Skip to main content

Advertisement

Table 2 The Average percent of correctly inferred proportions from AIPS, STRUCTURE, and ADMIXTURE

From: Ancestry inference using principal component analysis and spatial analysis: a distance-based analysis to account for population substructure

Given Pop Inferred Clusters Number of Individuals(np)
AIPS[3] NEa SEb GBc Russiad Arabe Basquef Jewg  
NE 0.78 0.00 0.11 0.11 0.00 0.00 0.00 601
SE 0.00 0.68 0.04 0.00 0.08 0.12 0.08 100
GB 0.11 0.00 0.77 0.05 0.00 0.07 0.00 124
Russia 0.05 0.00 0.08 0.87 0.00 0.00 0.00 13
Arab 0.00 0.08 0.00 0.00 0.83 0.00 0.09 62
Basque 0.00 0.08 0.05 0.00 0.00 0.87 0.00 12
Jew 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.90 40
AIPS[4] NEa SEb GBc Russiad Arabe Basquef Jewg np
NE 0.74 0.00 0.10 0.11 0.00 0.05 0.00 601
SE 0.01 0.65 0.06 0.00 0.09 0.11 0.07 100
GB 0.11 0.00 0.76 0.05 0.00 0.09 0.00 124
Russia 0.05 0.00 0.08 0.83 0.00 0.04 0.00 13
Arab 0.00 0.07 0.00 0.00 0.80 0.05 0.08 62
Basque 0.04 0.08 0.05 0.00 0.00 0.83 0.00 12
Jew 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.04 0.87 40
STRUCTURE1 POP1 POP2 POP3 POP4 POP5 POP6 POP7 np
NE 0.07 0.13 0.21 0.10 0.14 0.09 0.26 601
SE 0.21 0.09 0.05 0.10 0.14 0.33 0.07 100
GB 0.07 0.28 0.11 0.09 0.13 0.11 0.22 124
Russia 0.10 0.04 0.06 0.10 0.34 0.04 0.33 13
Arab 0.64 0.04 0.03 0.09 0.07 0.11 0.01 62
Basque 0.08 0.22 0.03 0.10 0.05 0.35 0.16 12
Jew 0.25 0.04 0.03 0.54 0.05 0.07 0.02 40
STRUCTURE2 POP1 POP2 POP3 POP4 POP5 POP6 POP7 np
NE 0.93 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 601
SE 0.17 0.28 0.06 0.00 0.46 0.00 0.03 100
GB 1.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 124
Russia 1.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 13
Arab 0.00 0.89 0.00 0.00 0.11 0.00 0.00 62
Basque 0.64 0.27 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 12
Jew 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00 0.00 0.00 40
ADMIXTURE1 POP1 POP2 POP3 POP4 POP5 POP6 POP7 np
NE 0.07 0.18 0.42 0.06 0.11 0.11 0.05 601
SE 0.11 0.07 0.05 0.37 0.12 0.12 0.15 100
GB 0.06 0.07 0.22 0.06 0.15 0.42 0.04 124
Russia 0.04 0.63 0.05 0.03 0.10 0.12 0.03 13
Arab 0.14 0.03 0.04 0.12 0.06 0.05 0.57 62
Basque 0.00 0.02 0.01 0.03 0.92 0.01 0.00 12
Jew 0.73 0.03 0.03 0.04 0.09 0.04 0.04 40
AIPS[3] NEa SEb GBc Russiad Arabe Basquef Jewg np
NE 0.82 0.00 0.09 0.08 0.00 0.01 0.00 601
SE 0.00 0.69 0.04 0.00 0.08 0.13 0.07 100
GB 0.12 0.00 0.79 0.02 0.00 0.07 0.00 124
Russia 0.07 0.00 0.05 0.88 0.00 0.00 0.00 13
Arab 0.00 0.07 0.00 0.00 0.87 0.00 0.07 62
Basque 0.02 0.05 0.06 0.00 0.00 0.86 0.00 12
Jew 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.91 40
Unknown 0.13 0.12 0.37 0.04 0.02 0.22 0.11 3424
ADMIXTURE1 POP1 POP2 POP3 POP4 POP5 POP6 POP7 np
NE 0.05 0.09 0.42 0.08 0.06 0.14 0.16 601
SE 0.05 0.08 0.06 0.41 0.21 0.11 0.08 100
GB 0.06 0.09 0.16 0.07 0.07 0.48 0.08 124
Russia 0.05 0.07 0.16 0.06 0.08 0.04 0.54 13
Arab 0.05 0.38 0.03 0.10 0.40 0.02 0.02 62
Basque 0.05 0.05 0.07 0.42 0.03 0.28 0.09 12
Jew 0.62 0.06 0.07 0.05 0.10 0.05 0.06 40
Unknown 0.12 0.08 0.16 0.14 0.12 0.26 0.12 3424
ADMIXTURE2 POP1 POP2 POP3 POP4 POP5 POP6 POP7 np
NE 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00* 0.00 601
SE 1.00* 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 100
GB 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00* 0.00 0.00 124
Russia 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 1.00* 13
Arab 0.00 0.00 0.00 1.00* 0.00 0.00 0.00 62
Basque 0.00 0.00 1.00* 0.00 0.00 0.00 0.00 12
Jew 0.00 1.00* 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 40
Unknown 0.14 0.13 0.08 0.07 0.31 0.18 0.09 3424
  1. Note that superscripts a-g indicate the proportions inferred from each population centroid. Superscript1 and superscript2 are computed without and with population identities, respectively. The number in bracket presents the number of admixtures in AIPS. The italicized number presents the highest correct classification rates for each population. *The ancestry inference with asterisk was obtained by supervised learning mode in ADMIXTURE, assigning 100% ancestry membership without further computation