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Table 3 Comparison of ZifNN predictions with other tools reported in literature. ZiFNN, ZiFiT [6] and Zinc Finger Tools [4] were compared with experimental data mined from literature (KD and helix prediction)* using Hamming distance as the metric

From: An ensemble micro neural network approach for elucidating interactions between zinc finger proteins and their target DNA

DNA Target 5′ → 3′ References from Literature Experimentally Found ZFP Best prediction made by ZiFNN Identity for ZiFNN ZiFit Prediction Identity for ZiFiT Zinc Finger Tools Identity for Zinc Finger Tools
F1 F2 F3 F1 F2 F3 F1 F2 F3
GTGGAGGAA [57] QSGNLTRRSGHLTRRSGELTR DSGHLTRDSGHLTRDSGHLTR 0.76 RNVNLVTRQDNLGRQASNLLR 0.33 RSDELVRRSDNLVRQSSNLVR 0.47
GCTGCTGCT [58] RSGELTRTSGELTRRSGELTR TSGELTETSGELTETSGELTE 0.76 LRASLRRQRSDLTRMKNTLTR 0.38 TSGELVRTSGELVRTSGELVR 0.76
GAGGAGGAT [59] QSGNLTRRSGNLTRRSGNLTR QSGHLTRQSGHLTRQSGHLTR 0.76 - - RSDNLVRRSDNLVRTSGNLVR 0.66
CTGGCGGCA [60] RSGALTERSGDLTRQSGDLTR RSGDLTTRSGDLTTRSGDLTT 0.76 - - RNDALTERSDDLVRQSGDLRR 0.76
GGGGCGGGG [61] KSGHLTARSGELTRRSGHLTK RSGHLTRRSGHLTRRSGHLTR 0.80 RKHRLDGRTDTLARRGNHLRR 0.33 RSDKLVRRSDDLVRRSDKLVR 0.42
GCTGGGGGC [62] RSGELTRTSGHLTRDSGHLTR QSGHLTRQSGHLTRQSGHLTR 0.80 VSNSLARRREHLVRTNSKLTR 0.42 TSGELVRRSDKLVRDPGHLVR 0.61
GCGTGGGGA [63] RSGELTRRSGHLTRQSGHLTR QSGTLTRRSGTLTRQSGTLTR 0.80 - - RSDDLVRRSDHLTTQRAHLER 0.61
GCGTGGGCA [64] RSGELTRRSGHLTRRSGELTR RSGTLTRRSGTLTRRSGTLTT 0.80 - - RSDDLVRRSDDLVRQSGDLRR 0.57
GCGTGGGAA [63] RSGELTRRSGHLTRQSGNLTR RSGTLTRRSGTLTRRSGTLTR 0.80 - - RSDDLVRRSDHLTTQSSNLVR 0.66
GCGGGCCGC [65] RSGELTRDSGALTRRSGELTR RSGHLTRRSGHLTRRSGHLTR 0.80 - - RSDDLVRDPGHLVRHTGHLLE 0.47
GCAGCGGAC [62] RSGELTRRSGHLTRQSGSLTR QSGHLTRQSGHLTRQSGHLTR 0.80 QKGTLGRRTDTLARDPSNLIR 0.38 QSGDLRRRSDDLVRDPGNLVR 0.52
GAGGAAGGG [59] RSGHLTRQSGNLTRRSGNLTR QSGHLTRQSGHLTRQSGHLTR 0.80 RRDNLNRQQTNLTRKRERLDR 0.48 RSDNLVRQSSNLVRRSDKLVR 0.61
ACTACTGGA [60] TSGDLTRTSGDLTRQSGHLTR TSGELTRTSGELTRTSGELTR 0.80 - - THLDLIRTHLDLIRQRAHLER 0.57
GCTGGGGGC [62] QSGDLTRRSGHLTRDSGHLTR QSGHLTRQSGHLTRQSGHLTR 0.85 VSNSLARRREHLVRTNSKLTR 0.48 TSGELVRRSDKLVRDPGHLVR 0.61
GAAGAGGGT [59] QSGHLTRRSGNLTRQSGNLTR QSGHLTRQSGHLTRQSGHLTR 0.85 QRNNLGRRQDNLGRTRQKLET 0.38 QSSNLVRRSDNLVRTSGHLVR 0.61
GAGGAAGGT [66] TSGHLTRTSGHLTRRSGELTR TSGHLTRTSGHLTRTSGHLTR 0.90 RRDNLNRQQTNLTRTKQRLEV 0.28 RSDNLVRQSSNLVRTSGHLVR 0.47
    Average for ZifNN 0.81 Average For ZiFit 0.38 Average for Zinc Finger Tool 0.58