Skip to main content

Table 2 RSCU patterns of the HEV ORFs

From: Comprehensive analysis of genetic and evolutionary features of the hepatitis E virus

Amino acid

Codon

ORF1

ORF2

ORF3

Mean

SD

Mean

SD

Mean

SD

Phe

UUU

1.16

0.12

1.01

0.19

0.62

0.40

UUC

0.84

0.12

0.99

0.19

1.38

0.40

Leu

UUA

0.45

0.15

0.39

0.17

0.01

0.05

UUG

0.90

0.18

0.99

0.30

0.76

0.34

CUU

1.63

0.23

1.95

0.29

0.61

0.31

CUC

1.32

0.27

1.19

0.28

1.47

0.54

CUA

0.51

0.11

0.34

0.15

0.85

0.37

CUG

1.19

0.15

1.14

0.28

2.29

0.43

Ile

AUU

1.37

0.14

1.53

0.30

1.02

0.30

AUC

0.95

0.17

0.95

0.25

1.03

0.20

AUA

0.68

0.14

0.52

0.20

0.95

0.35

Val

GUU

1.44

0.15

1.77

0.24

0.59

0.20

GUC

1.14

0.16

1.18

0.23

1.49

0.35

GUA

0.32

0.11

0.26

0.14

0.20

0.23

GUG

1.10

0.15

0.79

0.19

1.71

0.38

Ser

UCU

1.67

0.23

2.39

0.39

0.83

0.29

UCC

1.32

0.25

1.57

0.27

0.86

0.35

UCA

0.85

0.20

0.71

0.23

0.34

0.40

UCG

0.80

0.18

0.70

0.16

1.98

0.35

AGU

0.67

0.15

0.32

0.11

0.31

0.28

AGC

0.69

0.18

0.31

0.13

1.68

0.31

Pro

CCU

1.39

0.14

1.25

0.21

0.75

0.15

CCC

1.12

0.15

1.19

0.19

1.16

0.33

CCA

0.69

0.15

0.63

0.13

0.52

0.16

CCG

0.80

0.13

0.92

0.15

1.57

0.33

Thr

ACU

1.23

0.20

1.59

0.28

0.05

0.21

ACC

1.40

0.27

1.31

0.31

2.68

0.71

ACA

0.82

0.14

0.71

0.17

0.95

0.51

ACG

0.55

0.13

0.39

0.12

0.32

0.48

Ala

GCU

1.21

0.10

1.69

0.25

0.43

0.24

GCC

1.60

0.21

1.55

0.23

1.87

0.34

GCA

0.59

0.14

0.35

0.12

0.55

0.25

GCG

0.60

0.12

0.42

0.12

1.15

0.34

Tyr

UAU

1.07

0.16

1.31

0.17

0.40

0.80

UAC

0.93

0.16

0.69

0.17

0.15

0.53

His

CAU

1.10

0.13

1.28

0.27

0.25

0.35

CAC

0.90

0.13

0.72

0.27

1.75

0.35

Gln

CAA

0.37

0.12

0.43

0.13

1.12

0.44

CAG

1.63

0.12

1.57

0.13

0.88

0.44

Arn

AAU

1.10

0.15

1.31

0.19

0.88

0.70

AAC

0.90

0.15

0.69

0.19

0.89

0.70

Lys

AAA

0.60

0.16

0.65

0.31

0.00

0.00

AAG

1.40

0.16

1.35

0.31

0.01

0.16

Asp

GAU

1.13

0.12

1.14

0.18

0.82

0.70

GAC

0.87

0.12

0.86

0.18

1.18

0.70

Glu

GAA

0.41

0.09

0.38

0.14

0.17

0.55

GAG

1.59

0.09

1.62

0.14

1.48

0.88

Cys

UGU

0.95

0.17

0.70

0.41

0.59

0.22

UGC

1.05

0.17

1.30

0.41

1.41

0.22

Arg

CGU

1.61

0.28

2.03

0.37

1.44

0.66

CGC

1.81

0.36

2.37

0.33

3.01

0.63

CGA

0.42

0.16

0.44

0.15

0.19

0.36

CGG

1.28

0.34

0.88

0.20

1.22

0.45

AGA

0.23

0.13

0.05

0.07

0.01

0.08

AGG

0.65

0.10

0.23

0.22

0.13

0.29

Gly

GGU

1.15

0.20

1.62

0.23

0.15

0.25

GGC

1.70

0.23

1.42

0.20

1.54

0.22

GGA

0.21

0.08

0.21

0.11

0.22

0.25

GGG

0.94

0.11

0.75

0.15

2.08

0.27

  1. The over-representedcodons are indicated in bold
Back to article page

BMC Genomics

ISSN: 1471-2164

Contact us