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Table 6 Overall performance of tolerance predictors on MP variants

From: Benchmarking subcellular localization and variant tolerance predictors on membrane proteins

  TP FP TN FN Sensitivity Specificity PPV NPV ACC MCC OPM
CADD 725 670 641 18 0.98 0.49 0.66 0.95 0.73 0.53 0.44
DANN 737 1006 305 6 0.99 0.23 0.56 0.97 0.61 0.35 0.30
Eigen 582 253 1058 161 0.78 0.81 0.80 0.79 0.80 0.59 0.50
Eigen-PC 580 266 1045 163 0.78 0.80 0.79 0.78 0.79 0.58 0.49
FATHMM 556 230 1053 183 0.75 0.82 0.81 0.77 0.79 0.57 0.49
FATHMM-MKL 705 434 877 38 0.95 0.67 0.74 0.93 0.81 0.64 0.55
FitCons 423 571 740 320 0.57 0.56 0.57 0.57 0.57 0.13 0.18
GenoCanyon 605 313 998 138 0.81 0.76 0.77 0.80 0.79 0.58 0.49
LRT 625 205 904 91 0.87 0.82 0.83 0.87 0.84 0.69 0.60
M-CAP 707 104 152 13 0.98 0.59 0.71 0.97 0.79 0.62 0.53
MetaLR 615 76 1235 128 0.83 0.94 0.93 0.85 0.88 0.77 0.70
MetaSVM 629 59 1252 114 0.85 0.95 0.95 0.86 0.90 0.81 0.74
MutationAssessor 278 36 999 96 0.74 0.97 0.96 0.79 0.85 0.73 0.64
MutationTaster2 694 251 1060 49 0.93 0.81 0.83 0.92 0.87 0.75 0.67
MutPred 624 62 1240 117 0.84 0.95 0.95 0.86 0.90 0.80 0.73
PolyPhen HDIV 668 213 925 37 0.95 0.81 0.84 0.94 0.88 0.77 0.69
PolyPhen HVAR 633 151 1046 53 0.92 0.87 0.88 0.92 0.90 0.80 0.73
PON-P2 699 76 1235 48 0.94 0.94 0.90 0.96 0.94 0.87 0.82
PROVEAN 646 263 1040 92 0.88 0.80 0.71 0.92 0.83 0.65 0.56
REVEL 650 56 1255 93 0.87 0.96 0.95 0.88 0.92 0.83 0.77
SIFT 659 330 979 84 0.89 0.75 0.78 0.87 0.82 0.64 0.55
VEST3 641 79 1232 102 0.86 0.94 0.93 0.87 0.90 0.80 0.73