TY - JOUR AU - Sontheimer, E. J. AU - Barrangou, R. PY - 2015 DA - 2015// TI - The bacterial origins of the CRISPR genome-editing revolution JO - Hum Gene Ther VL - 26 UR - https://doi.org/10.1089/hum.2015.091 DO - 10.1089/hum.2015.091 ID - Sontheimer2015 ER - TY - JOUR AU - Doudna, J. A. AU - Charpentier, E. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genome editing. The new frontier of genome engineering with CRISPR-Cas9 JO - Science (New York, NY) VL - 346 UR - https://doi.org/10.1126/science.1258096 DO - 10.1126/science.1258096 ID - Doudna2014 ER - TY - JOUR AU - Sander, J. D. AU - Joung, J. K. PY - 2014 DA - 2014// TI - CRISPR-Cas systems for editing, regulating and targeting genomes JO - Nat Biotechnol VL - 32 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2842 DO - 10.1038/nbt.2842 ID - Sander2014 ER - TY - JOUR AU - Thyme, S. B. AU - Akhmetova, L. AU - Montague, T. G. AU - Valen, E. AU - Schier, A. F. PY - 2016 DA - 2016// TI - Internal guide RNA interactions interfere with Cas9-mediated cleavage JO - Nat Commun VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms11750 DO - 10.1038/ncomms11750 ID - Thyme2016 ER - TY - JOUR AU - Doench, J. G. AU - Fusi, N. AU - Sullender, M. AU - Hegde, M. AU - Vaimberg, E. W. AU - Donovan, K. F. AU - Smith, I. AU - Tothova, Z. AU - Wilen, C. AU - Orchard, R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Optimized sgRNA design to maximize activity and minimize off-target effects of CRISPR-Cas9 JO - Nat Biotechnol VL - 34 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3437 DO - 10.1038/nbt.3437 ID - Doench2016 ER - TY - JOUR AU - Ledford, H. PY - 2015 DA - 2015// TI - CRISPR, the disruptor JO - Nature VL - 522 UR - https://doi.org/10.1038/522020a DO - 10.1038/522020a ID - Ledford2015 ER - TY - JOUR AU - Cox, D. B. T. AU - Platt, R. J. AU - Zhang, F. PY - 2015 DA - 2015// TI - Therapeutic genome editing: prospects and challenges JO - Nat Med VL - 21 UR - https://doi.org/10.1038/nm.3793 DO - 10.1038/nm.3793 ID - Cox2015 ER - TY - JOUR AU - Tycko, J. AU - Myer, V. E. AU - Hsu, P. D. PY - 2016 DA - 2016// TI - Methods for Optimizing CRISPR-Cas9 Genome Editing Specificity JO - Mol Cell VL - 63 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2016.07.004 DO - 10.1016/j.molcel.2016.07.004 ID - Tycko2016 ER - TY - JOUR AU - Jinek, M. AU - Chylinski, K. AU - Fonfara, I. AU - Hauer, M. AU - Doudna, J. A. AU - Charpentier, E. PY - 2012 DA - 2012// TI - A programmable dual-RNA-guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity JO - Science VL - 337 UR - https://doi.org/10.1126/science.1225829 DO - 10.1126/science.1225829 ID - Jinek2012 ER - TY - JOUR AU - Cong, L. AU - Ran, F. A. AU - Cox, D. AU - Lin, S. AU - Barretto, R. AU - Habib, N. AU - Hsu, P. D. AU - Wu, X. AU - Jiang, W. AU - Marraffini, L. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Multiplex genome engineering using CRISPR/Cas systems JO - Science VL - 339 UR - https://doi.org/10.1126/science.1231143 DO - 10.1126/science.1231143 ID - Cong2013 ER - TY - JOUR AU - Fu, Y. AU - Foden, J. A. AU - Khayter, C. AU - Maeder, M. L. AU - Reyon, D. AU - Joung, J. K. AU - Sander, J. D. PY - 2013 DA - 2013// TI - High-frequency off-target mutagenesis induced by CRISPR-Cas nucleases in human cells JO - Nat Biotechnol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2623 DO - 10.1038/nbt.2623 ID - Fu2013 ER - TY - JOUR AU - Hsu, P. D. AU - Scott, D. A. AU - Weinstein, J. A. AU - Ran, F. A. AU - Konermann, S. AU - Agarwala, V. AU - Li, Y. AU - Fine, E. J. AU - Wu, X. AU - Shalem, O. PY - 2013 DA - 2013// TI - DNA targeting specificity of RNA-guided Cas9 nucleases JO - Nat Biotechnol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2647 DO - 10.1038/nbt.2647 ID - Hsu2013 ER - TY - JOUR AU - Cho, S. W. AU - Kim, S. AU - Kim, Y. AU - Kweon, J. AU - Kim, H. S. AU - Bae, S. AU - Kim, J. S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Analysis of off-target effects of CRISPR/Cas-derived RNA-guided endonucleases and nickases JO - Genome Res VL - 24 UR - https://doi.org/10.1101/gr.162339.113 DO - 10.1101/gr.162339.113 ID - Cho2014 ER - TY - JOUR AU - Pattanayak, V. AU - Lin, S. AU - Guilinger, J. P. AU - Ma, E. AU - Doudna, J. A. AU - Liu, D. R. PY - 2013 DA - 2013// TI - High-throughput profiling of off-target DNA cleavage reveals RNA-programmed Cas9 nuclease specificity JO - Nat Biotechnol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2673 DO - 10.1038/nbt.2673 ID - Pattanayak2013 ER - TY - JOUR AU - Lin, Y. AU - Cradick, T. J. AU - Brown, M. T. AU - Deshmukh, H. AU - Ranjan, P. AU - Sarode, N. AU - Wile, B. M. AU - Vertino, P. M. AU - Stewart, F. J. AU - Bao, G. PY - 2014 DA - 2014// TI - CRISPR/Cas9 systems have off-target activity with insertions or deletions between target DNA and guide RNA sequences JO - Nucleic Acids Res VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku402 DO - 10.1093/nar/gku402 ID - Lin2014 ER - TY - JOUR AU - Mali, P. AU - Aach, J. AU - Stranges, P. B. AU - Esvelt, K. M. AU - Moosburner, M. AU - Kosuri, S. AU - Yang, L. AU - Church, G. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - CAS9 transcriptional activators for target specificity screening and paired nickases for cooperative genome engineering JO - Nat Biotechnol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2675 DO - 10.1038/nbt.2675 ID - Mali2013 ER - TY - JOUR AU - Wu, X. AU - Scott, D. A. AU - Kriz, A. J. AU - Chiu, A. C. AU - Hsu, P. D. AU - Dadon, D. B. AU - Cheng, A. W. AU - Trevino, A. E. AU - Konermann, S. AU - Chen, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genome-wide binding of the CRISPR endonuclease Cas9 in mammalian cells JO - Nat Biotechnol VL - 32 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2889 DO - 10.1038/nbt.2889 ID - Wu2014 ER - TY - JOUR AU - Kuscu, C. AU - Arslan, S. AU - Singh, R. AU - Thorpe, J. AU - Adli, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genome-wide analysis reveals characteristics of off-target sites bound by the Cas9 endonuclease JO - Nat Biotechnol VL - 32 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2916 DO - 10.1038/nbt.2916 ID - Kuscu2014 ER - TY - JOUR AU - Tsai, S. Q. AU - Zheng, Z. AU - Nguyen, N. T. AU - Liebers, M. AU - Topkar, V. V. AU - Thapar, V. AU - Wyvekens, N. AU - Khayter, C. AU - Iafrate, A. J. AU - Le, L. P. PY - 2015 DA - 2015// TI - GUIDE-seq enables genome-wide profiling of off-target cleavage by CRISPR-Cas nucleases JO - Nat Biotechnol VL - 33 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3117 DO - 10.1038/nbt.3117 ID - Tsai2015 ER - TY - JOUR AU - Kim, D. AU - Bae, S. AU - Park, J. AU - Kim, E. AU - Kim, S. AU - Yu, H. R. AU - Hwang, J. AU - Kim, J. -. I. AU - Kim, J. -. S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Digenome-seq: genome-wide profiling of CRISPR-Cas9 off-target effects in human cells JO - Nat Methods VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3284 DO - 10.1038/nmeth.3284 ID - Kim2015 ER - TY - JOUR AU - Ran, F. A. AU - Cong, L. AU - Yan, W. X. AU - Scott, D. A. AU - Gootenberg, J. S. AU - Kriz, A. J. AU - Zetsche, B. AU - Shalem, O. AU - Wu, X. AU - Makarova, K. S. PY - 2015 DA - 2015// TI - In vivo genome editing using Staphylococcus aureus Cas9 JO - Nature VL - 520 UR - https://doi.org/10.1038/nature14299 DO - 10.1038/nature14299 ID - Ran2015 ER - TY - JOUR AU - Shen, B. AU - Zhang, W. AU - Zhang, J. AU - Zhou, J. AU - Wang, J. AU - Chen, L. AU - Wang, L. AU - Hodgkins, A. AU - Iyer, V. AU - Huang, X. PY - 2014 DA - 2014// TI - Efficient genome modification by CRISPR-Cas9 nickase with minimal off-target effects JO - Nat Methods VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2857 DO - 10.1038/nmeth.2857 ID - Shen2014 ER - TY - JOUR AU - Tsai, S. Q. AU - Wyvekens, N. AU - Khayter, C. AU - Foden, J. A. AU - Thapar, V. AU - Reyon, D. AU - Goodwin, M. J. AU - Aryee, M. J. AU - Joung, J. K. PY - 2014 DA - 2014// TI - Dimeric CRISPR RNA-guided FokI nucleases for highly specific genome editing JO - Nat Biotechnol VL - 32 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2908 DO - 10.1038/nbt.2908 ID - Tsai2014 ER - TY - JOUR AU - Guilinger, J. P. AU - Thompson, D. B. AU - Liu, D. R. PY - 2014 DA - 2014// TI - Fusion of catalytically inactive Cas9 to FokI nuclease improves the specificity of genome modification JO - Nat Biotechnol VL - 32 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2909 DO - 10.1038/nbt.2909 ID - Guilinger2014 ER - TY - JOUR AU - Bolukbasi, M. F. AU - Gupta, A. AU - Oikemus, S. AU - Derr, A. G. AU - Garber, M. AU - Brodsky, M. H. AU - Zhu, L. J. AU - Wolfe, S. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - DNA-binding-domain fusions enhance the targeting range and precision of Cas9 JO - Nat Methods VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3624 DO - 10.1038/nmeth.3624 ID - Bolukbasi2015 ER - TY - JOUR AU - Slaymaker, I. M. AU - Gao, L. AU - Zetsche, B. AU - Scott, D. A. AU - Yan, W. X. AU - Zhang, F. PY - 2016 DA - 2016// TI - Rationally engineered Cas9 nucleases with improved specificity JO - Science (New York, NY) VL - 351 UR - https://doi.org/10.1126/science.aad5227 DO - 10.1126/science.aad5227 ID - Slaymaker2016 ER - TY - JOUR AU - Kleinstiver, B. P. AU - Pattanayak, V. AU - Prew, M. S. AU - Tsai, S. Q. AU - Nguyen, N. T. AU - Zheng, Z. AU - Joung, J. K. PY - 2016 DA - 2016// TI - High-fidelity CRISPR-Cas9 nucleases with no detectable genome-wide off-target effects JO - Nature VL - 529 UR - https://doi.org/10.1038/nature16526 DO - 10.1038/nature16526 ID - Kleinstiver2016 ER - TY - JOUR AU - Kleinstiver, B. P. AU - Prew, M. S. AU - Tsai, S. Q. AU - Topkar, V. V. AU - Nguyen, N. T. AU - Zheng, Z. AU - Gonzales, A. P. W. AU - Li, Z. AU - Peterson, R. T. AU - Yeh, J. -. R. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Engineered CRISPR-Cas9 nucleases with altered PAM specificities JO - Nature VL - 523 UR - https://doi.org/10.1038/nature14592 DO - 10.1038/nature14592 ID - Kleinstiver2015 ER - TY - JOUR AU - Kleinstiver, B. P. AU - Prew, M. S. AU - Tsai, S. Q. AU - Nguyen, N. T. AU - Topkar, V. V. AU - Zheng, Z. AU - Joung, J. K. PY - 2015 DA - 2015// TI - Broadening the targeting range of Staphylococcus aureus CRISPR-Cas9 by modifying PAM recognition JO - Nat Biotechnol VL - 33 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3404 DO - 10.1038/nbt.3404 ID - Kleinstiver2015 ER - TY - JOUR AU - Lee, C. M. AU - Cradick, T. J. AU - Bao, G. PY - 2016 DA - 2016// TI - The Neisseria meningitidis CRISPR-Cas9 System Enables Specific Genome Editing in Mammalian Cells JO - Mol Ther VL - 24 UR - https://doi.org/10.1038/mt.2016.8 DO - 10.1038/mt.2016.8 ID - Lee2016 ER - TY - JOUR AU - Kim, D. AU - Kim, J. AU - Hur, J. K. AU - Been, K. W. AU - Yoon, S. H. AU - Kim, J. S. PY - 2016 DA - 2016// TI - Genome-wide analysis reveals specificities of Cpf1 endonucleases in human cells JO - Nat Biotechnol VL - 34 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3609 DO - 10.1038/nbt.3609 ID - Kim2016 ER - TY - STD TI - Kleinstiver BP, Tsai SQ, Prew MS, Nguyen NT, Welch MM, Lopez JM, McCaw ZR, Aryee MJ, Joung JK. Genome-wide specificities of CRISPR-Cas Cpf1 nucleases in human cells. Nat. Biotechnol. 2016;34:869–74. ID - ref32 ER - TY - JOUR AU - Frock, R. L. AU - Hu, J. AU - Meyers, R. M. AU - Ho, Y. J. AU - Kii, E. AU - Alt, F. W. PY - 2015 DA - 2015// TI - Genome-wide detection of DNA double-stranded breaks induced by engineered nucleases JO - Nat Biotechnol VL - 33 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3101 DO - 10.1038/nbt.3101 ID - Frock2015 ER - TY - JOUR AU - Lupiáñez, D. G. AU - Kraft, K. AU - Heinrich, V. AU - Krawitz, P. AU - Brancati, F. AU - Klopocki, E. AU - Horn, D. AU - Kayserili, H. AU - Opitz, J. M. AU - Laxova, R. PY - 2015 DA - 2015// TI - Disruptions of topological chromatin domains cause pathogenic rewiring of gene-enhancer interactions JO - Cell VL - 161 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.04.004 DO - 10.1016/j.cell.2015.04.004 ID - Lupiáñez2015 ER - TY - JOUR AU - Torres, R. AU - Martin, M. C. AU - Garcia, A. AU - Cigudosa, J. C. AU - Ramirez, J. C. AU - Rodriguez-Perales, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Engineering human tumour-associated chromosomal translocations with the RNA-guided CRISPR-Cas9 system JO - Nat Commun VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms4964 DO - 10.1038/ncomms4964 ID - Torres2014 ER - TY - JOUR AU - Choi, P. S. AU - Meyerson, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Targeted genomic rearrangements using CRISPR/Cas technology JO - Nat Commun VL - 5 ID - Choi2014 ER - TY - JOUR AU - Ghezraoui, H. AU - Piganeau, M. AU - Renouf, B. AU - Renaud, J. -. B. AU - Sallmyr, A. AU - Ruis, B. AU - Oh, S. AU - Tomkinson, A. E. AU - Hendrickson, E. A. AU - Giovannangeli, C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Chromosomal translocations in human cells are generated by canonical nonhomologous end-joining JO - Mol Cell VL - 55 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2014.08.002 DO - 10.1016/j.molcel.2014.08.002 ID - Ghezraoui2014 ER - TY - JOUR AU - Wang, X. AU - Wang, Y. AU - Wu, X. AU - Wang, J. AU - Wang, Y. AU - Qiu, Z. AU - Chang, T. AU - Huang, H. AU - Lin, R. -. J. AU - Yee, J. -. K. PY - 2015 DA - 2015// TI - Unbiased detection of off-target cleavage by CRISPR-Cas9 and TALENs using integrase-defective lentiviral vectors JO - Nat Biotechnol VL - 33 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3127 DO - 10.1038/nbt.3127 ID - Wang2015 ER - TY - JOUR AU - Yin, H. AU - Song, C. Q. AU - Dorkin, J. R. AU - Zhu, L. J. AU - Li, Y. AU - Wu, Q. AU - Park, A. AU - Yang, J. AU - Suresh, S. AU - Bizhanova, A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Therapeutic genome editing by combined viral and non-viral delivery of CRISPR system components in vivo JO - Nat Biotechnol VL - 34 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3471 DO - 10.1038/nbt.3471 ID - Yin2016 ER - TY - JOUR AU - Tsai, S. Q. AU - Topkar, V. V. AU - Joung, J. K. AU - Aryee, M. J. PY - 2016 DA - 2016// TI - Open-source guideseq software for analysis of GUIDE-seq data JO - Nat Biotechnol VL - 34 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3534 DO - 10.1038/nbt.3534 ID - Tsai2016 ER - TY - JOUR AU - Hou, Z. AU - Zhang, Y. AU - Propson, N. E. AU - Howden, S. E. AU - Chu, L. F. AU - Sontheimer, E. J. AU - Thomson, J. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Efficient genome engineering in human pluripotent stem cells using Cas9 from Neisseria meningitidis JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 110 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1313587110 DO - 10.1073/pnas.1313587110 ID - Hou2013 ER - TY - STD TI - Zetsche B, Gootenberg JS, Abudayyeh OO, Slaymaker IM, Makarova KS, Essletzbichler P, Volz SE, Joung J, van der Oost J, Regev A, et al. Cpf1 Is a Single RNA-Guided Endonuclease of a Class 2 CRISPR-Cas System. Cell. 2015;163(3):759-71. doi:10.1016/j.cell.2015.09.038. ID - ref42 ER - TY - JOUR AU - Ihaka, R. AU - Gentleman, R. PY - 1996 DA - 1996// TI - R: A language for data analysis and graphics JO - J Comput Graph Stat. VL - 5 ID - Ihaka1996 ER - TY - JOUR AU - Gentleman, R. C. AU - Carey, V. J. AU - Bates, D. M. AU - Bolstad, B. AU - Dettling, M. AU - Dudoit, S. AU - Ellis, B. AU - Gautier, L. AU - Ge, Y. AU - Gentry, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-10-r80 DO - 10.1186/gb-2004-5-10-r80 ID - Gentleman2004 ER - TY - JOUR AU - Lawrence, M. AU - Huber, W. AU - Pagès, H. AU - Aboyoun, P. AU - Carlson, M. AU - Gentleman, R. AU - Morgan, M. T. AU - Carey, V. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Software for computing and annotating genomic ranges JO - PLoS Comput Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003118 DO - 10.1371/journal.pcbi.1003118 ID - Lawrence2013 ER - TY - JOUR AU - Zhu, L. J. AU - Gazin, C. AU - Lawson, N. D. AU - Pagès, H. AU - Lin, S. M. AU - Lapointe, D. S. AU - Green, M. R. PY - 2010 DA - 2010// TI - ChIPpeakAnno: a bioconductor package to annotate ChIP-seq and ChIP-chip data JO - BMC Bioinf VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-237 DO - 10.1186/1471-2105-11-237 ID - Zhu2010 ER - TY - JOUR AU - Zhu, L. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Integrative analysis of ChIP-chip and ChIP-seq dataset JO - Methods Mol Biol VL - 1067 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-62703-607-8_8 DO - 10.1007/978-1-62703-607-8_8 ID - Zhu2013 ER - TY - JOUR AU - Zhu, L. J. AU - Holmes, B. R. AU - Aronin, N. AU - Brodsky, M. H. PY - 2014 DA - 2014// TI - CRISPRseek: a bioconductor package to identify target-specific guide RNAs for CRISPR-Cas9 genome-editing systems JO - PLoS ONE VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0108424 DO - 10.1371/journal.pone.0108424 ID - Zhu2014 ER - TY - STD TI - Zhu LJ. Overview of guide RNA design tools for CRISPR-Cas9 genome editing technology. Frontiers in Biology. 2015;10(4):289–96. http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11515-015-1366-y. UR - http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11515-015-1366-y ID - ref49 ER - TY - JOUR AU - Ritchie, M. E. AU - Phipson, B. AU - Wu, D. AU - Hu, Y. AU - Law, C. W. AU - Shi, W. AU - Smyth, G. K. PY - 2015 DA - 2015// TI - limma powers differential expression analyses for RNA-sequencing and microarray studies JO - Nucleic Acids Res VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkv007 DO - 10.1093/nar/gkv007 ID - Ritchie2015 ER - TY - JOUR AU - Zetsche, B. AU - Volz, S. E. AU - Zhang, F. PY - 2015 DA - 2015// TI - A split-Cas9 architecture for inducible genome editing and transcription modulation JO - Nat Biotechnol VL - 33 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3149 DO - 10.1038/nbt.3149 ID - Zetsche2015 ER -