TY - JOUR AU - Song, Y. AU - Li, L. AU - Ou, Y. AU - Gao, Z. AU - Li, E. AU - Li, X. PY - 2014 DA - 2014// TI - Identification of genomic alterations in oesophageal squamous cell cancer JO - Nature. VL - 509 UR - https://doi.org/10.1038/nature13176 DO - 10.1038/nature13176 ID - Song2014 ER - TY - JOUR AU - Yoshino, K. AU - Motoyama, S. AU - Koyota, S. AU - Shibuya, K. AU - Sato, Y. AU - Sasaki, T. PY - 2014 DA - 2014// TI - Identification of insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 3 as a radioresistance factor in squamous esophageal cancer cells JO - Dis Esophagus Off J Int Soc Dis Esophagus VL - 27 UR - https://doi.org/10.1111/j.1442-2050.2012.01415.x DO - 10.1111/j.1442-2050.2012.01415.x ID - Yoshino2014 ER - TY - JOUR AU - Pan, F. AU - Mao, H. AU - Bu, F. AU - Tong, X. AU - Li, J. AU - Zhang, S. PY - 2017 DA - 2017// TI - Sp1-mediated transcriptional activation of miR-205 promotes radioresistance in esophageal squamous cell carcinoma JO - Oncotarget. VL - 8 ID - Pan2017 ER - TY - JOUR AU - Zhu, H. AU - Song, H. AU - Chen, G. AU - Yang, X. AU - Liu, J. AU - Ge, Y. PY - 2017 DA - 2017// TI - eEF2K promotes progression and radioresistance of esophageal squamous cell carcinoma JO - Radiother Oncol VL - 124 UR - https://doi.org/10.1016/j.radonc.2017.04.001 DO - 10.1016/j.radonc.2017.04.001 ID - Zhu2017 ER - TY - JOUR AU - Ma, S. AU - Bao, J. Y. J. AU - Kwan, P. S. AU - Chan, Y. P. AU - Tong, C. M. AU - Fu, L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Identification of PTK6, via RNA sequencing analysis, as a suppressor of esophageal squamous cell carcinoma JO - Gastroenterology. VL - 143 UR - https://doi.org/10.1053/j.gastro.2012.06.007 DO - 10.1053/j.gastro.2012.06.007 ID - Ma2012 ER - TY - JOUR AU - Jing, Z. AU - Gong, L. AU - Xie, C. -. Y. AU - Zhang, L. AU - Su, H. -. F. AU - Deng, X. PY - 2009 DA - 2009// TI - Reverse resistance to radiation in KYSE-150R esophageal carcinoma cell after epidermal growth factor receptor signal pathway inhibition by cetuximab JO - Radiother Oncol VL - 93 UR - https://doi.org/10.1016/j.radonc.2009.08.008 DO - 10.1016/j.radonc.2009.08.008 ID - Jing2009 ER - TY - JOUR AU - Roychowdhury, S. AU - Chinnaiyan, A. M. PY - 2016 DA - 2016// TI - Translating cancer genomes and transcriptomes for precision oncology: translating genomics for precision oncology JO - CA Cancer J Clin VL - 66 UR - https://doi.org/10.3322/caac.21329 DO - 10.3322/caac.21329 ID - Roychowdhury2016 ER - TY - JOUR AU - Agrawal, N. AU - Jiao, Y. AU - Bettegowda, C. AU - Hutfless, S. M. AU - Wang, Y. AU - David, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Comparative genomic analysis of esophageal adenocarcinoma and squamous cell carcinoma JO - Cancer Discov VL - 2 UR - https://doi.org/10.1158/2159-8290.CD-12-0189 DO - 10.1158/2159-8290.CD-12-0189 ID - Agrawal2012 ER - TY - JOUR AU - Lin, D. -. C. AU - Hao, J. -. J. AU - Nagata, Y. AU - Xu, L. AU - Shang, L. AU - Meng, X. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genomic and molecular characterization of esophageal squamous cell carcinoma JO - Nat Genet VL - 46 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2935 DO - 10.1038/ng.2935 ID - Lin2014 ER - TY - JOUR AU - Gao, Y. -. B. AU - Chen, Z. -. L. AU - Li, J. -. G. AU - Hu, X. -. D. AU - Shi, X. -. J. AU - Sun, Z. -. M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genetic landscape of esophageal squamous cell carcinoma JO - Nat Genet VL - 46 UR - https://doi.org/10.1038/ng.3076 DO - 10.1038/ng.3076 ID - Gao2014 ER - TY - JOUR AU - Zhang, L. AU - Zhou, Y. AU - Cheng, C. AU - Cui, H. AU - Cheng, L. AU - Kong, P. PY - 2015 DA - 2015// TI - Genomic analyses reveal mutational signatures and frequently altered genes in esophageal squamous cell carcinoma JO - Am J Hum Genet VL - 96 UR - https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2015.02.017 DO - 10.1016/j.ajhg.2015.02.017 ID - Zhang2015 ER - TY - JOUR AU - Hu, N. a. n. AU - Kadota, M. i. t. s. u. t. a. k. a. AU - Liu, H. u. a. i. t. i. a. n. AU - Abnet, C. h. r. i. s. t. i. a. n. C. AU - Su, H. u. a. AU - Wu, H. a. i. l. o. n. g. AU - Freedman, N. e. a. l. D. AU - Yang, H. o. w. a. r. d. H. AU - Wang, C. h. a. o. y. u. AU - Yan, C. h. u. n. h. u. a. AU - Wang, L. e. m. i. n. AU - Gere, S. h. e. r. y. l. AU - Hutchinson, A. m. y. AU - Song, G. u. o. h. o. n. g. AU - Wang, Y. u. a. n. AU - Ding, T. i. AU - Qiao, Y. o. u. -. L. i. n. AU - Koshiol, J. i. l. l. AU - Dawsey, S. a. n. f. o. r. d. M. AU - Giffen, C. a. r. o. l. AU - Goldstein, A. l. i. s. a. M. AU - Taylor, P. h. i. l. i. p. R. AU - Lee, M. a. x. w. e. l. l. P. PY - 2016 DA - 2016// TI - Genomic Landscape of Somatic Alterations in Esophageal Squamous Cell Carcinoma and Gastric Cancer JO - Cancer Research VL - 76 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-15-0338 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-15-0338 ID - Hu2016 ER - TY - JOUR AU - Navin, N. E. PY - 2014 DA - 2014// TI - Cancer genomics: one cell at a time JO - Genome Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-014-0452-9 DO - 10.1186/s13059-014-0452-9 ID - Navin2014 ER - TY - JOUR AU - Wu, H. AU - Chen, S. AU - Yu, J. AU - Li, Y. AU - Zhang, X. AU - Yang, L. PY - 2018 DA - 2018// TI - Single-cell transcriptome analyses reveal molecular signals to intrinsic and acquired paclitaxel resistance in esophageal squamous cancer cells JO - Cancer Lett VL - 420 UR - https://doi.org/10.1016/j.canlet.2018.01.059 DO - 10.1016/j.canlet.2018.01.059 ID - Wu2018 ER - TY - JOUR AU - He, E. n. h. u. i. AU - Pan, F. e. i. AU - Li, G. u. a. n. g. c. h. a. o. AU - Li, J. i. n. g. j. i. n. g. PY - 2015 DA - 2015// TI - Fractionated Ionizing Radiation Promotes Epithelial-Mesenchymal Transition in Human Esophageal Cancer Cells through PTEN Deficiency-Mediated Akt Activation JO - PLOS ONE VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0126149 DO - 10.1371/journal.pone.0126149 ID - He2015 ER - TY - JOUR AU - Zhang, H. AU - Luo, H. AU - Jiang, Z. AU - Yue, J. AU - Hou, Q. AU - Xie, R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Fractionated irradiation-induced EMT-like phenotype conferred radioresistance in esophageal squamous cell carcinoma JO - J Radiat Res (Tokyo) VL - 57 UR - https://doi.org/10.1093/jrr/rrw030 DO - 10.1093/jrr/rrw030 ID - Zhang2016 ER - TY - JOUR AU - Santivasi, W. L. AU - Xia, F. PY - 2014 DA - 2014// TI - Ionizing radiation-induced DNA damage, response, and repair JO - Antioxid Redox Signal VL - 21 UR - https://doi.org/10.1089/ars.2013.5668 DO - 10.1089/ars.2013.5668 ID - Santivasi2014 ER - TY - JOUR AU - Zhang, H. AU - Luo, H. AU - Hu, Z. AU - Peng, J. AU - Jiang, Z. AU - Song, T. PY - 2015 DA - 2015// TI - Targeting WISP1 to sensitize esophageal squamous cell carcinoma to irradiation JO - Oncotarget. VL - 6 ID - Zhang2015 ER - TY - JOUR AU - Suzuki, A. AU - Matsushima, K. AU - Makinoshima, H. AU - Sugano, S. AU - Kohno, T. AU - Tsuchihara, K. PY - 2015 DA - 2015// TI - Single-cell analysis of lung adenocarcinoma cell lines reveals diverse expression patterns of individual cells invoked by a molecular target drug treatment JO - Genome Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-015-0636-y DO - 10.1186/s13059-015-0636-y ID - Suzuki2015 ER - TY - JOUR AU - Grottke, A. AU - Ewald, F. AU - Lange, T. AU - Nörz, D. AU - Herzberger, C. AU - Bach, J. PY - 2016 DA - 2016// TI - Downregulation of AKT3 increases migration and metastasis in triple negative breast Cancer cells by upregulating S100A4 JO - PLoS One VL - 11 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0146370 DO - 10.1371/journal.pone.0146370 ID - Grottke2016 ER - TY - JOUR AU - Fan, N. -. J. AU - Gao, C. -. F. AU - Wang, C. -. S. AU - Zhao, G. AU - Lv, J. -. J. AU - Wang, X. -. L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Identification of the up-regulation of TP-alpha, collagen alpha-1(VI) chain, and S100A9 in esophageal squamous cell carcinoma by a proteomic method JO - J Proteome VL - 75 UR - https://doi.org/10.1016/j.jprot.2012.05.008 DO - 10.1016/j.jprot.2012.05.008 ID - Fan2012 ER - TY - JOUR AU - Dent, P. AU - Yacoub, A. AU - Contessa, J. AU - Caron, R. AU - Amorino, G. AU - Valerie, K. PY - 2003 DA - 2003// TI - Stress and radiation-induced activation of multiple intracellular signaling pathways JO - Radiat Res VL - 159 UR - https://doi.org/10.1667/0033-7587(2003)159[0283:SARIAO]2.0.CO;2 DO - 10.1667/0033-7587(2003)159[0283:SARIAO]2.0.CO;2 ID - Dent2003 ER - TY - JOUR AU - Schmidt-Ullrich, R. K. AU - Mikkelsen, R. B. AU - Dent, P. AU - Todd, D. G. AU - Valerie, K. AU - Kavanagh, B. D. PY - 1997 DA - 1997// TI - Radiation-induced proliferation of the human A431 squamous carcinoma cells is dependent on EGFR tyrosine phosphorylation JO - Oncogene. VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/sj.onc.1201275 DO - 10.1038/sj.onc.1201275 ID - Schmidt-Ullrich1997 ER - TY - JOUR AU - Karassek, S. AU - Berghaus, C. AU - Schwarten, M. AU - Goemans, C. G. AU - Ohse, N. AU - Kock, G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Ras homolog enriched in brain (Rheb) enhances apoptotic signaling JO - J Biol Chem VL - 285 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M109.095968 DO - 10.1074/jbc.M109.095968 ID - Karassek2010 ER - TY - JOUR AU - Picelli, S. AU - Björklund, Å. K. AU - Faridani, O. R. AU - Sagasser, S. AU - Winberg, G. AU - Sandberg, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Smart-seq2 for sensitive full-length transcriptome profiling in single cells JO - Nat Methods VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2639 DO - 10.1038/nmeth.2639 ID - Picelli2013 ER - TY - JOUR AU - Picelli, S. AU - Faridani, O. R. AU - Björklund, Å. K. AU - Winberg, G. AU - Sagasser, S. AU - Sandberg, R. PY - 2014 DA - 2014// TI - Full-length RNA-seq from single cells using smart-seq2 JO - Nat Protoc VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2014.006 DO - 10.1038/nprot.2014.006 ID - Picelli2014 ER - TY - JOUR AU - Bolger, A. M. AU - Lohse, M. AU - Usadel, B. PY - 2014 DA - 2014// TI - Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data JO - Bioinformatics. VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu170 DO - 10.1093/bioinformatics/btu170 ID - Bolger2014 ER - TY - JOUR AU - Trapnell, C. AU - Roberts, A. AU - Goff, L. AU - Pertea, G. AU - Kim, D. AU - Kelley, D. R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and cufflinks JO - Nat Protoc VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2012.016 DO - 10.1038/nprot.2012.016 ID - Trapnell2012 ER - TY - JOUR AU - Liao, Y. AU - Smyth, G. K. AU - Shi, W. PY - 2013 DA - 2013// TI - The subread aligner: fast, accurate and scalable read mapping by seed-and-vote JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt214 DO - 10.1093/nar/gkt214 ID - Liao2013 ER - TY - JOUR AU - Kharchenko, P. V. AU - Silberstein, L. AU - Scadden, D. T. PY - 2014 DA - 2014// TI - Bayesian approach to single-cell differential expression analysis JO - Nat Methods VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2967 DO - 10.1038/nmeth.2967 ID - Kharchenko2014 ER - TY - JOUR AU - Love, M. I. AU - Huber, W. AU - Anders, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2 JO - Genome Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-014-0550-8 DO - 10.1186/s13059-014-0550-8 ID - Love2014 ER - TY - JOUR AU - Trapnell, C. AU - Cacchiarelli, D. AU - Grimsby, J. AU - Pokharel, P. AU - Li, S. AU - Morse, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - The dynamics and regulators of cell fate decisions are revealed by pseudotemporal ordering of single cells JO - Nat Biotechnol VL - 32 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2859 DO - 10.1038/nbt.2859 ID - Trapnell2014 ER - TY - JOUR AU - Juliá, M. AU - Telenti, A. AU - Rausell, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Sincell: an R/Bioconductor package for statistical assessment of cell-state hierarchies from single-cell RNA-seq JO - Bioinformatics. VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv368 DO - 10.1093/bioinformatics/btv368 ID - Juliá2015 ER - TY - JOUR AU - Yu, G. AU - Wang, L. -. G. AU - Han, Y. AU - He, Q. -. Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - clusterProfiler: an R package for comparing biological themes among gene clusters JO - OMICS J Integr Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1089/omi.2011.0118 DO - 10.1089/omi.2011.0118 ID - Yu2012 ER -