TY - JOUR AU - Esteller, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Non-coding RNAs in human disease JO - Nat Rev Genet VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3074 DO - 10.1038/nrg3074 ID - Esteller2011 ER - TY - JOUR AU - Shlyueva, D. AU - Stampfel, G. AU - Stark, A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Transcriptional enhancers: from properties to genome-wide predictions JO - Nat Rev Genet VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3682 DO - 10.1038/nrg3682 ID - Shlyueva2014 ER - TY - JOUR AU - Smemo, S. AU - Campos, L. C. AU - Moskowitz, I. P. AU - Krieger, J. E. AU - Pereira, A. C. AU - Nobrega, M. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Regulatory variation in a TBX5 enhancer leads to isolated congenital heart disease JO - Hum Mol Genet VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/dds165 DO - 10.1093/hmg/dds165 ID - Smemo2012 ER - TY - JOUR AU - Andersson, R. AU - Gebhard, C. AU - Miguel-Escalada, I. AU - Hoof, I. AU - Bornholdt, J. AU - Boyd, M. AU - Chen, Y. AU - Zhao, X. AU - Schmidl, C. AU - Suzuki, T. PY - 2014 DA - 2014// TI - An atlas of active enhancers across human cell types and tissues JO - Nature VL - 507 UR - https://doi.org/10.1038/nature12787 DO - 10.1038/nature12787 ID - Andersson2014 ER - TY - JOUR AU - Jiang, R. PY - 2015 DA - 2015// TI - Walking on multiple disease-gene networks to prioritize candidate genes JO - J Mol Cell Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1093/jmcb/mjv008 DO - 10.1093/jmcb/mjv008 ID - Jiang2015 ER - TY - JOUR AU - Guo, H. AU - Ahmed, M. AU - Zhang, F. AU - Yao, C. Q. AU - Li, S. AU - Liang, Y. AU - Hua, J. AU - Soares, F. AU - Sun, Y. AU - Langstein, J. PY - 2016 DA - 2016// TI - Modulation of long noncoding RNAs by risk SNPs underlying genetic predispositions to prostate cancer JO - Nat Genet VL - 48 UR - https://doi.org/10.1038/ng.3637 DO - 10.1038/ng.3637 ID - Guo2016 ER - TY - JOUR AU - Dekker, J. AU - Rippe, K. AU - Dekker, M. AU - Kleckner, N. PY - 2002 DA - 2002// TI - Capturing chromosome conformation JO - Science VL - 295 UR - https://doi.org/10.1126/science.1067799 DO - 10.1126/science.1067799 ID - Dekker2002 ER - TY - JOUR AU - Simonis, M. AU - Klous, P. AU - Splinter, E. AU - Moshkin, Y. AU - Willemsen, R. AU - de Wit, E. AU - van Steensel, B. AU - de Laat, W. PY - 2006 DA - 2006// TI - Nuclear organization of active and inactive chromatin domains uncovered by chromosome conformation capture-on-chip (4C) JO - Nat Genet VL - 38 UR - https://doi.org/10.1038/ng1896 DO - 10.1038/ng1896 ID - Simonis2006 ER - TY - JOUR AU - Dostie, J. AU - Richmond, T. A. AU - Arnaout, R. A. AU - Selzer, R. R. AU - Lee, W. L. AU - Honan, T. A. AU - Rubio, E. D. AU - Krumm, A. AU - Lamb, J. AU - Nusbaum, C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Chromosome conformation capture carbon copy (5C): a massively parallel solution for mapping interactions between genomic elements JO - Genome Res VL - 16 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5571506 DO - 10.1101/gr.5571506 ID - Dostie2006 ER - TY - JOUR AU - Fullwood, M. J. AU - Liu, M. H. AU - Pan, Y. F. AU - Liu, J. AU - Xu, H. AU - Mohamed, Y. B. AU - Orlov, Y. L. AU - Velkov, S. AU - Ho, A. AU - Mei, P. H. PY - 2009 DA - 2009// TI - An oestrogen-receptor-alpha-bound human chromatin interactome JO - Nature VL - 462 UR - https://doi.org/10.1038/nature08497 DO - 10.1038/nature08497 ID - Fullwood2009 ER - TY - JOUR AU - Lieberman-Aiden, E. AU - van Berkum, N. L. AU - Williams, L. AU - Imakaev, M. AU - Ragoczy, T. AU - Telling, A. AU - Amit, I. AU - Lajoie, B. R. AU - Sabo, P. J. AU - Dorschner, M. O. PY - 2009 DA - 2009// TI - Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome JO - Science VL - 326 UR - https://doi.org/10.1126/science.1181369 DO - 10.1126/science.1181369 ID - Lieberman-Aiden2009 ER - TY - JOUR AU - He, B. AU - Chen, C. AU - Teng, L. AU - Tan, K. PY - 2014 DA - 2014// TI - Global view of enhancer-promoter interactome in human cells JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 111 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1320308111 DO - 10.1073/pnas.1320308111 ID - He2014 ER - TY - JOUR AU - Roy, S. AU - Siahpirani, A. F. AU - Chasman, D. AU - Knaack, S. AU - Ay, F. AU - Stewart, R. AU - Wilson, M. AU - Sridharan, R. PY - 2015 DA - 2015// TI - A predictive modeling approach for cell line-specific long-range regulatory interactions JO - Nucleic Acids Res VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkv865 DO - 10.1093/nar/gkv865 ID - Roy2015 ER - TY - JOUR AU - Whalen, S. AU - Truty, R. M. AU - Pollard, K. S. PY - 2016 DA - 2016// TI - Enhancer-promoter interactions are encoded by complex genomic signatures on looping chromatin JO - Nat Genet VL - 48 UR - https://doi.org/10.1038/ng.3539 DO - 10.1038/ng.3539 ID - Whalen2016 ER - TY - JOUR AU - Zhu, Y. AU - Chen, Z. AU - Zhang, K. AU - Wang, M. AU - Medovoy, D. AU - Whitaker, J. W. AU - Ding, B. AU - Li, N. AU - Zheng, L. AU - Wang, W. PY - 2016 DA - 2016// TI - Constructing 3D interaction maps from 1D epigenomes JO - Nat Commun VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms10812 DO - 10.1038/ncomms10812 ID - Zhu2016 ER - TY - STD TI - S Singh, Y Yang, B Poczos, J Ma. Predicting Enhancer-Promoter Interaction from Genomic Sequence with Deep Neural Networks. biorxiv 2016. ID - ref16 ER - TY - JOUR AU - Duren, Z. AU - Chen, X. AU - Jiang, R. AU - Wang, Y. AU - Wong, W. H. PY - 2017 DA - 2017// TI - Modeling gene regulation from paired expression and chromatin accessibility data JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 114 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1704553114 DO - 10.1073/pnas.1704553114 ID - Duren2017 ER - TY - JOUR AU - Min, X. AU - Zeng, W. AU - Chen, N. AU - Chen, T. AU - Jiang, R. PY - 2017 DA - 2017// TI - Chromatin accessibility prediction via convolutional long short-term memory networks with k-mer embedding JO - Bioinformatics VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx234 DO - 10.1093/bioinformatics/btx234 ID - Min2017 ER - TY - JOUR AU - Ghandi, M. AU - Lee, D. AU - Mohammad-Noori, M. AU - Beer, M. A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Enhanced regulatory sequence prediction using gapped k-mer features JO - PLoS Comput Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003711 DO - 10.1371/journal.pcbi.1003711 ID - Ghandi2014 ER - TY - JOUR AU - Zhou, J. AU - Troyanskaya, O. G. PY - 2015 DA - 2015// TI - Predicting effects of noncoding variants with deep learning-based sequence model JO - Nat Methods VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3547 DO - 10.1038/nmeth.3547 ID - Zhou2015 ER - TY - JOUR AU - Alipanahi, B. AU - Delong, A. AU - Weirauch, M. T. AU - Frey, B. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Predicting the sequence specificities of DNA- and RNA-binding proteins by deep learning JO - Nat Biotechnol VL - 33 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3300 DO - 10.1038/nbt.3300 ID - Alipanahi2015 ER - TY - CHAP AU - Le, Q. AU - Mikolov, T. PY - 2014 DA - 2014// TI - Distributed representations of sentences and documents BT - Proceedings of the 31st international conference on machine learning (ICML-14): 2014 ID - Le2014 ER - TY - JOUR AU - Gan, M. AU - Li, W. AU - Zeng, W. AU - Wang, X. AU - Jiang, R. PY - 2017 DA - 2017// TI - Mimvec: a deep learning approach for analyzing the human phenome JO - BMC Syst Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/s12918-017-0451-z DO - 10.1186/s12918-017-0451-z ID - Gan2017 ER - TY - CHAP AU - Sutskever, I. AU - Vinyals, O. AU - Le, Q. V. PY - 2014 DA - 2014// TI - Sequence to sequence learning with neural networks BT - Advances in neural information processing systems: 2014 ID - Sutskever2014 ER - TY - STD TI - Huang P-S, He X, Gao J, Deng L, Acero A, Heck L: Learning deep structured semantic models for web search using clickthrough data. In: Proceedings of the 22nd ACM international conference on Conference on information & knowledge management: 2013. San Francisco: ACM; 2013: 2333-2338. ID - ref25 ER - TY - JOUR AU - Hoffman, M. M. AU - Buske, O. J. AU - Wang, J. AU - Weng, Z. AU - Bilmes, J. A. AU - Noble, W. S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Unsupervised pattern discovery in human chromatin structure through genomic segmentation JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1937 DO - 10.1038/nmeth.1937 ID - Hoffman2012 ER - TY - JOUR AU - Ernst, J. AU - Kellis, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - ChromHMM: automating chromatin-state discovery and characterization JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1906 DO - 10.1038/nmeth.1906 ID - Ernst2012 ER - TY - JOUR AU - Bernstein, B. E. AU - Stamatoyannopoulos, J. A. AU - Costello, J. F. AU - Ren, B. AU - Milosavljevic, A. AU - Meissner, A. AU - Kellis, M. AU - Marra, M. A. AU - Beaudet, A. L. AU - Ecker, J. R. PY - 2010 DA - 2010// TI - The NIH roadmap Epigenomics mapping consortium JO - Nat Biotechnol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1010-1045 DO - 10.1038/nbt1010-1045 ID - Bernstein2010 ER - TY - JOUR AU - Harrow, J. AU - Frankish, A. AU - Gonzalez, J. M. AU - Tapanari, E. AU - Diekhans, M. AU - Kokocinski, F. AU - Aken, B. L. AU - Barrell, D. AU - Zadissa, A. AU - Searle, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - GENCODE: the reference human genome annotation for the ENCODE project JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.135350.111 DO - 10.1101/gr.135350.111 ID - Harrow2012 ER - TY - JOUR AU - Ramskold, D. AU - Wang, E. T. AU - Burge, C. B. AU - Sandberg, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - An abundance of ubiquitously expressed genes revealed by tissue transcriptome sequence data JO - PLoS Comput Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000598 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000598 ID - Ramskold2009 ER - TY - STD TI - Li Q, Brown JB, Huang H, Bickel PJ. Measuring reproducibility of high-throughput experiments. Ann Appl Stat. 2011:1752–79. ID - ref31 ER - TY - JOUR AU - Rao, S. S. AU - Huntley, M. H. AU - Durand, N. C. AU - Stamenova, E. K. AU - Bochkov, I. D. AU - Robinson, J. T. AU - Sanborn, A. L. AU - Machol, I. AU - Omer, A. D. AU - Lander, E. S. PY - 2014 DA - 2014// TI - A 3D map of the human genome at kilobase resolution reveals principles of chromatin looping JO - Cell VL - 159 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.11.021 DO - 10.1016/j.cell.2014.11.021 ID - Rao2014 ER - TY - JOUR AU - Rumelhart, D. E. AU - Hinton, G. E. AU - Williams, R. J. PY - 1988 DA - 1988// TI - Learning representations by back-propagating errors JO - Cogn Model VL - 5 ID - Rumelhart1988 ER - TY - STD TI - Morin F, Bengio Y: Hierarchical Probabilistic Neural Network Language Model. In: Aistats: 2005. Citeseer; 2005: 246-252. ID - ref34 ER - TY - STD TI - Mnih A, Hinton GE. A scalable hierarchical distributed language model. In: Advances in neural information processing systems: 2009, vol. 2009. p. 1081–8. ID - ref35 ER - TY - CHAP AU - Mikolov, T. AU - Sutskever, I. AU - Chen, K. AU - Corrado, G. S. AU - Dean, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Distributed representations of words and phrases and their compositionality BT - Advances in neural information processing systems: 2013 ID - Mikolov2013 ER - TY - CHAP AU - Řehůřek, R. AU - Sojka, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - Software framework for topic Modelling with large corpora BT - Proceedings of LREC 2010 workshop new challenges for NLP frameworks: 2010 ID - Řehůřek2010 ER - TY - JOUR AU - Bailey, T. L. AU - Machanick, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Inferring direct DNA binding from ChIP-seq JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks433 DO - 10.1093/nar/gks433 ID - Bailey2012 ER - TY - JOUR AU - Kulakovskiy, I. V. AU - Vorontsov, I. E. AU - Yevshin, I. S. AU - Soboleva, A. V. AU - Kasianov, A. S. AU - Ashoor, H. AU - Ba-Alawi, W. AU - Bajic, V. B. AU - Medvedeva, Y. A. AU - Kolpakov, F. A. PY - 2016 DA - 2016// TI - HOCOMOCO: expansion and enhancement of the collection of transcription factor binding sites models JO - Nucleic Acids Res VL - 44 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkv1249 DO - 10.1093/nar/gkv1249 ID - Kulakovskiy2016 ER - TY - JOUR AU - Sebastian, A. AU - Contreras-Moreira, B. PY - 2014 DA - 2014// TI - footprintDB: a database of transcription factors with annotated cis elements and binding interfaces JO - Bioinformatics VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt663 DO - 10.1093/bioinformatics/btt663 ID - Sebastian2014 ER - TY - JOUR AU - Ramsay, R. G. AU - Gonda, T. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - MYB function in normal and cancer cells JO - Nat Rev Cancer VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nrc2439 DO - 10.1038/nrc2439 ID - Ramsay2008 ER - TY - JOUR AU - Hock, H. AU - Hamblen, M. J. AU - Rooke, H. M. AU - Schindler, J. W. AU - Saleque, S. AU - Fujiwara, Y. AU - Orkin, S. H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Gfi-1 restricts proliferation and preserves functional integrity of haematopoietic stem cells JO - Nature VL - 431 UR - https://doi.org/10.1038/nature02994 DO - 10.1038/nature02994 ID - Hock2004 ER - TY - JOUR AU - Virely, C. AU - Moulin, S. AU - Cobaleda, C. AU - Lasgi, C. AU - Alberdi, A. AU - Soulier, J. AU - Sigaux, F. AU - Chan, S. AU - Kastner, P. AU - Ghysdael, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Haploinsufficiency of the IKZF1 (IKAROS) tumor suppressor gene cooperates with BCR-ABL in a transgenic model of acute lymphoblastic leukemia JO - Leukemia VL - 24 UR - https://doi.org/10.1038/leu.2010.63 DO - 10.1038/leu.2010.63 ID - Virely2010 ER - TY - JOUR AU - McLaughlin, J. N. AU - Mazzoni, M. R. AU - Cleator, J. H. AU - Earls, L. AU - Perdigoto, A. L. AU - Brooks, J. D. AU - Muldowney, J. A. AU - Vaughan, D. E. AU - Hamm, H. E. PY - 2005 DA - 2005// TI - Thrombin modulates the expression of a set of genes including thrombospondin-1 in human microvascular endothelial cells JO - J Biol Chem VL - 280 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M500721200 DO - 10.1074/jbc.M500721200 ID - McLaughlin2005 ER - TY - JOUR AU - DeKelver, R. C. AU - Lewin, B. AU - Lam, K. AU - Komeno, Y. AU - Yan, M. AU - Rundle, C. AU - Lo, M. C. AU - Zhang, D. E. PY - 2013 DA - 2013// TI - Cooperation between RUNX1-ETO9a and novel transcriptional partner KLF6 in upregulation of Alox5 in acute myeloid leukemia JO - PLoS Genet VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1003765 DO - 10.1371/journal.pgen.1003765 ID - DeKelver2013 ER - TY - JOUR AU - Heimann, P. AU - El Housni, H. AU - Ogur, G. AU - Weterman, M. A. AU - Petty, E. M. AU - Vassart, G. PY - 2001 DA - 2001// TI - Fusion of a novel gene, RCC17, to the TFE3 gene in t(X;17)(p11.2;q25.3)-bearing papillary renal cell carcinomas JO - Cancer Res VL - 61 ID - Heimann2001 ER -