Skip to main content

Table 2 The transition probability matrix of the second order Markov chain

From: Optimal choice of word length when comparing two Markov sequences using a χ 2-statistic

  A C G T
AA 0.1+ α 1 0.2- α 1 0.3+ α 2 0.4- α 2
AC 0.2+ α 1 0.3- α 1 0.4+ α 2 0.1- α 2
AG 0.3+ α 1 0.4- α 1 0.1+ α 2 0.2- α 2
AT 0.4+ α 1 0.1- α 1 0.2+ α 2 0.3- α 2
CA 0.1+ β 1 0.2- β 1 0.3+ β 2 0.4- β 2
CC 0.2+ β 1 0.3- β 1 0.4+ β 2 0.1- β 2
CG 0.3+ β 1 0.4- β 1 0.1+ β 2 0.2- β 2
CT 0.4+ β 1 0.1- β 1 0.2+ β 2 0.3- β 2
GA 0.1+ γ 1 0.2- γ 1 0.3+ γ 2 0.4- γ 2
GC 0.2+ γ 1 0.3- γ 1 0.4+ γ 2 0.1- γ 2
GG 0.3+ γ 1 0.4- γ 1 0.1+ γ 2 0.2- γ 2
GT 0.4+ γ 1 0.1- γ 1 0.2+ γ 2 0.3- γ 2
TA 0.1+ δ 1 0.2- δ 1 0.3+ δ 2 0.4- δ 2
TC 0.2+ δ 1 0.3- δ 1 0.4+ δ 2 0.1- δ 2
TG 0.3+ δ 1 0.4- δ 1 0.1+ δ 2 0.2- δ 2
TT 0.4+ δ 1 0.1- δ 1 0.2+ δ 2 0.3- δ 2