TY - JOUR AU - Meurens, F. AU - Summerfield, A. AU - Nauwynck, H. AU - Saif, L. AU - Gerdts, V. PY - 2012 DA - 2012// TI - The pig: a model for human infectious diseases JO - Trends Microbiol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1016/j.tim.2011.11.002 DO - 10.1016/j.tim.2011.11.002 ID - Meurens2012 ER - TY - JOUR AU - Humphray, S. J. AU - Scott, C. E. AU - Clark, R. AU - Marron, B. AU - Bender, C. AU - Camm, N. AU - Davis, J. AU - Jenks, A. AU - Noon, A. AU - Patel, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - A high utility integrated map of the pig genome JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-7-r139 DO - 10.1186/gb-2007-8-7-r139 ID - Humphray2007 ER - TY - JOUR AU - Marx, H. AU - Hahne, H. AU - Ulbrich, S. E. AU - Schnieke, A. AU - Rottmann, O. AU - Frishman, D. AU - Kuster, B. PY - 2017 DA - 2017// TI - Annotation of the domestic pig genome by quantitative Proteogenomics JO - J Proteome Res VL - 16 UR - https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.7b00184 DO - 10.1021/acs.jproteome.7b00184 ID - Marx2017 ER - TY - JOUR AU - Zerbino, D. R. AU - Achuthan, P. AU - Akanni, W. AU - Amode, M. R. AU - Barrell, D. AU - Bhai, J. AU - Billis, K. AU - Cummins, C. AU - Gall, A. AU - Giron, C. G. PY - 2018 DA - 2018// TI - Ensembl 2018 JO - Nucleic Acids Res VL - 46 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkx1098 DO - 10.1093/nar/gkx1098 ID - Zerbino2018 ER - TY - STD TI - Thibaud-Nissen F SA, Murphy T, et al. The Eukaryotic Genome Annotation Pipeline. 2013 Nov 14. In: The NCBI Handbook [Internet]. 2nd edition. Bethesda (MD): National Center for Biotechnology Information (US); 2013-. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_euk/process/. Accessed 14 Nov 2013. UR - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_euk/process/ ID - ref5 ER - TY - JOUR AU - Groenen, M. A. AU - Archibald, A. L. AU - Uenishi, H. AU - Tuggle, C. K. AU - Takeuchi, Y. AU - Rothschild, M. F. AU - Rogel-Gaillard, C. AU - Park, C. AU - Milan, D. AU - Megens, H. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Analyses of pig genomes provide insight into porcine demography and evolution JO - Nature VL - 491 UR - https://doi.org/10.1038/nature11622 DO - 10.1038/nature11622 ID - Groenen2012 ER - TY - JOUR AU - Ponting, C. P. AU - Hardison, R. C. PY - 2011 DA - 2011// TI - What fraction of the human genome is functional? JO - Genome Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.116814.110 DO - 10.1101/gr.116814.110 ID - Ponting2011 ER - TY - JOUR AU - Kellis, M. AU - Wold, B. AU - Snyder, M. P. AU - Bernstein, B. E. AU - Kundaje, A. AU - Marinov, G. K. AU - Ward, L. D. AU - Birney, E. AU - Crawford, G. E. AU - Dekker, J. PY - 2014 DA - 2014// TI - Defining functional DNA elements in the human genome JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 111 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1318948111 DO - 10.1073/pnas.1318948111 ID - Kellis2014 ER - TY - JOUR AU - Li, M. J. AU - Yan, B. AU - Sham, P. C. AU - Wang, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Exploring the function of genetic variants in the non-coding genomic regions: approaches for identifying human regulatory variants affecting gene expression JO - Brief Bioinform VL - 16 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbu018 DO - 10.1093/bib/bbu018 ID - Li2015 ER - TY - JOUR AU - Hindorff, L. A. AU - Sethupathy, P. AU - Junkins, H. A. AU - Ramos, E. M. AU - Mehta, J. P. AU - Collins, F. S. AU - Manolio, T. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Potential etiologic and functional implications of genome-wide association loci for human diseases and traits JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 106 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0903103106 DO - 10.1073/pnas.0903103106 ID - Hindorff2009 ER - TY - JOUR AU - Li, M. J. AU - Wang, P. AU - Liu, X. AU - Lim, E. L. AU - Wang, Z. AU - Yeager, M. AU - Wong, M. P. AU - Sham, P. C. AU - Chanock, S. J. AU - Wang, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - GWASdb: a database for human genetic variants identified by genome-wide association studies JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr1182 DO - 10.1093/nar/gkr1182 ID - Li2012 ER - TY - STD TI - Aken BL, Ayling S, Barrell D, Clarke L, Curwen V, Fairley S, Fernandez Banet J, Billis K, Garcia Giron C, Hourlier T, et al. The Ensembl gene annotation system. Database (Oxford). 2016;2016. ID - ref12 ER - TY - STD TI - Thibaud-Nissen F SA, Murphy T, et al. Eukaryotic Genome Annotation Pipeline. 2013 Nov 14. In: The NCBI Handbook [Internet]. 2nd edition. Bethesda (MD): National Center for Biotechnology Information (US); 2013-. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK169439/. UR - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK169439/ ID - ref13 ER - TY - JOUR AU - Beiki, H. AU - Nejati-Javaremi, A. AU - Pakdel, A. AU - Masoudi-Nejad, A. AU - Hu, Z. L. AU - Reecy, J. M. PY - 2016 DA - 2016// TI - Large-scale gene co-expression network as a source of functional annotation for cattle genes JO - BMC Genomics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1186/s12864-016-3176-2 DO - 10.1186/s12864-016-3176-2 ID - Beiki2016 ER - TY - STD TI - Beiki H, Pakdel A, Javaremi AN, Masoudi-Nejad A, Reecy JM. Cattle infection response network and its functional modules. BMC Immunol. 2018;19(2). ID - ref15 ER - TY - JOUR AU - Cesar, A. S. M. AU - Regitano, L. C. A. AU - Reecy, J. M. AU - Poleti, M. D. AU - Oliveira, P. S. N. AU - Oliveira, G. B. AU - Moreira, G. C. M. AU - Mudadu, M. A. AU - Tizioto, P. C. AU - Koltes, J. E. PY - 2018 DA - 2018// TI - Identification of putative regulatory regions and transcription factors associated with intramuscular fat content traits JO - BMC Genomics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1186/s12864-018-4871-y DO - 10.1186/s12864-018-4871-y ID - Cesar2018 ER - TY - JOUR AU - Hackl, T. AU - Hedrich, R. AU - Schultz, J. AU - Forster, F. PY - 2014 DA - 2014// TI - Proovread: large-scale high-accuracy PacBio correction through iterative short read consensus JO - Bioinformatics VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu392 DO - 10.1093/bioinformatics/btu392 ID - Hackl2014 ER - TY - JOUR AU - Mortazavi, A. AU - Williams, B. A. AU - McCue, K. AU - Schaeffer, L. AU - Wold, B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq JO - Nat Methods VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1226 DO - 10.1038/nmeth.1226 ID - Mortazavi2008 ER - TY - JOUR AU - Stanke, M. AU - Keller, O. AU - Gunduz, I. AU - Hayes, A. AU - Waack, S. AU - Morgenstern, B. PY - 2006 DA - 2006// TI - AUGUSTUS: ab initio prediction of alternative transcripts JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl200 DO - 10.1093/nar/gkl200 ID - Stanke2006 ER - TY - JOUR AU - Roberts, A. AU - Pimentel, H. AU - Trapnell, C. AU - Pachter, L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Identification of novel transcripts in annotated genomes using RNA-Seq JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr355 DO - 10.1093/bioinformatics/btr355 ID - Roberts2011 ER - TY - JOUR AU - Grabherr, M. G. AU - Haas, B. J. AU - Yassour, M. AU - Levin, J. Z. AU - Thompson, D. A. AU - Amit, I. AU - Adiconis, X. AU - Fan, L. AU - Raychowdhury, R. AU - Zeng, Q. PY - 2011 DA - 2011// TI - Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome JO - Nat Biotechnol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1883 DO - 10.1038/nbt.1883 ID - Grabherr2011 ER - TY - JOUR AU - Eid, J. AU - Fehr, A. AU - Gray, J. AU - Luong, K. AU - Lyle, J. AU - Otto, G. AU - Peluso, P. AU - Rank, D. AU - Baybayan, P. AU - Bettman, B. PY - 2009 DA - 2009// TI - Real-time DNA sequencing from single polymerase molecules JO - Science VL - 323 UR - https://doi.org/10.1126/science.1162986 DO - 10.1126/science.1162986 ID - Eid2009 ER - TY - BOOK AU - Wang, X. PY - 2015 DA - 2015// TI - Transcriptomics and gene regulation ID - Wang2015 ER - TY - JOUR AU - Kuo, R. I. AU - Tseng, E. AU - Eory, L. AU - Paton, I. R. AU - Archibald, A. L. AU - Burt, D. W. PY - 2017 DA - 2017// TI - Normalized long read RNA sequencing in chicken reveals transcriptome complexity similar to human JO - BMC Genomics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1186/s12864-017-3691-9 DO - 10.1186/s12864-017-3691-9 ID - Kuo2017 ER - TY - JOUR AU - Wang, B. AU - Tseng, E. AU - Regulski, M. AU - Clark, T. A. AU - Hon, T. AU - Jiao, Y. AU - Lu, Z. AU - Olson, A. AU - Stein, J. C. AU - Ware, D. PY - 2016 DA - 2016// TI - Unveiling the complexity of the maize transcriptome by single-molecule long-read sequencing JO - Nat Commun VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms11708 DO - 10.1038/ncomms11708 ID - Wang2016 ER - TY - JOUR AU - Sharon, D. AU - Tilgner, H. AU - Grubert, F. AU - Snyder, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - A single-molecule long-read survey of the human transcriptome JO - Nat Biotechnol VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2705 DO - 10.1038/nbt.2705 ID - Sharon2013 ER - TY - JOUR AU - Koren, S. AU - Schatz, M. C. AU - Walenz, B. P. AU - Martin, J. AU - Howard, J. T. AU - Ganapathy, G. AU - Wang, Z. AU - Rasko, D. A. AU - McCombie, W. R. AU - Jarvis, E. D. AU - Adam, M. P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Hybrid error correction and de novo assembly of single-molecule sequencing reads JO - Nat Biotechnol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2280 DO - 10.1038/nbt.2280 ID - Koren2012 ER - TY - JOUR AU - Li, Y. AU - Fang, C. AU - Fu, Y. AU - Hu, A. AU - Li, C. AU - Zou, C. AU - Li, X. AU - Zhao, S. AU - Zhang, C. AU - Li, C. PY - 2018 DA - 2018// TI - A survey of transcriptome complexity in Sus scrofa using single-molecule long-read sequencing JO - DNA Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/dnares/dsy014 DO - 10.1093/dnares/dsy014 ID - Li2018 ER - TY - JOUR AU - Smedley, D. AU - Haider, S. AU - Durinck, S. AU - Pandini, L. AU - Provero, P. AU - Allen, J. AU - Arnaiz, O. AU - Awedh, M. H. AU - Baldock, R. AU - Barbiera, G. PY - 2015 DA - 2015// TI - The BioMart community portal: an innovative alternative to large, centralized data repositories JO - Nucleic Acids Res VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkv350 DO - 10.1093/nar/gkv350 ID - Smedley2015 ER - TY - JOUR AU - Yeo, G. AU - Holste, D. AU - Kreiman, G. AU - Burge, C. B. PY - 2004 DA - 2004// TI - Variation in alternative splicing across human tissues JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-10-r74 DO - 10.1186/gb-2004-5-10-r74 ID - Yeo2004 ER - TY - JOUR AU - Long, Y. AU - Wang, X. AU - Youmans, D. T. AU - Cech, T. R. PY - 2017 DA - 2017// TI - How do lncRNAs regulate transcription? JO - Sci Adv VL - 3 UR - https://doi.org/10.1126/sciadv.aao2110 DO - 10.1126/sciadv.aao2110 ID - Long2017 ER - TY - JOUR AU - Derrien, T. AU - Johnson, R. AU - Bussotti, G. AU - Tanzer, A. AU - Djebali, S. AU - Tilgner, H. AU - Guernec, G. AU - Martin, D. AU - Merkel, A. AU - Knowles, D. G. PY - 2012 DA - 2012// TI - The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs: analysis of their gene structure, evolution, and expression JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.132159.111 DO - 10.1101/gr.132159.111 ID - Derrien2012 ER - TY - JOUR AU - Kashi, K. AU - Henderson, L. AU - Bonetti, A. AU - Carninci, P. PY - 2016 DA - 2016// TI - Discovery and functional analysis of lncRNAs: methodologies to investigate an uncharacterized transcriptome JO - Biochim Biophys Acta VL - 1859 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2015.10.010 DO - 10.1016/j.bbagrm.2015.10.010 ID - Kashi2016 ER - TY - JOUR AU - Hezroni, H. AU - Ben-Tov Perry, R. AU - Meir, Z. AU - Housman, G. AU - Lubelsky, Y. AU - Ulitsky, I. PY - 2017 DA - 2017// TI - A subset of conserved mammalian long non-coding RNAs are fossils of ancestral protein-coding genes JO - Genome Biol VL - 18 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-017-1293-0 DO - 10.1186/s13059-017-1293-0 ID - Hezroni2017 ER - TY - JOUR AU - Hezroni, H. AU - Koppstein, D. AU - Schwartz, M. G. AU - Avrutin, A. AU - Bartel, D. P. AU - Ulitsky, I. PY - 2015 DA - 2015// TI - Principles of long noncoding RNA evolution derived from direct comparison of transcriptomes in 17 species JO - Cell Rep VL - 11 UR - https://doi.org/10.1016/j.celrep.2015.04.023 DO - 10.1016/j.celrep.2015.04.023 ID - Hezroni2015 ER - TY - JOUR AU - Washietl, S. AU - Kellis, M. AU - Garber, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Evolutionary dynamics and tissue specificity of human long noncoding RNAs in six mammals JO - Genome Res VL - 24 UR - https://doi.org/10.1101/gr.165035.113 DO - 10.1101/gr.165035.113 ID - Washietl2014 ER - TY - JOUR AU - Necsulea, A. AU - Soumillon, M. AU - Warnefors, M. AU - Liechti, A. AU - Daish, T. AU - Zeller, U. AU - Baker, J. C. AU - Grutzner, F. AU - Kaessmann, H. PY - 2014 DA - 2014// TI - The evolution of lncRNA repertoires and expression patterns in tetrapods JO - Nature VL - 505 UR - https://doi.org/10.1038/nature12943 DO - 10.1038/nature12943 ID - Necsulea2014 ER - TY - JOUR AU - Moll, P. AU - Ante, M. AU - Seitz, A. AU - Reda, T. PY - 2014 DA - 2014// TI - QuantSeq 3′ mRNA sequencing for RNA quantification JO - Nat Methods VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.f.376 DO - 10.1038/nmeth.f.376 ID - Moll2014 ER - TY - JOUR AU - Adiconis, X. AU - Haber, A. L. AU - Simmons, S. K. AU - Levy Moonshine, A. AU - Ji, Z. AU - Busby, M. A. AU - Shi, X. AU - Jacques, J. AU - Lancaster, M. A. AU - Pan, J. Q. PY - 2018 DA - 2018// TI - Comprehensive comparative analysis of 5′-end RNA-sequencing methods JO - Nat Methods VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/s41592-018-0014-2 DO - 10.1038/s41592-018-0014-2 ID - Adiconis2018 ER - TY - JOUR AU - Robert, C. AU - Kapetanovic, R. AU - Beraldi, D. AU - Watson, M. AU - Archibald, A. L. AU - Hume, D. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Identification and annotation of conserved promoters and macrophage-expressed genes in the pig genome JO - BMC Genomics VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s12864-015-2111-2 DO - 10.1186/s12864-015-2111-2 ID - Robert2015 ER - TY - JOUR AU - Lindeboom, R. G. AU - Supek, F. AU - Lehner, B. PY - 2016 DA - 2016// TI - The rules and impact of nonsense-mediated mRNA decay in human cancers JO - Nat Genet VL - 48 UR - https://doi.org/10.1038/ng.3664 DO - 10.1038/ng.3664 ID - Lindeboom2016 ER - TY - JOUR AU - He, F. AU - Li, X. AU - Spatrick, P. AU - Casillo, R. AU - Dong, S. AU - Jacobson, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Genome-wide analysis of mRNAs regulated by the nonsense-mediated and 5′ to 3′ mRNA decay pathways in yeast JO - Mol Cell VL - 12 UR - https://doi.org/10.1016/S1097-2765(03)00446-5 DO - 10.1016/S1097-2765(03)00446-5 ID - He2003 ER - TY - JOUR AU - Mendell, J. T. AU - Sharifi, N. A. AU - Meyers, J. L. AU - Martinez-Murillo, F. AU - Dietz, H. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - Nonsense surveillance regulates expression of diverse classes of mammalian transcripts and mutes genomic noise JO - Nat Genet VL - 36 UR - https://doi.org/10.1038/ng1429 DO - 10.1038/ng1429 ID - Mendell2004 ER - TY - JOUR AU - Rehwinkel, J. AU - Letunic, I. AU - Raes, J. AU - Bork, P. AU - Izaurralde, E. PY - 2005 DA - 2005// TI - Nonsense-mediated mRNA decay factors act in concert to regulate common mRNA targets JO - Rna VL - 11 UR - https://doi.org/10.1261/rna.2160905 DO - 10.1261/rna.2160905 ID - Rehwinkel2005 ER - TY - JOUR AU - Wittmann, J. AU - Hol, E. M. AU - Jack, H. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - hUPF2 silencing identifies physiologic substrates of mammalian nonsense-mediated mRNA decay JO - Mol Cell Biol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.26.4.1272-1287.2006 DO - 10.1128/MCB.26.4.1272-1287.2006 ID - Wittmann2006 ER - TY - JOUR AU - Rehwinkel, J. AU - Raes, J. AU - Izaurralde, E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Nonsense-mediated mRNA decay: target genes and functional diversification of effectors JO - Trends Biochem Sci VL - 31 UR - https://doi.org/10.1016/j.tibs.2006.09.005 DO - 10.1016/j.tibs.2006.09.005 ID - Rehwinkel2006 ER - TY - JOUR AU - Nygard, A. B. AU - Cirera, S. AU - Gilchrist, M. J. AU - Gorodkin, J. AU - Jorgensen, C. B. AU - Fredholm, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - A study of alternative splicing in the pig JO - BMC Res Notes VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1756-0500-3-123 DO - 10.1186/1756-0500-3-123 ID - Nygard2010 ER - TY - JOUR AU - Wang, H. AU - Chen, Y. AU - Li, X. AU - Chen, G. AU - Zhong, L. AU - Chen, G. AU - Liao, Y. AU - Liao, W. AU - Bin, J. PY - 2016 DA - 2016// TI - Genome-wide analysis of alternative splicing during human heart development JO - Sci Rep VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/srep35520 DO - 10.1038/srep35520 ID - Wang2016 ER - TY - JOUR AU - Li, W. AU - Lin, W. D. AU - Ray, P. AU - Lan, P. AU - Schmidt, W. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genome-wide detection of condition-sensitive alternative splicing in Arabidopsis roots JO - Plant Physiol VL - 162 UR - https://doi.org/10.1104/pp.113.217778 DO - 10.1104/pp.113.217778 ID - Li2013 ER - TY - JOUR AU - Bolger, A. M. AU - Lohse, M. AU - Usadel, B. PY - 2014 DA - 2014// TI - Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data JO - Bioinformatics VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu170 DO - 10.1093/bioinformatics/btu170 ID - Bolger2014 ER - TY - JOUR AU - Zhang, J. AU - Kobert, K. AU - Flouri, T. AU - Stamatakis, A. PY - 2014 DA - 2014// TI - PEAR: a fast and accurate Illumina paired-end reAd mergeR JO - Bioinformatics VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt593 DO - 10.1093/bioinformatics/btt593 ID - Zhang2014 ER - TY - JOUR AU - Wu, T. D. AU - Watanabe, C. K. PY - 2005 DA - 2005// TI - GMAP: a genomic mapping and alignment program for mRNA and EST sequences JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti310 DO - 10.1093/bioinformatics/bti310 ID - Wu2005 ER - TY - JOUR AU - Pertea, M. AU - Kim, D. AU - Pertea, G. M. AU - Leek, J. T. AU - Salzberg, S. L. PY - 2016 DA - 2016// TI - Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown JO - Nat Protoc VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2016.095 DO - 10.1038/nprot.2016.095 ID - Pertea2016 ER - TY - JOUR AU - Trapnell, C. AU - Pachter, L. AU - Salzberg, S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - TopHat: discovering splice junctions with RNA-Seq JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp120 DO - 10.1093/bioinformatics/btp120 ID - Trapnell2009 ER - TY - JOUR AU - Trapnell, C. AU - Roberts, A. AU - Goff, L. AU - Pertea, G. AU - Kim, D. AU - Kelley, D. R. AU - Pimentel, H. AU - Salzberg, S. L. AU - Rinn, J. L. AU - Pachter, L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and cufflinks JO - Nat Protoc VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2012.016 DO - 10.1038/nprot.2012.016 ID - Trapnell2012 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Salzberg, S. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Fast gapped-read alignment with bowtie 2 JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1923 DO - 10.1038/nmeth.1923 ID - Langmead2012 ER - TY - JOUR AU - Feng, J. AU - Liu, T. AU - Qin, B. AU - Zhang, Y. AU - Liu, X. S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Identifying ChIP-seq enrichment using MACS JO - Nat Protoc VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2012.101 DO - 10.1038/nprot.2012.101 ID - Feng2012 ER - TY - JOUR AU - Anders, S. AU - Pyl, P. T. AU - Huber, W. PY - 2015 DA - 2015// TI - HTSeq--a Python framework to work with high-throughput sequencing data JO - Bioinformatics VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu638 DO - 10.1093/bioinformatics/btu638 ID - Anders2015 ER - TY - JOUR AU - Quinlan, A. R. AU - Hall, I. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq033 DO - 10.1093/bioinformatics/btq033 ID - Quinlan2010 ER - TY - JOUR AU - Camacho, C. AU - Coulouris, G. AU - Avagyan, V. AU - Ma, N. AU - Papadopoulos, J. AU - Bealer, K. AU - Madden, T. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - BLAST+: architecture and applications JO - BMC Bioinformatics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-421 DO - 10.1186/1471-2105-10-421 ID - Camacho2009 ER - TY - JOUR AU - Popp, M. W. AU - Maquat, L. E. PY - 2016 DA - 2016// TI - Leveraging rules of nonsense-mediated mRNA decay for genome engineering and personalized medicine JO - Cell VL - 165 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.05.053 DO - 10.1016/j.cell.2016.05.053 ID - Popp2016 ER - TY - JOUR AU - Bindea, G. AU - Mlecnik, B. AU - Hackl, H. AU - Charoentong, P. AU - Tosolini, M. AU - Kirilovsky, A. AU - Fridman, W. H. AU - Pages, F. AU - Trajanoski, Z. AU - Galon, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - ClueGO: a Cytoscape plug-in to decipher functionally grouped gene ontology and pathway annotation networks JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp101 DO - 10.1093/bioinformatics/btp101 ID - Bindea2009 ER - TY - JOUR AU - Huntley, R. P. AU - Sawford, T. AU - Mutowo-Meullenet, P. AU - Shypitsyna, A. AU - Bonilla, C. AU - Martin, M. J. AU - O'Donovan, C. PY - 2015 DA - 2015// TI - The GOA database: gene ontology annotation updates for 2015 JO - Nucleic Acids Res VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku1113 DO - 10.1093/nar/gku1113 ID - Huntley2015 ER - TY - JOUR AU - Kim, K. I. AU - Wiel, M. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Effects of dependence in high-dimensional multiple testing problems JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-114 DO - 10.1186/1471-2105-9-114 ID - Kim2008 ER - TY - JOUR AU - Conway, J. R. AU - Lex, A. AU - Gehlenborg, N. PY - 2017 DA - 2017// TI - UpSetR: an R package for the visualization of intersecting sets and their properties JO - Bioinformatics VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx364 DO - 10.1093/bioinformatics/btx364 ID - Conway2017 ER -