Skip to main content

Table 6 Overall performance of tolerance predictors on MP variants

From: Benchmarking subcellular localization and variant tolerance predictors on membrane proteins

 

TP

FP

TN

FN

Sensitivity

Specificity

PPV

NPV

ACC

MCC

OPM

CADD

725

670

641

18

0.98

0.49

0.66

0.95

0.73

0.53

0.44

DANN

737

1006

305

6

0.99

0.23

0.56

0.97

0.61

0.35

0.30

Eigen

582

253

1058

161

0.78

0.81

0.80

0.79

0.80

0.59

0.50

Eigen-PC

580

266

1045

163

0.78

0.80

0.79

0.78

0.79

0.58

0.49

FATHMM

556

230

1053

183

0.75

0.82

0.81

0.77

0.79

0.57

0.49

FATHMM-MKL

705

434

877

38

0.95

0.67

0.74

0.93

0.81

0.64

0.55

FitCons

423

571

740

320

0.57

0.56

0.57

0.57

0.57

0.13

0.18

GenoCanyon

605

313

998

138

0.81

0.76

0.77

0.80

0.79

0.58

0.49

LRT

625

205

904

91

0.87

0.82

0.83

0.87

0.84

0.69

0.60

M-CAP

707

104

152

13

0.98

0.59

0.71

0.97

0.79

0.62

0.53

MetaLR

615

76

1235

128

0.83

0.94

0.93

0.85

0.88

0.77

0.70

MetaSVM

629

59

1252

114

0.85

0.95

0.95

0.86

0.90

0.81

0.74

MutationAssessor

278

36

999

96

0.74

0.97

0.96

0.79

0.85

0.73

0.64

MutationTaster2

694

251

1060

49

0.93

0.81

0.83

0.92

0.87

0.75

0.67

MutPred

624

62

1240

117

0.84

0.95

0.95

0.86

0.90

0.80

0.73

PolyPhen HDIV

668

213

925

37

0.95

0.81

0.84

0.94

0.88

0.77

0.69

PolyPhen HVAR

633

151

1046

53

0.92

0.87

0.88

0.92

0.90

0.80

0.73

PON-P2

699

76

1235

48

0.94

0.94

0.90

0.96

0.94

0.87

0.82

PROVEAN

646

263

1040

92

0.88

0.80

0.71

0.92

0.83

0.65

0.56

REVEL

650

56

1255

93

0.87

0.96

0.95

0.88

0.92

0.83

0.77

SIFT

659

330

979

84

0.89

0.75

0.78

0.87

0.82

0.64

0.55

VEST3

641

79

1232

102

0.86

0.94

0.93

0.87

0.90

0.80

0.73