TY - BOOK AU - Orgiazzi, A. AU - Bardgett, R. D. AU - Barrios, E. AU - Behan-Pelletier, V. AU - Briones, M. J. I. AU - Chotte, J. -. L. AU - Deyn, G. B. AU - Eggleton, P. AU - Fierer, N. AU - Fraser, T. AU - Hedlund, K. AU - Jeffery, S. AU - Johnson, N. C. AU - Jones, A. AU - Kandeler, E. AU - Kaneko, N. AU - Lavelle, P. AU - Lemanceau, P. AU - Miko, L. AU - Montanarella, L. AU - Moreira, F. M. S. AU - Ramirez, K. S. AU - Scheu, S. AU - Singh, B. K. AU - Six, J. AU - Putten, W. H. AU - Wall, D. H. PY - 2016 DA - 2016// TI - Global Soil Biodiversity Atlas PB - European Commission Publication Office of the European Union CY - Luxembourg UR - https://doi.org/10.2788/799182 DO - 10.2788/799182 ID - Orgiazzi2016 ER - TY - JOUR AU - Delgado-Baquerizo, M. AU - Oliverio, A. M. AU - Brewer, T. E. AU - Benavent-González, A. AU - Eldridge, D. J. AU - Bardgett, R. D. AU - Maestre, F. T. AU - Singh, B. K. AU - Fierer, N. PY - 2018 DA - 2018// TI - A global atlas of the dominant bacteria found in soil JO - Science. VL - 359 UR - https://doi.org/10.1126/science.aap9516 DO - 10.1126/science.aap9516 ID - Delgado-Baquerizo2018 ER - TY - JOUR AU - Nesme, J. AU - Achouak, W. AU - Agathos, S. N. AU - Bailey, M. AU - Baldrian, P. AU - Brunel, D. AU - Frostegård, Å. AU - Heulin, T. AU - Jansson, J. K. AU - Jurkevitch, E. AU - Kruus, K. L. AU - Kowalchuk, G. A. AU - Lagares, A. AU - Lappin-Scott, H. M. AU - Lemanceau, P. AU - Paslier, D. AU - Mandic-Mulec, I. AU - Murrell, J. C. AU - Myrold, D. D. AU - Nalin, R. AU - Nannipieri, P. AU - Neufeld, J. D. AU - O'Gara, F. AU - Parnell, J. J. AU - Pühler, A. AU - Pylro, V. AU - Ramos, J. L. AU - LFW, R. AU - Schloter, M. AU - Schleper, C. AU - Sczyrba, A. AU - Sessitsch, A. AU - Sjöling, S. AU - Sørensen, J. AU - Sørensen, S. J. AU - Tebbe, C. C. AU - Topp, E. AU - Tsiamis, G. AU - Elsas, J. D. AU - Keulen, G. AU - Widmer, F. AU - Wagner, M. AU - Zhang, T. AU - Zhang, X. AU - Zhao, L. AU - Zhu, Y. -. G. AU - Vogel, T. M. AU - Simonet, P. PY - 2016 DA - 2016// TI - Back to the future of soil metagenomics JO - Front Microbiol VL - 7 UR - https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.00073 DO - 10.3389/fmicb.2016.00073 ID - Nesme2016 ER - TY - JOUR AU - Thompson, L. R. AU - Sanders, J. G. AU - McDonald, D. AU - Amir, A. AU - Ladau, J. AU - Locey, K. J. AU - Prill, R. J. AU - Tripathi, A. AU - Gibbons, S. M. AU - Ackermann, G. AU - Navas-Molina, J. A. AU - Janssen, S. AU - Kopylova, E. AU - Vázquez-Baeza, Y. AU - González, A. AU - Morton, J. T. AU - Mirarab, S. AU - Xu, Z. Z. AU - Jiang, L. AU - Haroon, M. F. AU - Kanbar, J. AU - Zhu, Q. AU - Song, S. J. AU - Kosciolek, T. AU - Bokulich, N. A. AU - Lefler, J. AU - Brislawn, C. J. AU - Humphrey, G. AU - Owens, S. M. AU - Hampton-Marcell, J. AU - Berg-Lyons, D. AU - McKenzie, V. AU - Fierer, N. AU - Fuhrman, J. A. AU - Clauset, A. AU - Stevens, R. L. AU - Shade, A. AU - Pollard, K. S. AU - Goodwin, K. D. AU - Jansson, J. K. AU - Gilbert, J. A. AU - Knight, R. PY - 2017 DA - 2017// TI - A communal catalogue reveals Earth's multiscale microbial diversity JO - Nature VL - 551 UR - https://doi.org/10.1038/nature24621 DO - 10.1038/nature24621 ID - Thompson2017 ER - TY - JOUR AU - Degrune, F. AU - Theodorakopoulos, N. AU - Colinet, G. AU - Hiel, M. -. P. AU - Bodson, B. AU - Taminiau, B. AU - Daube, G. AU - Vandenbol, M. AU - Hartmann, M. PY - 2017 DA - 2017// TI - Temporal dynamics of soil microbial communities below the seedbed under two contrasting tillage regimes JO - Front Microbiol VL - 8 UR - https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.01127 DO - 10.3389/fmicb.2017.01127 ID - Degrune2017 ER - TY - JOUR AU - Peiffer, J. A. AU - Spor, A. AU - Koren, O. AU - Jin, Z. AU - Green Tringe, S. AU - Dangl, J. L. AU - Buckler, E. S. AU - Ley, R. E. PY - 2013 DA - 2013// TI - Diversity and heritability of the maize rhizosphere microbiome under field conditions JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 110 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1302837110 DO - 10.1073/pnas.1302837110 ID - Peiffer2013 ER - TY - JOUR AU - Callahan, B. J. AU - McMurdie, P. J. AU - Holmes, S. P. PY - 2017 DA - 2017// TI - Exact sequence variants should replace operational taxonomic units in marker-gene data analysis JO - ISME J VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2017.119 DO - 10.1038/ismej.2017.119 ID - Callahan2017 ER - TY - JOUR AU - Fricker, A. M. AU - Podlesny, D. AU - Fricke, W. F. PY - 2019 DA - 2019// TI - What is new and relevant for sequencing-based microbiome research? A mini-review JO - J Adv Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/j.jare.2019.03.006 DO - 10.1016/j.jare.2019.03.006 ID - Fricker2019 ER - TY - JOUR AU - Blaxter, M. AU - Mann, J. AU - Chapman, T. AU - Thomas, F. AU - Whitton, C. AU - Floyd, R. AU - Abebe, E. PY - 2005 DA - 2005// TI - Defining operational taxonomic units using DNA barcode data JO - Philos Trans R Soc B VL - 360 UR - https://doi.org/10.1098/rstb.2005.1725 DO - 10.1098/rstb.2005.1725 ID - Blaxter2005 ER - TY - JOUR AU - Knight, R. AU - Vrbanac, A. AU - Taylor, B. C. AU - Aksenov, A. AU - Callewaert, C. AU - Debelius, J. AU - Gonzalez, A. AU - Kosciolek, T. AU - McCall, L. -. I. AU - McDonald, D. AU - Melnik, A. V. AU - Morton, J. T. AU - Navas, J. AU - Quinn, R. A. AU - Sanders, J. G. AU - Swafford, A. D. AU - Thompson, L. R. AU - Tripathi, A. AU - Xu, Z. Z. AU - Zaneveld, J. R. AU - Zhu, Q. AU - Caporaso, J. G. AU - Dorrestein, P. C. PY - 2018 DA - 2018// TI - Best practices for analysing microbiomes JO - Nat Rev Microbiol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1038/s41579-018-0029-9 DO - 10.1038/s41579-018-0029-9 ID - Knight2018 ER - TY - JOUR AU - Caporaso, J. G. AU - Kuczynski, J. AU - Stombaugh, J. AU - Bittinger, K. AU - Bushman, F. D. AU - Costello, E. K. AU - Fierer, N. AU - Gonzalez Peña, A. AU - Goodrich, J. K. AU - Gordon, J. I. AU - Huttley, G. A. AU - Kelley, S. T. AU - Knights, D. AU - Koenig, J. E. AU - Ley, R. E. AU - Lozupone, C. A. AU - McDonald, D. AU - Muegge, B. D. AU - Pirrung, M. AU - Reeder, J. AU - Sevinsky, J. R. AU - Turnbaugh, P. J. AU - Walters, W. A. AU - Widmann, J. AU - Yatsunenko, T. AU - Zaneveld, J. AU - Knight, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data JO - Nat Methods VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.f.303 DO - 10.1038/nmeth.f.303 ID - Caporaso2010 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Search and clustering orders of magnitude faster than BLAST JO - Bioinformatics. VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq461 DO - 10.1093/bioinformatics/btq461 ID - Edgar2010 ER - TY - JOUR AU - Schloss, P. D. AU - Westcott, S. L. AU - Ryabin, T. AU - Hall, J. R. AU - Hartmann, M. AU - Hollister, E. B. AU - Lesniewski, R. A. AU - Oakley, B. B. AU - Parks, D. H. AU - Robinson, C. J. AU - Sahl, J. W. AU - Stres, B. AU - Thallinger, G. G. AU - Horn, D. J. AU - Weber, C. F. PY - 2009 DA - 2009// TI - Introducing mothur: open-source, platform-independent, community-supported software for describing and comparing microbial communities JO - Appl Environ Microbiol VL - 75 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.01541-09 DO - 10.1128/AEM.01541-09 ID - Schloss2009 ER - TY - JOUR AU - Callahan, B. J. AU - McMurdie, P. J. AU - Rosen, M. J. AU - Han, A. W. AU - Johnson, A. J. A. AU - Holmes, S. P. PY - 2016 DA - 2016// TI - DADA2: high-resolution sample inference from Illumina amplicon data JO - Nat Methods VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3869 DO - 10.1038/nmeth.3869 ID - Callahan2016 ER - TY - JOUR AU - Caruso, V. AU - Song, X. AU - Asquith, M. AU - Karstens, L. PY - 2019 DA - 2019// TI - Performance of microbiome sequence inference methods in environments with varying biomass JO - mSystems VL - 4 UR - https://doi.org/10.1128/mSystems.00163-18 DO - 10.1128/mSystems.00163-18 ID - Caruso2019 ER - TY - JOUR AU - Forster, D. AU - Lentendu, G. AU - Filker, S. AU - Dubois, E. AU - Wilding, T. A. AU - Stoeck, T. PY - 2019 DA - 2019// TI - Improving eDNA-based protist diversity assessments using networks of amplicon sequence variants JO - Environ Microbiol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1111/1462-2920.14764 DO - 10.1111/1462-2920.14764 ID - Forster2019 ER - TY - JOUR AU - Milanese, A. AU - Mende, D. R. AU - Paoli, L. AU - Salazar, G. AU - Ruscheweyh, H. -. J. AU - Cuenca, M. AU - Hingamp, P. AU - Alves, R. AU - Costea, P. I. AU - Coelho, L. P. AU - Schmidt, T. S. B. AU - Almeida, A. AU - Mitchell, A. L. AU - Finn, R. D. AU - Huerta-Cepas, J. AU - Bork, P. AU - Zeller, G. AU - Sunagawa, S. PY - 2019 DA - 2019// TI - Microbial abundance, activity and population genomic profiling with mOTUs2 JO - Nat Commun VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/s41467-019-08844-4 DO - 10.1038/s41467-019-08844-4 ID - Milanese2019 ER - TY - JOUR AU - Prodan, A. AU - Tremaroli, V. AU - Brolin, H. AU - Zwinderman, A. H. AU - Nieuwdorp, M. AU - Levin, E. PY - 2020 DA - 2020// TI - Comparing bioinformatic pipelines for microbial 16S rRNA amplicon sequencing JO - PLoS One VL - 15 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0227434 DO - 10.1371/journal.pone.0227434 ID - Prodan2020 ER - TY - JOUR AU - Pauvert, C. AU - Buée, M. AU - Laval, V. AU - Edel-Hermann, V. AU - Fauchery, L. AU - Gautier, A. AU - Lesur, I. AU - Vallance, J. AU - Vacher, C. PY - 2019 DA - 2019// TI - Bioinformatics matters: the accuracy of plant and soil fungal community data is highly dependent on the metabarcoding pipeline JO - Fungal Ecol VL - 41 UR - https://doi.org/10.1016/j.funeco.2019.03.005 DO - 10.1016/j.funeco.2019.03.005 ID - Pauvert2019 ER - TY - JOUR AU - Nearing, J. T. AU - Douglas, G. M. AU - Comeau, A. M. AU - Langille, M. G. I. PY - 2018 DA - 2018// TI - Denoising the Denoisers: an independent evaluation of microbiome sequence error-correction approaches JO - PeerJ. VL - 6 UR - https://doi.org/10.7717/peerj.5364 DO - 10.7717/peerj.5364 ID - Nearing2018 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. PY - 2013 DA - 2013// TI - UPARSE: highly accurate OTU sequences from microbial amplicon reads JO - Nat Methods VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2604 DO - 10.1038/nmeth.2604 ID - Edgar2013 ER - TY - JOUR AU - Quast, C. AU - Pruesse, E. AU - Yilmaz, P. AU - Gerken, J. AU - Schweer, T. AU - Yarza, P. AU - Peplies, J. AU - Glöckner, F. O. PY - 2013 DA - 2013// TI - The SILVA ribosomal RNA gene database project: improved data processing and web-based tools JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks1219 DO - 10.1093/nar/gks1219 ID - Quast2013 ER - TY - JOUR AU - D'Hose, T. AU - Ruysschaert, G. AU - Viaene, N. AU - Debode, J. AU - Nest, T. AU - Vaerenbergh, J. AU - Cornelis, W. AU - Willekens, K. AU - Vandecasteele, B. PY - 2016 DA - 2016// TI - Farm compost amendment and non-inversion tillage improve soil quality without increasing the risk for N and P leaching JO - Agric Ecosyst Environ VL - 225 UR - https://doi.org/10.1016/j.agee.2016.03.035 DO - 10.1016/j.agee.2016.03.035 ID - D'Hose2016 ER - TY - STD TI - Beirinckx S, Viaene T, Haegeman A, Debode J, Amery F, Vandenabeele S, Nelissen H, Inzé D, Tito R, Raes J, De Tender C, Goormachtig S. Tapping into the maize root microbiome to identify bacteria that promote growth under chilling conditions. Microbiome. 2020; in press. ID - ref24 ER - TY - JOUR AU - Tedersoo, L. AU - Sánchez-Ramírez, S. AU - Kõljalg, U. AU - Bahram, M. AU - Döring, M. AU - Schigel, D. AU - May, T. AU - Ryberg, M. AU - Abarenkov, K. PY - 2018 DA - 2018// TI - High-level classification of the Fungi and a tool for evolutionary ecological analyses JO - Fungal Divers VL - 90 UR - https://doi.org/10.1007/s13225-018-0401-0 DO - 10.1007/s13225-018-0401-0 ID - Tedersoo2018 ER - TY - JOUR AU - Xue, Z. AU - Kable, M. E. AU - Marco, M. L. PY - 2018 DA - 2018// TI - Impact of DNA sequencing and analysis methods on 16S rRNA gene bacterial community analysis of dairy products JO - mSphere VL - 3 ID - Xue2018 ER - TY - JOUR AU - Barret, M. AU - Briand, M. AU - Bonneau, S. AU - Préveaux, A. AU - Valière, S. AU - Bouchez, O. AU - Hunault, G. AU - Simoneau, P. AU - Jacques, M. -. A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Emergence shapes the structure of the seed microbiota JO - Appl Environ Microbiol VL - 81 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.03722-14 DO - 10.1128/AEM.03722-14 ID - Barret2015 ER - TY - JOUR AU - Carrión, V. J. AU - Perez-Jaramillo, J. AU - Cordovez, V. AU - Tracanna, V. AU - Hollander, M. AU - Ruiz-Buck, D. AU - Mendes, L. W. AU - Ijcken, W. F. J. AU - Gomez-Exposito, R. AU - Elsayed, S. S. AU - Mohanraju, P. AU - Arifah, A. AU - Oost, J. AU - Paulson, J. N. AU - Mendes, R. AU - Wezel, G. P. AU - Medema, M. H. AU - Raaijmakers, J. M. PY - 2019 DA - 2019// TI - Pathogen-induced activation of disease-suppressive functions in the endophytic root microbiome JO - Science. VL - 366 UR - https://doi.org/10.1126/science.aaw9285 DO - 10.1126/science.aaw9285 ID - Carrión2019 ER - TY - JOUR AU - Feng, Y. AU - Zhang, Y. AU - Ying, C. AU - Wang, D. AU - Du, C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Nanopore-based fourth-generation DNA sequencing technology JO - Genom Proteomics Bioinform VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/j.gpb.2015.01.009 DO - 10.1016/j.gpb.2015.01.009 ID - Feng2015 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. PY - 2017 DA - 2017// TI - Accuracy of microbial community diversity estimated by closed- and open-reference OTUs JO - PeerJ. VL - 5 UR - https://doi.org/10.7717/peerj.3889 DO - 10.7717/peerj.3889 ID - Edgar2017 ER - TY - JOUR AU - Lloyd-Price, J. AU - Abu-Ali, G. AU - Huttenhower, C. PY - 2016 DA - 2016// TI - The healthy human microbiome JO - Genome Med VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/s13073-016-0307-y DO - 10.1186/s13073-016-0307-y ID - Lloyd-Price2016 ER - TY - JOUR AU - Allali, I. AU - Arnold, J. W. AU - Roach, J. AU - Cadenas, M. B. AU - Butz, N. AU - Hassan, H. M. AU - Koci, M. AU - Ballou, A. AU - Mendoza, M. AU - Ali, R. AU - Azcarate-Peril, M. A. PY - 2017 DA - 2017// TI - A comparison of sequencing platforms and bioinformatics pipelines for compositional analysis of the gut microbiome JO - BMC Microbiol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1186/s12866-017-1101-8 DO - 10.1186/s12866-017-1101-8 ID - Allali2017 ER - TY - JOUR AU - Bai, Y. AU - Müller, D. B. AU - Srinivas, G. AU - Garrido-Oter, R. AU - Potthoff, E. AU - Rott, M. AU - Dombrowski, N. AU - Münch, P. C. AU - Spaepen, S. AU - Remus-Emsermann, M. AU - Hüttel, B. AU - McHardy, A. C. AU - Vorholt, J. A. AU - Schulze-Lefert, P. PY - 2015 DA - 2015// TI - Functional overlap of the Arabidopsis leaf and root microbiota JO - Nature. VL - 528 UR - https://doi.org/10.1038/nature16192 DO - 10.1038/nature16192 ID - Bai2015 ER - TY - JOUR AU - Vandeputte, D. AU - Kathagen, G. AU - D'Hoe, K. AU - Vieira-Silva, S. AU - Valles-Colomer, M. AU - Sabino, J. AU - Wang, J. AU - Tito, R. Y. AU - Commer, L. AU - Darzi, Y. AU - Vermeire, S. AU - Falony, G. AU - Raes, J. PY - 2017 DA - 2017// TI - Quantitative microbiome profiling links gut community variation to microbial load JO - Nature. VL - 551 UR - https://doi.org/10.1038/nature24460 DO - 10.1038/nature24460 ID - Vandeputte2017 ER - TY - JOUR AU - Regalado, J. AU - Lundberg, D. S. AU - Deusch, O. AU - Kersten, S. AU - Karasov, T. AU - Poersch, K. AU - Shirsekar, G. AU - Weigel, D. PY - 2020 DA - 2020// TI - Combining whole-genome shotgun sequencing and rRNA gene amplicon analyses to improve detection of microbe-microbe interaction networks in plant leaves JO - ISME J VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/s41396-020-0665-8 DO - 10.1038/s41396-020-0665-8 ID - Regalado2020 ER - TY - JOUR AU - Anslan, S. AU - Nilsson, R. H. AU - Wurzbacher, C. AU - Baldrian, P. AU - Tedersoo, L. AU - Bahram, M. PY - 2018 DA - 2018// TI - Great differences in performance and outcome of high-throughput sequencing data analysis platforms for fungal metabarcoding JO - MycoKeys VL - 39 UR - https://doi.org/10.3897/mycokeys.39.28109 DO - 10.3897/mycokeys.39.28109 ID - Anslan2018 ER - TY - JOUR AU - Angly, F. E. AU - Willner, D. AU - Rohwer, F. AU - Hugenholtz, P. AU - Tyson, G. W. PY - 2012 DA - 2012// TI - Grinder: a versatile amplicon and shotgun sequence simulator JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks251 DO - 10.1093/nar/gks251 ID - Angly2012 ER - TY - JOUR AU - Niemann, S. AU - Pühler, A. AU - Tichy, H. V. AU - Simon, R. AU - Selbitschka, W. PY - 1997 DA - 1997// TI - Evaluation of the resolving power of three different DNA fingerprinting methods to discriminate among isolates of a natural Rhizobium meliloti population JO - J Appl Microbiol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2672.1997.00141.x DO - 10.1046/j.1365-2672.1997.00141.x ID - Niemann1997 ER - TY - JOUR AU - Tender, C. AU - Haegeman, A. AU - Vandecasteele, B. AU - Clement, L. AU - Cremelie, P. AU - Dawyndt, P. AU - Maes, M. AU - Debode, J. PY - 2016 DA - 2016// TI - Dynamics in the strawberry rhizosphere microbiome in response to biochar and Botrytis cinerea leaf infection JO - Front Microbiol VL - 7 UR - https://doi.org/10.3389/fmicb.2016.02062 DO - 10.3389/fmicb.2016.02062 ID - Tender2016 ER - TY - JOUR AU - Bolger, A. M. AU - Lohse, M. AU - Usadel, B. PY - 2014 DA - 2014// TI - Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data JO - Bioinformatics. VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu170 DO - 10.1093/bioinformatics/btu170 ID - Bolger2014 ER - TY - BOOK AU - Debode, J. AU - Tender, C. AU - Cremelie, P. AU - D'hose, T. AU - Ruysschaert, G. AU - Vandecasteele, B. PY - 2017 DA - 2017// TI - Response of the soil microbiome to compost amendment, poster 064, abstract international symposium on growing media, soilless cultivation, and compost utilization in horticulture, Portland, OR (USA) ID - Debode2017 ER - TY - JOUR AU - Bengtsson-Palme, J. AU - Veldre, V. AU - Ryberg, M. AU - Hartmann, M. AU - Branco, S. AU - Wang, Z. AU - Godhe, A. AU - Bertrand, Y. AU - Wit, P. AU - Sanchez, M. AU - Ebersberger, I. AU - Sanli, K. AU - Souza, F. AU - Kristiansson, E. AU - Abarenkov, K. AU - Eriksson, K. M. AU - Nilsson, R. H. PY - 2013 DA - 2013// TI - Improved software detection and extraction of ITS1 and ITS2 from ribosomal ITS sequences of fungi and other eukaryotes for use in environmental sequencing JO - Methods Ecol Evol VL - 4 ID - Bengtsson-Palme2013 ER - TY - JOUR AU - Ihrmark, K. AU - Bödeker, I. T. M. AU - Cruz-Martinez, K. AU - Friberg, H. AU - Kubartova, A. AU - Schenck, J. AU - Strid, Y. AU - Stenlid, J. AU - Brandström-Durling, M. AU - Clemmensen, K. E. AU - Lindahl, B. D. PY - 2012 DA - 2012// TI - New primers to amplify the fungal ITS2 region - evaluation by 454-sequencing of artificial and natural communities JO - FEMS Microbiol Ecol VL - 82 UR - https://doi.org/10.1111/j.1574-6941.2012.01437.x DO - 10.1111/j.1574-6941.2012.01437.x ID - Ihrmark2012 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. AU - Haas, B. J. AU - Clemente, J. C. AU - Quince, C. AU - Knight, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - UCHIME improves sensitivity and speed of chimera detection JO - Bioinformatics. VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr381 DO - 10.1093/bioinformatics/btr381 ID - Edgar2011 ER - TY - JOUR AU - McDonald, D. AU - Clemente, J. C. AU - Kuczynski, J. AU - Rideout, J. R. AU - Stombaugh, J. AU - Wendel, D. AU - Wilke, A. AU - Huse, S. AU - Hufnagle, J. AU - Meyer, F. AU - Knight, R. AU - Caporaso, J. G. PY - 2012 DA - 2012// TI - The biological observation matrix (BIOM) format or: how I learned to stop worrying and love the ome-ome JO - GigaScience. VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/2047-217X-1-7 DO - 10.1186/2047-217X-1-7 ID - McDonald2012 ER - TY - JOUR AU - Nilsson, R. H. AU - Larsson, K. -. H. AU - Taylor, A. F. S. AU - Bengtsson-Palme, J. AU - Jeppesen, T. S. AU - Schigel, D. AU - Kennedy, P. AU - Picard, K. AU - Glöckner, F. O. AU - Tedersoo, L. AU - Saar, I. AU - Kõljalg, U. AU - Abarenkov, K. PY - 2019 DA - 2019// TI - The UNITE database for molecular identification of fungi: handling dark taxa and parallel taxonomic classifications JO - Nucleic Acids Res VL - 47 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gky1022 DO - 10.1093/nar/gky1022 ID - Nilsson2019 ER - TY - JOUR AU - Brooks, J. P. AU - Edwards, D. J. AU - Harwich, M. D. J. AU - Rivera, M. C. AU - Fettweis, J. M. AU - Serrano, M. G. AU - Reris, R. A. AU - Sheth, N. U. AU - Huang, B. AU - Girerd, P. PY - 2015 DA - 2015// TI - Vaginal microbiome consortium, Strauss JF 3rd, Jefferson KK, Buck GA. The truth about metagenomics: quantifying and counteracting bias in 16S rRNA studies ecological and evolutionary microbiology JO - BMC Microbiol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/s12866-015-0351-6 DO - 10.1186/s12866-015-0351-6 ID - Brooks2015 ER - TY - JOUR AU - Zepeda Mendoza, M. L. AU - Sicheritz-Pontén, T. AU - Gilbert, M. T. P. PY - 2015 DA - 2015// TI - Environmental genes and genomes: understanding the differences and challenges in the approaches and software for their analyses JO - Brief Bioinform VL - 16 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbv001 DO - 10.1093/bib/bbv001 ID - Zepeda Mendoza2015 ER - TY - JOUR AU - Escobar-Zepeda, A. AU - Godoy-Lózano, E. E. AU - Raggi, L. AU - Segovia, L. AU - Merino, E. AU - Gutiérrez-Rios, R. M. AU - Juarez, K. AU - Licea-Navarro, A. F. AU - Pardo-Lopez, L. AU - Sanchez-Flores, A. PY - 2018 DA - 2018// TI - Analysis of sequencing strategies and tools for taxonomic annotation: defining standards for progressive metagenomics JO - Sci Rep VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/s41598-018-30515-5 DO - 10.1038/s41598-018-30515-5 ID - Escobar-Zepeda2018 ER - TY - JOUR AU - McMurdie, P. J. AU - Holmes, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - phyloseq: An R package for reproducible interactive analysis and graphics of microbiome census data JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0061217 DO - 10.1371/journal.pone.0061217 ID - McMurdie2013 ER - TY - BOOK AU - Lathi, L. AU - Shetty, S. PY - 2017 DA - 2017// TI - Tools for microbiome analysis in R. Version 1.9.1 ID - Lathi2017 ER - TY - JOUR AU - Robinson, M. D. AU - McCarthy, D. J. AU - Smyth, G. K. PY - 2010 DA - 2010// TI - edgeR: a bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data JO - Bioinformatics. VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp616 DO - 10.1093/bioinformatics/btp616 ID - Robinson2010 ER -