TY - STD TI - Boden R, Scott KM, Williams J, Russel S, Antonen K, Rae AW, Hutt LP. An evaluation of Thiomicrospira, Hydrogenovibrio and Thioalkalimicrobium: Reclassification of four species of Thiomicrospira to each Thiomicrorhabdus gen. nov. and Hydrogenovibrio, and reclassification of all four species of Thioalkalimicrobium to Thiomic. Int J Syst Evol Microbiol. 2017; 67(5):1140–51. https://doi.org/10.1099/ijsem.0.001855. ID - ref1 ER - TY - JOUR AU - JANNASCH, H. W. AU - WIRSEN, C. O. AU - NELSON, D. C. AU - ROBERTSON, L. A. PY - 1985 DA - 1985// TI - Thiomicrospira crunogena sp. nov., a Colorless, Sulfur-Oxidizing Bacterium from a Deep-Sea Hydrothermal Vent JO - International Journal of Systematic Bacteriology VL - 35 UR - https://doi.org/10.1099/00207713-35-4-422 DO - 10.1099/00207713-35-4-422 ID - JANNASCH1985 ER - TY - JOUR AU - Ruby, E. G. AU - Jannasch, H. W. PY - 1982 DA - 1982// TI - Physiological characteristics of Thiomicrospira sp. strain L-12 isolated from deep-sea hydrothermal vents JO - J Bacteriol VL - 149 UR - https://doi.org/10.1128/jb.149.1.161-165.1982 DO - 10.1128/jb.149.1.161-165.1982 ID - Ruby1982 ER - TY - JOUR AU - Ahmad, A. AU - Barry, J. P. AU - Nelson, D. C. PY - 1999 DA - 1999// TI - Phylogenetic affinity of a wide, vacuolate, nitrate-accumulating Beggiatoa sp. from Monterey Canyon, California, with Thioploca spp, JO - Appl Environ Microbiol VL - 65 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.65.1.270-277.1999 DO - 10.1128/AEM.65.1.270-277.1999 ID - Ahmad1999 ER - TY - JOUR AU - Petri, R. PY - 2001 DA - 2001// TI - Phylogeny and distribution of the soxB gene among thiosulfate-oxidizing bacteria JO - FEMS Microbiology Letters VL - 197 UR - https://doi.org/10.1111/j.1574-6968.2001.tb10600.x DO - 10.1111/j.1574-6968.2001.tb10600.x ID - Petri2001 ER - TY - JOUR AU - Nunoura, T. a. k. u. r. o. AU - Takai, K. e. n. PY - 2009 DA - 2009// TI - Comparison of microbial communities associated with phase-separation-induced hydrothermal fluids at the Yonaguni Knoll IV hydrothermal field, the Southern Okinawa Trough JO - FEMS Microbiology Ecology VL - 67 UR - https://doi.org/10.1111/j.1574-6941.2008.00636.x DO - 10.1111/j.1574-6941.2008.00636.x ID - Nunoura2009 ER - TY - JOUR AU - Wirsen, C. O. AU - Brinkhoff, T. AU - Kuever, J. AU - Muyzer, G. AU - Molyneaux, S. AU - Jannasch, H. W. PY - 1998 DA - 1998// TI - Comparison of a new Thiomicrospira strain from the Mid-Atlantic Ridge with known hydrothermal vent isolates JO - Appl Environ Microbiol VL - 64 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.64.10.4057-4059.1998 DO - 10.1128/AEM.64.10.4057-4059.1998 ID - Wirsen1998 ER - TY - STD TI - Hansen M, Perner M. Hydrogenase gene distribution and H2 consumption ability within the Thiomicrospira lineage. Front Microbiol. 2016; 7(FEB):1–13. https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.00099. ID - ref8 ER - TY - JOUR AU - Hansen, M. o. r. i. t. z. AU - Perner, M. i. r. j. a. m. PY - 2014 DA - 2014// TI - A novel hydrogen oxidizer amidst the sulfur-oxidizing Thiomicrospira lineage JO - The ISME Journal VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2014.173 DO - 10.1038/ismej.2014.173 ID - Hansen2014 ER - TY - JOUR AU - Kuenen, J. G. AU - Veldkamp, H. PY - 1972 DA - 1972// TI - Thiomicrospira pelophila, gen. n., sp. n., a new obligately chemolithotrophic colourless sulfur bacterium JO - Antonie van Leeuwenhoek VL - 38 UR - https://doi.org/10.1007/BF02328096 DO - 10.1007/BF02328096 ID - Kuenen1972 ER - TY - JOUR AU - Nishihara, H. i. r. o. f. u. m. i. AU - Igarashi, Y. a. s. u. o. AU - Kodama, T. o. h. r. u. PY - 1989 DA - 1989// TI - Isolation of an obligately chemolithoautotrophic, halophilic and aerobic hydrogen-oxidizing bacterium from marine environment JO - Archives of Microbiology VL - 152 UR - https://doi.org/10.1007/BF00447009 DO - 10.1007/BF00447009 ID - Nishihara1989 ER - TY - JOUR AU - NISHIHARA, H. i. r. o. f. u. m. i. AU - MIYATA, Y. o. s. h. i. n. o. r. i. AU - MIYASHITA, Y. o. u. j. i. AU - BERNHARD, M. i. c. h. a. e. l. AU - POHLMANN, A. n. n. e. AU - FRIEDRICH, B. ä. r. b. e. l. AU - TAKAMURA, Y. o. s. h. i. c. h. i. k. a. PY - 2001 DA - 2001// TI - Analysis of the Molecular Species of Hydrogenase in the Cells of an Obligately Chemolithoautotrophic, Marine Hydrogen-Oxidizing Bacterium, Hydrogenovibrio marinus JO - Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry VL - 65 UR - https://doi.org/10.1271/bbb.65.2780 DO - 10.1271/bbb.65.2780 ID - NISHIHARA2001 ER - TY - JOUR AU - Hansen, M. o. r. i. t. z. AU - Perner, M. i. r. j. a. m. PY - 2015 DA - 2015// TI - Reasons forThiomicrospira crunogena's recalcitrance towards previous attempts to detect its hydrogen consumption ability JO - Environmental Microbiology Reports VL - 8 UR - https://doi.org/10.1111/1758-2229.12350 DO - 10.1111/1758-2229.12350 ID - Hansen2015 ER - TY - JOUR AU - Scott, K. a. t. h. l. e. e. n. M. AU - Sievert, S. t. e. f. a. n. M. AU - Abril, F. e. r. e. n. i. k. i. N. AU - Ball, L. o. i. s. A. AU - Barrett, C. h. a. n. t. e. l. l. J. AU - Blake, R. o. d. r. i. g. o. A. AU - Boller, A. m. a. n. d. a. J. AU - Chain, P. a. t. r. i. c. k. S. G. AU - Clark, J. u. s. t. i. n. e. A. AU - Davis, C. a. r. i. s. a. R. AU - Detter, C. h. r. i. s. AU - Do, K. i. m. b. e. r. l. y. F. AU - Dobrinski, K. i. m. b. e. r. l. y. P. AU - Faza, B. r. a. n. d. o. n. I. AU - Fitzpatrick, K. e. l. l. y. A. AU - Freyermuth, S. h. a. r. y. n. K. AU - Harmer, T. a. r. a. L. AU - Hauser, L. o. r. e. n. J. AU - Hügler, M. i. c. h. a. e. l. AU - Kerfeld, C. h. e. r. y. l. A. AU - Klotz, M. a. r. t. i. n. G. AU - Kong, W. i. l. l. i. a. m. W. AU - Land, M. i. r. i. a. m. AU - Lapidus, A. l. l. a. AU - Larimer, F. r. a. n. k. W. AU - Longo, D. a. n. a. L. AU - Lucas, S. u. s. a. n. AU - Malfatti, S. t. e. p. h. a. n. i. e. A. AU - Massey, S. t. e. v. e. n. E. AU - Martin, D. a. r. l. e. n. e. D. AU - McCuddin, Z. o. e. AU - Meyer, F. o. l. k. e. r. AU - Moore, J. e. s. s. i. c. a. L. AU - Ocampo, L. u. i. s. H. AU - Paul, J. o. h. n. H. AU - Paulsen, I. a. n. T. AU - Reep, D. o. u. g. l. a. s. K. AU - Ren, Q. i. n. g. h. u. AU - Ross, R. a. c. h. e. l. L. AU - Sato, P. r. i. s. c. i. l. a. Y. AU - Thomas, P. h. a. e. d. r. a. AU - Tinkham, L. a. n. c. e. E. AU - Zeruth, G. a. r. y. T. PY - 2006 DA - 2006// TI - The Genome of Deep-Sea Vent Chemolithoautotroph Thiomicrospira crunogena XCL-2 JO - PLoS Biology VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0040383 DO - 10.1371/journal.pbio.0040383 ID - Scott2006 ER - TY - JOUR AU - Watsuji, T. o. m. o. -. o. AU - Hada, E. m. i. AU - Miyazaki, M. a. s. a. y. u. k. i. AU - Ichimura, M. a. s. a. k. o. AU - Takai, K. e. n. PY - 2016 DA - 2016// TI - Thiomicrospira hydrogeniphila sp. nov., an aerobic, hydrogen- and sulfur-oxidizing chemolithoautotroph isolated from a seawater tank containing a block of beef tallow JO - International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology VL - 66 UR - https://doi.org/10.1099/ijsem.0.001250 DO - 10.1099/ijsem.0.001250 ID - Watsuji2016 ER - TY - JOUR AU - Brazelton, W. i. l. l. i. a. m. J. AU - Baross, J. o. h. n. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Metagenomic Comparison of Two Thiomicrospira Lineages Inhabiting Contrasting Deep-Sea Hydrothermal Environments JO - PLoS ONE VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0013530 DO - 10.1371/journal.pone.0013530 ID - Brazelton2010 ER - TY - JOUR AU - Jo, B. y. u. n. g. H. o. o. n. AU - Hwang, B. y. e. o. n. g. H. e. e. AU - Cha, H. y. u. n. g. J. o. o. n. PY - 2014 DA - 2014// TI - Draft genome sequence of Hydrogenovibrio marinus MH-110, a model organism for aerobic H2 metabolism JO - Journal of Biotechnology VL - 185 UR - https://doi.org/10.1016/j.jbiotec.2014.06.009 DO - 10.1016/j.jbiotec.2014.06.009 ID - Jo2014 ER - TY - STD TI - Kappler U, Davenport K, Beatson S, Lapidus A, Pan C, Han C, Montero-Calasanz MdC, Land M, Hauser L, Rohde M, G"oker M, Ivanova N, Woyke T, Klenk HP, Kyrpides NC. Complete genome sequence of the haloalkaliphilic, obligately chemolithoautotrophic thiosulfate and sulfide-oxidizing γ-proteobacterium Thioalkalimicrobium cyclicum type strain ALM 1 (DSM 14477T). Stand Genomic Sci. 2016; 11(1):1–12. https://doi.org/10.1186/s40793-016-0162-x. ID - ref18 ER - TY - STD TI - Zhang G, Fauzi Haroon M, Zhang R, Hikmawan T, Stingl U. Draft Genome Sequences of Two Thiomicrospira Strains Isolated from the Brine-Seawater Interface of Kebrit Deep in the Red Sea. Genome Announc. 2016; 4(2):00110–16. https://doi.org/10.1128/genomeA.00110-16. ID - ref19 ER - TY - STD TI - Jiang L, Lyu J, Shao Z. Sulfur metabolism of Hydrogenovibrio thermophilus strain s5 and its adaptations to deep-sea hydrothermal vent environment. Front Microbiol. 2017; 8(DEC):1–12. https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.02513. ID - ref20 ER - TY - JOUR AU - Scott, K. a. t. h. l. e. e. n. M. AU - Williams, J. o. h. n. AU - Porter, C. o. d. y. M. B. AU - Russel, S. y. d. n. e. y. AU - Harmer, T. a. r. a. L. AU - Paul, J. o. h. n. H. AU - Antonen, K. i. r. s. t. e. n. M. AU - Bridges, M. e. g. a. n. K. AU - Camper, G. a. r. y. J. AU - Campla, C. h. r. i. s. t. i. e. K. AU - Casella, L. e. i. l. a. G. AU - Chase, E. v. a. AU - Conrad, J. a. m. e. s. W. AU - Cruz, M. e. r. c. e. d. e. z. C. AU - Dunlap, D. a. r. r. e. n. S. AU - Duran, L. a. u. r. a. AU - Fahsbender, E. l. i. z. a. b. e. t. h. M. AU - Goldsmith, D. a. w. n. B. AU - Keeley, R. y. a. n. F. AU - Kondoff, M. a. t. t. h. e. w. R. AU - Kussy, B. r. e. a. n. n. a. I. AU - Lane, M. a. r. a. n. n. d. a. K. AU - Lawler, S. t. e. p. h. a. n. i. e. AU - Leigh, B. r. i. t. t. a. n. y. A. AU - Lewis, C. o. u. r. t. n. e. y. AU - Lostal, L. y. g. i. a. M. AU - Marking, D. e. v. o. n. AU - Mancera, P. a. o. l. a. A. AU - McClenthan, E. v. a. n. C. AU - McIntyre, E. m. i. l. y. A. AU - Mine, J. e. s. s. i. c. a. A. AU - Modi, S. w. a. p. n. i. l. AU - Moore, B. r. i. t. t. n. e. y. D. AU - Morgan, W. i. l. l. i. a. m. A. AU - Nelson, K. a. l. e. i. g. h. M. AU - Nguyen, K. i. m. m. y. N. AU - Ogburn, N. i. c. h. o. l. a. s. AU - Parrino, D. a. v. i. d. G. AU - Pedapudi, A. n. a. n. g. a. m. a. n. j. a. r. i. D. AU - Pelham, R. e. b. e. c. c. a. P. AU - Preece, A. m. a. n. d. a. M. AU - Rampersad, E. l. i. z. a. b. e. t. h. A. AU - Richardson, J. a. s. o. n. C. AU - Rodgers, C. h. r. i. s. t. i. n. a. M. AU - Schaffer, B. r. e. n. t. L. AU - Sheridan, N. a. n. c. y. E. AU - Solone, M. i. c. h. a. e. l. R. AU - Staley, Z. a. c. h. e. r. y. R. AU - Tabuchi, M. a. k. i. AU - Waide, R. a. m. o. n. d. J. AU - Wanjugi, P. a. u. l. i. n. e. W. AU - Young, S. u. z. a. n. n. e. AU - Clum, A. l. i. c. i. a. AU - Daum, C. h. r. i. s. AU - Huntemann, M. a. r. c. e. l. AU - Ivanova, N. a. t. a. l. i. a. AU - Kyrpides, N. i. k. o. s. AU - Mikhailova, N. a. t. a. l. i. a. AU - Palaniappan, K. r. i. s. h. n. a. v. e. n. i. AU - Pillay, M. a. n. o. j. AU - Reddy, T. B. K. AU - Shapiro, N. i. c. o. l. e. AU - Stamatis, D. i. m. i. t. r. i. o. s. AU - Varghese, N. e. h. a. AU - Woyke, T. a. n. j. a. AU - Boden, R. i. c. h. AU - Freyermuth, S. h. a. r. y. n. K. AU - Kerfeld, C. h. e. r. y. l. A. PY - 2018 DA - 2018// TI - Genomes of ubiquitous marine and hypersaline Hydrogenovibrio , Thiomicrorhabdus and Thiomicrospira spp. encode a diversity of mechanisms to sustain chemolithoautotrophy in heterogeneous environments JO - Environmental Microbiology VL - 20 UR - https://doi.org/10.1111/1462-2920.14090 DO - 10.1111/1462-2920.14090 ID - Scott2018 ER - TY - STD TI - Seemann T. Prokka: rapid prokaryotic genome annotation. Bioinformatics (Oxf, England). 2014:1–2. https://doi.org10.1093/bioinformatics/btu153. ID - ref22 ER - TY - JOUR AU - Marchler-Bauer, A. AU - Bryant, S. H. PY - 2004 DA - 2004// TI - CD-Search: protein domain annotations on the fly JO - Nucleic Acids Research VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh454 DO - 10.1093/nar/gkh454 ID - Marchler-Bauer2004 ER - TY - JOUR AU - Kanehisa, M. i. n. o. r. u. AU - Sato, Y. o. k. o. AU - Morishima, K. a. n. a. e. PY - 2016 DA - 2016// TI - BlastKOALA and GhostKOALA: KEGG Tools for Functional Characterization of Genome and Metagenome Sequences JO - Journal of Molecular Biology VL - 428 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmb.2015.11.006 DO - 10.1016/j.jmb.2015.11.006 ID - Kanehisa2016 ER - TY - JOUR AU - Goris, J. o. h. a. n. AU - Klappenbach, J. o. e. l. A. AU - Vandamme, P. e. t. e. r. AU - Coenye, T. o. m. AU - Konstantinidis, K. o. n. s. t. a. n. t. i. n. o. s. T. AU - Tiedje, J. a. m. e. s. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - DNA–DNA hybridization values and their relationship to whole-genome sequence similarities JO - International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology VL - 57 UR - https://doi.org/10.1099/ijs.0.64483-0 DO - 10.1099/ijs.0.64483-0 ID - Goris2007 ER - TY - JOUR AU - Bertelli, C. l. a. i. r. e. AU - Laird, M. a. t. t. h. e. w. R. AU - Williams, K. e. l. l. y. P. AU - Lau, B. r. i. t. n. e. y. Y. AU - Hoad, G. e. m. m. a. AU - Winsor, G. e. o. f. f. r. e. y. L. AU - Brinkman, F. i. o. n. a. S. L. PY - 2017 DA - 2017// TI - IslandViewer 4: expanded prediction of genomic islands for larger-scale datasets JO - Nucleic Acids Research VL - 45 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkx343 DO - 10.1093/nar/gkx343 ID - Bertelli2017 ER - TY - JOUR AU - Hsiao, W. i. l. l. i. a. m. W. L. AU - Ung, K. o. r. i. n. e. AU - Aeschliman, D. a. n. a. AU - Bryan, J. e. n. n. y. AU - Finlay, B. B. r. e. t. t. AU - Brinkman, F. i. o. n. a. S. L. PY - 2005 DA - 2005// TI - Evidence of a Large Novel Gene Pool Associated with Prokaryotic Genomic Islands JO - PLoS Genetics VL - 1 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0010062 DO - 10.1371/journal.pgen.0010062 ID - Hsiao2005 ER - TY - JOUR AU - Brazelton, W. i. l. l. i. a. m. J. AU - Baross, J. o. h. n. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Abundant transposases encoded by the metagenome of a hydrothermal chimney biofilm JO - The ISME Journal VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2009.79 DO - 10.1038/ismej.2009.79 ID - Brazelton2009 ER - TY - JOUR AU - Barrangou, R. AU - Fremaux, C. AU - Deveau, H. AU - Richards, M. AU - Boyaval, P. AU - Moineau, S. AU - Romero, D. A. AU - Horvath, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - CRISPR Provides Acquired Resistance Against Viruses in Prokaryotes JO - Science VL - 315 UR - https://doi.org/10.1126/science.1138140 DO - 10.1126/science.1138140 ID - Barrangou2007 ER - TY - JOUR AU - Greening, C. h. r. i. s. AU - Biswas, A. m. b. a. r. i. s. h. AU - Carere, C. a. r. l. o. R. AU - Jackson, C. o. l. i. n. J. AU - Taylor, M. a. t. t. h. e. w. C. AU - Stott, M. a. t. t. h. e. w. B. AU - Cook, G. r. e. g. o. r. y. M. AU - Morales, S. e. r. g. i. o. E. PY - 2015 DA - 2015// TI - Genomic and metagenomic surveys of hydrogenase distribution indicate H2 is a widely utilised energy source for microbial growth and survival JO - The ISME Journal VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2015.153 DO - 10.1038/ismej.2015.153 ID - Greening2015 ER - TY - JOUR AU - Bernhard, M. AU - Friedrich, B. AU - Siddiqui, R. A. PY - 2000 DA - 2000// TI - Ralstonia eutropha TF93 Is Blocked in Tat-Mediated Protein Export JO - Journal of Bacteriology VL - 182 UR - https://doi.org/10.1128/JB.182.3.581-588.2000 DO - 10.1128/JB.182.3.581-588.2000 ID - Bernhard2000 ER - TY - JOUR AU - Shomura, Y. a. s. u. h. i. t. o. AU - Yoon, K. i. -. S. e. o. k. AU - Nishihara, H. i. r. o. f. u. m. i. AU - Higuchi, Y. o. s. h. i. k. i. PY - 2011 DA - 2011// TI - Structural basis for a [4Fe-3S] cluster in the oxygen-tolerant membrane-bound [NiFe]-hydrogenase JO - Nature VL - 479 UR - https://doi.org/10.1038/nature10504 DO - 10.1038/nature10504 ID - Shomura2011 ER - TY - JOUR AU - Yamamoto, K. a. n. e. y. o. s. h. i. AU - Hirao, K. i. y. o. AU - Oshima, T. a. k. u. AU - Aiba, H. i. r. o. f. u. m. i. AU - Utsumi, R. y. u. t. a. r. o. AU - Ishihama, A. k. i. r. a. PY - 2004 DA - 2004// TI - Functional Characterizationin Vitroof All Two-component Signal Transduction Systems fromEscherichia coli JO - Journal of Biological Chemistry VL - 280 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M410104200 DO - 10.1074/jbc.M410104200 ID - Yamamoto2004 ER - TY - JOUR AU - Stoker, K. AU - Reijnders, W. N. AU - Oltmann, L. F. AU - Stouthamer, A. H. PY - 1989 DA - 1989// TI - Initial cloning and sequencing of hydHG, an operon homologous to ntrBC and regulating the labile hydrogenase activity in Escherichia coli K-12 JO - J Bacteriol VL - 171 UR - https://doi.org/10.1128/jb.171.8.4448-4456.1989 DO - 10.1128/jb.171.8.4448-4456.1989 ID - Stoker1989 ER - TY - JOUR AU - Lenz, O. AU - Strack, A. AU - Tran-Betcke, A. AU - Friedrich, B. PY - 1997 DA - 1997// TI - A hydrogen-sensing system in transcriptional regulation of hydrogenase gene expression in Alcaligenes species JO - Journal of Bacteriology VL - 179 UR - https://doi.org/10.1128/jb.179.5.1655-1663.1997 DO - 10.1128/jb.179.5.1655-1663.1997 ID - Lenz1997 ER - TY - JOUR AU - Ducluzeau, A. -. L. AU - Ouchane, S. AU - Nitschke, W. PY - 2008 DA - 2008// TI - The cbb3 Oxidases Are an Ancient Innovation of the Domain Bacteria JO - Molecular Biology and Evolution VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msn062 DO - 10.1093/molbev/msn062 ID - Ducluzeau2008 ER - TY - JOUR AU - Pitcher, R. o. b. e. r. t. S. AU - Watmough, N. i. c. h. o. l. a. s. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - The bacterial cytochrome cbb3 oxidases JO - Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics VL - 1655 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbabio.2003.09.017 DO - 10.1016/j.bbabio.2003.09.017 ID - Pitcher2004 ER - TY - STD TI - Adam N, Perner M. Microbially Mediated Hydrogen Cycling in Deep-Sea Hydrothermal Vents. Front Microbiol. 2018;9(November). https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.02873. ID - ref38 ER - TY - JOUR AU - Anantharaman, K. a. r. t. h. i. k. AU - Hausmann, B. e. l. a. AU - Jungbluth, S. e. a. n. P. AU - Kantor, R. o. s. e. S. AU - Lavy, A. d. i. AU - Warren, L. e. s. l. e. y. A. AU - Rappé, M. i. c. h. a. e. l. S. AU - Pester, M. i. c. h. a. e. l. AU - Loy, A. l. e. x. a. n. d. e. r. AU - Thomas, B. r. i. a. n. C. AU - Banfield, J. i. l. l. i. a. n. F. PY - 2018 DA - 2018// TI - Expanded diversity of microbial groups that shape the dissimilatory sulfur cycle JO - The ISME Journal VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/s41396-018-0078-0 DO - 10.1038/s41396-018-0078-0 ID - Anantharaman2018 ER - TY - JOUR AU - Distel, D. a. n. i. e. l. L. AU - Altamia, M. a. r. v. i. n. A. AU - Lin, Z. h. e. n. j. i. a. n. AU - Shipway, J. R. e. u. b. e. n. AU - Han, A. n. d. r. e. w. AU - Forteza, I. m. e. l. d. a. AU - Antemano, R. o. w. e. n. a. AU - Limbaco, M. a. G. w. e. n. J. P. e. ñ. a. f. l. o. r. AU - Tebo, A. l. i. s. o. n. G. AU - Dechavez, R. a. n. d. e. AU - Albano, J. u. l. i. e. AU - Rosenberg, G. a. r. y. AU - Concepcion, G. i. s. e. l. a. P. AU - Schmidt, E. r. i. c. W. AU - Haygood, M. a. r. g. o. G. PY - 2017 DA - 2017// TI - Discovery of chemoautotrophic symbiosis in the giant shipwormKuphus polythalamia(Bivalvia: Teredinidae) extends wooden-steps theory JO - Proceedings of the National Academy of Sciences VL - 114 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1620470114 DO - 10.1073/pnas.1620470114 ID - Distel2017 ER - TY - STD TI - König S, Gros O, Heiden SE, Hinzke T, Thürmer A, Poehlein A, Meyer S, Vatin M, Mbéguié-A-Mbéguié D, Tocny J, Ponnudurai R, Daniel R, Becher D, Schweder T, Markert S. Nitrogen fixation in a chemoautotrophic lucinid symbiosis. Nat Microbiol. 2016; 2(October):16193. https://doi.org/10.1038/nmicrobiol.2016.193. ID - ref41 ER - TY - JOUR AU - Anderson, I. a. i. n. AU - Sikorski, J. o. h. a. n. n. e. s. AU - Zeytun, A. h. m. e. t. AU - Nolan, M. a. t. t. AU - Lapidus, A. l. l. a. AU - Lucas, S. u. s. a. n. AU - Hammon, N. a. n. c. y. AU - Deshpande, S. h. w. e. t. a. AU - Cheng, J. a. n. -. F. a. n. g. AU - Tapia, R. o. x. a. n. n. e. AU - Han, C. l. i. f. f. AU - Goodwin, L. y. n. n. e. AU - Pitluck, S. a. m. AU - Liolios, K. o. n. s. t. a. n. t. i. n. o. s. AU - Pagani, I. o. a. n. n. a. AU - Ivanova, N. a. t. a. l. i. a. AU - Huntemann, M. a. r. c. e. l. AU - Mavromatis, K. o. n. s. t. a. n. t. i. n. o. s. AU - Ovchinikova, G. a. l. i. n. a. AU - Pati, A. m. r. i. t. a. AU - Chen, A. m. y. AU - Palaniappan, K. r. i. s. h. n. a. AU - Land, M. i. r. i. a. m. AU - Hauser, L. o. r. e. n. AU - Brambilla, E. v. e. l. y. n. e. -. M. a. r. i. e. AU - Ngatchou-Djao, O. l. i. v. i. e. r. D. AU - Rohde, M. a. n. f. r. e. d. AU - Tindall, B. r. i. a. n. J. AU - Göker, M. a. r. k. u. s. AU - Detter, J. o. h. n. C. AU - Woyke, T. a. n. j. a. AU - Bristow, J. a. m. e. s. AU - Eisen, J. o. n. a. t. h. a. n. A. AU - Markowitz, V. i. c. t. o. r. AU - Hugenholtz, P. h. i. l. i. p. AU - Klenk, H. a. n. s. -. P. e. t. e. r. AU - Kyrpides, N. i. k. o. s. C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Complete genome sequence of Nitratifractor salsuginis type strain (E9I37-1T) JO - Standards in Genomic Sciences VL - 4 UR - https://doi.org/10.4056/sigs.1844518 DO - 10.4056/sigs.1844518 ID - Anderson2011 ER - TY - JOUR AU - Giovannelli, D. o. n. a. t. o. AU - Ferriera, S. t. e. v. e. n. AU - Johnson, J. u. s. t. i. n. AU - Kravitz, S. a. u. l. AU - Pérez-Rodríguez, I. l. e. a. n. a. AU - Ricci, J. e. s. s. i. c. a. AU - O’Brien, C. h. a. r. l. e. s. AU - Voordeckers, J. a. m. e. s. W. AU - Bini, E. l. i. s. a. b. e. t. t. a. AU - Vetriani, C. o. s. t. a. n. t. i. n. o. PY - 2011 DA - 2011// TI - Draft genome sequence of Caminibacter mediatlanticus strain TB-2T, an epsilonproteobacterium isolated from a deep-sea hydrothermal vent JO - Standards in Genomic Sciences VL - 5 UR - https://doi.org/10.4056/sigs.2094859 DO - 10.4056/sigs.2094859 ID - Giovannelli2011 ER - TY - JOUR AU - Mori, J. i. r. o. F. AU - Scott, J. a. r. r. o. d. J. AU - Hager, K. e. v. i. n. W. AU - Moyer, C. r. a. i. g. L. AU - Küsel, K. i. r. s. t. e. n. AU - Emerson, D. a. v. i. d. PY - 2017 DA - 2017// TI - Physiological and ecological implications of an iron- or hydrogen-oxidizing member of the Zetaproteobacteria, Ghiorsea bivora, gen. nov., sp. nov JO - The ISME Journal VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2017.132 DO - 10.1038/ismej.2017.132 ID - Mori2017 ER - TY - JOUR AU - Nakagawa, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Nitratiruptor tergarcus gen. nov., sp. nov. and Nitratifractor salsuginis gen. nov., sp. nov., nitrate-reducing chemolithoautotrophs of the  -Proteobacteria isolated from a deep-sea hydrothermal system in the Mid-Okinawa Trough JO - INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY VL - 55 UR - https://doi.org/10.1099/ijs.0.63480-0 DO - 10.1099/ijs.0.63480-0 ID - Nakagawa2005 ER - TY - JOUR AU - Takai, K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Hydrogenimonas thermophila gen. nov., sp. nov., a novel thermophilic, hydrogen-oxidizing chemolithoautotroph within the  -Proteobacteria, isolated from a black smoker in a Central Indian Ridge hydrothermal field JO - INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY VL - 54 UR - https://doi.org/10.1099/ijs.0.02787-0 DO - 10.1099/ijs.0.02787-0 ID - Takai2004 ER - TY - JOUR AU - Schwartz, E. d. w. a. r. d. AU - Henne, A. n. k. e. AU - Cramm, R. a. i. n. e. r. AU - Eitinger, T. h. o. m. a. s. AU - Friedrich, B. ä. r. b. e. l. AU - Gottschalk, G. e. r. h. a. r. d. PY - 2003 DA - 2003// TI - Complete Nucleotide Sequence of pHG1: A Ralstonia eutropha H16 Megaplasmid Encoding Key Enzymes of H2-based Lithoautotrophy and Anaerobiosis JO - Journal of Molecular Biology VL - 332 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-2836(03)00894-5 DO - 10.1016/S0022-2836(03)00894-5 ID - Schwartz2003 ER - TY - JOUR AU - NISHIHARA, H. AU - IGARASHI, Y. AU - KODAMA, T. PY - 1991 DA - 1991// TI - Hydrogenovibrio marinus gen. nov., sp. nov., a Marine Obligately Chemolithoautotrophic Hydrogen-Oxidizing Bacterium JO - International Journal of Systematic Bacteriology VL - 41 UR - https://doi.org/10.1099/00207713-41-1-130 DO - 10.1099/00207713-41-1-130 ID - NISHIHARA1991 ER - TY - JOUR AU - Gardner, P. R. AU - Gardner, A. M. AU - Martin, L. A. AU - Salzman, A. L. PY - 1998 DA - 1998// TI - Nitric oxide dioxygenase: An enzymic function for flavohemoglobin JO - Proceedings of the National Academy of Sciences VL - 95 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.95.18.10378 DO - 10.1073/pnas.95.18.10378 ID - Gardner1998 ER - TY - JOUR AU - Wisecaver, J. e. n. n. i. f. e. r. H. AU - Alexander, W. i. l. l. i. a. m. G. AU - King, S. e. a. n. B. AU - Todd Hittinger, C. h. r. i. s. AU - Rokas, A. n. t. o. n. i. s. PY - 2016 DA - 2016// TI - Dynamic Evolution of Nitric Oxide Detoxifying Flavohemoglobins, a Family of Single-Protein Metabolic Modules in Bacteria and Eukaryotes JO - Molecular Biology and Evolution VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msw073 DO - 10.1093/molbev/msw073 ID - Wisecaver2016 ER - TY - JOUR AU - Barco, R. o. m. a. n. A. AU - Hoffman, C. o. l. l. e. e. n. L. AU - Ramírez, G. u. s. t. a. v. o. A. AU - Toner, B. r. a. n. d. y. M. AU - Edwards, K. a. t. r. i. n. a. J. AU - Sylvan, J. a. s. o. n. B. PY - 2017 DA - 2017// TI - In-situ incubation of iron-sulfur mineral reveals a diverse chemolithoautotrophic community and a new biogeochemical role for Thiomicrospira JO - Environmental Microbiology VL - 19 UR - https://doi.org/10.1111/1462-2920.13666 DO - 10.1111/1462-2920.13666 ID - Barco2017 ER - TY - JOUR AU - Desrosiers, D. a. n. i. e. l. C. AU - Sun, Y. o. n. g. C. h. e. n. g. AU - Zaidi, A. k. b. a. r. A. AU - Eggers, C. h. r. i. s. t. i. a. n. H. AU - Cox, D. a. v. i. d. L. AU - Radolf, J. u. s. t. i. n. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - The general transition metal (Tro) and Zn2+(Znu) transporters inTreponema pallidum: analysis of metal specificities and expression profiles JO - Molecular Microbiology VL - 65 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2007.05771.x DO - 10.1111/j.1365-2958.2007.05771.x ID - Desrosiers2007 ER - TY - JOUR AU - Große, C. o. r. n. e. l. i. a. AU - Scherer, J. u. d. i. t. h. AU - Koch, D. o. r. e. e. n. AU - Otto, M. a. r. k. u. s. AU - Taudte, N. a. d. i. n. e. AU - Grass, G. r. e. g. o. r. PY - 2006 DA - 2006// TI - A new ferrous iron-uptake transporter, EfeU (YcdN), from Escherichia coli JO - Molecular Microbiology VL - 62 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2006.05326.x DO - 10.1111/j.1365-2958.2006.05326.x ID - Große2006 ER - TY - JOUR AU - Vetriani, C. AU - Chew, Y. S. AU - Miller, S. M. AU - Yagi, J. AU - Coombs, J. AU - Lutz, R. A. AU - Barkay, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - Mercury Adaptation among Bacteria from a Deep-Sea Hydrothermal Vent JO - Applied and Environmental Microbiology VL - 71 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.71.1.220-226.2005 DO - 10.1128/AEM.71.1.220-226.2005 ID - Vetriani2005 ER - TY - JOUR AU - Freedman, Z. a. c. h. a. r. y. AU - Zhu, C. h. e. n. g. s. h. e. n. g. AU - Barkay, T. a. m. a. r. PY - 2012 DA - 2012// TI - Mercury Resistance and Mercuric Reductase Activities and Expression among Chemotrophic Thermophilic Aquificae JO - Applied and Environmental Microbiology VL - 78 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.01060-12 DO - 10.1128/AEM.01060-12 ID - Freedman2012 ER - TY - JOUR AU - Romero, H. é. c. t. o. r. AU - Zhang, Y. a. n. AU - Gladyshev, V. a. d. i. m. N. AU - Salinas, G. u. s. t. a. v. o. PY - 2005 DA - 2005// JO - Genome Biology VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2005-6-8-r66 DO - 10.1186/gb-2005-6-8-r66 ID - Romero2005 ER - TY - JOUR AU - Su, D. a. n. AU - Ojo, T. e. m. i. t. o. p. e. T. AU - Söll, D. i. e. t. e. r. AU - Hohn, M. i. c. h. a. e. l. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Selenomodification of tRNA in archaea requires a bipartite rhodanese enzyme JO - FEBS Letters VL - 586 UR - https://doi.org/10.1016/j.febslet.2012.01.024 DO - 10.1016/j.febslet.2012.01.024 ID - Su2012 ER - TY - STD TI - Wilde E. Untersuchungen über Wachstum und Speicherstoffsynthese von Hydrogenomonas. Arch Mikrobiol. 1962; 43(2):109–137. https://doi.org/10.1007/BF00406429. ID - ref58 ER - TY - JOUR AU - Dobrinski, K. P. AU - Longo, D. L. AU - Scott, K. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - The Carbon-Concentrating Mechanism of the Hydrothermal Vent Chemolithoautotroph Thiomicrospira crunogena JO - Journal of Bacteriology VL - 187 UR - https://doi.org/10.1128/JB.187.16.5761-5766.2005 DO - 10.1128/JB.187.16.5761-5766.2005 ID - Dobrinski2005 ER - TY - JOUR AU - Böhnke, S. t. e. f. a. n. i. e. AU - Perner, M. i. r. j. a. m. PY - 2014 DA - 2014// TI - A function-based screen for seeking RubisCO active clones from metagenomes: novel enzymes influencing RubisCO activity JO - The ISME Journal VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2014.163 DO - 10.1038/ismej.2014.163 ID - Böhnke2014 ER - TY - STD TI - Andrews S. FastQC: a quality control tool for high throughput sequence data. 2010. http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc. UR - http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc ID - ref61 ER - TY - JOUR AU - Koren, S. e. r. g. e. y. AU - Walenz, B. r. i. a. n. P. AU - Berlin, K. o. n. s. t. a. n. t. i. n. AU - Miller, J. a. s. o. n. R. AU - Bergman, N. i. c. h. o. l. a. s. H. AU - Phillippy, A. d. a. m. M. PY - 2017 DA - 2017// TI - Canu: scalable and accurate long-read assembly via adaptive k-mer weighting and repeat separation JO - Genome Research VL - 27 UR - https://doi.org/10.1101/gr.215087.116 DO - 10.1101/gr.215087.116 ID - Koren2017 ER - TY - STD TI - Hunt M, Silva ND, Otto TD, Parkhill J, Keane JA, Harris SR. Circlator: Automated circularization of genome assemblies using long sequencing reads. Genome Biol. 2015; 16(1):1–10. https://doi.org/10.1186/s13059-015-0849-0. ID - ref63 ER - TY - STD TI - Li H. Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM. ArXix. 2013. http://arxiv.org/abs/1303.3997. https://doi.org/arXiv:1303.3997. http://arxiv.org/abs/1303.3997. UR - http://arxiv.org/abs/1303.3997 ID - ref64 ER - TY - JOUR AU - Li, H. PY - 2011 DA - 2011// TI - A statistical framework for SNP calling, mutation discovery, association mapping and population genetical parameter estimation from sequencing data JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr509 DO - 10.1093/bioinformatics/btr509 ID - Li2011 ER - TY - JOUR AU - Walker, B. r. u. c. e. J. AU - Abeel, T. h. o. m. a. s. AU - Shea, T. e. r. r. a. n. c. e. AU - Priest, M. a. r. g. a. r. e. t. AU - Abouelliel, A. m. r. AU - Sakthikumar, S. h. a. r. a. d. h. a. AU - Cuomo, C. h. r. i. s. t. i. n. a. A. AU - Zeng, Q. i. a. n. d. o. n. g. AU - Wortman, J. e. n. n. i. f. e. r. AU - Young, S. a. r. a. h. K. AU - Earl, A. s. h. l. e. e. M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Pilon: An Integrated Tool for Comprehensive Microbial Variant Detection and Genome Assembly Improvement JO - PLoS ONE VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0112963 DO - 10.1371/journal.pone.0112963 ID - Walker2014 ER - TY - JOUR AU - Camacho, C. h. r. i. s. t. i. a. m. AU - Coulouris, G. e. o. r. g. e. AU - Avagyan, V. a. h. r. a. m. AU - Ma, N. i. n. g. AU - Papadopoulos, J. a. s. o. n. AU - Bealer, K. e. v. i. n. AU - Madden, T. h. o. m. a. s. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - BLAST+: architecture and applications JO - BMC Bioinformatics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-421 DO - 10.1186/1471-2105-10-421 ID - Camacho2009 ER - TY - JOUR AU - O'Leary, N. u. a. l. a. A. AU - Wright, M. a. t. h. e. w. W. AU - Brister, J. R. o. d. n. e. y. AU - Ciufo, S. t. a. c. y. AU - Haddad, D. i. a. n. a. AU - McVeigh, R. i. c. h. AU - Rajput, B. h. a. n. u. AU - Robbertse, B. a. r. b. a. r. a. AU - Smith-White, B. r. i. a. n. AU - Ako-Adjei, D. a. n. s. o. AU - Astashyn, A. l. e. x. a. n. d. e. r. AU - Badretdin, A. z. a. t. AU - Bao, Y. i. m. i. n. g. AU - Blinkova, O. l. g. a. AU - Brover, V. y. a. c. h. e. s. l. a. v. AU - Chetvernin, V. y. a. c. h. e. s. l. a. v. AU - Choi, J. i. n. n. a. AU - Cox, E. r. i. c. AU - Ermolaeva, O. l. g. a. AU - Farrell, C. a. t. h. e. r. i. n. e. M. AU - Goldfarb, T. a. m. a. r. a. AU - Gupta, T. r. i. p. t. i. AU - Haft, D. a. n. i. e. l. AU - Hatcher, E. n. e. i. d. a. AU - Hlavina, W. r. a. t. k. o. AU - Joardar, V. i. n. i. t. a. S. AU - Kodali, V. a. m. s. i. K. AU - Li, W. e. n. j. u. n. AU - Maglott, D. o. n. n. a. AU - Masterson, P. a. t. r. i. c. k. AU - McGarvey, K. e. l. l. y. M. AU - Murphy, M. i. c. h. a. e. l. R. AU - O'Neill, K. a. t. h. l. e. e. n. AU - Pujar, S. h. a. s. h. i. k. a. n. t. AU - Rangwala, S. a. n. j. i. d. a. H. AU - Rausch, D. a. n. i. e. l. AU - Riddick, L. i. l. l. i. a. n. D. AU - Schoch, C. o. n. r. a. d. AU - Shkeda, A. n. d. r. e. i. AU - Storz, S. u. s. a. n. S. AU - Sun, H. a. n. z. h. e. n. AU - Thibaud-Nissen, F. r. a. n. c. o. i. s. e. AU - Tolstoy, I. g. o. r. AU - Tully, R. a. y. m. o. n. d. E. AU - Vatsan, A. n. j. a. n. a. R. AU - Wallin, C. r. a. i. g. AU - Webb, D. a. v. i. d. AU - Wu, W. e. n. d. y. AU - Landrum, M. e. l. i. s. s. a. J. AU - Kimchi, A. v. i. AU - Tatusova, T. a. t. i. a. n. a. AU - DiCuccio, M. i. c. h. a. e. l. AU - Kitts, P. a. u. l. AU - Murphy, T. e. r. e. n. c. e. D. AU - Pruitt, K. i. m. D. PY - 2015 DA - 2015// TI - Reference sequence (RefSeq) database at NCBI: current status, taxonomic expansion, and functional annotation JO - Nucleic Acids Research VL - 44 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkv1189 DO - 10.1093/nar/gkv1189 ID - O'Leary2015 ER - TY - JOUR AU - Richter, M. i. c. h. a. e. l. AU - Rosselló-Móra, R. a. m. o. n. PY - 2009 DA - 2009// TI - Shifting the genomic gold standard for the prokaryotic species definition JO - Proceedings of the National Academy of Sciences VL - 106 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0906412106 DO - 10.1073/pnas.0906412106 ID - Richter2009 ER - TY - JOUR AU - Hudson, C. o. r. e. y. M. AU - Lau, B. r. i. t. n. e. y. Y. AU - Williams, K. e. l. l. y. P. PY - 2014 DA - 2014// TI - Islander: a database of precisely mapped genomic islands in tRNA and tmRNA genes JO - Nucleic Acids Research VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku1072 DO - 10.1093/nar/gku1072 ID - Hudson2014 ER - TY - JOUR AU - Krumsiek, J. AU - Arnold, R. AU - Rattei, T. PY - 2007 DA - 2007// TI - Gepard: a rapid and sensitive tool for creating dotplots on genome scale JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm039 DO - 10.1093/bioinformatics/btm039 ID - Krumsiek2007 ER - TY - JOUR AU - Darling, A. a. r. o. n. E. AU - Mau, B. o. b. AU - Perna, N. i. c. o. l. e. T. PY - 2010 DA - 2010// TI - progressiveMauve: Multiple Genome Alignment with Gene Gain, Loss and Rearrangement JO - PLoS ONE VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011147 DO - 10.1371/journal.pone.0011147 ID - Darling2010 ER - TY - JOUR AU - Kanehisa, M. i. n. o. r. u. AU - Goto, S. u. s. u. m. u. AU - Sato, Y. o. k. o. AU - Kawashima, M. a. s. a. y. u. k. i. AU - Furumichi, M. i. h. o. AU - Tanabe, M. a. o. PY - 2013 DA - 2013// TI - Data, information, knowledge and principle: back to metabolism in KEGG JO - Nucleic Acids Research VL - 42 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt1076 DO - 10.1093/nar/gkt1076 ID - Kanehisa2013 ER - TY - JOUR AU - Galperin, M. i. c. h. a. e. l. Y. AU - Makarova, K. i. r. a. S. AU - Wolf, Y. u. r. i. I. AU - Koonin, E. u. g. e. n. e. V. PY - 2014 DA - 2014// TI - Expanded microbial genome coverage and improved protein family annotation in the COG database JO - Nucleic Acids Research VL - 43 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gku1223 DO - 10.1093/nar/gku1223 ID - Galperin2014 ER - TY - JOUR AU - Krzywinski, M. AU - Schein, J. AU - Birol, I. AU - Connors, J. AU - Gascoyne, R. AU - Horsman, D. AU - Jones, S. J. AU - Marra, M. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Circos: An information aesthetic for comparative genomics JO - Genome Research VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.092759.109 DO - 10.1101/gr.092759.109 ID - Krzywinski2009 ER - TY - JOUR AU - El-Gebali, S. a. r. a. AU - Mistry, J. a. i. n. a. AU - Bateman, A. l. e. x. AU - Eddy, S. e. a. n. R. AU - Luciani, A. u. r. é. l. i. e. n. AU - Potter, S. i. m. o. n. C. AU - Qureshi, M. a. t. l. o. o. b. AU - Richardson, L. o. r. n. a. J. AU - Salazar, G. u. s. t. a. v. o. A. AU - Smart, A. l. f. r. e. d. o. AU - Sonnhammer, E. r. i. k. L.  . L. AU - Hirsh, L. a. y. l. a. AU - Paladin, L. i. s. a. n. n. a. AU - Piovesan, D. a. m. i. a. n. o. AU - Tosatto, S. i. l. v. i. o. C.  . E. AU - Finn, R. o. b. e. r. t. D. PY - 2018 DA - 2018// TI - The Pfam protein families database in 2019 JO - Nucleic Acids Research VL - 47 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gky995 DO - 10.1093/nar/gky995 ID - El-Gebali2018 ER - TY - JOUR AU - Chen, I. -. M. i. n. A. AU - Chu, K. e. n. AU - Palaniappan, K. r. i. s. h. n. a. AU - Pillay, M. a. n. o. j. AU - Ratner, A. n. n. a. AU - Huang, J. i. n. g. h. u. a. AU - Huntemann, M. a. r. c. e. l. AU - Varghese, N. e. h. a. AU - White, J. a. m. e. s. R. AU - Seshadri, R. e. k. h. a. AU - Smirnova, T. a. t. y. a. n. a. AU - Kirton, E. d. w. a. r. d. AU - Jungbluth, S. e. a. n. P. AU - Woyke, T. a. n. j. a. AU - Eloe-Fadrosh, E. m. i. l. e. y. A. AU - Ivanova, N. a. t. a. l. i. a. N. AU - Kyrpides, N. i. k. o. s. C. PY - 2018 DA - 2018// TI - IMG/M v.5.0: an integrated data management and comparative analysis system for microbial genomes and microbiomes JO - Nucleic Acids Research VL - 47 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gky901 DO - 10.1093/nar/gky901 ID - Chen2018 ER - TY - JOUR AU - Keseler, I. n. g. r. i. d. M. AU - Mackie, A. m. a. n. d. a. AU - Santos-Zavaleta, A. l. b. e. r. t. o. AU - Billington, R. i. c. h. a. r. d. AU - Bonavides-Martínez, C. é. s. a. r. AU - Caspi, R. o. n. AU - Fulcher, C. a. r. o. l. AU - Gama-Castro, S. o. c. o. r. r. o. AU - Kothari, A. n. a. m. i. k. a. AU - Krummenacker, M. a. r. k. u. s. AU - Latendresse, M. a. r. i. o. AU - Muñiz-Rascado, L. u. i. s. AU - Ong, Q. u. a. n. g. AU - Paley, S. u. z. a. n. n. e. AU - Peralta-Gil, M. a. r. t. i. n. AU - Subhraveti, P. a. l. l. a. v. i. AU - Velázquez-Ramírez, D. a. v. i. d. A. AU - Weaver, D. a. n. i. e. l. AU - Collado-Vides, J. u. l. i. o. AU - Paulsen, I. a. n. AU - Karp, P. e. t. e. r. D. PY - 2016 DA - 2016// TI - The EcoCyc database: reflecting new knowledge aboutEscherichia coliK-12 JO - Nucleic Acids Research VL - 45 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkw1003 DO - 10.1093/nar/gkw1003 ID - Keseler2016 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput JO - Nucleic Acids Research VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh340 DO - 10.1093/nar/gkh340 ID - Edgar2004 ER - TY - JOUR AU - Chakravorty, S. o. u. m. i. t. e. s. h. AU - Helb, D. a. n. i. c. a. AU - Burday, M. i. c. h. e. l. e. AU - Connell, N. a. n. c. y. AU - Alland, D. a. v. i. d. PY - 2007 DA - 2007// TI - A detailed analysis of 16S ribosomal RNA gene segments for the diagnosis of pathogenic bacteria JO - Journal of Microbiological Methods VL - 69 UR - https://doi.org/10.1016/j.mimet.2007.02.005 DO - 10.1016/j.mimet.2007.02.005 ID - Chakravorty2007 ER -