TY - JOUR AU - Gierman, H. J. AU - Indemans, M. H. AU - Koster, J. AU - Goetze, S. AU - Seppen, J. AU - Geerts, D. AU - van Driel, R. AU - Versteeg, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Domain-wide regulation of gene expression in the human genome JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.6276007 DO - 10.1101/gr.6276007 ID - Gierman2007 ER - TY - JOUR AU - Dixon, J. R. AU - Selvaraj, S. AU - Yue, F. AU - Kim, A. AU - Li, Y. AU - Shen, Y. AU - Hu, M. AU - Liu, J. S. AU - Ren, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions JO - Nature VL - 485 UR - https://doi.org/10.1038/nature11082 DO - 10.1038/nature11082 ID - Dixon2012 ER - TY - JOUR AU - Van Berkum, N. L. AU - Lieberman-Aiden, E. AU - Williams, L. AU - Imakaev, M. AU - Gnirke, A. AU - Mirny, L. A. AU - Dekker, J. AU - Lander, E. S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Hi-C: a method to study the three-dimensional architecture of genomes JO - JoVE (J Visualized Exp) VL - 39 ID - Van Berkum2010 ER - TY - JOUR AU - Jäger, R. AU - Migliorini, G. AU - Henrion, M. AU - Kandaswamy, R. AU - Speedy, H. E. AU - Heindl, A. AU - Whiffin, N. AU - Carnicer, M. J. AU - Broome, L. AU - Dryden, N. PY - 2015 DA - 2015// TI - Capture Hi-C identifies the chromatin interactome of colorectal cancer risk loci JO - Nat Commun VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms7178 DO - 10.1038/ncomms7178 ID - Jäger2015 ER - TY - JOUR AU - Mifsud, B. AU - Tavares-Cadete, F. AU - Young, A. N. AU - Sugar, R. AU - Schoenfelder, S. AU - Ferreira, L. AU - Wingett, S. W. AU - Andrews, S. AU - Grey, W. AU - Ewels, P. A. AU - Herman, B. AU - Happe, S. AU - Higgs, A. AU - LeProust, E. AU - Follows, G. A. AU - Fraser, P. AU - Luscombe, N. M. AU - Osborne, C. S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Mapping long-range promoter contacts in human cells with high-resolution capture Hi-C JO - Nat Genet VL - 47 UR - https://doi.org/10.1038/ng.3286 DO - 10.1038/ng.3286 ID - Mifsud2015 ER - TY - JOUR AU - Cairns, J. AU - Freire-Pritchett, P. AU - Wingett, S. W. AU - Várnai, C. AU - Dimond, A. AU - Plagnol, V. AU - Zerbino, D. AU - Schoenfelder, S. AU - Javierre, B. -. M. AU - Osborne, C. PY - 2016 DA - 2016// TI - Chicago: robust detection of dna looping interactions in capture Hi-C data JO - Genome Biol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-016-0992-2 DO - 10.1186/s13059-016-0992-2 ID - Cairns2016 ER - TY - JOUR AU - Burren, O. S. AU - Rubio García, A. AU - Javierre, B. -. M. AU - Rainbow, D. B. AU - Cairns, J. AU - Cooper, N. J. AU - Lambourne, J. J. AU - Schofield, E. AU - Castro Dopico, X. AU - Ferreira, R. C. AU - Coulson, R. AU - Burden, F. AU - Rowlston, S. P. AU - Downes, K. AU - Wingett, S. W. AU - Frontini, M. AU - Ouwehand, W. H. AU - Fraser, P. AU - Spivakov, M. AU - Todd, J. A. AU - Wicker, L. S. AU - Cutler, A. J. AU - Wallace, C. PY - 2017 DA - 2017// TI - Chromosome contacts in activated T cells identify autoimmune disease candidate genes JO - Genome Biol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-017-1285-0 DO - 10.1186/s13059-017-1285-0 ID - Burren2017 ER - TY - JOUR AU - Javierre, B. M. AU - Burren, O. S. AU - Wilder, S. P. AU - Kreuzhuber, R. AU - Hill, S. M. AU - Sewitz, S. AU - Cairns, J. AU - Wingett, S. W. AU - Várnai, C. AU - Thiecke, M. J. AU - Burden, F. AU - Farrow, S. AU - Cutler, A. J. AU - Rehnström, K. AU - Downes, K. AU - Grassi, L. AU - Kostadima, M. AU - Freire-Pritchett, P. AU - Wang, F. AU - Stunnenberg, H. G. AU - Todd, J. A. AU - Zerbino, D. R. AU - Stegle, O. AU - Ouwehand, W. H. AU - Frontini, M. AU - Wallace, C. AU - Spivakov, M. AU - Fraser, P. PY - 2016 DA - 2016// TI - Lineage-Specific Genome Architecture Links Enhancers and Non-coding Disease Variants to Target Gene Promoters JO - Cell VL - 167 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.09.037 DO - 10.1016/j.cell.2016.09.037 ID - Javierre2016 ER - TY - JOUR AU - Dryden, N. H. AU - Broome, L. R. AU - Dudbridge, F. AU - Johnson, N. AU - Orr, N. AU - Schoenfelder, S. AU - Nagano, T. AU - Andrews, S. AU - Wingett, S. AU - Kozarewa, I. AU - Assiotis, I. AU - Fenwick, K. AU - Maguire, S. L. AU - Campbell, J. AU - Natrajan, R. AU - Lambros, M. AU - Perrakis, E. AU - Ashworth, A. AU - Fraser, P. AU - Fletcher, O. PY - 2014 DA - 2014// TI - Unbiased analysis of potential targets of breast cancer susceptibility loci by Capture Hi-C JO - Genome Res VL - 24 UR - https://doi.org/10.1101/gr.175034.114 DO - 10.1101/gr.175034.114 ID - Dryden2014 ER - TY - JOUR AU - Martin, P. AU - McGovern, A. AU - Orozco, G. AU - Duffus, K. AU - Yarwood, A. AU - Schoenfelder, S. AU - Cooper, N. J. AU - Barton, A. AU - Wallace, C. AU - Fraser, P. AU - Worthington, J. AU - Eyre, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Capture Hi-C reveals novel candidate genes and complex long-range interactions with related autoimmune risk loci JO - Nat Commun VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms10069 DO - 10.1038/ncomms10069 ID - Martin2015 ER - TY - JOUR AU - Novo, C. L. AU - Javierre, B. -. M. AU - Cairns, J. AU - Segonds-Pichon, A. AU - Wingett, S. W. AU - Freire-Pritchett, P. AU - Furlan-Magaril, M. AU - Schoenfelder, S. AU - Fraser, P. AU - Rugg-Gunn, P. J. PY - 2018 DA - 2018// TI - Long-range enhancer interactions are prevalent in mouse embryonic stem cells and are reorganized upon pluripotent state transition JO - Cell Rep VL - 22 UR - https://doi.org/10.1016/j.celrep.2018.02.040 DO - 10.1016/j.celrep.2018.02.040 ID - Novo2018 ER - TY - JOUR AU - Malin, J. AU - Aniba, M. R. AU - Hannenhalli, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Enhancer networks revealed by correlated dnase hypersensitivity states of enhancers JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt374 DO - 10.1093/nar/gkt374 ID - Malin2013 ER - TY - JOUR AU - Schwarzer, W. AU - Abdennur, N. AU - Goloborodko, A. AU - Pekowska, A. AU - Fudenberg, G. AU - Loe-Mie, Y. AU - Fonseca, N. A. AU - Huber, W. AU - Haering, C. AU - Mirny, L. PY - 2016 DA - 2016// TI - Two independent modes of chromosome organization are revealed by cohesin removal JO - bioRxiv VL - 551 ID - Schwarzer2016 ER - TY - JOUR AU - Belmont, A. S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Large-scale chromatin organization: the good, the surprising, and the still perplexing JO - Curr Opin Cell Biol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1016/j.ceb.2013.10.002 DO - 10.1016/j.ceb.2013.10.002 ID - Belmont2014 ER - TY - JOUR AU - Williamson, I. AU - Berlivet, S. AU - Eskeland, R. AU - Boyle, S. AU - Illingworth, R. S. AU - Paquette, D. AU - Dostie, J. AU - Bickmore, W. A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Spatial genome organization: contrasting views from chromosome conformation capture and fluorescence in situ hybridization JO - Genes Dev VL - 28 UR - https://doi.org/10.1101/gad.251694.114 DO - 10.1101/gad.251694.114 ID - Williamson2014 ER - TY - JOUR AU - Newcombe, P. J. AU - Ali, H. R. AU - Blows, F. M. AU - Provenzano, E. AU - Pharoah, P. D. AU - Caldas, C. AU - Richardson, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Weibull regression with Bayesian variable selection to identify prognostic tumour markers of breast cancer survival JO - Stat Methods Med Res VL - 26 UR - https://doi.org/10.1177/0962280214548748 DO - 10.1177/0962280214548748 ID - Newcombe2014 ER - TY - STD TI - Cao Q, Anyansi C, Hu X, Xu L, Xiong L, Tang W, Mok MTS, Cheng C, Fan X, Gerstein M, Cheng ASL, Yip KY. Reconstruction of enhancer-target networks in 935 samples of human primary cells, tissues and cell lines. Nat Genet. 2017. https://doi.org/10.1038/ng.3950. ID - ref17 ER - TY - JOUR AU - Kichaev, G. AU - Yang, W. -. Y. AU - Lindstrom, S. AU - Hormozdiari, F. AU - Eskin, E. AU - Price, A. L. AU - Kraft, P. AU - Pasaniuc, B. PY - 2014 DA - 2014// TI - Integrating functional data to prioritize causal variants in statistical fine-mapping studies JO - PLoS Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1004722 DO - 10.1371/journal.pgen.1004722 ID - Kichaev2014 ER - TY - JOUR AU - Davies, J. O. AU - Telenius, J. M. AU - McGowan, S. J. AU - Roberts, N. A. AU - Taylor, S. AU - Higgs, D. R. AU - Hughes, J. R. PY - 2015 DA - 2015// TI - Multiplexed analysis of chromosome conformation at vastly improved sensitivity JO - Nat Methods VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3664 DO - 10.1038/nmeth.3664 ID - Davies2015 ER - TY - JOUR AU - Li, G. AU - Cai, L. AU - Chang, H. AU - Hong, P. AU - Zhou, Q. AU - Kulakova, E. V. AU - Kolchanov, N. A. AU - Ruan, Y. PY - 2014 DA - 2014// TI - Chromatin interaction analysis with paired-end tag (chia-pet) sequencing technology and application JO - BMC Genom VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-15-S12-S11 DO - 10.1186/1471-2164-15-S12-S11 ID - Li2014 ER - TY - JOUR AU - Mumbach, M. R. AU - Rubin, A. J. AU - Flynn, R. A. AU - Dai, C. AU - Khavari, P. A. AU - Greenleaf, W. J. AU - Chang, H. Y. PY - 2016 DA - 2016// TI - Hichip: efficient and sensitive analysis of protein-directed genome architecture JO - Nature Methods VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3999 DO - 10.1038/nmeth.3999 ID - Mumbach2016 ER - TY - JOUR AU - Geeven, G. AU - Teunissen, H. AU - de Laat, W. AU - de Wit, E. PY - 2018 DA - 2018// TI - peakC: a flexible, non-parametric peak calling package for 4C and Capture-C data JO - Nucleic Acids Res VL - 46 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gky443 DO - 10.1093/nar/gky443 ID - Geeven2018 ER - TY - JOUR AU - Wingett, S. AU - Ewels, P. AU - Furlan-Magaril, M. AU - Nagano, T. AU - Schoenfelder, S. AU - Fraser, P. AU - Andrews, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Hicup: pipeline for mapping and processing hi-c data JO - F1000Research VL - 4 UR - https://doi.org/10.12688/f1000research.7334.1 DO - 10.12688/f1000research.7334.1 ID - Wingett2015 ER - TY - STD TI - Johanson TM, Coughlan HD, Lun AT, Bediaga NG, Naselli G, Garnham AL, Harrison LC, Smyth GK, Allan RS. No kissing in the nucleus: Unbiased analysis reveals no evidence of trans chromosomal regulation of mammalian immune development. bioRxiv. 2017. https://doi.org/10.1101/212985. https://www.biorxiv.org/content/early/2017/11/02/212985.full.pdf. UR - https://www.biorxiv.org/content/early/2017/11/02/212985.full.pdf ID - ref24 ER - TY - JOUR AU - Dunn, P. K. AU - Smyth, G. K. PY - 1996 DA - 1996// TI - Randomized Quantile Residuals JO - J Comput Graph Stat VL - 5 ID - Dunn1996 ER - TY - JOUR AU - Wilson, M. A. AU - Iversen, E. S. AU - Clyde, M. A. AU - Schmidler, S. C. AU - Schildkraut, J. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Bayesian model search and multilevel inference for SNP association studies JO - Ann Appl Stat VL - 4 UR - https://doi.org/10.1214/09-AOAS322 DO - 10.1214/09-AOAS322 ID - Wilson2010 ER - TY - JOUR AU - Green, P. J. PY - 1995 DA - 1995// TI - Reversible Jump Markov Chain Monte Carlo Computation and Bayesian Model Determination JO - Biometrika VL - 82 UR - https://doi.org/10.1093/biomet/82.4.711 DO - 10.1093/biomet/82.4.711 ID - Green1995 ER -