Skip to main content

Table 7 Performance of tolerance predictors divided to membrane protein parts

From: Benchmarking subcellular localization and variant tolerance predictors on membrane proteins

  Sensitivity Specificity PPV NPV ACC MCC OPM
TMa Ia Oa TM I O TM I O TM I O TM I O TM I O TM I O
CADD 0.99 0.96 0.98 0.46 0.50 0.49 0.65 0.66 0.66 0.99 0.93 0.96 0.73 0.73 0.73 0.54 0.52 0.54 0.45 0.43 0.45
DANN 1.00 0.99 0.99 0.20 0.24 0.24 0.56 0.57 0.56 1.00 0.97 0.95 0.60 0.62 0.61 0.33 0.35 0.34 0.30 0.31 0.30
Eigen 0.78 0.89 0.70 0.73 0.83 0.82 0.74 0.84 0.79 0.77 0.88 0.73 0.76 0.86 0.76 0.51 0.71 0.52 0.43 0.63 0.44
Eigen-PC 0.78 0.88 0.70 0.74 0.80 0.81 0.75 0.82 0.79 0.77 0.87 0.73 0.76 0.84 0.76 0.52 0.69 0.51 0.44 0.60 0.43
FATHMM 0.63 0.76 0.81 0.86 0.78 0.84 0.82 0.77 0.84 0.70 0.76 0.82 0.75 0.77 0.83 0.51 0.54 0.66 0.43 0.45 0.57
FATHMM-MKL 0.97 0.93 0.96 0.63 0.67 0.68 0.73 0.74 0.75 0.95 0.90 0.94 0.80 0.80 0.82 0.64 0.62 0.66 0.54 0.53 0.57
FitCons 0.44 0.69 0.55 0.72 0.55 0.53 0.61 0.60 0.54 0.56 0.64 0.54 0.58 0.62 0.54 0.17 0.24 0.08 0.20 0.24 0.16
GenoCanyon 0.78 0.84 0.81 0.72 0.77 0.77 0.74 0.78 0.78 0.76 0.83 0.80 0.75 0.81 0.79 0.50 0.61 0.58 0.42 0.52 0.49
LRT 0.94 0.85 0.85 0.75 0.82 0.83 0.79 0.83 0.83 0.93 0.85 0.85 0.85 0.84 0.84 0.70 0.67 0.68 0.62 0.59 0.59
M-CAP 0.99 0.98 0.98 0.55 0.57 0.64 0.69 0.69 0.73 0.98 0.96 0.97 0.77 0.77 0.81 0.60 0.60 0.66 0.50 0.50 0.56
MetaLR 0.81 0.81 0.85 0.92 0.93 0.96 0.91 0.92 0.95 0.83 0.83 0.87 0.86 0.87 0.91 0.73 0.74 0.82 0.65 0.66 0.75
MetaSVM 0.85 0.83 0.86 0.93 0.95 0.97 0.92 0.94 0.97 0.86 0.85 0.87 0.89 0.89 0.91 0.78 0.78 0.83 0.70 0.71 0.77
MutationAssessor 0.89 0.60 0.78 0.92 0.98 0.97 0.91 0.97 0.96 0.89 0.71 0.82 0.90 0.79 0.88 0.80 0.63 0.77 0.73 0.53 0.69
MutationTaster2 0.99 0.92 0.91 0.78 0.81 0.82 0.82 0.83 0.83 0.99 0.91 0.90 0.89 0.87 0.86 0.79 0.74 0.73 0.71 0.65 0.65
MutPred 0.87 0.78 0.88 0.91 0.97 0.95 0.91 0.96 0.95 0.87 0.81 0.89 0.89 0.87 0.92 0.78 0.76 0.83 0.70 0.68 0.77
PolyPhen HDIV 0.96 0.94 0.94 0.70 0.83 0.83 0.76 0.85 0.85 0.95 0.93 0.94 0.83 0.89 0.89 0.69 0.78 0.78 0.59 0.70 0.70
PolyPhen HVAR 0.95 0.90 0.92 0.75 0.90 0.89 0.80 0.90 0.89 0.94 0.90 0.92 0.85 0.90 0.91 0.72 0.80 0.81 0.63 0.73 0.74
PON-P2 0.94 0.93 0.94 0.90 0.94 0.96 0.90 0.88 0.92 0.94 0.96 0.97 0.92 0.93 0.95 0.85 0.85 0.89 0.78 0.80 0.85
PROVEAN 0.91 0.83 0.89 0.70 0.81 0.81 0.75 0.82 0.83 0.89 0.83 0.88 0.81 0.82 0.85 0.63 0.65 0.71 0.54 0.56 0.62
REVEL 0.90 0.85 0.88 0.93 0.96 0.97 0.93 0.95 0.96 0.91 0.86 0.89 0.92 0.90 0.92 0.84 0.81 0.85 0.77 0.74 0.79
SIFT 0.94 0.86 0.88 0.65 0.74 0.78 0.73 0.77 0.80 0.91 0.84 0.87 0.80 0.80 0.83 0.62 0.60 0.67 0.52 0.52 0.58
VEST3 0.95 0.86 0.82 0.90 0.94 0.95 0.90 0.94 0.94 0.95 0.87 0.84 0.92 0.90 0.88 0.85 0.81 0.77 0.79 0.74 0.70
  1. aI, inside the membrane; O, outside the membrane; TM transmembrane