Gene, codon or position | Clade A (n = 31) | Clade B (n = 52) | Clade C sensu stricto (n = 33) | Clade Ca (n = 39) | Other (n = 27) |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | |||||
Ser450Leu | 2 | 12 | 31 | 34 | 15 |
445 | 1 | 1 | 1 | ||
452 | 1 | ||||
435 | 1 | 1 | |||
Ser450Trp | 1 | 1 | |||
rpoC Asp485Asn | 7 | 4 | |||
katG Ser315Thr | 5 | 33 | 33 | 38 | 20 |
fibG1 (inhA) -15 C > T | 7 | 33 | 34 | 5 | |
ahpC promoter | 1 | 1 | |||
rpsL | |||||
43 | 6 | 1 | 1 | ||
88 | 2 | 10 | 33 | 35 | 11 |
embB | |||||
297 | 29 | 29 | 2 | ||
306 | 1 | 6 | 1 | 2 | 7 |
319 | 2 | ||||
406 | 2 | 1 | 3 | 1 | |
497 | 3 | 2 | 2 | 3 | |
1002 | 1 | ||||
1024 | 2 | ||||
embA | |||||
-12 C > T | 1 | ||||
-16 C > T | 8 | 8 | |||
rrs | |||||
517 | 1 | ||||
1401 | 2 | ||||
eis | |||||
-12G > A | 1 | 3 | 33 | 33 | 3 |
-15G > C | 2 | 1 | |||
-37C > A | 1 | ||||
-10C > T | 1 | ||||
gyrA | |||||
90 | 1 | 1 | 2 | ||
94 | 1 | 1 | 1 | 4 | |
pncA | |||||
13 | 1 | 1 | |||
160 | 1 | 1 | |||
-7 | 1 | 1 | |||
12 | 4 | 4 | |||
14 | 2 | 2 | |||
-11 | 1 | 1 | 2 | ||
34 | 1 | 1 | |||
128 | 1 | 1 | |||
10 | 2 | ||||
159 | 1 |