Skip to main content

Table 1 Core genome characteristics

From: The nucleotide composition of microbial genomes indicates differential patterns of selection on core and accessory genomes

Species Strains # Size in mb (full) Size in mb (accessory) %GC (code) %GC (accessory) %GC (core)
A_baumannii 16 3,9 1,04 40,19 39,67 40,59
A_macleodii 13 4,5 1,03 45,66 44,8 46,05
B_amyloliquefaciens 16 4,01 0,45 47,28 42,39 47,98
B_animalis 12 1,94 0,23 61,36 58,53 61,88
B_cereus 13 5,27 0,81 36,25 34,39 36,77
B_longum 10 2,46 0,61 60,84 59,57 61,61
B_subtilis 12 4,1 0,46 44,71 42,36 45,07
B_thruringiensis 12 5,51 0,88 36,23 34,91 36,59
Brucella_spp 20 3,3 0,16 58,36 56,9 58,45
C_botulinum 10 3,95 0,43 29,48 28,6 29,66
C_diphtheria 13 2,47 0,31 54,15 53,42 54,3
C_jejuni 16 1,67 0,27 31,05 30,22 31,25
C_pseudotuberculosis 15 2,32 0,11 52,93 52,16 52,97
C_psitacci 10 1,16 0,04 39,76 39,47 39,74
C_trachomatis 78 1,04 0,01 41,78 42,34 41,77
E_coli 62 5,01 1,51 51,79 50,35 52,58
F_tularensis 12 1,9 0,14 33,08 31,53 33,21
H_influenza 10 1,9 0,3 38,97 39,4 38,92
H_pylori 53 1,62 0,29 39,64 36,93 40,31
L_lactis 11 2,45 0,53 36,86 35,32 37,14
L_monocytogenes 30 2,93 0,3 38,66 38,84 39,01
L_pneumophila 12 3,33 0,7 39,12 38,03 39,48
M_gallisepticum 12 0,97 0,05 32,65 31,64 32,69
M_tuberculosis 23 4,4 0,36 65,86 68,13 65,49
N_meningitidis 14 2,22 0,26 53,09 47 54,2
P_acnes 10 2,51 0,17 60,30 59,06 60,4
P_aeruginosa 18 6,43 0,89 66,96 66,03 67,26
R_prowazekii 10 1,11 0,01 30,58 27,57 30,61
S_aureus 49 2,82 0,28 33,78 32,08 33,99
S_enterica 42 4,78 0,64 53,34 50,2 53,92
S_islandicus 10 2,65 0,37 35,76 36,43 35,74
S_pneumoniae 27 2,11 0,26 40,73 36,07 41,5
S_pyogenes 19 1,85 0,23 39,38 37,95 39,63
S_suis 18 2,09 0,4 42,11 39,42 42,97
T_pallidum 11 1,14 0,01 52,60 56,63 52,55
Y_pestis 12 4,58 0,28 48,92 49 48,9