Benchmarking subcellular localization and variant tolerance predictors on membrane proteins

Orioli, Tommaso; Vihinen, Mauno

doi:10.1186/s12864-019-5865-0

BMC Genomics

Table 7 Performance of tolerance predictors divided to membrane protein parts

From: Benchmarking subcellular localization and variant tolerance predictors on membrane proteins

	Sensitivity			Specificity			PPV			NPV			ACC			MCC			OPM
	TM^a	I^a	O^a	TM	I	O	TM	I	O	TM	I	O	TM	I	O	TM	I	O	TM	I	O
CADD	0.99	0.96	0.98	0.46	0.50	0.49	0.65	0.66	0.66	0.99	0.93	0.96	0.73	0.73	0.73	0.54	0.52	0.54	0.45	0.43	0.45
DANN	1.00	0.99	0.99	0.20	0.24	0.24	0.56	0.57	0.56	1.00	0.97	0.95	0.60	0.62	0.61	0.33	0.35	0.34	0.30	0.31	0.30
Eigen	0.78	0.89	0.70	0.73	0.83	0.82	0.74	0.84	0.79	0.77	0.88	0.73	0.76	0.86	0.76	0.51	0.71	0.52	0.43	0.63	0.44
Eigen-PC	0.78	0.88	0.70	0.74	0.80	0.81	0.75	0.82	0.79	0.77	0.87	0.73	0.76	0.84	0.76	0.52	0.69	0.51	0.44	0.60	0.43
FATHMM	0.63	0.76	0.81	0.86	0.78	0.84	0.82	0.77	0.84	0.70	0.76	0.82	0.75	0.77	0.83	0.51	0.54	0.66	0.43	0.45	0.57
FATHMM-MKL	0.97	0.93	0.96	0.63	0.67	0.68	0.73	0.74	0.75	0.95	0.90	0.94	0.80	0.80	0.82	0.64	0.62	0.66	0.54	0.53	0.57
FitCons	0.44	0.69	0.55	0.72	0.55	0.53	0.61	0.60	0.54	0.56	0.64	0.54	0.58	0.62	0.54	0.17	0.24	0.08	0.20	0.24	0.16
GenoCanyon	0.78	0.84	0.81	0.72	0.77	0.77	0.74	0.78	0.78	0.76	0.83	0.80	0.75	0.81	0.79	0.50	0.61	0.58	0.42	0.52	0.49
LRT	0.94	0.85	0.85	0.75	0.82	0.83	0.79	0.83	0.83	0.93	0.85	0.85	0.85	0.84	0.84	0.70	0.67	0.68	0.62	0.59	0.59
M-CAP	0.99	0.98	0.98	0.55	0.57	0.64	0.69	0.69	0.73	0.98	0.96	0.97	0.77	0.77	0.81	0.60	0.60	0.66	0.50	0.50	0.56
MetaLR	0.81	0.81	0.85	0.92	0.93	0.96	0.91	0.92	0.95	0.83	0.83	0.87	0.86	0.87	0.91	0.73	0.74	0.82	0.65	0.66	0.75
MetaSVM	0.85	0.83	0.86	0.93	0.95	0.97	0.92	0.94	0.97	0.86	0.85	0.87	0.89	0.89	0.91	0.78	0.78	0.83	0.70	0.71	0.77
MutationAssessor	0.89	0.60	0.78	0.92	0.98	0.97	0.91	0.97	0.96	0.89	0.71	0.82	0.90	0.79	0.88	0.80	0.63	0.77	0.73	0.53	0.69
MutationTaster2	0.99	0.92	0.91	0.78	0.81	0.82	0.82	0.83	0.83	0.99	0.91	0.90	0.89	0.87	0.86	0.79	0.74	0.73	0.71	0.65	0.65
MutPred	0.87	0.78	0.88	0.91	0.97	0.95	0.91	0.96	0.95	0.87	0.81	0.89	0.89	0.87	0.92	0.78	0.76	0.83	0.70	0.68	0.77
PolyPhen HDIV	0.96	0.94	0.94	0.70	0.83	0.83	0.76	0.85	0.85	0.95	0.93	0.94	0.83	0.89	0.89	0.69	0.78	0.78	0.59	0.70	0.70
PolyPhen HVAR	0.95	0.90	0.92	0.75	0.90	0.89	0.80	0.90	0.89	0.94	0.90	0.92	0.85	0.90	0.91	0.72	0.80	0.81	0.63	0.73	0.74
PON-P2	0.94	0.93	0.94	0.90	0.94	0.96	0.90	0.88	0.92	0.94	0.96	0.97	0.92	0.93	0.95	0.85	0.85	0.89	0.78	0.80	0.85
PROVEAN	0.91	0.83	0.89	0.70	0.81	0.81	0.75	0.82	0.83	0.89	0.83	0.88	0.81	0.82	0.85	0.63	0.65	0.71	0.54	0.56	0.62
REVEL	0.90	0.85	0.88	0.93	0.96	0.97	0.93	0.95	0.96	0.91	0.86	0.89	0.92	0.90	0.92	0.84	0.81	0.85	0.77	0.74	0.79
SIFT	0.94	0.86	0.88	0.65	0.74	0.78	0.73	0.77	0.80	0.91	0.84	0.87	0.80	0.80	0.83	0.62	0.60	0.67	0.52	0.52	0.58
VEST3	0.95	0.86	0.82	0.90	0.94	0.95	0.90	0.94	0.94	0.95	0.87	0.84	0.92	0.90	0.88	0.85	0.81	0.77	0.79	0.74	0.70

^aI, inside the membrane; O, outside the membrane; TM transmembrane

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ISSN: 1471-2164

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