TY - JOUR AU - Ratel, D. a. v. i. d. AU - Ravanat, J. e. a. n. -. L. u. c. AU - Berger, F. r. a. n. ç. o. i. s. AU - Wion, D. i. d. i. e. r. PY - 2006 DA - 2006// TI - N6-methyladenine: the other methylated base of DNA JO - BioEssays VL - 28 UR - https://doi.org/10.1002/bies.20342 DO - 10.1002/bies.20342 ID - Ratel2006 ER - TY - JOUR AU - Wion, D. AU - Casadesus, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - N6-methyl-adenine: an epigenetic signal for DNA-protein interactions JO - Nat Rev Microbiol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nrmicro1350 DO - 10.1038/nrmicro1350 ID - Wion2006 ER - TY - JOUR AU - Zhang, G. AU - Huang, H. AU - Liu, D. AU - Cheng, Y. AU - Liu, X. AU - Zhang, W. AU - Yin, R. AU - Zhang, D. AU - Zhang, P. AU - Liu, J. PY - 2015 DA - 2015// TI - N6-methyladenine DNA modification in drosophila JO - Cell VL - 161 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.04.018 DO - 10.1016/j.cell.2015.04.018 ID - Zhang2015 ER - TY - JOUR AU - Luo, G. Z. AU - Blanco, M. A. AU - Greer, E. L. AU - He, C. AU - Shi, Y. PY - 2015 DA - 2015// TI - DNA N (6)-methyladenine: a new epigenetic mark in eukaryotes? JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1038/nrm4076 DO - 10.1038/nrm4076 ID - Luo2015 ER - TY - JOUR AU - Liang, Z. AU - Shen, L. AU - Cui, X. AU - Bao, S. AU - Geng, Y. AU - Yu, G. AU - Liang, F. AU - Xie, S. AU - Lu, T. AU - Gu, X. PY - 2018 DA - 2018// TI - DNA N (6)-Adenine methylation in Arabidopsis thaliana JO - Dev Cell VL - 45 UR - https://doi.org/10.1016/j.devcel.2018.03.012 DO - 10.1016/j.devcel.2018.03.012 ID - Liang2018 ER - TY - JOUR AU - Xiao, C. L. AU - Zhu, S. AU - He, M. AU - Chen, Z. Q. AU - Chen, Y. AU - Yu, G. AU - Liu, J. AU - Xie, S. Q. AU - Luo, F. PY - 2018 DA - 2018// TI - N (6)-Methyladenine DNA modification in the human genome JO - Mol Cell VL - 71 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2018.06.015 DO - 10.1016/j.molcel.2018.06.015 ID - Xiao2018 ER - TY - JOUR AU - Wu, T. P. AU - Wang, T. AU - Seetin, M. G. AU - Lai, Y. AU - Zhu, S. AU - Lin, K. AU - Liu, Y. AU - Byrum, S. D. AU - Mackintosh, S. G. AU - Zhong, M. PY - 2016 DA - 2016// TI - DNA methylation on N (6)-adenine in mammalian embryonic stem cells JO - Nature VL - 532 UR - https://doi.org/10.1038/nature17640 DO - 10.1038/nature17640 ID - Wu2016 ER - TY - JOUR AU - Clark, T. A. AU - Murray, I. A. AU - Morgan, R. D. AU - Kislyuk, A. O. AU - Spittle, K. E. AU - Boitano, M. AU - Fomenkov, A. AU - Roberts, R. J. AU - Korlach, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Characterization of DNA methyltransferase specificities using single-molecule, real-time DNA sequencing JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr1146 DO - 10.1093/nar/gkr1146 ID - Clark2012 ER - TY - JOUR AU - Flusberg, B. A. AU - Webster, D. R. AU - Lee, J. H. AU - Travers, K. J. AU - Olivares, E. C. AU - Clark, T. A. AU - Korlach, J. AU - Turner, S. W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Direct detection of DNA methylation during single-molecule, real-time sequencing JO - Nat Methods VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1459 DO - 10.1038/nmeth.1459 ID - Flusberg2010 ER - TY - JOUR AU - Fang, G. AU - Munera, D. AU - Friedman, D. I. AU - Mandlik, A. AU - Chao, M. C. AU - Banerjee, O. AU - Feng, Z. AU - Losic, B. AU - Mahajan, M. C. AU - Jabado, O. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome-wide mapping of methylated adenine residues in pathogenic Escherichia coli using single-molecule real-time sequencing JO - Nat Biotechnol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2432 DO - 10.1038/nbt.2432 ID - Fang2012 ER - TY - JOUR AU - Schadt, E. E. AU - Banerjee, O. AU - Fang, G. AU - Feng, Z. AU - Wong, W. H. AU - Zhang, X. AU - Kislyuk, A. AU - Clark, T. A. AU - Luong, K. AU - Keren-Paz, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Modeling kinetic rate variation in third generation DNA sequencing data to detect putative modifications to DNA bases JO - Genome Res VL - 23 UR - https://doi.org/10.1101/gr.136739.111 DO - 10.1101/gr.136739.111 ID - Schadt2013 ER - TY - JOUR AU - Xiao, C. L. AU - Chen, Y. AU - Xie, S. Q. AU - Chen, K. N. AU - Wang, Y. AU - Han, Y. AU - Luo, F. AU - Xie, Z. PY - 2017 DA - 2017// TI - MECAT: fast mapping, error correction, and de novo assembly for single-molecule sequencing reads JO - Nat Methods VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.4432 DO - 10.1038/nmeth.4432 ID - Xiao2017 ER - TY - JOUR AU - Greer, E. L. AU - Blanco, M. A. AU - Gu, L. AU - Sendinc, E. AU - Liu, J. AU - Aristizabal-Corrales, D. AU - Hsu, C. H. AU - Aravind, L. AU - He, C. AU - Shi, Y. PY - 2015 DA - 2015// TI - DNA methylation on N6-adenine in C. elegans JO - Cell VL - 161 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.04.005 DO - 10.1016/j.cell.2015.04.005 ID - Greer2015 ER - TY - JOUR AU - Mondo, S. J. AU - Dannebaum, R. O. AU - Kuo, R. C. AU - Louie, K. B. AU - Bewick, A. J. AU - LaButti, K. AU - Haridas, S. AU - Kuo, A. AU - Salamov, A. AU - Ahrendt, S. R. PY - 2017 DA - 2017// TI - Widespread adenine N6-methylation of active genes in fungi JO - Nat Genet VL - 49 UR - https://doi.org/10.1038/ng.3859 DO - 10.1038/ng.3859 ID - Mondo2017 ER - TY - JOUR AU - Mauricio, R. PY - 2001 DA - 2001// TI - Mapping quantitative trait loci in plants: uses and caveats for evolutionary biology JO - Nat Rev Genet VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/35072085 DO - 10.1038/35072085 ID - Mauricio2001 ER - TY - JOUR AU - Kliebenstein, D. PY - 2009 DA - 2009// TI - Quantitative genomics: analyzing intraspecific variation using global gene expression polymorphisms or eQTLs JO - Annu Rev Plant Biol VL - 60 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.arplant.043008.092114 DO - 10.1146/annurev.arplant.043008.092114 ID - Kliebenstein2009 ER - TY - JOUR AU - Swanson-Wagner, R. A. AU - DeCook, R. AU - Jia, Y. AU - Bancroft, T. AU - Ji, T. AU - Zhao, X. AU - Nettleton, D. AU - Schnable, P. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Paternal dominance of trans-eQTL influences gene expression patterns in maize hybrids JO - Science VL - 326 UR - https://doi.org/10.1126/science.1178294 DO - 10.1126/science.1178294 ID - Swanson-Wagner2009 ER - TY - JOUR AU - Wang, J. AU - Yu, H. AU - Xie, W. AU - Xing, Y. AU - Yu, S. AU - Xu, C. AU - Li, X. AU - Xiao, J. AU - Zhang, Q. PY - 2010 DA - 2010// TI - A global analysis of QTLs for expression variations in rice shoots at the early seedling stage JO - Plant J VL - 63 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2010.04303.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2010.04303.x ID - Wang2010 ER - TY - JOUR AU - Ernst, C. W. AU - Steibel, J. P. PY - 2013 DA - 2013// TI - Molecular advances in QTL discovery and application in pig breeding JO - Trends Genet VL - 29 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2013.02.002 DO - 10.1016/j.tig.2013.02.002 ID - Ernst2013 ER - TY - JOUR AU - Todesco, M. AU - Balasubramanian, S. AU - Hu, T. T. AU - Traw, M. B. AU - Horton, M. AU - Epple, P. AU - Kuhns, C. AU - Sureshkumar, S. AU - Schwartz, C. AU - Lanz, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Natural allelic variation underlying a major fitness trade-off in Arabidopsis thaliana JO - Nature VL - 465 UR - https://doi.org/10.1038/nature09083 DO - 10.1038/nature09083 ID - Todesco2010 ER - TY - JOUR AU - Delker, C. AU - Quint, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Expression level polymorphisms: heritable traits shaping natural variation JO - Trends Plant Sci VL - 16 ID - Delker2011 ER - TY - JOUR AU - Jaligot, E. AU - Rival, A. AU - Beulé, T. AU - Dussert, S. AU - Verdeil, J. -. L. PY - 2000 DA - 2000// TI - Somaclonal variation in oil palm (Elaeis guineensis Jacq.): the DNA methylation hypothesis JO - Plant Cell Rep VL - 19 UR - https://doi.org/10.1007/s002999900177 DO - 10.1007/s002999900177 ID - Jaligot2000 ER - TY - JOUR AU - Zhang, D. AU - Cheng, L. AU - Badner, J. A. AU - Chen, C. AU - Chen, Q. AU - Luo, W. AU - Craig, D. W. AU - Redman, M. AU - Gershon, E. S. AU - Liu, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genetic control of individual differences in gene-specific methylation in human brain JO - Am J Hum Genet VL - 86 UR - https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2010.02.005 DO - 10.1016/j.ajhg.2010.02.005 ID - Zhang2010 ER - TY - JOUR AU - Yao, B. AU - Cheng, Y. AU - Wang, Z. AU - Li, Y. AU - Chen, L. AU - Huang, L. AU - Zhang, W. AU - Chen, D. AU - Wu, H. AU - Tang, B. PY - 2017 DA - 2017// TI - DNA N6-methyladenine is dynamically regulated in the mouse brain following environmental stress JO - Nat Commun VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/s41467-017-01195-y DO - 10.1038/s41467-017-01195-y ID - Yao2017 ER - TY - JOUR AU - Gibbs, J. R. AU - Brug, M. P. AU - Hernandez, D. G. AU - Traynor, B. J. AU - Nalls, M. A. AU - Lai, S. L. AU - Arepalli, S. AU - Dillman, A. AU - Rafferty, I. P. AU - Troncoso, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Abundant quantitative trait loci exist for DNA methylation and gene expression in human brain JO - PLoS Genet VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000952 DO - 10.1371/journal.pgen.1000952 ID - Gibbs2010 ER - TY - JOUR AU - Bailey, T. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - DREME: motif discovery in transcription factor ChIP-seq data JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr261 DO - 10.1093/bioinformatics/btr261 ID - Bailey2011 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Q. AU - Liang, Z. AU - Cui, X. AU - Ji, C. AU - Li, Y. AU - Zhang, P. AU - Liu, J. AU - Riaz, A. AU - Yao, P. AU - Liu, M. PY - 2018 DA - 2018// TI - N (6)-Methyladenine DNA methylation in japonica and Indica Rice genomes and its association with gene expression, plant development, and stress responses JO - Mol Plant VL - 11 UR - https://doi.org/10.1016/j.molp.2018.11.005 DO - 10.1016/j.molp.2018.11.005 ID - Zhang2018 ER - TY - JOUR AU - Sun, Q. AU - Huang, S. AU - Wang, X. AU - Zhu, Y. AU - Chen, Z. AU - Chen, D. PY - 2015 DA - 2015// TI - N6-methyladenine functions as a potential epigenetic mark in eukaryotes JO - Bioessays VL - 37 UR - https://doi.org/10.1002/bies.201500076 DO - 10.1002/bies.201500076 ID - Sun2015 ER - TY - JOUR AU - Fu, Y. AU - Luo, G. Z. AU - Chen, K. AU - Deng, X. AU - Yu, M. AU - Han, D. AU - Hao, Z. AU - Liu, J. AU - Lu, X. AU - Dore, L. C. PY - 2015 DA - 2015// TI - N6-methyldeoxyadenosine marks active transcription start sites in Chlamydomonas JO - Cell VL - 161 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.04.010 DO - 10.1016/j.cell.2015.04.010 ID - Fu2015 ER - TY - JOUR AU - Weber, M. AU - Hellmann, I. AU - Stadler, M. B. AU - Ramos, L. AU - Paabo, S. AU - Rebhan, M. AU - Schubeler, D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Distribution, silencing potential and evolutionary impact of promoter DNA methylation in the human genome JO - Nat Genet VL - 39 UR - https://doi.org/10.1038/ng1990 DO - 10.1038/ng1990 ID - Weber2007 ER - TY - JOUR AU - Mette, M. F. AU - Aufsatz, W. AU - Winden, J. AU - Matzke, M. A. AU - Matzke, A. J. PY - 2000 DA - 2000// TI - Transcriptional silencing and promoter methylation triggered by double-stranded RNA JO - EMBO J VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/emboj/19.19.5194 DO - 10.1093/emboj/19.19.5194 ID - Mette2000 ER - TY - JOUR AU - LeBowitz, J. H. AU - Smith, H. Q. AU - Rusche, L. AU - Beverley, S. M. PY - 1993 DA - 1993// TI - Coupling of poly(a) site selection and trans-splicing in Leishmania JO - Genes Dev VL - 7 UR - https://doi.org/10.1101/gad.7.6.996 DO - 10.1101/gad.7.6.996 ID - LeBowitz1993 ER - TY - JOUR AU - MacMillan, C. P. AU - Birke, H. AU - Chuah, A. AU - Brill, E. AU - Tsuji, Y. AU - Ralph, J. AU - Dennis, E. S. AU - Llewellyn, D. AU - Pettolino, F. A. PY - 2017 DA - 2017// TI - Tissue and cell-specific transcriptomes in cotton reveal the subtleties of gene regulation underlying the diversity of plant secondary cell walls JO - BMC Genomics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1186/s12864-017-3902-4 DO - 10.1186/s12864-017-3902-4 ID - MacMillan2017 ER - TY - JOUR AU - Macrander, J. AU - Broe, M. AU - Daly, M. PY - 2016 DA - 2016// TI - Tissue-specific venom composition and differential gene expression in sea anemones JO - Genome Biol Evol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1093/gbe/evw155 DO - 10.1093/gbe/evw155 ID - Macrander2016 ER - TY - JOUR AU - Bodi, Z. AU - Zhong, S. AU - Mehra, S. AU - Song, J. AU - Graham, N. AU - Li, H. AU - May, S. AU - Fray, R. G. PY - 2012 DA - 2012// TI - Adenosine methylation in Arabidopsis mRNA is associated with the 3′ end and reduced levels cause developmental defects JO - Front Plant Sci VL - 3 UR - https://doi.org/10.3389/fpls.2012.00048 DO - 10.3389/fpls.2012.00048 ID - Bodi2012 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Fast and accurate short read alignment with burrows-wheeler transform JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324 DO - 10.1093/bioinformatics/btp324 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Durbin, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Fast and accurate long-read alignment with burrows-wheeler transform JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp698 DO - 10.1093/bioinformatics/btp698 ID - Li2010 ER - TY - JOUR AU - McKenna, A. AU - Hanna, M. AU - Banks, E. AU - Sivachenko, A. AU - Cibulskis, K. AU - Kernytsky, A. AU - Garimella, K. AU - Altshuler, D. AU - Gabriel, S. AU - Daly, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - The genome analysis toolkit: a MapReduce framework for analyzing next-generation DNA sequencing data JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.107524.110 DO - 10.1101/gr.107524.110 ID - McKenna2010 ER - TY - JOUR AU - Auwera, G. A. AU - Carneiro, M. O. AU - Hartl, C. AU - Poplin, R. AU - Angel, G. AU - Levy-Moonshine, A. AU - Jordan, T. AU - Shakir, K. AU - Roazen, D. AU - Thibault, J. PY - 2013 DA - 2013// TI - From FastQ data to high confidence variant calls: the genome analysis toolkit best practices pipeline JO - Curr Protoc Bioinformatics VL - 43 ID - Auwera2013 ER - TY - JOUR AU - Trapnell, C. AU - Pachter, L. AU - Salzberg, S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - TopHat: discovering splice junctions with RNA-Seq JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp120 DO - 10.1093/bioinformatics/btp120 ID - Trapnell2009 ER -