Skip to main content

Table 2 Novel SSR loci with genetic diversity measures in 44 Pistacia genotypes: allele ranges, number of alleles (Na), number of effective alleles (Ne), observed heterozygosity (Ho), expected heterozygosity (He), and PIC values of 206 loci

From: Genome survey of pistachio (Pistacia vera L.) by next generation sequencing: Development of novel SSR markers and genetic diversity in Pistacia species

No Loci Allele ranges (bp) Na Ne Ho He PIC
1 CUPVSiirt15a 96–123 10 5.12 0.45 0.80 0.79
2 CUPVSiirt17 103–109 2 1.26 0.00 0.20 0.18
3 CUPVSiirt18 181–185 2 1.09 0.09 0.08 0.08
4 CUPVSiirt22a 134–182 13 8.64 0.46 0.88 0.87
5 CUPVSiirt26ab 164–190 9 4.39 0.39 0.77 0.74
6 CUPVSiirt37ab 140–167 14 7.43 0.60 0.87 0.85
7 CUPVSiirt45a 123–133 2 1.89 0.12 0.47 0.36
8 CUPVSiirt50 155–190 10 4.94 0.33 0.80 0.77
9 CUPVSiirt71a 128–168 11 5.75 0.37 0.83 0.81
10 CUPVSiirt76a 153–188 8 5.72 0.29 0.83 0.80
11 CUPVSiirt86a 111–159 19 8.96 0.82 0.89 0.88
12 CUPVSiirt95a 191–235 13 5.74 0.40 0.83 0.81
13 CUPVSiirt115 166–173 6 5.94 0.28 0.83 0.81
14 CUPVSiirt121 106–143 6 2.45 0.10 0.59 0.55
15 CUPVSiirt125a 167–224 12 6.73 0.57 0.85 0.83
16 CUPVSiirt129ab 127–172 16 6.76 0.59 0.85 0.84
17 CUPVSiirt131a 156–175 8 2.96 0.38 0.66 0.62
18 CUPVSiirt140a 213–235 7 5.10 0.33 0.80 0.78
19 CUPVSiirt149a 98–136 15 5.25 0.43 0.81 0.79
20 CUPVSiirt151 150–172 9 4.17 0.40 0.76 0.73
21 CUPVSiirt158a 121–243 9 6.27 0.47 0.84 0.82
22 CUPVSiirt171a 138–161 4 2.74 0.25 0.64 0.59
23 CUPVSiirt186a 140–182 15 4.42 0.56 0.77 0.76
24 CUPVSiirt213a 205–223 7 2.57 0.34 0.61 0.58
25 CUPVSiirt230a 177–216 12 4.77 0.30 0.79 0.77
26 CUPVSiirt238 171–195 8 3.80 0.37 0.74 0.70
27 CUPVSiirt242a 129–167 13 6.13 0.49 0.84 0.82
28 CUPVSiirt243a 137–166 13 4.80 0.41 0.79 0.77
29 CUPVSiirt256ab 171–199 7 3.20 0.36 0.69 0.63
30 CUPVSiirt259a 186–218 10 5.33 0.58 0.81 0.79
31 CUPVSiirt265a 111–200 5 2.97 0.17 0.66 0.62
32 CUPVSiirt271 96–118 10 5.24 0.67 0.81 0.78
33 CUPVSiirt284ab 220–256 12 6.08 0.39 0.84 0.82
34 CUPVSiirt294a 114–138 10 6.24 0.34 0.84 0.82
35 CUPVSiirt297a 136–146 8 5.51 0.30 0.82 0.79
36 CUPVSiirt298 106–198 18 6.86 0.67 0.85 0.84
37 CUPVSiirt308a 166–175 8 4.62 0.33 0.78 0.76
38 CUPVSiirt312a 154–172 8 2.27 0.29 0.56 0.54
39 CUPVSiirt316 254–280 7 2.87 0.31 0.65 0.62
40 CUPVSiirt320a 173–179 2 1.83 0.50 0.45 0.35
41 CUPVSiirt328 181–204 6 2.52 0.40 0.60 0.58
42 CUPVSiirt333a 127–159 11 5.92 0.51 0.83 0.81
43 CUPVSiirt340a 125–171 12 6.45 0.48 0.85 0.83
44 CUPVSiirt343 121–127 4 1.96 0.33 0.49 0.43
45 CUPVSiirt349ab 164–199 13 5.69 0.63 0.82 0.8
46 CUPVSiirt357a 181–231 14 9.24 0.60 0.89 0.88
47 CUPVSiirt358 215–269 9 5.80 0.27 0.83 0.81
48 CUPVSiirt368 152–188 7 2.49 0.03 0.60 0.57
49 CUPVSiirt415 140–170 6 3.59 0.28 0.72 0.68
50 CUPVSiirt436ab 91–118 13 6.01 0.68 0.83 0.82
51 CUPVSiirt446a 221–242 4 1.96 0.36 0.49 0.42
52 CUPVSiirt465a 112–178 16 9.93 0.45 0.90 0.89
53 CUPVSiirt472a 172–325 16 4.67 0.44 0.79 0.77
54 CUPVSiirt476ab 145–171 9 6.01 0.43 0.83 0.82
55 CUPVSiirt479 165–192 5 2.01 0.48 0.50 0.46
56 CUPVSiirt496 158–239 14 3.94 0.26 0.75 0.73
57 CUPVSiirt501 146–171 6 2.26 0.34 0.56 0.52
58 CUPVSiirt505ab 146–186 13 4.20 0.43 0.76 0.74
59 CUPVSiirt509ab 162–188 12 3.28 0.36 0.69 0.67
60 CUPVSiirt543a 111–149 11 6.76 0.63 0.85 0.84
61 CUPVSiirt565ab 134–174 16 7.49 0.43 0.87 0.85
62 CUPVSiirt568x 100–117 5 2.46 0.21 0.59 0.52
63 CUPVSiirt568y 117–145 15 8.50 0.48 0.88 0.87
64 CUPVSiirt569a 95–109 5 3.99 0.62 0.75 0.71
65 CUPVSiirt598 163–204 14 7.38 0.60 0.86 0.85
66 CUPVSiirt600 225–241 8 5.17 0.54 0.81 0.78
67 CUPVSiirt616 98–204 13 9.88 0.51 0.90 0.89
68 CUPVSiirt617 277–290 4 3.12 0.39 0.68 0.62
69 CUPVSiirt621a 93–129 9 3.98 0.33 0.75 0.72
70 CUPVSiirt625a 152–191 15 9.05 0.36 0.89 0.88
71 CUPVSiirt649a 158–177 4 2.68 0.47 0.63 0.56
72 CUPVSiirt660ab 129–146 10 3.89 0.62 0.74 0.71
73 CUPVSiirt661 209–288 7 3.28 0.44 0.70 0.67
74 CUPVSiirt674 235–249 6 2.60 0.32 0.61 0.57
75 CUPVSiirt689x 200–210 5 2.10 0.38 0.52 0.50
76 CUPVSiirt689y 306–314 4 2.18 0.49 0.54 0.45
77 CUPVSiirt690 215–221 2 1.40 0.16 0.28 0.24
78 CUPVSiirt712 180–210 9 3.07 0.46 0.67 0.64
79 CUPVSiirt715 139–176 9 2.64 0.25 0.62 0.59
80 CUPVSiirt719ab 190–234 13 6.99 0.71 0.86 0.84
81 CUPVSiirt724 132–138 3 2.88 0.38 0.65 0.58
82 CUPVSiirt742a 196–232 14 3.19 0.30 0.69 0.67
83 CUPVSiirt743 159–205 12 6.70 0.39 0.85 0.83
84 CUPVSiirt764a 161–206 9 6.14 0.56 0.84 0.82
85 CUPVSiirt768ab 206–220 6 3.43 0.60 0.71 0.67
86 CUPVSiirt782ab 172–202 10 4.41 0.5 0.77 0.75
87 CUPVSiirt788 205–262 16 6.48 0.43 0.85 0.83
88 CUPVSiirt794 206–244 14 5.90 0.65 0.83 0.81
89 CUPVSiirt796ab 92–130 17 8.32 0.66 0.88 0.87
90 CUPVSiirt803 202–266 8 3.49 0.36 0.71 0.68
91 CUPVSiirt818a 165–187 10 5.65 0.48 0.82 0.80
92 CUPVSiirt836a 144–174 13 2.69 0.23 0.63 0.61
93 CUPVSiirt838ab 139–181 14 6.21 0.76 0.84 0.82
94 CUPVSiirt841 146–186 14 5.81 0.59 0.83 0.81
95 CUPVSiirt847 226–256 9 6.13 0.50 0.84 0.82
96 CUPVSiirt855a 237–278 9 4.17 0.43 0.76 0.74
97 CUPVSiirt858a 167–198 11 4.62 0.63 0.78 0.76
98 CUPVSiirt875 157–190 13 4.23 0.28 0.76 0.74
99 CUPVSiirt876ab 180–221 16 8.05 0.77 0.88 0.86
100 CUPVSiirt883 172–219 12 3.69 0.28 0.73 0.71
101 CUPVSiirt889a 168–188 8 4.57 0.40 0.78 0.75
102 CUPVSiirt891a 130–168 6 3.82 0.28 0.74 0.70
103 CUPVSiirt907 92–98 3 2.86 0.45 0.65 0.58
104 CUPVSiirt924a 81–89 4 1.49 0.00 0.33 0.31
105 CUPVSiirt929a 81–105 13 5.66 0.40 0.82 0.81
106 CUPVSiirt931a 146–340 7 4.59 0.12 0.78 0.75
107 CUPVSiirt932 123–132 7 3.48 0.43 0.71 0.67
108 CUPVSiirt949a 160–197 9 4.31 0.34 0.77 0.74
109 CUPVSiirt951 154–184 6 1.78 0.08 0.44 0.42
110 CUPVSiirt956a 105–200 18 6.31 0.42 0.84 0.83
111 CUPVSiirt961a 177–210 10 5.85 0.33 0.83 0.81
112 CUPVSiirt975a 139–154 6 3.44 0.30 0.71 0.66
113 CUPVSiirt986a 146–169 10 3.09 0.41 0.68 0.65
114 CUPVSiirt989a 140–176 13 4.10 0.32 0.76 0.74
115 CUPVSiirt1003ab 71–112 12 7.87 0.49 0.87 0.86
116 CUPVSiirt1008a 163–174 6 2.93 0.20 0.66 0.60
117 CUPVSiirt1017a 203–245 16 6.14 0.50 0.84 0.82
118 CUPVSiirt1021a 123–143 6 3.03 0.57 0.67 0.63
119 CUPVSiirt1041a 100–114 7 4.62 0.40 0.78 0.75
120 CUPVSiirt1043a 89–157 13 3.43 0.30 0.71 0.69
121 CUPVSiirt1047ab 125–157 11 3.74 0.34 0.73 0.72
122 CUPVSiirt1053a 145–189 9 4.05 0.40 0.75 0.72
123 CUPVSiirt1055a 151–180 7 2.83 0.24 0.65 0.62
124 CUPVSiirt1057a 226–258 12 5.05 0.42 0.8 0.78
125 CUPVSiirt1062a 138–172 12 3.84 0.56 0.74 0.71
126 CUPVSiirt1071ab 123–169 16 7.69 0.63 0.87 0.86
127 CUPVSiirt1092a 136–165 11 6.15 0.56 0.84 0.82
128 CUPVSiirt1095 126–290 11 7.78 0.58 0.87 0.86
129 CUPVSiirt1116a 151–191 15 5.37 0.57 0.81 0.80
130 CUPVSiirt1117a 143–172 12 7.74 0.56 0.87 0.86
131 CUPVSiirt1120ab 193–218 11 4.50 0.39 0.78 0.75
132 CUPVSiirt1122 121–215 7 5.54 0.45 0.82 0.80
133 CUPVSiirt1127 118–142 9 4.74 0.50 0.79 0.77
134 CUPVSiirt1140a 156–176 8 5.94 0.40 0.83 0.81
135 CUPVSiirt1145ab 150–174 12 5.98 0.58 0.83 0.81
136 CUPVSiirt1153a 172–201 8 3.96 0.26 0.75 0.72
137 CUPVSiirt1163 140–166 7 3.80 0.43 0.74 0.70
138 CUPVSiirt1171 229–270 14 3.07 0.38 0.67 0.66
139 CUPVSiirt1182ab 155–179 8 4.46 0.43 0.78 0.75
140 CUPVSiirt1183 235–250 7 4.48 0.33 0.78 0.75
141 CUPVSiirt1188 116–168 3 2.56 0.31 0.61 0.54
142 CUPVSiirt1189 247–267 5 2.56 0.36 0.61 0.56
143 CUPVSiirt1191 154–190 5 3.19 0.46 0.69 0.65
144 CUPVSiirt1202ab 174–212 16 4.18 0.50 0.76 0.74
145 CUPVSiirt1214a 157–182 10 4.56 0.15 0.78 0.76
146 CUPVSiirt1224ab 257–292 9 6.37 0.53 0.84 0.82
147 CUPVSiirt1238ab 229–258 11 3.88 0.45 0.74 0.72
148 CUPVSiirt1243ab 134–164 14 6.64 0.20 0.85 0.84
149 CUPVSiirt1250a 175–192 10 4.77 0.40 0.79 0.76
150 CUPVSiirt1260a 151–184 10 3.21 0.36 0.69 0.66
151 CUPVSiirt1267 124–155 9 4.78 0.49 0.79 0.77
152 CUPVSiirt1271a 203–234 10 3.76 0.23 0.73 0.72
153 CUPVSiirt1273a 135–160 6 2.53 0.75 0.61 0.55
154 CUPVSiirt1278a 176–220 11 2.90 0.21 0.66 0.63
155 CUPVSiirt1322a 218–237 9 3.83 0.40 0.74 0.71
156 CUPVSiirt1326ab 186–212 17 7.26 0.55 0.86 0.85
157 CUPVSiirt1330 154–201 18 10.58 0.71 0.91 0.90
158 CUPVSiirt1331 97–119 11 4.23 0.34 0.76 0.74
159 CUPVSiirt1345 156–191 7 2.46 0.38 0.59 0.55
160 CUPVSiirt1353 169–197 10 4.70 0.53 0.79 0.76
161 CUPVSiirt1360 127–135 5 3.59 0.34 0.72 0.67
162 CUPVSiirt1372ab 112–194 11 4.53 0.20 0.78 0.76
163 CUPVSiirt1378 83–119 11 4.06 0.30 0.75 0.72
164 CUPVSiirt1388a 177–201 6 4.67 0.43 0.79 0.75
165 CUPVSiirt1394a 228–270 9 5.17 0.28 0.81 0.78
166 CUPVSiirt1399 183–216 6 1.95 0.18 0.49 0.46
167 CUPVSiirt1400ab 155–197 17 5.34 0.77 0.81 0.8
168 CUPVSiirt1402ab 172–213 9 4.36 0.45 0.77 0.74
169 CUPVSiirt1405ab 176–223 18 8.85 0.56 0.89 0.88
170 CUPVSiirt1406 172–208 13 3.81 0.23 0.74 0.72
171 CUPVSiirt1413a 166–202 10 3.74 0.46 0.73 0.70
172 CUPVSiirt1417 134–374 12 4.84 0.31 0.79 0.78
173 CUPVSiirt1418a 114–159 16 8.24 0.37 0.88 0.87
174 CUPVSiirt1431a 198–215 8 3.65 0.29 0.73 0.70
175 CUPVSiirt1438a 265–290 9 4.06 0.14 0.75 0.72
176 CUPVSiirt1442a 110–138 12 4.12 0.27 0.76 0.74
177 CUPVSiirt1457a 149–199 12 7.84 0.32 0.87 0.86
178 CUPVSiirt1477ab 109–126 12 6.27 0.57 0.84 0.83
179 CUPVSiirt1478 84–119 11 4.77 0.46 0.79 0.76
180 CUPVSiirt1517a 213–225 10 5.13 0.21 0.8 0.79
181 CUPVSiirt1547a 120–126 2 1.38 0.18 0.28 0.24
182 CUPVSiirt1564 188–222 12 5.94 0.34 0.83 0.81
183 CUPVSiirt1567ab 181–215 15 5.69 0.52 0.82 0.81
184 CUPVSiirt1599 292–345 11 6.53 0.39 0.85 0.83
185 CUPVSiirt1611ab 193–215 8 2.68 0.16 0.63 0.6
186 CUPVSiirt1626a 114–153 12 7.14 0.27 0.86 0.85
187 CUPVSiirt1628 125–155 7 2.98 0.40 0.66 0.61
188 CUPVSiirt1639a 167–194 7 4.60 0.39 0.78 0.75
189 CUPVSiirt1640a 134–180 10 3.45 0.17 0.71 0.67
190 CUPVSiirt1652ab 159–193 13 5.30 0.61 0.81 0.79
191 CUPVSiirt1655ab 150–213 14 5.77 0.53 0.83 0.81
192 CUPVSiirt1658a 130–209 13 3.89 0.44 0.74 0.72
193 CUPVSiirt1667ab 149–186 12 4.58 0.42 0.78 0.76
194 CUPVSiirt1688 160–184 11 5.74 0.63 0.83 0.80
195 CUPVSiirt1705 231–251 3 1.35 0.06 0.26 0.24
196 CUPVSiirt1714 196–208 5 2.13 0.08 0.53 0.50
197 CUPVSiirt1734 168–185 5 3.24 0.50 0.69 0.65
198 CUPVSiirt1740a 157–192 7 2.88 0.41 0.65 0.61
199 CUPVSiirt1742a 149–213 15 7.32 0.25 0.86 0.85
200 CUPVSiirt1749ab 133–164 9 4.44 0.52 0.77 0.74
201 CUPVSiirt1759ab 137–159 11 5.79 0.62 0.83 0.81
202 CUPVSiirt1764a 154–178 13 3.59 0.43 0.72 0.71
203 CUPVSiirt1768a 108–128 8 3.63 0.45 0.72 0.69
204 CUPVSiirt1784a 177–211 9 5.46 0.43 0.82 0.79
205 CUPVSiirt1788a 172–189 4 2.44 0.14 0.59 0.51
206 CUPVSiirt1797a 143–177 13 4.98 0.45 0.8 0.78
  Total   2036 - - - -
  Mean   9.88 4.67 0.41 0.74 0.71
  1. ahad amplifications in six Pistacia species
  2. bwere polymorphic in six Pistacia species