO - 10.1093/bioinformatics/btm233 ID - Jakobsson2007 ER - TY - JOUR AU - Gao, X. AU - Starmer, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - AWclust: point-and-click software for non-parametric population structure analysis JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-77 DO - 10.1186/1471-2105-9-77 ID - Gao2008 ER - TY - STD TI - AWclust software. http://awclust.sourceforge.net/. Accessed 31 Oct 2016. UR - http://awclust.sourceforge.net/ ID - ref45 ER - TY - JOUR AU - Gao, X. AU - Starmer, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Human population structure analysis via multilocus genotype clustering JO - BMC Genet VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2156-8-34 DO - 10.1186/1471-2156-8-34 ID - Gao2007 ER - TY - JOUR AU - Gao, X. AU - Martin, E. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Using allele sharing distance for detecting human population stratification JO - Hum Hered VL - 68 UR - https://doi.org/10.1159/000224638 DO - 10.1159/000224638 ID - Gao2009 ER - TY - STD TI - Bozeman, MT SNP & Variation Suite ™ (Version 8.4.0) Golden Helix, Inc. Available from http://www.goldenhelix.com. Accessed 31 Oct 2016. UR - http://www.goldenhelix.com/ ID - ref48 ER - TY - JOUR AU - Park, M. AU - Park, J. AU - Kim, S. AU - Kwon, J. K. AU - Park, H. M. AU - Bae, I. H. AU - Yang, T. J. AU - Lee, Y. H. AU - Kang, B. C. AU - Choi, D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Evolution of the large genome in Capsicum annuum occurred through accumulation of single-type long terminal repeat retrotransposons and their derivatives JO - Plant J VL - 69 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2011.04851.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2011.04851.x ID - Park2012 ER - TY - JOUR AU - Sonah, H. AU - Bastien, M. AU - Iquira, E. AU - Tardivel, A. AU - Legare, G. AU - Boyle, B. AU - Normandeau, E. AU - Laroche, J. AU - Larose, S. AU - Jean, M. AU - Belzile, F. PY - 2013 DA - 2013// TI - An improved genotyping by sequencing (GBS) approach offering increased versatility and efficiency of SNP discovery and genotyping JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0054603 DO - 10.1371/journal.pone.0054603 ID - Sonah2013 ER - TY - JOUR AU - Pootakham, W. AU - Jomchai, N. AU - Ruang-Areerate, P. AU - Shearman, J. R. AU - Sonthirod, C. AU - Sangsrakru, D. AU - Tragoonrung, S. AU - Tangphatsornruang, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Genome-wide SNP discovery and identification of QTL associated with agronomic traits in oil palm using genotyping-by-sequencing (GBS) JO - Genomics VL - 105 UR - https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2015.02.002 DO - 10.1016/j.ygeno.2015.02.002 ID - Pootakham2015 ER - TY - JOUR AU - Kujur, A. AU - Bajaj, D. AU - Upadhyaya, H. D. AU - Das, S. AU - Ranjan, R. AU - Shree, T. AU - Saxena, M. S. AU - Badoni, S. AU - Kumar, V. AU - Tripathi, S. AU - Gowda, C. L. AU - Sharma, S. AU - Singh, S. AU - Tyagi, A. K. AU - Parida, S. K. PY - 2015 DA - 2015// TI - Employing genome-wide SNP discovery and genotyping strategy to extrapolate the natural allelic diversity and domestication patterns in chickpea JO - Front Plant Sci VL - 6 UR - https://doi.org/10.3389/fpls.2015.00162 DO - 10.3389/fpls.2015.00162 ID - Kujur2015 ER - TY - JOUR AU - Morton, B. R. PY - 1995 DA - 1995// TI - Neighboring base composition and transversion⁄transition bias in a comparison of rice and maize chloroplast noncoding regions JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 92 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.92.21.9717 DO - 10.1073/pnas.92.21.9717 ID - Morton1995 ER - TY - JOUR AU - Batley, J. AU - Barker, G. AU - O’Sullivan, H. AU - Edwards, K. J. AU - Edwards, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Mining for single nucleotide polymorphisms and insertions/deletions in maize expressed sequence tag data JO - Plant Physiol VL - 132 UR - https://doi.org/10.1104/pp.102.019422 DO - 10.1104/pp.102.019422 ID - Batley2003 ER - TY - JOUR AU - Wakeley, J. PY - 1996 DA - 1996// TI - The excess of transitions among nucleotide substitutions:new methods of estimating transition bias underscore it s significance JO - Tree VL - 11 ID - Wakeley1996 ER - TY - JOUR AU - Nicolai, M. AU - Cantet, M. AU - Lefebvre, V. AU - Sage-Palloix, A. M. AU - Palloix, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genotyping a large collection of pepper (Capsicum spp.) with SSR loci brings new evidence for the wild origin of cultivated C. annuum and the structuring of genetic diversity by human selection of cultivar types JO - Genet Resour Crop Evol VL - 60 UR - https://doi.org/10.1007/s10722-013-0006-0 DO - 10.1007/s10722-013-0006-0 ID - Nicolai2013 ER - TY - STD TI - Parisi M, Di Dato F, Ricci S, Mennella G, Cardi T, Tripodi P. A multi-trait characterization of the ‘Friariello’ landrace: a Mediterranean resource for sweet pepper breeding. Plant Genet Resour. 2015; doi: 10.1017/S1479262115000490. ID - ref57 ER - TY - CHAP AU - Bosland, P. W. AU - Votava, E. J. PY - 1999 DA - 1999// TI - Peppers. Vegetable and spice Capsicums BT - Crop production science in horticulture. Volume 12 PB - CABI CY - United Kingdom ID - Bosland1999 ER - TY - JOUR AU - Votava, E. AU - Nahban, G. P. AU - Bosland, P. PY - 2002 DA - 2002// TI - Genetic diversity and similarity revealed via molecular analysis among and within an in situ population and ex situ accessions of chiltepín (Capsicum annuum var. glabriusculum) JO - Conserv Genet VL - 2 UR - https://doi.org/10.1023/A:1015216504565 DO - 10.1023/A:1015216504565 ID - Votava2002 ER - TY - JOUR AU - Rai, V. P. AU - Kumar, R. AU - Kumar, S. AU - Rai, A. AU - Kumar, S. AU - Singh, M. AU - Singh, S. P. AU - Rai, A. B. AU - Paliwal, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genetic diversity in Capsicum germplasm based on microsatellite and random amplified microsatellite polymorphism markers JO - Physiol Mol Biol Plants VL - 19 UR - https://doi.org/10.1007/s12298-013-0185-3 DO - 10.1007/s12298-013-0185-3 ID - Rai2013 ER - TY - JOUR AU - Nimmakayala, P. AU - Abburi, V. L. AU - Abburi, L. AU - Alaparthi, S. B. AU - Cantrell, R. AU - Park, M. AU - Choi, D. AU - Hankins, G. AU - Malkaram, S. AU - Reddy, U. K. PY - 2014 DA - 2014// TI - Linkage disequilibrium and population-structure analysis among Capsicum annuum L. cultivars for use in association mapping JO - Mol Genet Genomics VL - 289 UR - https://doi.org/10.1007/s00438-014-0827-3 DO - 10.1007/s00438-014-0827-3 ID - Nimmakayala2014 ER - TY - JOUR AU - Flint-Garcia, S. A. AU - Thornsberry, J. M. AU - Buckler, E. S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Structure of linkage disequilibrium in plants JO - Annu Rev Plant Biol VL - 54 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.arplant.54.031902.134907 DO - 10.1146/annurev.arplant.54.031902.134907 ID - Flint-Garcia2003 ER - TY - CHAP AU - Ersoz, E. S. AU - Yu, J. AU - Buckler, E. S. ED - Varshney, R. K. ED - Tuberosa, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Applications of linkage disequilibrium and association mapping BT - Genomics-assisted crop improvement, Vol. 1. Genomics approaches and platforms PB - Springer CY - Dordrecht ID - Ersoz2008 ER - TY - JOUR AU - Rafalski, A. AU - Morgante, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Corn and humans: recombination and linkage disequilibrium in two genomes of similar size JO - Trends Genet VL - 20 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2003.12.002 DO - 10.1016/j.tig.2003.12.002 ID - Rafalski2004 ER - TY - JOUR AU - Blackmore, T. AU - Thorogood, D. AU - Skøt, L. AU - McMahon, R. AU - Powell, W. AU - Hegarty, M. PY - 2016 DA - 2016// TI - Germplasm dynamics: the role of ecotypic diversity in shaping the patterns of genetic variation in Lolium perenne JO - Sci Rep VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/srep22603 DO - 10.1038/srep22603 ID - Blackmore2016 ER - TY - JOUR AU - Zwendie, Y. AU - Tong, N. AU - Bosland, P. PY - 2004 DA - 2004// TI - Establishing a core collection of Capsicum using a cluster analysis with enlightened selection of accessions JO - Genet Res Crop Evol VL - 51 UR - https://doi.org/10.1023/B:GRES.0000020858.96226.38 DO - 10.1023/B:GRES.0000020858.96226.38 ID - Zwendie2004 ER - TY - JOUR AU - Munoz-Amatriain, M. AU - Cuesta-Marcos, A. AU - Endelman, J. B. AU - Comadran, J. AU - Bonman, J. M. AU - Bockelman, H. E. AU - Chao, S. M. AU - Russell, J. AU - Waugh, R. AU - Hayes, P. M. AU - Muehlbauer, G. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - The USDA Barley Core Collection: Genetic diversity, population structure, and potential for genome-wide association studies JO - PLoS One VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0094688 DO - 10.1371/journal.pone.0094688 ID - Munoz-Amatriain2014 ER -