TY - JOUR AU - Schubeler, D. PY - 2015 DA - 2015// TI - Function and information content of DNA methylation JO - Nature VL - 517 UR - https://doi.org/10.1038/nature14192 DO - 10.1038/nature14192 ID - Schubeler2015 ER - TY - JOUR AU - Jones, P. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Functions of DNA methylation: islands, start sites, gene bodies and beyond JO - Nat Rev Genet VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3230 DO - 10.1038/nrg3230 ID - Jones2012 ER - TY - JOUR AU - Chen, G. G. AU - Diallo, A. B. AU - Poujol, R. AU - Nagy, C. AU - Staffa, A. AU - Vaillancourt, K. AU - Lutz, P. E. AU - Ota, V. AU - Mash, D. C. AU - Turecki, G. PY - 2014 DA - 2014// TI - BisQC: an operational pipeline for multiplexed bisulfite sequencing JO - BMC Genomics VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-15-290 DO - 10.1186/1471-2164-15-290 ID - Chen2014 ER - TY - JOUR AU - Meissner, A. AU - Gnirke, A. AU - Bell, G. W. AU - Ramsahoye, B. AU - Lander, E. S. AU - Jaenisch, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Reduced representation bisulfite sequencing for comparative high-resolution DNA methylation analysis JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki901 DO - 10.1093/nar/gki901 ID - Meissner2005 ER - TY - JOUR AU - Gu, H. AU - Smith, Z. D. AU - Bock, C. AU - Boyle, P. AU - Gnirke, A. AU - Meissner, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Preparation of reduced representation bisulfite sequencing libraries for genome-scale DNA methylation profiling JO - Nat Protoc VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2010.190 DO - 10.1038/nprot.2010.190 ID - Gu2011 ER - TY - JOUR AU - Lee, Y. K. AU - Jin, S. AU - Duan, S. AU - Lim, Y. C. AU - Ng, D. P. AU - Lin, X. M. AU - Yeo, G. AU - Ding, C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Improved reduced representation bisulfite sequencing for epigenomic profiling of clinical samples JO - Biol Proced Online VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/1480-9222-16-1 DO - 10.1186/1480-9222-16-1 ID - Lee2014 ER - TY - JOUR AU - Masser, D. R. AU - Berg, A. S. AU - Freeman, W. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Focused, high accuracy 5-methylcytosine quantitation with base resolution by benchtop next-generation sequencing JO - Epigenetics Chromatin VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1756-8935-6-33 DO - 10.1186/1756-8935-6-33 ID - Masser2013 ER - TY - JOUR AU - Chen, E. S. AU - Gigek, C. O. AU - Rosenfeld, J. A. AU - Diallo, A. B. AU - Maussion, G. AU - Chen, G. G. AU - Vaillancourt, K. AU - Lopez, J. P. AU - Crapper, L. AU - Poujol, R. PY - 2014 DA - 2014// TI - Molecular convergence of neurodevelopmental disorders JO - Am J Hum Genet VL - 95 UR - https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2014.09.013 DO - 10.1016/j.ajhg.2014.09.013 ID - Chen2014 ER - TY - JOUR AU - Chen, G. G. AU - Diallo, A. B. AU - Poujol, R. AU - Nagy, C. AU - Staffa, A. AU - Vaillancourt, K. AU - Lutz, P. E. AU - Ota, V. K. AU - Mash, D. C. AU - Turecki, G. PY - 2014 DA - 2014// TI - BisQC: an operational pipeline for multiplexed bisulfite sequencing JO - BMC Genomics VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-15-290 DO - 10.1186/1471-2164-15-290 ID - Chen2014 ER - TY - JOUR AU - Adey, A. AU - Morrison, H. G. AU - Asan AU - Xun, X. AU - Kitzman, J. O. AU - Turner, E. H. AU - Stackhouse, B. AU - MacKenzie, A. P. AU - Caruccio, N. C. AU - Zhang, X. PY - 2010 DA - 2010// TI - Rapid, low-input, low-bias construction of shotgun fragment libraries by high-density in vitro transposition JO - Genome Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-12-r119 DO - 10.1186/gb-2010-11-12-r119 ID - Adey2010 ER - TY - STD TI - Picelli S, Bjorklund AK, Reinius B, Sagasser S, Winberg G, Sandberg R. Tn5 transposase and tagmentation procedures for massively scaled sequencing projects. Genome Res. 2014;24:2033-40. ID - ref11 ER - TY - JOUR AU - Kriaucionis, S. AU - Heintz, N. PY - 2009 DA - 2009// TI - The nuclear DNA base 5-hydroxymethylcytosine is present in Purkinje neurons and the brain JO - Science VL - 324 UR - https://doi.org/10.1126/science.1169786 DO - 10.1126/science.1169786 ID - Kriaucionis2009 ER - TY - JOUR AU - Tahiliani, M. AU - Koh, K. P. AU - Shen, Y. AU - Pastor, W. A. AU - Bandukwala, H. AU - Brudno, Y. AU - Agarwal, S. AU - Iyer, L. M. AU - Liu, D. R. AU - Aravind, L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Conversion of 5-methylcytosine to 5-hydroxymethylcytosine in mammalian DNA by MLL partner TET1 JO - Science VL - 324 UR - https://doi.org/10.1126/science.1170116 DO - 10.1126/science.1170116 ID - Tahiliani2009 ER - TY - JOUR AU - Bachman, M. AU - Uribe-Lewis, S. AU - Yang, X. AU - Williams, M. AU - Murrell, A. AU - Balasubramanian, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - 5-Hydroxymethylcytosine is a predominantly stable DNA modification JO - Nat Chem VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nchem.2064 DO - 10.1038/nchem.2064 ID - Bachman2014 ER - TY - JOUR AU - Mellen, M. AU - Ayata, P. AU - Dewell, S. AU - Kriaucionis, S. AU - Heintz, N. PY - 2012 DA - 2012// TI - MeCP2 binds to 5hmC enriched within active genes and accessible chromatin in the nervous system JO - Cell VL - 151 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.11.022 DO - 10.1016/j.cell.2012.11.022 ID - Mellen2012 ER - TY - JOUR AU - Guo, J. U. AU - Su, Y. AU - Zhong, C. AU - Ming, G. L. AU - Song, H. PY - 2011 DA - 2011// TI - Hydroxylation of 5-methylcytosine by TET1 promotes active DNA demethylation in the adult brain JO - Cell VL - 145 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2011.03.022 DO - 10.1016/j.cell.2011.03.022 ID - Guo2011 ER - TY - JOUR AU - Gross, J. A. AU - Pacis, A. AU - Chen, G. G. AU - Barreiro, L. B. AU - Ernst, C. AU - Turecki, G. PY - 2015 DA - 2015// TI - Characterizing 5-hydroxymethylcytosine in human prefrontal cortex at single base resolution JO - BMC Genomics VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s12864-015-1875-8 DO - 10.1186/s12864-015-1875-8 ID - Gross2015 ER - TY - JOUR AU - Pacis, A. AU - Tailleux, L. AU - Morin, A. M. AU - Lambourne, J. AU - MacIsaac, J. L. AU - Yotova, V. AU - Dumaine, A. AU - Danckaert, A. AU - Luca, F. AU - Grenier, J. C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Bacterial infection remodels the DNA methylation landscape of human dendritic cells JO - Genome Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1101/gr.192005.115 DO - 10.1101/gr.192005.115 ID - Pacis2015 ER - TY - JOUR AU - Huang, Y. AU - Pastor, W. A. AU - Shen, Y. AU - Tahiliani, M. AU - Liu, D. R. AU - Rao, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - The behaviour of 5-hydroxymethylcytosine in bisulfite sequencing JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0008888 DO - 10.1371/journal.pone.0008888 ID - Huang2010 ER - TY - JOUR AU - Booth, M. J. AU - Branco, M. R. AU - Ficz, G. AU - Oxley, D. AU - Krueger, F. AU - Reik, W. AU - Balasubramanian, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Quantitative sequencing of 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine at single-base resolution JO - Science VL - 336 UR - https://doi.org/10.1126/science.1220671 DO - 10.1126/science.1220671 ID - Booth2012 ER - TY - JOUR AU - Yu, M. AU - Hon, G. C. AU - Szulwach, K. E. AU - Song, C. X. AU - Zhang, L. AU - Kim, A. AU - Li, X. AU - Dai, Q. AU - Shen, Y. AU - Park, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Base-resolution analysis of 5-hydroxymethylcytosine in the mammalian genome JO - Cell VL - 149 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.04.027 DO - 10.1016/j.cell.2012.04.027 ID - Yu2012 ER - TY - STD TI - Booth MJ, Branco MR, Ficz G, Oxley D, Krueger F, Reik W, Balasubramanian S. Quantitative Sequencing of 5-Methylcytosine and 5-Hydroxymethylcytosine at Single-Base Resolution. Science. 2012;336(6083):934-37. ID - ref22 ER - TY - JOUR AU - Li, Y. AU - Tollefsbol, T. O. PY - 2011 DA - 2011// TI - DNA methylation detection: bisulfite genomic sequencing analysis JO - Methods Mol Biol VL - 791 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-61779-316-5_2 DO - 10.1007/978-1-61779-316-5_2 ID - Li2011 ER -