Skip to main content

Table 1 The empirical type I errors of TATES, MANOVA, MultiPhen, mCPC, and GATE when the correlated phenotypes are sampled from indirect association model

From: GATE: an efficient procedure in study of pleiotropic genetic associations

  Scenario MAF TATES MANOVA MultiPhen mCPC GATE
m=20 S1 0.05 0.046 0.044 0.048 0.046 0.043
   0.15 0.048 0.045 0.043 0.044 0.041
   0.30 0.058 0.054 0.064 0.052 0.053
   0.50 0.047 0.047 0.058 0.050 0.045
  S2 0.05 0.062 0.053 0.049 0.043 0.053
   0.15 0.059 0.058 0.060 0.057 0.054
   0.30 0.061 0.046 0.047 0.047 0.047
   0.50 0.054 0.053 0.054 0.055 0.059
  S3 0.05 0.053 0.047 0.047 0.041 0.043
   0.15 0.051 0.051 0.049 0.051 0.052
   0.30 0.064 0.053 0.057 0.061 0.065
   0.50 0.050 0.061 0.065 0.066 0.062
  S4 0.05 0.062 0.042 0.047 0.046 0.042
   0.15 0.051 0.045 0.045 0.049 0.045
   0.30 0.045 0.042 0.045 0.047 0.047
   0.50 0.052 0.044 0.049 0.060 0.057
m=100 S5 0.05 0.055 0.059 0.111 0.057 0.059
   0.15 0.053 0.049 0.087 0.046 0.053
   0.30 0.056 0.037 0.096 0.030 0.032
   0.50 0.060 0.051 0.114 0.038 0.051
  S6 0.05 0.058 0.049 0.103 0.046 0.051
   0.15 0.056 0.056 0.093 0.063 0.058
   0.30 0.062 0.043 0.098 0.040 0.049
   0.50 0.076 0.046 0.116 0.037 0.050
  S7 0.05 0.057 0.052 0.104 0.051 0.048
   0.15 0.045 0.045 0.086 0.058 0.056
   0.30 0.052 0.045 0.103 0.040 0.041
   0.50 0.049 0.062 0.114 0.054 0.053
  S8 0.05 0.066 0.063 0.113 0.063 0.062
   0.15 0.063 0.046 0.085 0.051 0.055
   0.30 0.039 0.052 0.116 0.041 0.038
   0.50 0.066 0.071 0.126 0.066 0.054
  1. The number of correlated phenotypes is 20 and 100. Scenario S1-S4 correspond to four correlation structures for m=20 and Scenario S5-S8 are for m=100. For each scenario, four MAFs including 0.05, 0.15, 0.30, and 0.50 are considered. The nominal significance level is 0.05 and 1000 simulations are conducted