Gene | Protein | All stages | Stage I | Stage II | Stage III | Stage IV | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
p * | FDR | beta | p * | FDR | beta | p * | FDR | beta | p * | FDR | beta | p * | FDR | beta | ||
KDR | VEGFR2 | 6.4 × 10−12 | 2.4 × 10−10 | −0.39 | 0.09 | 0.42 | −0.24 | 0.72 | 0.87 | 0.10 | 7.3 × 10 −4 | 0.08 | −0.35 | 4.3 × 10−4 | 7.5 × 10−3 | −0.33 |
FASN | FASN | 9.6 × 10−12 | 2.9 × 10−10 | 0.82 | 0.07 | 0.40 | 0.57 | 0.08 | 0.59 | 0.88 | 7.0 × 10−3 | 0.08 | 0.53 | 9.3 × 10 −6 | 7.5 × 10−4 | 0.90 |
FOXM1 | FoxM1 | 1.1 × 10−12 | 7.8 × 10−11 | 0.49 | 0.10 | 0.42 | 0.32 | 0.15 | 0.71 | 0.40 | 0.13 | 0.35 | 0.18 | 1.0 × 10 −5 | 7.5 × 10−4 | 0.51 |
CCNE1 | Cyclin_E1 | 9.7 × 10−14 | 1.4 × 10−11 | 0.58 | 0.02 | 0.33 | 0.46 | 0.03 | 0.52 | 0.76 | 0.09 | 0.30 | 0.23 | 3.4 × 10 −5 | 1.7 × 10−3 | 0.54 |
ERBB3 | HER3_pY128; HER3 | 1.4 × 10−7 | 1.1 × 10−6 | −0.28 | 0.01 | 0.30 | −0.34 | 0.24 | 0.78 | −0.21 | 0.10 | 0.30 | −0.18 | 2.0 × 10 −4 | 6.2 × 10−3 | −0.25 |
CCNE2 | Cyclin_E2 | 3.2 × 10−5 | 1.4 × 10−4 | 0.47 | 0.88 | 0.98 | 0.04 | 0.09 | 0.59 | 0.69 | 0.85 | 0.92 | 0.04 | 2.5 × 10 −4 | 6.2 × 10−3 | 0.70 |
BCL2 | Bcl-2 | 4.9 × 10−8 | 4.5 × 10−7 | −0.42 | 0.05 | 0.39 | −0.30 | 0.62 | 0.87 | 0.16 | 0.04 | 0.18 | −0.32 | 2.5 × 10 −4 | 6.2 × 10−3 | −0.48 |
ACACA | ACC_pS79; ACC1 | 2.8 × 10–5 | 1.3 × 10−4 | 0.61 | 0.05 | 0.39 | 0.61 | 0.65 | 0.87 | 0.24 | 0.04 | 0.19 | 0.53 | 4.3 × 10 −4 | 7.5 × 10−3 | 0.82 |
DVL3 | Dvl3 | 1.4 × 10−11 | 3.3 × 10−10 | 1.22 | 0.01 | 0.30 | 1.14 | 0.01 | 0.52 | 1.40 | 7.5 × 10−3 | 0.08 | 0.84 | 4.6 × 10 −4 | 7.5 × 10−3 | 1.09 |
COL6A1 | Collagen_VI | 1.5 × 10−9 | 2.5 × 10−8 | 0.50 | 0.21 | 0.71 | 0.28 | 0.18 | 0.71 | 0.30 | 5.4 × 10−3 | 0.08 | 0.45 | 5.6 × 10 −4 | 8.0 × 10−3 | 0.41 |
CCNB1 | Cyclin_B1 | 6.9 × 10−8 | 6.0 × 10−7 | 0.48 | 0.49 | 0.86 | 0.16 | 0.35 | 0.80 | 0.34 | 0.81 | 0.90 | 0.04 | 6.0 × 10 −4 | 8.0 × 10−3 | 0.47 |
RAD51 | Rad51 | 5.6 × 10−5 | 2.2 × 10−4 | 0.38 | 0.96 | 1.00 | −0.01 | 0.14 | 0.71 | 0.42 | 0.42 | 0.66 | −0.14 | 7.9 × 10 −4 | 9.4 × 10−3 | 0.55 |
RB1 | Rb_pS807_S811 | 2.9 × 10−6 | 1.8 × 10−5 | −0.68 | 0.66 | 0.89 | −0.19 | 0.05 | 0.52 | −1.59 | 3.4 × 10−3 | 0.08 | −0.60 | 8.7 × 10 −4 | 9.4 × 10−3 | −0.91 |
VHL | VHL | .07 | 0.11 | 0.22 | 0.34 | 0.84 | 0.26 | 0.18 | 0.71 | 0.61 | 0.53 | 0.74 | −0.12 | 9.1 × 10 −4 | 9.4 × 10−3 | 0.69 |
MYH11 | MYH11 | 8.5 × 10−4 | 2.5 × 10−3 | −0.16 | 0.38 | 0.85 | −0.10 | 0.97 | 1.00 | −7.4 × 10−3 | 0.16 | 0.38 | −0.13 | 9.8 × 10 −4 | 9.4 × 10−3 | −0.22 |