TY - JOUR AU - Jaitin, D. A. AU - Kenigsberg, E. AU - Keren-Shaul, H. AU - Elefant, N. AU - Paul, F. AU - Zaretsky, I. AU - Mildner, A. AU - Cohen, N. AU - Jung, S. AU - Tanay, A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Massively parallel single-cell RNA-seq for marker-free decomposition of tissues into cell types JO - Science VL - 343 UR - https://doi.org/10.1126/science.1247651 DO - 10.1126/science.1247651 ID - Jaitin2014 ER - TY - JOUR AU - Patel, A. P. AU - Tirosh, I. AU - Trombetta, J. J. AU - Shalek, A. K. AU - Gillespie, S. M. AU - Wakimoto, H. AU - Cahill, D. P. AU - Nahed, B. V. AU - Curry, W. T. AU - Martuza, R. L. PY - 2014 DA - 2014// TI - Single-cell RNA-seq highlights intratumoral heterogeneity in primary glioblastoma JO - Science VL - 344 UR - https://doi.org/10.1126/science.1254257 DO - 10.1126/science.1254257 ID - Patel2014 ER - TY - JOUR AU - Darmanis, S. AU - Sloan, S. A. AU - Zhang, Y. AU - Enge, M. AU - Caneda, C. AU - Shuer, L. M. AU - Hayden Gephart, M. G. AU - Barres, B. A. AU - Quake, S. R. PY - 2015 DA - 2015// TI - A survey of human brain transcriptome diversity at the single cell level JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 112 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1507125112 DO - 10.1073/pnas.1507125112 ID - Darmanis2015 ER - TY - JOUR AU - Grün, D. AU - Lyubimova, A. AU - Kester, L. AU - Wiebrands, K. AU - Basak, O. AU - Sasaki, N. AU - Clevers, H. AU - Oudenaarden, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Single-cell messenger RNA sequencing reveals rare intestinal cell types JO - Nature VL - 525 UR - https://doi.org/10.1038/nature14966 DO - 10.1038/nature14966 ID - Grün2015 ER - TY - JOUR AU - Kim, K. -. T. AU - Lee, H. W. AU - Lee, H. -. O. AU - Kim, S. C. AU - Seo, Y. J. AU - Chung, W. AU - Eum, H. H. AU - Nam, D. -. H. AU - Kim, J. AU - Joo, K. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Single-cell mRNA sequencing identifies subclonal heterogeneity in anti-cancer drug responses of lung adenocarcinoma cells JO - Genome Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-015-0692-3 DO - 10.1186/s13059-015-0692-3 ID - Kim2015 ER - TY - JOUR AU - Treutlein, B. AU - Brownfield, D. G. AU - Wu, A. R. AU - Neff, N. F. AU - Mantalas, G. L. AU - Espinoza, F. H. AU - Desai, T. J. AU - Krasnow, M. A. AU - Quake, S. R. PY - 2014 DA - 2014// TI - Reconstructing lineage hierarchies of the distal lung epithelium using single-cell RNA-seq JO - Nature VL - 509 UR - https://doi.org/10.1038/nature13173 DO - 10.1038/nature13173 ID - Treutlein2014 ER - TY - JOUR AU - Zeisel, A. AU - Muñoz-Manchado, A. B. AU - Codeluppi, S. AU - Lönnerberg, P. AU - Manno, G. AU - Juréus, A. AU - Marques, S. AU - Munguba, H. AU - He, L. AU - Betsholtz, C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Brain structure. Cell types in the mouse cortex and hippocampus revealed by single-cell RNA-seq JO - Science VL - 347 UR - https://doi.org/10.1126/science.aaa1934 DO - 10.1126/science.aaa1934 ID - Zeisel2015 ER - TY - JOUR AU - Tasic, B. AU - Menon, V. AU - Nguyen, T. N. AU - Kim, T. K. AU - Jarsky, T. AU - Yao, Z. AU - Levi, B. AU - Gray, L. T. AU - Sorensen, S. A. AU - Dolbeare, T. PY - 2016 DA - 2016// TI - Adult mouse cortical cell taxonomy revealed by single cell transcriptomics JO - Nat Neurosci VL - 19 UR - https://doi.org/10.1038/nn.4216 DO - 10.1038/nn.4216 ID - Tasic2016 ER - TY - JOUR AU - Grün, D. AU - Oudenaarden, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Design and analysis of single-cell sequencing experiments JO - Cell VL - 163 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.10.039 DO - 10.1016/j.cell.2015.10.039 ID - Grün2015 ER - TY - JOUR AU - Klein, A. M. AU - Mazutis, L. AU - Akartuna, I. AU - Tallapragada, N. AU - Veres, A. AU - Li, V. AU - Peshkin, L. AU - Weitz, D. A. AU - Kirschner, M. W. PY - 2015 DA - 2015// TI - Droplet barcoding for single-cell transcriptomics applied to embryonic stem cells JO - Cell VL - 161 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.04.044 DO - 10.1016/j.cell.2015.04.044 ID - Klein2015 ER - TY - JOUR AU - Macosko, E. Z. AU - Basu, A. AU - Satija, R. AU - Nemesh, J. AU - Shekhar, K. AU - Goldman, M. AU - Tirosh, I. AU - Bialas, A. R. AU - Kamitaki, N. AU - Martersteck, E. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Highly parallel genome-wide expression profiling of individual cells using Nanoliter droplets JO - Cell VL - 161 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.05.002 DO - 10.1016/j.cell.2015.05.002 ID - Macosko2015 ER - TY - JOUR AU - Brennecke, P. AU - Anders, S. AU - Kim, J. K. AU - Kołodziejczyk, A. A. AU - Zhang, X. AU - Proserpio, V. AU - Baying, B. AU - Benes, V. AU - Teichmann, S. A. AU - Marioni, J. C. PY - 2013 DA - 2013// TI - Accounting for technical noise in single-cell RNA-seq experiments JO - Nat Methods VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2645 DO - 10.1038/nmeth.2645 ID - Brennecke2013 ER - TY - JOUR AU - Kharchenko, P. V. AU - Silberstein, L. AU - Scadden, D. T. PY - 2014 DA - 2014// TI - Bayesian approach to single-cell differential expression analysis JO - Nat Methods VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2967 DO - 10.1038/nmeth.2967 ID - Kharchenko2014 ER - TY - JOUR AU - Fan, H. C. AU - Fu, G. K. AU - Fodor, S. P. A. PY - 2015 DA - 2015// JO - Expression profiling Combinatorial labeling of single cells for gene expression cytometry Science VL - 347 ID - Fan2015 ER - TY - JOUR AU - Islam, S. AU - Zeisel, A. AU - Joost, S. AU - Manno, G. AU - Zajac, P. AU - Kasper, M. AU - Lönnerberg, P. AU - Linnarsson, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Quantitative single-cell RNA-seq with unique molecular identifiers JO - Nat Methods VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2772 DO - 10.1038/nmeth.2772 ID - Islam2014 ER - TY - JOUR AU - Herazo-Maya, J. D. AU - Noth, I. AU - Duncan, S. R. AU - Kim, S. AU - Ma, S. -. F. AU - Tseng, G. C. AU - Feingold, E. AU - Juan-Guardela, B. M. AU - Richards, T. J. AU - Lussier, Y. PY - 2013 DA - 2013// TI - Peripheral blood mononuclear cell gene expression profiles predict poor outcome in idiopathic pulmonary fibrosis JO - Sci Transl Med VL - 5 UR - https://doi.org/10.1126/scitranslmed.3005964 DO - 10.1126/scitranslmed.3005964 ID - Herazo-Maya2013 ER - TY - JOUR AU - Wilde, B. AU - Lefever, S. AU - Dong, W. AU - Dunne, J. AU - Husain, S. AU - Derveaux, S. AU - Hellemans, J. AU - Vandesompele, J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Target enrichment using parallel nanoliter quantitative PCR amplification JO - BMC Genomics VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-15-184 DO - 10.1186/1471-2164-15-184 ID - Wilde2014 ER - TY - STD TI - Soumillon M, Cacchiarelli D, Semrau S, van Oudenaarden A, Mikkelsen TS. Characterization of directed differentiation by high-throughput single-cell RNA-Seq. BioRxiv. 2014. ID - ref18 ER - TY - STD TI - Ilicic T, Kim JK, Kolodziejczyk AA, Bagger FO, McCarthy DJ, Marioni JC, et al. Classification of low quality cells from single-cell RNA-seq data. Genome Biol. 2016;17:29–43. ID - ref19 ER - TY - JOUR AU - Xin, Y. AU - Kim, J. AU - Ni, M. AU - Wei, Y. AU - Okamoto, H. AU - Lee, J. AU - Adler, C. AU - Cavino, K. AU - Murphy, A. J. AU - Yancopoulos, G. D. PY - 2016 DA - 2016// TI - Use of the Fluidigm C1 platform for RNA sequencing of single mouse pancreatic islet cells JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 113 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1602306113 DO - 10.1073/pnas.1602306113 ID - Xin2016 ER - TY - JOUR AU - Riechers, A. AU - Bosserhoff, A. K. PY - 2014 DA - 2014// TI - Melanoma inhibitory activity in melanoma diagnostics and therapy - a small protein is looming large JO - Exp Dermatol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1111/exd.12281 DO - 10.1111/exd.12281 ID - Riechers2014 ER - TY - STD TI - Zheng GXY, Terry JM, Belgrader P, Ryvkin P, Bent ZW, Wilson R, Ziraldo SB, Wheeler TD, McDermott GP, Zhu J, et al. Massively parallel digital transcriptional profiling of single cells. Nat Commun. 2017;8:14049–60. ID - ref22 ER - TY - STD TI - Baron M, Veres A, Wolock SL, Faust AL, Gaujoux R, Vetere A, et al. A single-cell Transcriptomic map of the human and mouse pancreas reveals inter- and intra-cell population structure. Cell Systems. 2017;8:14049–60. ID - ref23 ER - TY - JOUR AU - Yuan, W. AU - Stawiski, E. AU - Janakiraman, V. AU - Chan, E. AU - Durinck, S. AU - Edgar, K. A. AU - Kljavin, N. M. AU - Rivers, C. S. AU - Gnad, F. AU - Roose-Girma, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Conditional activation of Pik3ca(H1047R) in a knock-in mouse model promotes mammary tumorigenesis and emergence of mutations JO - Oncogene VL - 32 UR - https://doi.org/10.1038/onc.2012.53 DO - 10.1038/onc.2012.53 ID - Yuan2013 ER - TY - JOUR AU - Wu, T. D. AU - Nacu, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Fast and SNP-tolerant detection of complex variants and splicing in short reads JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq057 DO - 10.1093/bioinformatics/btq057 ID - Wu2010 ER -