TY - BOOK AU - Nelson, J. PY - 1994 DA - 1994// TI - Fishes of the world PB - Wiley CY - Hoboken ID - Nelson1994 ER - TY - JOUR AU - Volff, J. N. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genome evolution and biodiversity in teleost fish JO - Heredity VL - 94 UR - https://doi.org/10.1038/sj.hdy.6800635 DO - 10.1038/sj.hdy.6800635 ID - Volff2005 ER - TY - JOUR AU - Santini, F. AU - Harmon, L. J. AU - Carnevale, G. AU - Alfaro, M. E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Did genome duplication drive the origin of teleosts? A comparative study of diversification in ray-finned fishes JO - BMC Evol Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2148-9-194 DO - 10.1186/1471-2148-9-194 ID - Santini2009 ER - TY - JOUR AU - Glasauer, S. M. AU - Neuhauss, S. C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Whole-genome duplication in teleost fishes and its evolutionary consequences JO - Mol Gen Genomics VL - 289 UR - https://doi.org/10.1007/s00438-014-0889-2 DO - 10.1007/s00438-014-0889-2 ID - Glasauer2014 ER - TY - JOUR AU - Force, A. AU - Lynch, M. AU - Pickett, F. B. AU - Amores, A. AU - Yan, Y. L. AU - Postlethwait, J. PY - 1999 DA - 1999// TI - Preservation of duplicate genes by complementary, degenerative mutations JO - Genetics VL - 151 ID - Force1999 ER - TY - JOUR AU - Yu, W. P. AU - Brenner, S. AU - Venkatesh, B. PY - 2003 DA - 2003// TI - Duplication, degeneration and subfunctionalization of the nested synapsin-Timp genes in Fugu JO - Trends Genet VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(03)00048-9 DO - 10.1016/S0168-9525(03)00048-9 ID - Yu2003 ER - TY - JOUR AU - He, X. AU - Zhang, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Rapid subfunctionalization accompanied by prolonged and substantial neofunctionalization in duplicate gene evolution JO - Genetics VL - 169 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.104.037051 DO - 10.1534/genetics.104.037051 ID - He2005 ER - TY - JOUR AU - Inoue, J. AU - Sato, Y. AU - Sinclair, R. AU - Tsukamoto, K. AU - Nishida, M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Rapid genome reshaping by multiple-gene loss after whole-genome duplication in teleost fish suggested by mathematical modeling JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 112 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1507669112 DO - 10.1073/pnas.1507669112 ID - Inoue2015 ER - TY - JOUR AU - Pasquier, J. AU - Braasch, I. AU - Batzel, P. AU - Cabau, C. AU - Montfort, J. AU - Nguyen, T. AU - Jouanno, E. AU - Berthelot, C. AU - Klopp, C. AU - Journot, L. PY - 2017 DA - 2017// TI - Evolution of gene expression after whole-genome duplication: new insights from the spotted gar genome JO - J Exp Zool B Mol Dev Evol VL - 328 UR - https://doi.org/10.1002/jez.b.22770 DO - 10.1002/jez.b.22770 ID - Pasquier2017 ER - TY - JOUR AU - Giglia-Mari, G. AU - Theil, A. F. AU - Mari, P. O. AU - Mourgues, S. AU - Nonnekens, J. AU - Andrieux, L. O. AU - Wit, J. AU - Miquel, C. AU - Wijgers, N. AU - Maas, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Differentiation driven changes in the dynamic organization of basal transcription initiation JO - PLoS Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1000220 DO - 10.1371/journal.pbio.1000220 ID - Giglia-Mari2009 ER - TY - JOUR AU - Yosef, N. AU - Regev, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Impulse control: temporal dynamics in gene transcription JO - Cell VL - 144 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2011.02.015 DO - 10.1016/j.cell.2011.02.015 ID - Yosef2011 ER - TY - JOUR AU - Lu, Y. AU - Reyes, J. AU - Walter, S. AU - Gonzalez, T. AU - Medrano, G. AU - Boswell, M. AU - Boswell, W. AU - Savage, M. AU - Walter, R. PY - 2018 DA - 2018// TI - Characterization of basal gene expression trends over a diurnal cycle in Xiphophorus maculatus skin, brain and liver JO - Comp Biochem Physiol Toxicol Pharmacol VL - 208 UR - https://doi.org/10.1016/j.cbpc.2017.11.013 DO - 10.1016/j.cbpc.2017.11.013 ID - Lu2018 ER - TY - JOUR AU - Merrow, M. AU - Spoelstra, K. AU - Roenneberg, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - The circadian cycle: daily rhythms from behaviour to genes JO - EMBO Rep VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/sj.embor.7400541 DO - 10.1038/sj.embor.7400541 ID - Merrow2005 ER - TY - JOUR AU - Kaneko, M. AU - Cahill, G. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Light-dependent development of circadian gene expression in transgenic zebrafish JO - PLoS Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0030034 DO - 10.1371/journal.pbio.0030034 ID - Kaneko2005 ER - TY - JOUR AU - Jang, H. AU - Lee, G. AU - Kong, J. AU - Choi, G. AU - Park, Y. J. AU - Kim, J. B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Feeding period restriction alters the expression of peripheral circadian rhythm genes without changing body weight in mice JO - PLoS One VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0049993 DO - 10.1371/journal.pone.0049993 ID - Jang2012 ER - TY - JOUR AU - Atger, F. AU - Gobet, C. AU - Marquis, J. AU - Martin, E. AU - Wang, J. AU - Weger, B. AU - Lefebvre, G. AU - Descombes, P. AU - Naef, F. AU - Gachon, F. PY - 2015 DA - 2015// TI - Circadian and feeding rhythms differentially affect rhythmic mRNA transcription and translation in mouse liver JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 112 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1515308112 DO - 10.1073/pnas.1515308112 ID - Atger2015 ER - TY - JOUR AU - Boswell, M. AU - Boswell, W. AU - Lu, Y. AU - Savage, M. AU - Mazurek, Z. AU - Chang, J. AU - Muster, J. AU - Walter, R. PY - 2018 DA - 2018// TI - The transcriptional response of skin to fluorescent light exposure in viviparous (Xiphophorus) and oviparous (Danio, Oryzias) fishes JO - Comp Biochem Physiol Toxicol Pharmacol VL - 208 UR - https://doi.org/10.1016/j.cbpc.2017.10.003 DO - 10.1016/j.cbpc.2017.10.003 ID - Boswell2018 ER - TY - JOUR AU - Gonzalez, T. J. AU - Lu, Y. AU - Boswell, M. AU - Boswell, W. AU - Medrano, G. AU - Walter, S. AU - Ellis, S. AU - Savage, M. AU - Varga, Z. M. AU - Lawrence, C. PY - 2018 DA - 2018// TI - Fluorescent light exposure incites acute and prolonged immune responses in zebrafish (Danio rerio) skin JO - Comp Biochem Physiol Toxicol Pharmacol VL - 208 UR - https://doi.org/10.1016/j.cbpc.2017.09.009 DO - 10.1016/j.cbpc.2017.09.009 ID - Gonzalez2018 ER - TY - JOUR AU - Walter, R. B. AU - Boswell, M. AU - Chang, J. AU - Boswell, W. T. AU - Lu, Y. AU - Navarro, K. AU - Walter, S. M. AU - Walter, D. J. AU - Salinas, R. AU - Savage, M. PY - 2018 DA - 2018// TI - Waveband specific transcriptional control of select genetic pathways in vertebrate skin (Xiphophorus maculatus) JO - BMC Genomics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1186/s12864-018-4735-5 DO - 10.1186/s12864-018-4735-5 ID - Walter2018 ER - TY - JOUR AU - Panda, S. AU - Hogenesch, J. B. AU - Kay, S. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Circadian rhythms from flies to human JO - Nature VL - 417 UR - https://doi.org/10.1038/417329a DO - 10.1038/417329a ID - Panda2002 ER - TY - JOUR AU - Bell-Pedersen, D. AU - Cassone, V. M. AU - Earnest, D. J. AU - Golden, S. S. AU - Hardin, P. E. AU - Thomas, T. L. AU - Zoran, M. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Circadian rhythms from multiple oscillators: lessons from diverse organisms JO - Nat Rev Genet VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1633 DO - 10.1038/nrg1633 ID - Bell-Pedersen2005 ER - TY - BOOK AU - Foster, R. AU - Kreitzman, L. PY - 2005 DA - 2005// TI - Rhythms of life: the biological clocks that control the daily lives of every living thing PB - Yale University Press CY - New Haven ID - Foster2005 ER - TY - JOUR AU - Takahashi, J. S. PY - 2017 DA - 2017// TI - Transcriptional architecture of the mammalian circadian clock JO - Nat Rev Genet VL - 18 UR - https://doi.org/10.1038/nrg.2016.150 DO - 10.1038/nrg.2016.150 ID - Takahashi2017 ER - TY - JOUR AU - Beale, A. AU - Guibal, C. AU - Tamai, T. K. AU - Klotz, L. AU - Cowen, S. AU - Peyric, E. AU - Reynoso, V. H. AU - Yamamoto, Y. AU - Whitmore, D. PY - 2013 DA - 2013// TI - Circadian rhythms in Mexican blind cavefish Astyanax mexicanus in the lab and in the field JO - Nat Commun VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms3769 DO - 10.1038/ncomms3769 ID - Beale2013 ER - TY - JOUR AU - Kim, B. M. AU - Amores, A. AU - Kang, S. AU - Ahn, D. H. AU - Kim, J. H. AU - Kim, I. C. AU - Lee, J. H. AU - Lee, S. G. AU - Lee, H. AU - Lee, J. PY - 2019 DA - 2019// TI - Antarctic blackfin icefish genome reveals adaptations to extreme environments JO - Nat Ecol Evol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/s41559-019-0812-7 DO - 10.1038/s41559-019-0812-7 ID - Kim2019 ER - TY - JOUR AU - Toloza-Villalobos, J. AU - Arroyo, J. I. AU - Opazo, J. C. PY - 2015 DA - 2015// TI - The circadian clock of teleost fish: a comparative analysis reveals distinct fates for duplicated genes JO - J Mol Evol VL - 80 UR - https://doi.org/10.1007/s00239-014-9660-x DO - 10.1007/s00239-014-9660-x ID - Toloza-Villalobos2015 ER - TY - STD TI - Froland Steindal IA, Whitmore D. Circadian clocks in fish-what have we learned so far? Biology. 2019;8(1). ID - ref27 ER - TY - JOUR AU - Jaillon, O. AU - Aury, J. M. AU - Brunet, F. AU - Petit, J. L. AU - Stange-Thomann, N. AU - Mauceli, E. AU - Bouneau, L. AU - Fischer, C. AU - Ozouf-Costaz, C. AU - Bernot, A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genome duplication in the teleost fish Tetraodon nigroviridis reveals the early vertebrate proto-karyotype JO - Nature VL - 431 UR - https://doi.org/10.1038/nature03025 DO - 10.1038/nature03025 ID - Jaillon2004 ER - TY - JOUR AU - Ravi, V. AU - Venkatesh, B. PY - 2018 DA - 2018// TI - The divergent genomes of Teleosts JO - Ann Rev Anim Biosci VL - 6 UR - https://doi.org/10.1146/annurev-animal-030117-014821 DO - 10.1146/annurev-animal-030117-014821 ID - Ravi2018 ER - TY - JOUR AU - Schartl, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Beyond the zebrafish: diverse fish species for modeling human disease JO - Dis Model Mech VL - 7 UR - https://doi.org/10.1242/dmm.012245 DO - 10.1242/dmm.012245 ID - Schartl2014 ER - TY - JOUR AU - Schartl, M. AU - Walter, R. B. AU - Shen, Y. AU - Garcia, T. AU - Catchen, J. AU - Amores, A. AU - Braasch, I. AU - Chalopin, D. AU - Volff, J. N. AU - Lesch, K. P. PY - 2013 DA - 2013// TI - The genome of the platyfish, Xiphophorus maculatus, provides insights into evolutionary adaptation and several complex traits JO - Nat Genet VL - 45 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2604 DO - 10.1038/ng.2604 ID - Schartl2013 ER - TY - JOUR AU - Shen, Y. AU - Chalopin, D. AU - Garcia, T. AU - Boswell, M. AU - Boswell, W. AU - Shiryev, S. A. AU - Agarwala, R. AU - Volff, J. N. AU - Postlethwait, J. H. AU - Schartl, M. PY - 2016 DA - 2016// TI - X couchianus and X hellerii genome models provide genomic variation insight among Xiphophorus species JO - BMC Genomics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1186/s12864-015-2361-z DO - 10.1186/s12864-015-2361-z ID - Shen2016 ER - TY - JOUR AU - Lu, Y. AU - Boswell, M. AU - Boswell, W. AU - Kneitz, S. AU - Hausmann, M. AU - Klotz, B. AU - Regneri, J. AU - Savage, M. AU - Amores, A. AU - Postlethwait, J. PY - 2017 DA - 2017// TI - Molecular genetic analysis of the melanoma regulatory locus in Xiphophorus interspecies hybrids JO - Mol Carcinog VL - 56 UR - https://doi.org/10.1002/mc.22651 DO - 10.1002/mc.22651 ID - Lu2017 ER - TY - STD TI - Lu Y, Zhang C, Li Q, Mao J, Ma W, Yu X, Hou Z, Li L: [Inhibitory effect of salinomycin on human breast cancer cells MDA-MB-231 proliferation through hedgehog signaling pathway]. Zhonghua Bing Li Xue Za Zhi 2015, 44(6):395–398. ID - ref34 ER - TY - JOUR AU - Lu, Y. AU - Bowswell, M. AU - Bowswell, W. AU - Yang, K. AU - Schartl, M. AU - Walter, R. B. PY - 2015 DA - 2015// TI - Molecular genetic response of Xiphophorus maculatus-X. couchianus interspecies hybrid skin to UVB exposure JO - Comp Biochem Physiol Toxicol Pharmacol VL - 178 UR - https://doi.org/10.1016/j.cbpc.2015.07.011 DO - 10.1016/j.cbpc.2015.07.011 ID - Lu2015 ER - TY - JOUR AU - Liu, C. AU - Hu, J. AU - Qu, C. AU - Wang, L. AU - Huang, G. AU - Niu, P. AU - Zhong, Z. AU - Hong, F. AU - Wang, G. AU - Postlethwait, J. H. PY - 2015 DA - 2015// TI - Molecular evolution and functional divergence of zebrafish (Danio rerio) cryptochrome genes JO - Sci Rep VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/srep08113 DO - 10.1038/srep08113 ID - Liu2015 ER - TY - JOUR AU - Lin, C. AU - Todo, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - The cryptochromes JO - Genome Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2005-6-5-220 DO - 10.1186/gb-2005-6-5-220 ID - Lin2005 ER - TY - JOUR AU - Lucas-Lledo, J. I. AU - Lynch, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Evolution of mutation rates: phylogenomic analysis of the photolyase/cryptochrome family JO - Mol Biol Evol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msp029 DO - 10.1093/molbev/msp029 ID - Lucas-Lledo2009 ER - TY - JOUR AU - Mei, Q. AU - Dvornyk, V. PY - 2015 DA - 2015// TI - Evolutionary history of the Photolyase/Cryptochrome superfamily in eukaryotes JO - PLoS One VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0135940 DO - 10.1371/journal.pone.0135940 ID - Mei2015 ER - TY - JOUR AU - Walter, R. B. AU - Walter, D. J. AU - Boswell, W. T. AU - Caballero, K. L. AU - Boswell, M. AU - Lu, Y. AU - Chang, J. AU - Savage, M. G. PY - 2015 DA - 2015// TI - Exposure to fluorescent light triggers down regulation of genes involved with mitotic progression in Xiphophorus skin JO - Comp Biochem Physiol Toxicol Pharmacol VL - 178 UR - https://doi.org/10.1016/j.cbpc.2015.08.006 DO - 10.1016/j.cbpc.2015.08.006 ID - Walter2015 ER - TY - JOUR AU - Walter, D. J. AU - Boswell, M. AU - Volk de Garcia, S. M. AU - Walter, S. M. AU - Breitenfeldt, E. W. AU - Boswell, W. AU - Walter, R. B. PY - 2014 DA - 2014// TI - Characterization and differential expression of CPD and 6-4 DNA photolyases in Xiphophorus species and interspecies hybrids JO - Comp Biochem Physiol Toxicol Pharmacol VL - 163 UR - https://doi.org/10.1016/j.cbpc.2014.01.006 DO - 10.1016/j.cbpc.2014.01.006 ID - Walter2014 ER - TY - JOUR AU - Alvarez, J. D. AU - Chen, D. AU - Storer, E. AU - Sehgal, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Non-cyclic and developmental stage-specific expression of circadian clock proteins during murine spermatogenesis JO - Biol Reprod VL - 69 UR - https://doi.org/10.1095/biolreprod.102.011833 DO - 10.1095/biolreprod.102.011833 ID - Alvarez2003 ER - TY - JOUR AU - Morse, D. AU - Cermakian, N. AU - Brancorsini, S. AU - Parvinen, M. AU - Sassone-Corsi, P. PY - 2003 DA - 2003// TI - No circadian rhythms in testis: period1 expression is clock independent and developmentally regulated in the mouse JO - Mol Endocrinol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1210/me.2002-0184 DO - 10.1210/me.2002-0184 ID - Morse2003 ER - TY - JOUR AU - Fahrenkrug, J. AU - Georg, B. AU - Hannibal, J. AU - Hindersson, P. AU - Gras, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Diurnal rhythmicity of the clock genes Per1 and Per2 in the rat ovary JO - Endocrinology VL - 147 UR - https://doi.org/10.1210/en.2006-0305 DO - 10.1210/en.2006-0305 ID - Fahrenkrug2006 ER - TY - JOUR AU - Bebas, P. AU - Goodall, C. P. AU - Majewska, M. AU - Neumann, A. AU - Giebultowicz, J. M. AU - Chappell, P. E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Circadian clock and output genes are rhythmically expressed in extratesticular ducts and accessory organs of mice JO - FASEB J VL - 23 UR - https://doi.org/10.1096/fj.08-113191 DO - 10.1096/fj.08-113191 ID - Bebas2009 ER - TY - JOUR AU - Chen, H. AU - Gao, L. AU - Xiong, Y. AU - Yang, D. AU - Li, C. AU - Wang, A. AU - Jin, Y. PY - 2017 DA - 2017// TI - Circadian clock and steroidogenic-related gene expression profiles in mouse Leydig cells following dexamethasone stimulation JO - Biochem Biophys Res Commun VL - 483 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2016.12.149 DO - 10.1016/j.bbrc.2016.12.149 ID - Chen2017 ER - TY - JOUR AU - Shimizu, T. AU - Watanabe, K. AU - Anayama, N. AU - Miyazaki, K. PY - 2017 DA - 2017// TI - Effect of lipopolysaccharide on circadian clock genes Per2 and Bmal1 in mouse ovary JO - J Physiol Sci VL - 67 UR - https://doi.org/10.1007/s12576-017-0532-1 DO - 10.1007/s12576-017-0532-1 ID - Shimizu2017 ER - TY - JOUR AU - Khan, Z. A. AU - Labala, R. K. AU - Yumnamcha, T. AU - Devi, S. D. AU - Mondal, G. AU - Sanjita Devi, H. AU - Rajiv, C. AU - Bharali, R. AU - Chattoraj, A. PY - 2018 DA - 2018// TI - Artificial light at night (ALAN), an alarm to ovarian physiology: a study of possible chronodisruption on zebrafish (Danio rerio) JO - Sci Total Environ VL - 628-629 UR - https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2018.02.101 DO - 10.1016/j.scitotenv.2018.02.101 ID - Khan2018 ER - TY - JOUR AU - Amores, A. AU - Catchen, J. AU - Ferrara, A. AU - Fontenot, Q. AU - Postlethwait, J. H. PY - 2011 DA - 2011// TI - Genome evolution and meiotic maps by massively parallel DNA sequencing: spotted gar, an outgroup for the teleost genome duplication JO - Genetics VL - 188 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.111.127324 DO - 10.1534/genetics.111.127324 ID - Amores2011 ER - TY - JOUR AU - Braasch, I. AU - Gehrke, A. R. AU - Smith, J. J. AU - Kawasaki, K. AU - Manousaki, T. AU - Pasquier, J. AU - Amores, A. AU - Desvignes, T. AU - Batzel, P. AU - Catchen, J. PY - 2016 DA - 2016// TI - The spotted gar genome illuminates vertebrate evolution and facilitates human-teleost comparisons JO - Nat Genet VL - 48 UR - https://doi.org/10.1038/ng.3526 DO - 10.1038/ng.3526 ID - Braasch2016 ER - TY - JOUR AU - Guo, B. PY - 2017 DA - 2017// TI - Complex genes are preferentially retained after whole-genome duplication in teleost fish JO - J Mol Evol VL - 84 UR - https://doi.org/10.1007/s00239-017-9794-8 DO - 10.1007/s00239-017-9794-8 ID - Guo2017 ER - TY - JOUR AU - Vatine, G. AU - Vallone, D. AU - Gothilf, Y. AU - Foulkes, N. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - It’s time to swim! Zebrafish and the circadian clock JO - FEBS Lett VL - 585 UR - https://doi.org/10.1016/j.febslet.2011.04.007 DO - 10.1016/j.febslet.2011.04.007 ID - Vatine2011 ER - TY - JOUR AU - Foulkes, N. S. AU - Whitmore, D. AU - Vallone, D. AU - Bertolucci, C. PY - 2016 DA - 2016// TI - Studying the evolution of the vertebrate circadian clock: the power of fish as comparative models JO - Adv Genet VL - 95 UR - https://doi.org/10.1016/bs.adgen.2016.05.002 DO - 10.1016/bs.adgen.2016.05.002 ID - Foulkes2016 ER - TY - JOUR AU - Lynch, M. AU - Conery, J. S. PY - 2000 DA - 2000// TI - The evolutionary fate and consequences of duplicate genes JO - Science VL - 290 UR - https://doi.org/10.1126/science.290.5494.1151 DO - 10.1126/science.290.5494.1151 ID - Lynch2000 ER - TY - JOUR AU - Li, S. AU - Shui, K. AU - Zhang, Y. AU - Lv, Y. AU - Deng, W. AU - Ullah, S. AU - Zhang, L. AU - Xue, Y. PY - 2017 DA - 2017// TI - CGDB: a database of circadian genes in eukaryotes JO - Nucleic Acids Res VL - 45 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkw974 DO - 10.1093/nar/gkw974 ID - Li2017 ER - TY - JOUR AU - Pasquier, J. AU - Cabau, C. AU - Nguyen, T. AU - Jouanno, E. AU - Severac, D. AU - Braasch, I. AU - Journot, L. AU - Pontarotti, P. AU - Klopp, C. AU - Postlethwait, J. H. PY - 2016 DA - 2016// TI - Gene evolution and gene expression after whole genome duplication in fish: the PhyloFish database JO - BMC Genomics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1186/s12864-016-2709-z DO - 10.1186/s12864-016-2709-z ID - Pasquier2016 ER - TY - JOUR AU - Lu, Y. AU - Boswell, W. AU - Boswell, M. AU - Klotz, B. AU - Kneitz, S. AU - Regneri, J. AU - Savage, M. AU - Mendoza, C. AU - Postlethwait, J. AU - Warren, W. C. PY - 2019 DA - 2019// TI - Application of the transcriptional disease signature (TDSs) to screen melanoma-effective compounds in a small fish model JO - Sci Rep VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/s41598-018-36656-x DO - 10.1038/s41598-018-36656-x ID - Lu2019 ER - TY - JOUR AU - Garcia, T. I. AU - Shen, Y. AU - Catchen, J. AU - Amores, A. AU - Schartl, M. AU - Postlethwait, J. AU - Walter, R. B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Effects of short read quality and quantity on a de novo vertebrate transcriptome assembly JO - Comp Biochem Physiol Toxicol Pharmacol VL - 155 UR - https://doi.org/10.1016/j.cbpc.2011.05.012 DO - 10.1016/j.cbpc.2011.05.012 ID - Garcia2012 ER - TY - JOUR AU - Kim, D. AU - Pertea, G. AU - Trapnell, C. AU - Pimentel, H. AU - Kelley, R. AU - Salzberg, S. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - TopHat2: accurate alignment of transcriptomes in the presence of insertions, deletions and gene fusions JO - Genome Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2013-14-4-r36 DO - 10.1186/gb-2013-14-4-r36 ID - Kim2013 ER - TY - JOUR AU - Liao, Y. AU - Smyth, G. K. AU - Shi, W. PY - 2013 DA - 2013// TI - The subread aligner: fast, accurate and scalable read mapping by seed-and-vote JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt214 DO - 10.1093/nar/gkt214 ID - Liao2013 ER - TY - JOUR AU - Thaben, P. F. AU - Westermark, P. O. PY - 2014 DA - 2014// TI - Detecting rhythms in time series with RAIN JO - J Biol Rhythm VL - 29 UR - https://doi.org/10.1177/0748730414553029 DO - 10.1177/0748730414553029 ID - Thaben2014 ER - TY - JOUR AU - Durinck, S. AU - Spellman, P. T. AU - Birney, E. AU - Huber, W. PY - 2009 DA - 2009// TI - Mapping identifiers for the integration of genomic datasets with the R/Bioconductor package biomaRt JO - Nat Protoc VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2009.97 DO - 10.1038/nprot.2009.97 ID - Durinck2009 ER - TY - JOUR AU - Durinck, S. AU - Moreau, Y. AU - Kasprzyk, A. AU - Davis, S. AU - Moor, B. AU - Brazma, A. AU - Huber, W. PY - 2005 DA - 2005// TI - BioMart and bioconductor: a powerful link between biological databases and microarray data analysis JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti525 DO - 10.1093/bioinformatics/bti525 ID - Durinck2005 ER - TY - JOUR AU - Christoffels, A. AU - Koh, E. G. AU - Chia, J. M. AU - Brenner, S. AU - Aparicio, S. AU - Venkatesh, B. PY - 2004 DA - 2004// TI - Fugu genome analysis provides evidence for a whole-genome duplication early during the evolution of ray-finned fishes JO - Mol Biol Evol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msh114 DO - 10.1093/molbev/msh114 ID - Christoffels2004 ER - TY - JOUR AU - Brumbaugh, C. D. AU - Kim, H. J. AU - Giovacchini, M. AU - Pourmand, N. PY - 2011 DA - 2011// TI - NanoStriDE: normalization and differential expression analysis of NanoString nCounter data JO - BMC Bioinformatics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-479 DO - 10.1186/1471-2105-12-479 ID - Brumbaugh2011 ER - TY - JOUR AU - Malkov, V. A. AU - Serikawa, K. A. AU - Balantac, N. AU - Watters, J. AU - Geiss, G. AU - Mashadi-Hossein, A. AU - Fare, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - Multiplexed measurements of gene signatures in different analytes using the Nanostring nCounter assay system JO - BMC Res Notes VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/1756-0500-2-80 DO - 10.1186/1756-0500-2-80 ID - Malkov2009 ER - TY - JOUR AU - Geiss, G. K. AU - Bumgarner, R. E. AU - Birditt, B. AU - Dahl, T. AU - Dowidar, N. AU - Dunaway, D. L. AU - Fell, H. P. AU - Ferree, S. AU - George, R. D. AU - Grogan, T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Direct multiplexed measurement of gene expression with color-coded probe pairs JO - Nat Biotechnol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1385 DO - 10.1038/nbt1385 ID - Geiss2008 ER -