Table 4 Primers used for rotavirus genome enrichment amplification
Primer name | Primer sequences (5'-3') |
|---|---|
FR20RV Modified FR26RVN FR26RV-VP7-F FR26RV-VP7-R | GCCGGAGCTCTGCAGATATC GCCGGAGCTCTGCAGATAT-non ribosomal hexanucleotides [2] GCCGGAGCTCTGCAGATATCGGCTTTAAAAG GCCGGAGCTCTGCAGATATCGGTCACATCATA |
FR26RV-VP4-F FR26RV-VP4-R FR26RV-VP4-F2 FR26RV-VP4-R2 | GCCGGAGCTCTGCAGATATCGGCTATAAAATG GCCGGAGCTCTGCAGATATCGGTCACATCCTC GCCGGAGCTCTGCAGATATCTGGCTTCGCCAT GCCGGAGCTCTGCAGATATCATTTCGGACCAT |
FR26RV-VP6-F FR26RV-VP6-R | GCCGGAGCTCTGCAGATATCGGCTTTWAA ACG GCCGGAGCTCTGCAGATATCGGTCAC ATCCTC |
FR26RV-VP1-Fb FR26RV-VP1-Rb | GCCGGAGCTCTGCAGATATCGGCTATTAAAGC GCCGGAGCTCTGCAGATATCGGTCACATCT |
FR26RV-VP2-Fc FR26RV-VP2-Rc | GCCGGAGCTCTGCAGATATCGGCTATTAAAGG GCCGGAGCTCTGCAGATATCGTCATATCTCCA |
FR26RV-VP3-Fe FR26RV-VP3-Re | GCCGGAGCTCTGCAGATATCGGCTWTTAAAGC GCCGGAGCTCTGCAGATATCGGTCACATCATG |
FR26RV-NSP1-F FR26RV-NSP1-R | GCCGGAGCTCTGCAGATATCGGCTTTTTTTTATG GCCGGAGCTCTGCAGATATCGGTCACATTTTATGC |
FR26RV-NSP2-F FR26RV-NSP2-R | GCCGGAGCTCTGCAGATATCGGCTTTTAAAGC GCCGGAGCTCTGCAGATATCGGTCACATAAGC |
FR26RV-NSP3-F FR26RV-NSP3-R FR26RV-NSP3-R2 | GCCGGAGCTCTGCAGATATCGGCTTTTAATGC GCCGGAGCTCTGCAGATATCACATAACGCCCCTAT GCCGGAGCTCTGCAGATATCGGTCACATAACG |
FR26RV-NSP4-F1 FR26RV-NSP4-F2 FR26RV-NSP4-R1 FR26RV-NSP4-R2 | GCCGGAGCTCTGCAGATATCGGCTTTTAAAAGTTC GCCGGAGCTCTGCAGATATCGCDTCAATTCCAAC GCCGGAGCTCTGCAGATATCTAAGACCRTTCC GCCGGAGCTCTGCAGATATCCTCCGCCGCTTCCGA |
FR26RV-NSP5-F1 FR26RV-NSP5-F2 FR26RV-NSP5-R1 FR26RV-NSP5-R2 | GCCGGAGCTCTGCAGATATCGGCTTTTAAAGCGCT GCCGGAGCTCTGCAGATATCGGCTTTTAAAGCGCT GCCGGAGCTCTGCAGATATCCTATCTGAATCATC GCCGGAGCTCTGCAGATATCGGTCACAAAACGGGA |