Table 4 TaqMan assays and PCR efficiencies of selected genes outlined in Table 3 across 6 salmonid species
From: Developing specific molecular biomarkers for thermal stress in salmonids
Symbol | Chromosome | Primers and TaqMan Probes | PCR Efficiency | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
O. tshawytscha (Chinook) | O. kisutch (Coho) | O. keta (Chum) | O. gorbuscha (Pink) | O. nerka (Sockeye) | S. salar (Atlantic) | |||
SERPINH1 | 20 | F-ACTATGACCACTCGAAGATCAACCT R-CCCATTCGTTGATGGAGTTCA P-AGGGACAAGAGGAGC | 0.75 | 0.90 | 0.87 | 0.79 | 0.89 | 0.84 |
SERPINH1 | 9 | F- GAGGTCAGCGACCCAAAGAC R- GCCGTAGAGGCGGTTACTGAT P- CGGAACGTCACATGGA | 0.84 | 0.97 | 0.96 | 0.95 | 0.92 | 1.08 |
HSP90AA1 | 6 | F- TTGGATGACCCTCAGACACACT R- CGTCAATACCCAGGCCTAGCT P- CCGAATCTACCGGATGAT | 0.91 | 0.88 | 0.98 | 0.98 | 0.87 | 0.87 |
HSP90AB1 | 15 | F- GACACGGTGTTGGGTTGGTT R- TTGCAGTCAACTCTCCATGCA P- TCATGTGCAACATAACAT | 0.86 | 0.85 | 0.78 | 0.88 | 0.83 | 0.77 |
HSP90AA1 | 15 | F- ATGACCCTCAGACACACTCCAA R- CCTCATCAATACCCAGTCCTAGCT P- CGCATCTACAGAATGA | 0.82 | 0.70 | 0.68 | 1.00 | 0.85 | 0.84 |
HSC71 | 9 | F- CTTAGGGACGCCAAGATGGA R- GAGCCTCCCACCAGGACAA P- AAGCCCAGGTCCACGAC | 0.90 | 0.86 | 1.33 | 0.94 | 0.86 | 0.82 |
HSP70 | 6 | F- TCAACGATCAGGTCGTGCAA R- CGTCGCTGACCACCTTGAA P- CCGACATGAAGCACTGG | 0.88 | 1.02 | 0.81 | 0.89 | 0.82 | 0.65 |
PDIA4 | 19 | F- TGAGGTGCAGGACTTTTTTAAGAA R- TCGTTGCTCTGTTTCCTGTGA P- ACATCCTGCCACTGGT | 0.90 | 0.88 | 0.81 | 0.90 | 0.86 | 0.93 |
SEPW1 | 11 | F- TGAGGATGAATTCCCAGGTGAT R- AAACCACCCAGAGGTTGAAGGT P- TTGAGATTACTGGTGAAAGC | 0.84 | 0.83 | 0.73 | 0.91 | 0.84 | 0.87 |
MAP3K14 | 3 | F- GCTCCCTGGGTTCATGGAT R- GCCTCCCTTCAGCAGAGACA P- CCAGCAATAGCTTATG | 0.93 | 0.78 | 0.78 | 1.09 | 0.85 | 1.03 |
PARK7 | 22 | F- ACTGCAAGCAGCATGATCAACT R- TTGGCCTGTGTATCATAATGAACA P- CCCCACCTACTCAGC | 0.94 | 0.85 | 0.81 | 0.97 | 0.91 | – |
COX6B1 | 19 | F- GCCCCGTGTGACTGGTATAAG R- TCGTCCCATTTCTGGATCCA P- TCTACAAATCACTGTGCCC | 1.05 | 0.90 | 0.86 | 0.91 | 0.85 | 0.75 |
EIF4A2 | 14 | F- CAGAAACTGAGCACAAACATTCAA R- GGACATCTGCAGGCATGGTA P- TGGTCCTCCTCTCTG | 0.90 | 0.99 | 0.87 | 0.86 | 0.89 | 0.73 |
EIF4ENIF1 | 12 | F- AGCTCCATCCCAGCCTTGT R- AAATATGCCTGCCTGCATCAG P- CCAGGGCATCCAGCCA | 0.75 | 0.86 | 0.74 | – | 0.71 | 1.16 |
TUBA1A | 16 | F- CTCTGCTGAGAAGGCCTACCAT R- AGCAGGCGTTGGTGATGTC P- AGCAGCTGTCTGTTGC | 0.90 | 0.86 | 0.79 | 0.93 | 0.86 | 0.86 |
TUBA1A | 11 | F- AGACCGGAGCGGGAAAAC R- ACAACAGTTGGTTCGAGATCCA P- TGTCCCCCGTGCTGT | 1.10 | 0.87 | 0.83 | 0.86 | 0.87 | 1.48 |
NEK4 | 12 | F- TGCGGCAGCTAAAATTCTTTG R-AATGCATTTTTCATTAGCTGATCCT P-AGACGTTTCTTTCAAGGGT | 0.78 | 0.92 | 0.67 | 0.84 | 0.85 | 1.17 |
UBE2Q2 | 26 | F- GGCAGGACCACTTGAACGTAA R- AGGCCTGCACTGAACCAGAT P- TGCTCATTCGGGTGCG | 0.92 | 1.13 | 0.80 | 1.08 | 0.87 | 0.75 |
FKBP10 | 3& 6 | F- ACTATGAGAATGCCCCCATCAC R- CTCGTCCAGACCCTCAATCAC P- CCTGGGAGCCAACAA | 0.89 | 0.88 | 0.86 | 1.05 | 0.85 | 0.66 |
FKBP10 | 19 | F- CCTGAAGAGATCATTGCTGACATG R- GACGATGACCCCATCCTTGT P- TCAGGAACCAGGACCG | 0.97 | 0.82 | 0.84 | 0.76 | 0.89 | 0.80 |
CIRBP | 16 | F- GGGATGGTGGAGACCTTCTCT R- CAGAACCCACAGCGATCCTAA P- TTCTCTAGTCCACTGGGCT | 2.13 | 0.89 | 1.83 | – | 1.56 | – |
CIRBP | 10 | F- TGATTGACTGTTTTGCCAACTGA R- TCAGACCTTTGTGTGCATTTACCT P- ATGGTGATGAGCCTGAAT | 1.06 | 0.81 | 0.83 | 0.87 | 0.84 | 0.85 |
SFRS9 | 1 | F- ACATTCGTGTCCACGGAGAAC R- GGACCCTCTGCTTTTGTAAGGA P- TGCCAGTTATGGTCGCT | 0.85 | 0.98 | 0.95 | 1.27 | 1.04 | 0.91 |
SFRS2 | 3 | F- TCCAGATGGCCCGTTACG R- CACCACCGCCTCCATGAT P- TCCCCCAGATTCT | 0.87 | 0.85 | 0.82 | 0.90 | 0.85 | 0.81 |
EEF2 | 14 | F- AGGTCACAGCCGCCCTTAG R- ACACAGTCTCTGTCTGCACACACA P- CGACTGCGTCTCAGGT | 0.88 | 0.87 | 0.82 | 0.89 | 0.84 | 0.89 |
SCFD1 | 1 | F- GACAAGAAGCTGAGGGAGAACCT R- GCCGGCCCCCATATTG P- ACAGCCTGTTCACTGGA | 0.84 | 0.88 | 0.89 | 0.99 | 0.88 | 0.73 |
MPDU1 | 7 | F- TGCTTGACCCCTTGATTATAGCTA R- GACCATAATCTAGAATGAAAACGCATT P- CTTCCTGGTTGTGTTCTG | 0.93 | 0.78 | 0.78 | 1.09 | 0.85 | 1.03 |
IDH3B | 12 | F- AGAAATCTCTACCACAGCACTGTATCA R- GGCACGACTCAGGACTGTGA P- TGGATATCTGGCCTGTCAT | 0.85 | 0.85 | 0.83 | 0.88 | 0.85 | 0.78 |
zgc:63572 | 11 | F- GGCTATCCCTGGTGACTCTGAT R- ACCAGTGGTTGCCTCCTTTCT P- CCACGACCTTCGGC | 0.92 | 0.87 | 0.72 | 0.94 | 0.87 | 0.87 |
KCT2 | 13 | F- TGTTCTCACCATGTTTAAGCCTTACT R- TGCAATCAGCACAAACACTTAAGA P- CTTCTACACTTATTGTTTTGC | 0.85 | 0.90 | – | – | 0.83 | 0.86 |
AP3S1 | 24 | F- TGGCATGTTGTTAGCCTGCTA R -TCTACCTGGGAACCGACTCTAATC P- CCGTAATTTGAGCTAGATTG | 0.88 | 0.88 | 1.00 | 1.22 | 1.03 | 1.00 |
ZMYND11 | 3 | F- TCGCCCCACTGTCACTCA R- GATTCGGTCCACAAAGTGTTCA P- ACACCCCTACCTGCCTT | 0.87 | 0.82 | 0.75 | 1.09 | 0.79 | 0.68 |