TY - JOUR AU - Lu, T. AU - Lu, G. AU - Fan, D. AU - Zhu, C. AU - Li, W. AU - Zhao, Q. AU - Feng, Q. AU - Zhao, Y. AU - Guo, Y. AU - Li, W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Function annotation of the rice transcriptome at single-nucleotide resolution by RNA-seq JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.106120.110 DO - 10.1101/gr.106120.110 ID - Lu2010 ER - TY - JOUR AU - Dijk, E. L. AU - Auger, H. AU - Jaszczyszyn, Y. AU - Thermes, C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Ten years of next-generation sequencing technology JO - Trends Genet VL - 30 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2014.07.001 DO - 10.1016/j.tig.2014.07.001 ID - Dijk2014 ER - TY - JOUR AU - Huang, J. AU - Gao, Y. J. AU - Jia, H. T. AU - Liu, L. AU - Zhang, D. AU - Zhang, Z. X. PY - 2015 DA - 2015// TI - Comparative transcriptomics uncovers alternative splicing changes and signatures of selection from maize improvement JO - BMC Genomics VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-16-1 DO - 10.1186/1471-2164-16-1 ID - Huang2015 ER - TY - JOUR AU - Marquez, Y. AU - Brown, J. W. AU - Simpson, C. AU - Barta, A. AU - Kalyna, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Transcriptome survey reveals increased complexity of the alternative splicing landscape in Arabidopsis JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.134106.111 DO - 10.1101/gr.134106.111 ID - Marquez2012 ER - TY - JOUR AU - Roberts, A. AU - Pimentel, H. AU - Trapnell, C. AU - Pachter, L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Identification of novel transcripts in annotated genomes using RNA-Seq JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr355 DO - 10.1093/bioinformatics/btr355 ID - Roberts2011 ER - TY - JOUR AU - Maher, C. A. AU - Kumar-Sinha, C. AU - Cao, X. AU - Kalyana-Sundaram, S. AU - Han, B. AU - Jing, X. AU - Sam, L. AU - Barrette, T. AU - Palanisamy, N. AU - Chinnaiyan, A. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Transcriptome sequencing to detect gene fusions in cancer JO - Nature VL - 458 UR - https://doi.org/10.1038/nature07638 DO - 10.1038/nature07638 ID - Maher2009 ER - TY - JOUR AU - Barbazuk, W. B. AU - Emrich, S. J. AU - Chen, H. D. AU - Li, L. AU - Schnable, P. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - SNP discovery via 454 transcriptome sequencing JO - Plant J VL - 51 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2007.03193.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2007.03193.x ID - Barbazuk2007 ER - TY - JOUR AU - Yang, J. AU - Wang, Y. AU - Shen, H. AU - Yang, W. PY - 2014 DA - 2014// TI - In Silico identification and experimental validation of Insertion–Deletion polymorphisms in tomato genome JO - DNA Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/dnares/dsu008 DO - 10.1093/dnares/dsu008 ID - Yang2014 ER - TY - JOUR AU - Trick, M. AU - Long, Y. AU - Meng, J. AU - Bancroft, I. PY - 2009 DA - 2009// TI - Single nucleotide polymorphism (SNP) discovery in the polyploid Brassica napus using Solexa transcriptome sequencing JO - Plant Biotechnol J VL - 7 UR - https://doi.org/10.1111/j.1467-7652.2008.00396.x DO - 10.1111/j.1467-7652.2008.00396.x ID - Trick2009 ER - TY - JOUR AU - Varshney, R. K. AU - Graner, A. AU - Sorrells, M. E. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genic microsatellite markers in plants: features and applications JO - Trends Biotechnol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1016/j.tibtech.2004.11.005 DO - 10.1016/j.tibtech.2004.11.005 ID - Varshney2005 ER - TY - JOUR AU - Koenig, D. AU - Jiménez-Gómez, J. M. AU - Kimura, S. AU - Fulop, D. AU - Chitwood, D. H. AU - Headland, L. R. AU - Kumar, R. AU - Covington, M. F. AU - Devisetty, U. K. AU - Tat, A. V. PY - 2013 DA - 2013// TI - Comparative transcriptomics reveals patterns of selection in domesticated and wild tomato JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 110 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1309606110 DO - 10.1073/pnas.1309606110 ID - Koenig2013 ER - TY - JOUR AU - Wu, G. AU - Zhang, L. B. AU - Yin, Y. T. AU - Wu, J. S. AU - Yu, L. J. AU - Zhou, Y. H. AU - Li, M. T. PY - 2015 DA - 2015// TI - Sequencing, de novo assembly and comparative analysis of Raphanus sativus transcriptome JO - Front Plant Sci VL - 6 ID - Wu2015 ER - TY - JOUR AU - Kalia, R. K. AU - Rai, M. K. AU - Kalia, S. AU - Singh, R. AU - Dhawan, A. K. PY - 2011 DA - 2011// TI - Microsatellite markers: an overview of the recent progress in plants JO - Euphytica VL - 177 UR - https://doi.org/10.1007/s10681-010-0286-9 DO - 10.1007/s10681-010-0286-9 ID - Kalia2011 ER - TY - JOUR AU - Xu, L. AU - Wang, L. J. AU - Gong, Y. Q. AU - Dai, W. H. AU - Wang, Y. AU - Zhu, X. W. AU - Wen, T. C. AU - Liu, L. W. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genetic linkage map construction and QTL mapping of cadmium accumulation in radish (Raphanus sativus L.) JO - Theor Appl Genet VL - 125 UR - https://doi.org/10.1007/s00122-012-1858-y DO - 10.1007/s00122-012-1858-y ID - Xu2012 ER - TY - JOUR AU - Yang, H. AU - Li, C. AU - Lam, H. M. AU - Clements, J. AU - Yan, G. AU - Zhao, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Sequencing consolidates molecular markers with plant breeding practice JO - Theor Appl Genet VL - 128 UR - https://doi.org/10.1007/s00122-015-2499-8 DO - 10.1007/s00122-015-2499-8 ID - Yang2015 ER - TY - JOUR AU - Zou, X. AU - Shi, C. AU - Austin, R. S. AU - Merico, D. AU - Munholland, S. AU - Marsolais, F. AU - Navabi, A. AU - Crosby, W. L. AU - Pauls, K. P. AU - Yu, K. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genome-wide single nucleotide polymorphism and Insertion-Deletion discovery through next-generation sequencing of reduced representation libraries in common bean JO - Mol Breed VL - 33 UR - https://doi.org/10.1007/s11032-013-9997-7 DO - 10.1007/s11032-013-9997-7 ID - Zou2014 ER - TY - JOUR AU - Thakur, S. AU - Singh, P. K. AU - Rathour, R. AU - Variar, M. AU - Prashanthi, S. K. AU - Gopalakrishnan, S. AU - Singh, A. AU - Singh, U. AU - Chand, D. AU - Singh, N. K. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genotyping and development of single-nucleotide polymorphism (SNP) markers associated with blast resistance genes in rice using GoldenGate assay JO - Mol Breed VL - 34 UR - https://doi.org/10.1007/s11032-014-0129-9 DO - 10.1007/s11032-014-0129-9 ID - Thakur2014 ER - TY - JOUR AU - Salem, M. AU - Vallejo, R. L. AU - Leeds, T. D. AU - Palti, Y. AU - Liu, S. AU - Sabbagh, A. AU - Rexroad, C. E. AU - Yao, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - RNA-Seq identifies SNP markers for growth traits in rainbow trout JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0036264 DO - 10.1371/journal.pone.0036264 ID - Salem2012 ER - TY - JOUR AU - Souza, L. M. AU - Toledo-Silva, G. AU - Cardoso-Silva, C. B. AU - Silva, C. C. AU - Araujo Andreotti, I. A. AU - Conson, A. R. O. AU - Mantello, C. C. AU - Guen, V. L. AU - Souza, A. P. PY - 2016 DA - 2016// TI - Development of single nucleotide polymorphism markers in the large and complex rubber tree genome using next-generation sequence data JO - Mol Breed VL - 36 UR - https://doi.org/10.1007/s11032-016-0534-3 DO - 10.1007/s11032-016-0534-3 ID - Souza2016 ER - TY - JOUR AU - Pfender, W. AU - Saha, M. AU - Johnson, E. AU - Slabaugh, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Mapping with RAD (restriction-site associated DNA) markers to rapidly identify QTL for stem rust resistance in Lolium perenne JO - Theor Appl Genet VL - 122 UR - https://doi.org/10.1007/s00122-011-1546-3 DO - 10.1007/s00122-011-1546-3 ID - Pfender2011 ER - TY - JOUR AU - Chen, W. AU - Gao, Y. AU - Xie, W. AU - Gong, L. AU - Lu, K. AU - Wang, W. AU - Li, Y. AU - Liu, X. AU - Zhang, H. AU - Dong, H. AU - Zhang, W. AU - Zhang, L. AU - Yu, S. AU - Wang, G. AU - Lian, X. AU - Luo, J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genome-wide association analyses provide genetic and biochemical insights into natural variation in rice metabolism JO - Nat Genet VL - 46 UR - https://doi.org/10.1038/ng.3007 DO - 10.1038/ng.3007 ID - Chen2014 ER - TY - JOUR AU - Wang, B. B. AU - Brendel, V. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genome wide comparative analysis of alternative splicing in plants JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0602039103 DO - 10.1073/pnas.0602039103 ID - Wang2006 ER - TY - JOUR AU - Zhang, G. AU - Guo, G. AU - Hu, X. AU - Zhang, Y. AU - Li, Q. AU - Li, R. AU - Zhuang, R. AU - Lu, Z. AU - He, Z. AU - Fang, X. PY - 2010 DA - 2010// TI - Deep RNA sequencing at single base-pair resolution reveals high complexity of the rice transcriptome JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.100677.109 DO - 10.1101/gr.100677.109 ID - Zhang2010 ER - TY - JOUR AU - Filichkin, S. A. AU - Priest, H. D. AU - Givan, S. A. AU - Shen, R. AU - Bryant, D. W. AU - Fox, S. E. AU - Wong, W. K. AU - Mockler, T. C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genome-wide mapping of alternative splicing in Arabidopsis thaliana JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.093302.109 DO - 10.1101/gr.093302.109 ID - Filichkin2010 ER - TY - JOUR AU - Shen, Y. AU - Zhou, Z. AU - Wang, Z. AU - Li, W. AU - Fang, C. AU - Wu, M. AU - Ma, Y. AU - Liu, T. AU - Kong, L. A. AU - Peng, D. L. PY - 2014 DA - 2014// TI - Global dissection of alternative splicing in paleopolyploid soybean JO - Plant Cell VL - 26 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.114.122739 DO - 10.1105/tpc.114.122739 ID - Shen2014 ER - TY - JOUR AU - Sun, Y. AU - Xiao, H. PY - 2015 DA - 2015// TI - Identification of alternative splicing events by RNA sequencing in early growth tomato fruits JO - BMC Genomics VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-16-1 DO - 10.1186/1471-2164-16-1 ID - Sun2015 ER - TY - JOUR AU - Mandadi, K. K. AU - Scholthof, K. -. B. G. PY - 2015 DA - 2015// TI - Genome-wide analysis of alternative splicing landscapes modulated during plant-virus interactions in Brachypodium distachyon JO - Plant Cell VL - 27 UR - https://doi.org/10.1105/tpc.114.133991 DO - 10.1105/tpc.114.133991 ID - Mandadi2015 ER - TY - JOUR AU - Shen, D. AU - Sun, H. AU - Huang, M. AU - Zheng, Y. AU - Li, X. AU - Fei, Z. PY - 2013 DA - 2013// TI - RadishBase: a database for genomics and genetics of radish JO - Plant Cell Physiol. VL - 54 UR - https://doi.org/10.1093/pcp/pcs176 DO - 10.1093/pcp/pcs176 ID - Shen2013 ER - TY - JOUR AU - Mun, J. H. AU - Chung, H. AU - Chung, W. H. AU - Oh, M. AU - Jeong, Y. M. AU - Kim, N. AU - Ahn, B. O. AU - Park, B. S. AU - Park, S. AU - Lim, K. B. PY - 2015 DA - 2015// TI - Construction of a reference genetic map of Raphanus sativus based on genotyping by whole-genome resequencing JO - Theor Appl Genet VL - 128 UR - https://doi.org/10.1007/s00122-014-2426-4 DO - 10.1007/s00122-014-2426-4 ID - Mun2015 ER - TY - JOUR AU - Kitashiba, H. AU - Li, F. AU - Hirakawa, H. AU - Kawanabe, T. AU - Zou, Z. AU - Hasegawa, Y. AU - Tonosaki, K. AU - Shirasawa, S. AU - Fukushima, A. AU - Yokoi, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Draft sequences of the radish (Raphanus sativus L.) genome JO - DNA Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/dnares/dsu014 DO - 10.1093/dnares/dsu014 ID - Kitashiba2014 ER - TY - JOUR AU - Wang, Y. AU - Pan, Y. AU - Liu, Z. AU - Zhu, X. W. AU - Zhai, L. L. AU - Xu, L. AU - Yu, R. G. AU - Gong, Y. Q. AU - Liu, L. W. PY - 2013 DA - 2013// TI - De novo transcriptome sequencing of radish (Raphanus sativus L.) and analysis of major genes involved in glucosinolate metabolism JO - BMC Genomics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-1 DO - 10.1186/1471-2164-14-1 ID - Wang2013 ER - TY - JOUR AU - Yu, R. G. AU - Xu, L. AU - Zhang, W. AU - Wang, Y. AU - Luo, X. B. AU - Wang, R. H. AU - Zhu, X. W. AU - Xie, Y. AU - Karanja, B. B. AU - Liu, L. W. PY - 2016 DA - 2016// TI - De novo taproot transcriptome sequencing and analysis of major genes involved in sucrose metabolism in radish (Raphanus sativus L.) JO - Front Plant Sci VL - 7 ID - Yu2016 ER - TY - JOUR AU - Nie, S. S. AU - Li, C. AU - Xu, L. AU - Wang, Y. AU - Huang, D. Q. AU - Muleke, E. M. AU - Sun, X. C. AU - Xie, Y. AU - Liu, L. W. PY - 2016 DA - 2016// TI - De novo transcriptome analysis in radish (Raphanus sativus L.) and identification of critical genes involved in bolting and flowering JO - BMC Genomics VL - 17 ID - Nie2016 ER - TY - JOUR AU - Trapnell, C. AU - Pachter, L. AU - Salzberg, S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - TopHat: discovering splice junctions with RNA-Seq JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp120 DO - 10.1093/bioinformatics/btp120 ID - Trapnell2009 ER - TY - JOUR AU - Foissac, S. AU - Sammeth, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - ASTALAVISTA: Dynamic and flexible analysis of alternative splicing events in custom gene datasets JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm311 DO - 10.1093/nar/gkm311 ID - Foissac2007 ER - TY - JOUR AU - Shen, S. H. AU - Park, J. W. AU - Lu, Z. X. AU - Lin, L. AU - Henry, M. D. AU - Wu, Y. N. AU - Zhou, Q. AU - Xing, Y. PY - 2014 DA - 2014// TI - rMATS: robust and flexible detection of differential alternative splicing from replicate RNA-Seq data JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 111 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1419161111 DO - 10.1073/pnas.1419161111 ID - Shen2014 ER - TY - JOUR AU - McKenna, A. AU - Hanna, M. AU - Banks, E. AU - Sivachenko, A. AU - Cibulskis, K. AU - Kernytsky, A. AU - Garimella, K. AU - Altshuler, D. AU - Gabriel, S. AU - Daly, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - The Genome Analysis Toolkit: a MapReduce framework for analyzing next-generation DNA sequencing data JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.107524.110 DO - 10.1101/gr.107524.110 ID - McKenna2010 ER - TY - JOUR AU - Vitulo, N. AU - Forcato, C. AU - Carpinelli, E. C. AU - Telatin, A. AU - Campagna, D. AU - D'Angelo, M. AU - Zimbello, R. AU - Corso, M. AU - Vannozzi, A. AU - Bonghi, C. AU - Lucchin, M. AU - Valle, G. PY - 2014 DA - 2014// TI - A deep survey of alternative splicing in grape reveals changes in the splicing machinery related to tissue, stress condition and genotype JO - BMC Plant Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2229-14-99 DO - 10.1186/1471-2229-14-99 ID - Vitulo2014 ER - TY - JOUR AU - Bao, H. AU - Li, E. AU - Mansfield, S. D. AU - Cronk, Q. C. AU - El-Kassaby, Y. A. AU - Douglas, C. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - The developing xylem transcriptome and genome-wide analysis of alternative splicing in Populus trichocarpa (black cottonwood) populations JO - BMC Genomics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-1 DO - 10.1186/1471-2164-14-1 ID - Bao2013 ER - TY - JOUR AU - Chang, K. Y. AU - Muddiman, D. C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Identification of alternative splice variants in Aspergillus flavus through comparison of multiple tandem MS search algorithms JO - BMC Genomics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-12-358 DO - 10.1186/1471-2164-12-358 ID - Chang2011 ER - TY - JOUR AU - Yuan, Y. X. AU - Wu, J. AU - Sun, R. F. AU - Zhang, X. W. AU - Xu, D. H. AU - Bonnema, G. AU - Wang, X. W. PY - 2009 DA - 2009// TI - A naturally occurring splicing site mutation in the Brassica rapa FLC1 gene is associated with variation in flowering time JO - J Exp Bot VL - 60 UR - https://doi.org/10.1093/jxb/erp010 DO - 10.1093/jxb/erp010 ID - Yuan2009 ER - TY - JOUR AU - Guo, Y. AU - Wiegert-Rininger, K. E. AU - Vallejo, V. A. AU - Barry, C. S. AU - Warner, R. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Transcriptome-enabled marker discovery and mapping of plastochron-related genes in Petunia spp JO - BMC Genomics VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-16-1 DO - 10.1186/1471-2164-16-1 ID - Guo2015 ER - TY - JOUR AU - Blanca, J. M. AU - Cañizares, J. AU - Ziarsolo, P. AU - Esteras, C. AU - Mir, G. AU - Nuez, F. AU - Garcia-Mas, J. AU - Picó, M. B. PY - 2011 DA - 2011// TI - Melon transcriptome characterization: Simple sequence repeats and single nucleotide polymorphisms discovery for high throughput genotyping across the species JO - Plant Genome VL - 4 UR - https://doi.org/10.3835/plantgenome2011.01.0003 DO - 10.3835/plantgenome2011.01.0003 ID - Blanca2011 ER - TY - JOUR AU - Keller, I. AU - Bensasson, D. AU - Nichols, R. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Transition-transversion bias is not universal: a counter example from grasshopper pseudogenes JO - PLoS Genet VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0030022 DO - 10.1371/journal.pgen.0030022 ID - Keller2007 ER - TY - JOUR AU - Liu, B. AU - Wang, Y. AU - Zhai, W. AU - Deng, J. AU - Wang, H. AU - Cui, Y. AU - Cheng, F. AU - Wang, X. AU - Wu, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Development of InDel markers for Brassica rapa based on whole-genome re-sequencing JO - Theor Appl Genet VL - 126 UR - https://doi.org/10.1007/s00122-012-1976-6 DO - 10.1007/s00122-012-1976-6 ID - Liu2013 ER - TY - JOUR AU - Lv, Y. D. AU - Zhao, L. AU - Xu, X. Y. AU - Wang, L. AU - Wang, C. AU - Zhang, T. Z. AU - Guo, W. Z. PY - 2013 DA - 2013// TI - Characterization of expressed sequence tags from developing fibers of Gossypium barbadense and evaluation of insertion-deletion variation in tetraploid cultivated cotton species JO - BMC Genomics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-170 DO - 10.1186/1471-2164-14-170 ID - Lv2013 ER - TY - JOUR AU - Wei, L. AU - Miao, H. AU - Li, C. AU - Duan, Y. AU - Niu, J. AU - Zhang, T. AU - Zhao, Q. AU - Zhang, H. PY - 2014 DA - 2014// TI - Development of SNP and InDel markers via de novo transcriptome assembly in Sesamum indicum L JO - Mol Breed VL - 34 UR - https://doi.org/10.1007/s11032-014-0174-4 DO - 10.1007/s11032-014-0174-4 ID - Wei2014 ER - TY - JOUR AU - Zhang, J. Z. AU - Liu, S. R. AU - Hu, C. G. PY - 2016 DA - 2016// TI - Identifying the genome-wide genetic variation between precocious trifoliate orange and its wild type and developing new markers for genetics research JO - DNA Res VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/dnares/dsw017 DO - 10.1093/dnares/dsw017 ID - Zhang2016 ER - TY - JOUR AU - Zheng, W. AU - Huang, L. AU - Huang, J. AU - Wang, X. AU - Chen, X. AU - Zhao, J. AU - Guo, J. AU - Zhuang, H. AU - Qiu, C. AU - Liu, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - High genome heterozygosity and endemic genetic recombination in the wheat stripe rust fungus JO - Nat Commun VL - 4 ID - Zheng2013 ER - TY - JOUR AU - Wang, Z. W. AU - Wang, C. AU - Gao, L. AU - Mei, S. Y. AU - Zhou, Y. AU - Xiang, C. P. AU - Wang, T. PY - 2013 DA - 2013// TI - Heterozygous alleles restore male fertility to cytoplasmic male-sterile radish (Raphanus sativus L.): a case of overdominance JO - J Exp Bot VL - 64 UR - https://doi.org/10.1093/jxb/ert065 DO - 10.1093/jxb/ert065 ID - Wang2013 ER - TY - JOUR AU - Arai-Kichise, Y. AU - Shiwa, Y. AU - Nagasaki, H. AU - Ebana, K. AU - Yoshikawa, H. AU - Yano, M. AU - Wakasa, K. PY - 2011 DA - 2011// TI - Discovery of genome-wide DNA polymorphisms in a landrace cultivar of japonica rice by whole-genome sequencing JO - Plant Cell Physiol VL - 52 UR - https://doi.org/10.1093/pcp/pcr003 DO - 10.1093/pcp/pcr003 ID - Arai-Kichise2011 ER - TY - JOUR AU - Sathya, B. AU - Dharshini, A. P. AU - Kumar, G. R. PY - 2015 DA - 2015// TI - NGS meta data analysis for identification of SNP and INDEL patterns in human airway transcriptome: A preliminary indicator for lung cancer JO - Appl Transl Genom VL - 4 UR - https://doi.org/10.1016/j.atg.2014.12.003 DO - 10.1016/j.atg.2014.12.003 ID - Sathya2015 ER - TY - JOUR AU - Ramensky, V. AU - Bork, P. AU - Sunyaev, S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Human non-synonymous SNPs: server and survey JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkf493 DO - 10.1093/nar/gkf493 ID - Ramensky2002 ER - TY - JOUR AU - Clark, R. M. AU - Schweikert, G. AU - Toomajian, C. AU - Ossowski, S. AU - Zeller, G. AU - Shinn, P. AU - Warthmann, N. AU - Hu, T. T. AU - Fu, G. AU - Hinds, D. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Common sequence polymorphisms shaping genetic diversity in Arabidopsis thaliana JO - Science VL - 317 UR - https://doi.org/10.1126/science.1138632 DO - 10.1126/science.1138632 ID - Clark2007 ER - TY - JOUR AU - Xu, X. AU - Liu, X. AU - Ge, S. AU - Jensen, J. D. AU - Hu, F. AU - Li, X. AU - Dong, Y. AU - Gutenkunst, R. N. AU - Fang, L. AU - Huang, L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Resequencing 50 accessions of cultivated and wild rice yields markers for identifying agronomically important genes JO - Nat Biotechnol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2050 DO - 10.1038/nbt.2050 ID - Xu2012 ER - TY - JOUR AU - Zeng, S. H. AU - Xiao, G. AU - Guo, J. AU - Fei, Z. J. AU - Xu, Y. Q. AU - Roe, B. A. AU - Wang, Y. PY - 2010 DA - 2010// TI - Development of a EST dataset and characterization of EST-SSRs in a traditional Chinese medicinal plant, Epimedium sagittatum (Sieb. Et Zucc.) Maxim JO - BMC Genomics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-11-94 DO - 10.1186/1471-2164-11-94 ID - Zeng2010 ER - TY - JOUR AU - Yamaki, S. AU - Ohyanagi, H. AU - Yamasaki, M. AU - Eiguchi, M. AU - Miyabayashi, T. AU - Kubo, T. AU - Kurata, N. AU - Nonomura, K. I. PY - 2013 DA - 2013// TI - Development of INDEL markers to discriminate all genome types rapidly in the genus Oryza JO - Breed Sci VL - 63 UR - https://doi.org/10.1270/jsbbs.63.246 DO - 10.1270/jsbbs.63.246 ID - Yamaki2013 ER - TY - JOUR AU - García-Lor, A. AU - Luro, F. AU - Navarro, L. AU - Ollitrault, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Comparative use of InDel and SSR markers in deciphering the interspecific structure of cultivated citrus genetic diversity: a perspective for genetic association studies JO - Mol Gen Genomics VL - 287 UR - https://doi.org/10.1007/s00438-011-0658-4 DO - 10.1007/s00438-011-0658-4 ID - García-Lor2012 ER - TY - JOUR AU - Zhai, L. L. AU - Xu, L. AU - Wang, Y. AU - Cheng, H. AU - Chen, Y. L. AU - Gong, Y. Q. AU - Liu, L. W. PY - 2014 DA - 2014// TI - Novel and useful genic-SSR markers from de novo transcriptome sequencing of radish (Raphanus sativus L.) JO - Mol Breed VL - 33 UR - https://doi.org/10.1007/s11032-013-9978-x DO - 10.1007/s11032-013-9978-x ID - Zhai2014 ER - TY - JOUR AU - Liu, L. AU - Guo, W. AU - Zhu, X. AU - Zhang, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Inheritance and fine mapping of fertility restoration for cytoplasmic male sterility in Gossypium hirsutum L JO - Theor Appl Genet VL - 106 UR - https://doi.org/10.1007/s00122-002-1084-0 DO - 10.1007/s00122-002-1084-0 ID - Liu2003 ER - TY - JOUR AU - Trapnell, C. AU - Roberts, A. AU - Goff, L. AU - Pertea, G. AU - Kim, D. AU - Kelley, D. R. AU - Pimentel, H. AU - Salzberg, S. L. AU - Rinn, J. L. AU - Pachter, L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks JO - Nat Protoc VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2012.016 DO - 10.1038/nprot.2012.016 ID - Trapnell2012 ER - TY - JOUR AU - Robinson, J. T. AU - Thorvaldsdóttir, H. AU - Winckler, W. AU - Guttman, M. AU - Lander, E. S. AU - Getz, G. AU - Mesirov, J. P. PY - 2011 DA - 2011// TI - Integrative genomics viewer JO - Nat Biotechnol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1754 DO - 10.1038/nbt.1754 ID - Robinson2011 ER - TY - JOUR AU - Katz, Y. AU - Wang, E. T. AU - Airoldi, E. M. AU - Burge, C. B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Analysis and design of RNA sequencing experiments for identifying isoform regulation JO - Nat Methods VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1528 DO - 10.1038/nmeth.1528 ID - Katz2010 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Handsaker, B. AU - Wysoker, A. AU - Fennell, T. AU - Ruan, J. AU - Homer, N. AU - Marth, G. AU - Abecasis, G. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - The sequence alignment/map format and SAMtools JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352 DO - 10.1093/bioinformatics/btp352 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Cingolani, P. AU - Platts, A. AU - Wan, L. L. AU - Coon, M. AU - Nguyen, T. AU - Wang, L. AU - Land, S. J. AU - Lu, X. Y. AU - Ruden, D. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - A program for annotating and predicting the effects of single nucleotide polymorphisms, SnpEff: SNPs in the genome of Drosophila melanogaster strain w1118; iso-2; iso-3 JO - Fly (Austin) VL - 6 UR - https://doi.org/10.4161/fly.19695 DO - 10.4161/fly.19695 ID - Cingolani2012 ER - TY - JOUR AU - Haas, B. J. AU - Papanicolaou, A. AU - Yassour, M. AU - Grabherr, M. AU - Blood, P. D. AU - Bowden, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis JO - Nat Protoc VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2013.084 DO - 10.1038/nprot.2013.084 ID - Haas2013 ER - TY - JOUR AU - Thiel, T. AU - Michalek, W. AU - Varshney, R. K. AU - Graner, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Exploiting EST databases for the development and characterization of gene-derived SSR-markers in barley (Hordeum vulgare L.) JO - Theor Appl Genet VL - 106 UR - https://doi.org/10.1007/s00122-002-1031-0 DO - 10.1007/s00122-002-1031-0 ID - Thiel2003 ER - TY - JOUR AU - Liu, L. W. AU - Zhao, L. P. AU - Gong, Y. Q. AU - Wang, M. X. AU - Chen, L. M. AU - Yang, J. L. AU - Wang, Y. AU - Yu, F. M. AU - Wang, L. Z. PY - 2008 DA - 2008// TI - DNA fingerprinting and genetic diversity analysis of late-bolting radish cultivars with RAPD JO - ISSR and SRAP markers Sci Hort VL - 116 UR - https://doi.org/10.1016/j.scienta.2007.12.011 DO - 10.1016/j.scienta.2007.12.011 ID - Liu2008 ER - TY - JOUR AU - Liu, K. AU - Muse, S. V. PY - 2005 DA - 2005// TI - PowerMarker: an integrated analysis environment for genetic marker analysis JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti282 DO - 10.1093/bioinformatics/bti282 ID - Liu2005 ER -