Skip to main content

Table 2 The Average percent of correctly inferred proportions from AIPS, STRUCTURE, and ADMIXTURE

From: Ancestry inference using principal component analysis and spatial analysis: a distance-based analysis to account for population substructure

Given Pop

Inferred Clusters

Number of Individuals(np)

AIPS[3]

NEa

SEb

GBc

Russiad

Arabe

Basquef

Jewg

 

NE

0.78

0.00

0.11

0.11

0.00

0.00

0.00

601

SE

0.00

0.68

0.04

0.00

0.08

0.12

0.08

100

GB

0.11

0.00

0.77

0.05

0.00

0.07

0.00

124

Russia

0.05

0.00

0.08

0.87

0.00

0.00

0.00

13

Arab

0.00

0.08

0.00

0.00

0.83

0.00

0.09

62

Basque

0.00

0.08

0.05

0.00

0.00

0.87

0.00

12

Jew

0.00

0.06

0.00

0.00

0.04

0.01

0.90

40

AIPS[4]

NEa

SEb

GBc

Russiad

Arabe

Basquef

Jewg

np

NE

0.74

0.00

0.10

0.11

0.00

0.05

0.00

601

SE

0.01

0.65

0.06

0.00

0.09

0.11

0.07

100

GB

0.11

0.00

0.76

0.05

0.00

0.09

0.00

124

Russia

0.05

0.00

0.08

0.83

0.00

0.04

0.00

13

Arab

0.00

0.07

0.00

0.00

0.80

0.05

0.08

62

Basque

0.04

0.08

0.05

0.00

0.00

0.83

0.00

12

Jew

0.00

0.05

0.00

0.00

0.04

0.04

0.87

40

STRUCTURE1

POP1

POP2

POP3

POP4

POP5

POP6

POP7

np

NE

0.07

0.13

0.21

0.10

0.14

0.09

0.26

601

SE

0.21

0.09

0.05

0.10

0.14

0.33

0.07

100

GB

0.07

0.28

0.11

0.09

0.13

0.11

0.22

124

Russia

0.10

0.04

0.06

0.10

0.34

0.04

0.33

13

Arab

0.64

0.04

0.03

0.09

0.07

0.11

0.01

62

Basque

0.08

0.22

0.03

0.10

0.05

0.35

0.16

12

Jew

0.25

0.04

0.03

0.54

0.05

0.07

0.02

40

STRUCTURE2

POP1

POP2

POP3

POP4

POP5

POP6

POP7

np

NE

0.93

0.03

0.03

0.00

0.00

0.00

0.00

601

SE

0.17

0.28

0.06

0.00

0.46

0.00

0.03

100

GB

1.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

124

Russia

1.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

13

Arab

0.00

0.89

0.00

0.00

0.11

0.00

0.00

62

Basque

0.64

0.27

0.09

0.00

0.00

0.00

0.00

12

Jew

0.00

0.00

0.00

0.00

1.00

0.00

0.00

40

ADMIXTURE1

POP1

POP2

POP3

POP4

POP5

POP6

POP7

np

NE

0.07

0.18

0.42

0.06

0.11

0.11

0.05

601

SE

0.11

0.07

0.05

0.37

0.12

0.12

0.15

100

GB

0.06

0.07

0.22

0.06

0.15

0.42

0.04

124

Russia

0.04

0.63

0.05

0.03

0.10

0.12

0.03

13

Arab

0.14

0.03

0.04

0.12

0.06

0.05

0.57

62

Basque

0.00

0.02

0.01

0.03

0.92

0.01

0.00

12

Jew

0.73

0.03

0.03

0.04

0.09

0.04

0.04

40

AIPS[3]

NEa

SEb

GBc

Russiad

Arabe

Basquef

Jewg

np

NE

0.82

0.00

0.09

0.08

0.00

0.01

0.00

601

SE

0.00

0.69

0.04

0.00

0.08

0.13

0.07

100

GB

0.12

0.00

0.79

0.02

0.00

0.07

0.00

124

Russia

0.07

0.00

0.05

0.88

0.00

0.00

0.00

13

Arab

0.00

0.07

0.00

0.00

0.87

0.00

0.07

62

Basque

0.02

0.05

0.06

0.00

0.00

0.86

0.00

12

Jew

0.00

0.05

0.00

0.00

0.04

0.00

0.91

40

Unknown

0.13

0.12

0.37

0.04

0.02

0.22

0.11

3424

ADMIXTURE1

POP1

POP2

POP3

POP4

POP5

POP6

POP7

np

NE

0.05

0.09

0.42

0.08

0.06

0.14

0.16

601

SE

0.05

0.08

0.06

0.41

0.21

0.11

0.08

100

GB

0.06

0.09

0.16

0.07

0.07

0.48

0.08

124

Russia

0.05

0.07

0.16

0.06

0.08

0.04

0.54

13

Arab

0.05

0.38

0.03

0.10

0.40

0.02

0.02

62

Basque

0.05

0.05

0.07

0.42

0.03

0.28

0.09

12

Jew

0.62

0.06

0.07

0.05

0.10

0.05

0.06

40

Unknown

0.12

0.08

0.16

0.14

0.12

0.26

0.12

3424

ADMIXTURE2

POP1

POP2

POP3

POP4

POP5

POP6

POP7

np

NE

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

1.00*

0.00

601

SE

1.00*

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

100

GB

0.00

0.00

0.00

0.00

1.00*

0.00

0.00

124

Russia

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

1.00*

13

Arab

0.00

0.00

0.00

1.00*

0.00

0.00

0.00

62

Basque

0.00

0.00

1.00*

0.00

0.00

0.00

0.00

12

Jew

0.00

1.00*

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

40

Unknown

0.14

0.13

0.08

0.07

0.31

0.18

0.09

3424

  1. Note that superscripts a-g indicate the proportions inferred from each population centroid. Superscript1 and superscript2 are computed without and with population identities, respectively. The number in bracket presents the number of admixtures in AIPS. The italicized number presents the highest correct classification rates for each population. *The ancestry inference with asterisk was obtained by supervised learning mode in ADMIXTURE, assigning 100% ancestry membership without further computation