Runs of homozygosity analysis of South African sheep breeds from various production systems investigated using OvineSNP50k data

Table 1 Mean and Standard deviation of ROH based inbreeding (F_ROH) of South African and global sheep populations

Breed	No. animals	Mean F_ROH	SD	Mean F_HOM	SD
Afrino	51	0.1621	0.0212	0.1265	0.0210
African Dorper	21	0.1551	0.0376	0.2165	0.0996
African White Dorper	6	0.2011	0.0333	0.1631	0.0352
Australian Industry Merino	88	0.0914	0.0272	0.1035	0.0479
Australian Merino	50	0.1028	0.0421	0.1266	0.0381
Australian Poll Dorset	108	0.1761	0.0402	0.1171	0.0400
Australian Poll Merino	98	0.0787	0.0275	0.0491	0.0278
Blackhead Persian	14	0.3085	0.0435	0.3425	0.0434
Black Vital Swakara	20	0.2919	0.0534	0.2892	0.0515
Bangladesh Galore	24	0.2333	0.0671	0.2701	0.0628
Black-headed Mutton	24	0.1839	0.1164	0.1561	0.1202
Chinese Merino	23	0.0955	0.0489	0.0646	0.0492
Dohne Merino	50	0.1031	0.0167	0.0754	0.0180
Dorper	23	0.2374	0.0890	0.2165	0.0996
Dorset Horn	21	0.2417	0.0604	0.1927	0.0625
Ethiopian Menz	34	0.1210	0.0387	0.1789	0.0353
Grey Vital Swakara	22	0.2049	0.0588	0.1998	0.0562
Karakas	18	0.0806	0.0553	0.0947	0.0552
Meatmaster	46	0.1260	0.0202	0.1206	0.0209
MacArthur Merino	12	0.4484	0.0332	0.3505	0.1356
Merinolandschaf	22	0.1006	0.0146	0.0759	0.0153
Nguni	30	0.3138	0.0521	0.3477	0.0487
Namaqua Afrikaner (SA)	12	0.3208	0.1318	0.3129	0.0746
Namaqua Afrikaner (ISGC)	10	0.2614	0.0272	0.2218	0.0213
Red Massai	45	0.1008	0.0234	0.1694	0.0283
Ronderib Afrikaner	19	0.1971	0.0665	0.1943	0.0664
South African Merino	56	0.1404	0.0467	0.1408	0.0294
South African Mutton Merino	10	0.2237	0.0366	0.1907	0.0386
Swakara	6	0.2615	0.0364	0.2593	0.0354
White Sub-Vital Swakara	16	0.2859	0.0795	0.2803	0.0801
White Vital Swakara	40	0.2822	0.0520	0.2754	0.0505
Overall	1019	0.1622	0.0900	0.1461	0.0992

ISSN: 1471-2164