TY - JOUR AU - Fitch, W. M. PY - 2000 DA - 2000// TI - Homology a personal view on some of the problems JO - Trends Genet VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(00)02005-9 DO - 10.1016/S0168-9525(00)02005-9 ID - Fitch2000 ER - TY - JOUR AU - Chen, X. AU - Zhang, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - The ortholog conjecture is untestable by the current gene ontology but is supported by RNA sequencing data JO - PLoS Comput Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002784 DO - 10.1371/journal.pcbi.1002784 ID - Chen2012 ER - TY - JOUR AU - Altenhoff, A. M. AU - Studer, R. A. AU - Robinson-Rechavi, M. AU - Dessimoz, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Resolving the ortholog conjecture: orthologs tend to be weakly, but significantly, more similar in function than paralogs JO - PLoS Comput Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002514 DO - 10.1371/journal.pcbi.1002514 ID - Altenhoff2012 ER - TY - JOUR AU - Gabaldón, T. AU - Koonin, E. V. PY - 2013 DA - 2013// TI - Functional and evolutionary implications of gene orthology JO - Nat Rev Genet VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/nrg3456 DO - 10.1038/nrg3456 ID - Gabaldón2013 ER - TY - STD TI - Escorcia-Rodríguez JM, Esposito M, Freyre-González JA, Moreno-Hagelsieb G. Non-synonymous to synonymous substitutions suggest that orthologs tend to keep their functions, while paralogs are a source of functional novelty. bioRxiv. 2020;12. https://doi.org/10.1101/354704. ID - ref5 ER - TY - JOUR AU - Dessimoz, C. AU - Gabaldón, T. AU - Roos, D. S. AU - Sonnhammer, E. L. L. AU - Herrero, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Toward community standards in the quest for orthologs JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts050 DO - 10.1093/bioinformatics/bts050 ID - Dessimoz2012 ER - TY - JOUR AU - Boeckmann, B. AU - Capella-Gutierrez, S. AU - Dalquen, D. A. AU - DeLuca, T. AU - Huerta-Cepas, J. AU - Linard, B. AU - Pereira, C. AU - da Silva, A. S. AU - Train, C. -. M. AU - Bork, P. AU - Lecompte, O. AU - von Mering, C. AU - Sjölander, K. AU - Jensen, L. J. AU - Altenhoff, A. M. AU - Gabaldón, T. AU - Thomas, P. D. AU - Forslund, K. AU - Sonnhammer, E. AU - Pryszcz, L. P. AU - Schreiber, F. AU - Szklarczyk, D. AU - Xenarios, I. AU - Martin, M. J. AU - Muffato, M. AU - Lewis, S. E. AU - Dessimoz, C. PY - 2016 DA - 2016// TI - Standardized benchmarking in the quest for orthologs JO - Nat Methods VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3830 DO - 10.1038/nmeth.3830 ID - Boeckmann2016 ER - TY - JOUR AU - Kuzniar, A. AU - van Ham, R. C. H. J. AU - Pongor, S. AU - Leunissen, J. A. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - The quest for orthologs: finding the corresponding gene across genomes JO - Trends Genet VL - 24 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2008.08.009 DO - 10.1016/j.tig.2008.08.009 ID - Kuzniar2008 ER - TY - JOUR AU - Kristensen, D. M. AU - Wolf, Y. I. AU - Mushegian, A. R. AU - Koonin, E. V. PY - 2011 DA - 2011// TI - Computational methods for Gene Orthology inference JO - Brief Bioinform VL - 12 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbr030 DO - 10.1093/bib/bbr030 ID - Kristensen2011 ER - TY - JOUR AU - Tatusov, R. L. AU - Galperin, M. Y. AU - Natale, D. A. AU - Koonin, E. V. PY - 2000 DA - 2000// TI - The COG database: a tool for genome-scale analysis of protein functions and evolution JO - Nucleic Acids Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.33 DO - 10.1093/nar/28.1.33 ID - Tatusov2000 ER - TY - JOUR AU - Galperin, M. Y. AU - Kristensen, D. M. AU - Makarova, K. S. AU - Wolf, Y. I. AU - Koonin, E. V. PY - 2017 DA - 2017// TI - Microbiala genome analysis: the COG approach JO - Brief Bioinform VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbx117 DO - 10.1093/bib/bbx117 ID - Galperin2017 ER - TY - JOUR AU - Moreno-Hagelsieb, G. AU - Latimer, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Choosing BLAST options for better detection of orthologs as reciprocal best hits JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm585 DO - 10.1093/bioinformatics/btm585 ID - Moreno-Hagelsieb2008 ER - TY - JOUR AU - Wolf, Y. I. AU - Koonin, E. V. PY - 2012 DA - 2012// TI - A tight link between orthologs and bidirectional best hits in bacterial and archaeal genomes JO - Genome Biol Evol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1093/gbe/evs100 DO - 10.1093/gbe/evs100 ID - Wolf2012 ER - TY - JOUR AU - Camacho, C. AU - Coulouris, G. AU - Avagyan, V. AU - Ma, N. AU - Papadopoulos, J. AU - Bealer, K. AU - Madden, T. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - BLAST+: architecture and applications JO - BMC Bioinformatics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-421 DO - 10.1186/1471-2105-10-421 ID - Camacho2009 ER - TY - JOUR AU - Tatusov, R. L. AU - Koonin, E. V. AU - Lipman, D. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - A genomic perspective on protein families JO - Science VL - 278 UR - https://doi.org/10.1126/science.278.5338.631 DO - 10.1126/science.278.5338.631 ID - Tatusov1997 ER - TY - JOUR AU - Huynen, M. A. AU - Bork, P. PY - 1998 DA - 1998// TI - Measuring genome evolution JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 95 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.95.11.5849 DO - 10.1073/pnas.95.11.5849 ID - Huynen1998 ER - TY - JOUR AU - Ward, N. AU - Moreno-Hagelsieb, G. PY - 2014 DA - 2014// TI - Quickly finding orthologs as reciprocal best hits with BLAT, LAST, and UBLAST: How much do we miss? JO - PLoS ONE VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0101850 DO - 10.1371/journal.pone.0101850 ID - Ward2014 ER - TY - JOUR AU - Kent, W. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - BLAT–the BLAST-like alignment tool JO - Genome Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.229202 DO - 10.1101/gr.229202 ID - Kent2002 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Search and clustering orders of magnitude faster than BLAST JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq461 DO - 10.1093/bioinformatics/btq461 ID - Edgar2010 ER - TY - JOUR AU - Kiełbasa, S. M. AU - Wan, R. AU - Sato, K. AU - Horton, P. AU - Frith, M. C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Adaptive seeds tame genomic sequence comparison JO - Genome Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.113985.110 DO - 10.1101/gr.113985.110 ID - Kiełbasa2011 ER - TY - JOUR AU - Buchfink, B. AU - Xie, C. AU - Huson, D. H. PY - 2015 DA - 2015// TI - Fast and sensitive protein alignment using DIAMOND JO - Nat Methods VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3176 DO - 10.1038/nmeth.3176 ID - Buchfink2015 ER - TY - JOUR AU - Steinegger, M. AU - Söding, J. PY - 2017 DA - 2017// TI - MMseqs2 enables sensitive protein sequence searching for the analysis of massive data sets JO - Nat Biotechnol VL - 35 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.3988 DO - 10.1038/nbt.3988 ID - Steinegger2017 ER - TY - JOUR AU - Dandekar, T. AU - Snel, B. AU - Huynen, M. AU - Bork, P. PY - 1998 DA - 1998// TI - Conservation of gene order: a fingerprint of proteins that physically interact JO - Trends Biochem Sci VL - 23 UR - https://doi.org/10.1016/S0968-0004(98)01274-2 DO - 10.1016/S0968-0004(98)01274-2 ID - Dandekar1998 ER - TY - JOUR AU - Tamames, J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Evolution of gene order conservation in prokaryotes JO - Genome Biol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2001-2-6-research0020 DO - 10.1186/gb-2001-2-6-research0020 ID - Tamames2001 ER - TY - JOUR AU - Moreno-Hagelsieb, G. AU - Treviño, V. AU - Pérez-Rueda, E. AU - Smith, T. F. AU - Collado-Vides, J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Transcription unit conservation in the three domains of life: a perspective from Escherichia coli JO - Trends Genet VL - 17 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(01)02241-7 DO - 10.1016/S0168-9525(01)02241-7 ID - Moreno-Hagelsieb2001 ER - TY - JOUR AU - Gogarten, J. P. AU - Olendzenski, L. PY - 1999 DA - 1999// TI - Orthologs, paralogs and genome comparisons JO - Curr Opin Genet Dev VL - 9 UR - https://doi.org/10.1016/S0959-437X(99)00029-5 DO - 10.1016/S0959-437X(99)00029-5 ID - Gogarten1999 ER - TY - JOUR AU - Forslund, K. AU - Pereira, C. AU - Capella-Gutierrez, S. AU - da Silva, A. S. AU - Altenhoff, A. AU - Huerta-Cepas, J. AU - Muffato, M. AU - Patricio, M. AU - Vandepoele, K. AU - Ebersberger, I. AU - Blake, J. AU - Fernández Breis, J. T. AU - Boeckmann, B. AU - Gabaldón, T. AU - Sonnhammer, E. AU - Dessimoz, C. AU - Lewis, S. PY - 2018 DA - 2018// TI - Gearing up to handle the mosaic nature of life in the quest for orthologs JO - Bioinformatics VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx542 DO - 10.1093/bioinformatics/btx542 ID - Forslund2018 ER - TY - JOUR AU - Haft, D. H. AU - DiCuccio, M. AU - Badretdin, A. AU - Brover, V. AU - Chetvernin, V. AU - O’Neill, K. AU - Li, W. AU - Chitsaz, F. AU - Derbyshire, M. K. AU - Gonzales, N. R. AU - Gwadz, M. AU - Lu, F. AU - Marchler, G. H. AU - Song, J. S. AU - Thanki, N. AU - Yamashita, R. A. AU - Zheng, C. AU - Thibaud-Nissen, F. AU - Geer, L. Y. AU - Marchler-Bauer, A. AU - Pruitt, K. D. PY - 2018 DA - 2018// TI - RefSeq: an update on prokaryotic genome annotation and curation JO - Nucleic Acids Res VL - 46 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkx1068 DO - 10.1093/nar/gkx1068 ID - Haft2018 ER - TY - JOUR AU - Campbell, A. AU - Mrázek, J. AU - Karlin, S. PY - 1999 DA - 1999// TI - Genome signature comparisons among prokaryote, plasmid, and mitochondrial DNA JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 96 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.96.16.9184 DO - 10.1073/pnas.96.16.9184 ID - Campbell1999 ER - TY - JOUR AU - Moreno-Hagelsieb, G. AU - Wang, Z. AU - Walsh, S. AU - ElSherbiny, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Phylogenomic clustering for selecting non-redundant genomes for comparative genomics JO - Bioinformatics VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt064 DO - 10.1093/bioinformatics/btt064 ID - Moreno-Hagelsieb2013 ER - TY - STD TI - Moreno-Hagelsieb G. SequenceTools: getRBH.pl. 2020. https://github.com/Computational-conSequences/SequenceTools. Accessed 10 Oct 2020. UR - https://github.com/Computational-conSequences/SequenceTools ID - ref31 ER - TY - JOUR AU - Conway, J. R. AU - Lex, A. AU - Gehlenborg, N. PY - 2017 DA - 2017// TI - UpSetR: an R package for the visualization of intersecting sets and their properties JO - Bioinformatics VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx364 DO - 10.1093/bioinformatics/btx364 ID - Conway2017 ER - TY - BOOK PY - 2020 DA - 2020// TI - R: A language and environment for statistical computing PB - R Foundation for Statistical Computing CY - Vienna, Austria ID - ref33 ER -