TY - JOUR AU - Dayton, P. K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Experimental evaluation of ecological dominance in a rocky intertidal algal community JO - Ecol Monogr VL - 45 ID - Dayton2008 ER - TY - JOUR AU - Duffy, J. E. AU - Hay, M. E. PY - 2000 DA - 2000// TI - Strong impacts of grazing amphipods on the organization of a benthic community JO - Ecol Monogr VL - 70 ID - Duffy2000 ER - TY - JOUR AU - Harley, C. D. G. AU - Anderson, K. M. AU - Demes, K. W. AU - Jorve, J. P. AU - Kordas, R. L. AU - Coyle, T. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Effects of climate change on global seaweed communities JO - J Phycol VL - 48 ID - Harley2012 ER - TY - JOUR AU - Wahl, M. AU - Molis, M. AU - Hobday, A. J. AU - Dudgeon, S. AU - Neumann, R. AU - Steinberg, P. AU - Campbell, A. H. AU - Marzinelli, E. AU - Connell, S. PY - 2015 DA - 2015// TI - The responses of brown macroalgae to environmental change from local to global scales: direct versus ecologically mediated effects JO - Perspect Phycol VL - 2 ID - Wahl2015 ER - TY - JOUR AU - Davison, I. R. AU - Pearson, G. A. PY - 1996 DA - 1996// TI - Stress tolerance in intertidal seaweeds JO - J Phycol VL - 32 ID - Davison1996 ER - TY - BOOK AU - Karsten, U. PY - 2012 DA - 2012// TI - Seaweed Acclimation to salinity and desiccation stress. Seaweed Biol PB - Springer CY - Berlin ID - Karsten2012 ER - TY - JOUR AU - Harley, C. D. G. AU - Hughes, A. R. AU - Hultgren, K. M. AU - Miner, B. G. AU - Sorte, C. J. B. AU - Thornber, C. S. AU - Rodriguez, L. F. AU - Tomanek, L. AU - Williams, S. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - The impacts of climate change in coastal marine systems JO - Ecol Lett VL - 9 ID - Harley2006 ER - TY - JOUR AU - Takolander, A. AU - Cabeza, M. AU - Leskinen, E. PY - 2017 DA - 2017// TI - Climate change can cause complex responses in Baltic Sea macroalgae: a systematic review JO - J Sea Res VL - 123 ID - Takolander2017 ER - TY - JOUR AU - Takolander, A. AU - Leskinen, E. AU - Cabeza, M. PY - 2017 DA - 2017// TI - Synergistic effects of extreme temperature and low salinity on foundational macroalga Fucus vesiculosus in the northern Baltic Sea JO - J Exp Mar Bio Ecol VL - 495 ID - Takolander2017 ER - TY - JOUR AU - Rugiu, L. AU - Manninen, I. AU - Rothäusler, E. AU - Jormalainen, V. PY - 2018 DA - 2018// TI - Tolerance and potential for adaptation of a Baltic Sea rockweed under predicted climate change conditions JO - Mar Environ Res VL - 134 ID - Rugiu2018 ER - TY - JOUR AU - Rothäusler, E. AU - Rugiu, L. AU - Jormalainen, V. PY - 2018 DA - 2018// TI - Forecast climate change conditions sustain growth and physiology but hamper reproduction in range-margin populations of a foundation rockweed species JO - Mar Environ Res VL - 141 ID - Rothäusler2018 ER - TY - STD TI - Meier HEM, Eilola K. Future projections of ecological patterns in the Baltic Sea. Oceanografi. 2011;207:1–28. ID - ref12 ER - TY - JOUR AU - Rothäusler, E. AU - Sjöroos, J. AU - Heye, K. AU - Jormalainen, V. AU - Hurd, C. PY - 2016 DA - 2016// TI - Genetic variation in photosynthetic performance and tolerance to osmotic stress (desiccation, freezing, hyposalinity) in the rocky littoral foundation species Fucus vesiculosus (Fucales, Phaeophyceae) JO - J Phycol VL - 52 ID - Rothäusler2016 ER - TY - JOUR AU - Bäck, S. PY - 1993 DA - 1993// TI - Morphological variation of northern Baltic Fucus vesiculosus along the exposure gradient JO - Ann Bot Fennici VL - 30 ID - Bäck1993 ER - TY - JOUR AU - Bäck, S. AU - Ruuskanen, A. PY - 2000 DA - 2000// TI - Distribution and maximum growth depth of Fucus vesiculosus along the Gulf of Finland JO - Mar Biol VL - 136 ID - Bäck2000 ER - TY - JOUR AU - Kalvas, A. AU - Kautsky, L. PY - 1998 DA - 1998// TI - Morphological variation in Fucus vesiculosus populations along temperature and salinity gradients in Iceland JO - J Mar Biol Assoc VL - 78 ID - Kalvas1998 ER - TY - STD TI - Waern M. Rocky -shore algae in the Öregrund archipelago. Acta Phytogeogr Suec. 1952;30:1–298. ID - ref17 ER - TY - JOUR AU - Ruuskanen, A. AU - Bäck, S. AU - Reitalu, T. PY - 1999 DA - 1999// TI - A comparison of two cartographic exposure methods using Fucus vesiculosus as an indicator JO - Mar Biol VL - 134 ID - Ruuskanen1999 ER - TY - JOUR AU - Mittler, R. AU - Vanderauwera, S. AU - Gollery, M. AU - Breusegem, F. PY - 2004 DA - 2004// TI - Reactive oxygen gene network of plants JO - Trends Plant Sci VL - 9 ID - Mittler2004 ER - TY - JOUR AU - Apel, K. AU - Hirt, H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Reactive oxygen species: metabolism, oxidative stress, and signaling transduction JO - Annu Rev Plant Biol VL - 55 ID - Apel2004 ER - TY - JOUR AU - Mallick, N. AU - Mohn, F. H. PY - 2000 DA - 2000// TI - Reactive oxygen species: response of algal cells JO - J Plant Physiol VL - 157 ID - Mallick2000 ER - TY - JOUR AU - Kirst, G. O. PY - 1989 DA - 1989// TI - Salinity tolerance of eukaryotic marine algae. Annu. Rev. plant Physiol. Plant Mol JO - Biol. VL - 41 ID - Kirst1989 ER - TY - JOUR AU - Gimmler, H. PY - 2000 DA - 2000// TI - Primary sodium plasma membrane ATPases in salt-tolerant algae: facts and fictions JO - J Exp Bot VL - 51 ID - Gimmler2000 ER - TY - JOUR AU - Yancey, P. H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Organic osmolytes as compatible, metabolic and counteracting cytoprotectants in high osmolarity and other stresses JO - J Exp Biol VL - 208 ID - Yancey2005 ER - TY - JOUR AU - Kalvas, A. AU - Kautsky, L. PY - 1993 DA - 1993// TI - Geographical variation in Fucus vesiculosus morphology in the Baltic and north seas JO - Eur J Phycol VL - 28 ID - Kalvas1993 ER - TY - JOUR AU - Serrão, E. A. AU - Kautsky, L. AU - Brawley, S. H. PY - 1996 DA - 1996// TI - Distributional success of the marine seaweed Fucus vesiculosus L . in the brackish Baltic Sea correlates with osmotic capabilities of Baltic gametes JO - Oecologia VL - 107 ID - Serrão1996 ER - TY - JOUR AU - Bäck, S. AU - Collins, J. C. AU - Russell, G. PY - 1992 DA - 1992// TI - Effects of salinity on growth of Baltic and Atlantic Fucus vesiculosus JO - Br Phycol J VL - 27 ID - Bäck1992 ER - TY - JOUR AU - Johansson, D. AU - Pereyra, R. T. AU - Rafajlović, M. AU - Johannesson, K. PY - 2017 DA - 2017// TI - Reciprocal transplants support a plasticity-first scenario during colonisation of a large hyposaline basin by a marine macro alga JO - BMC Ecol VL - 17 ID - Johansson2017 ER - TY - JOUR AU - Barboza, F. R. AU - Kotta, J. AU - Weinberger, F. AU - Jormalainen, V. AU - Kraufvelin, P. AU - Molis, M. AU - Schubert, H. AU - Pavia, H. AU - Nylund, G. M. AU - Kautsky, L. AU - Schagerström, E. AU - Rickert, E. AU - Saha, M. AU - Frierdiksen, S. AU - Martin, G. AU - Torn, K. AU - Ruuskanen, A. AU - Wahl, M. PY - 2019 DA - 2019// TI - Geographic variation in fitness-related traits of the bladderwrack Fucus vesiculosus along the Baltic Sea-North Sea salinity gradient JO - Ecol Evol VL - 9 ID - Barboza2019 ER - TY - JOUR AU - Tatarenkov, A. AU - Jonsson, R. B. AU - Kautsky, L. AU - Johannesson, K. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genetic structure in populations of Fucus vesiculosus (Phaeophyceae) over spatial scales from 10 m to 800 km JO - J Phycol VL - 43 ID - Tatarenkov2007 ER - TY - JOUR AU - Martins, M. J. F. AU - Mota, C. F. AU - Pearson, G. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Sex-biased gene expression in the brown alga Fucus vesiculosus JO - BMC Genomics VL - 14 ID - Martins2013 ER - TY - JOUR AU - Funato, Y. AU - Michiue, T. AU - Asashima, M. AU - Miki, H. PY - 2006 DA - 2006// TI - The thioredoxin-related redox-regulating protein nucleoredoxin inhibits wnt–β-catenin signalling through dishevelled JO - Nat Cell Biol VL - 8 ID - Funato2006 ER - TY - JOUR AU - Hille, R. AU - Nishino, T. PY - 1995 DA - 1995// TI - Xantliine oxidase and xanthine dehydrogenase JO - FASEB J VL - 9 ID - Hille1995 ER - TY - JOUR AU - Silberfeld, T. AU - Leigh, J. W. AU - Verbruggen, H. AU - Cruaud, C. AU - Reviers, B. AU - Rousseau, F. PY - 2010 DA - 2010// TI - A multi-locus time-calibrated phylogeny of the brown algae (Heterokonta, Ochrophyta, Phaeophyceae): investigating the evolutionary nature of the “brown algal crown radiation.” JO - Mol Phylogenet Evol VL - 56 ID - Silberfeld2010 ER - TY - JOUR AU - Vries, J. AU - Vries, S. AU - Slamovits, C. H. AU - Rose, L. E. AU - Archibald, J. M. PY - 2017 DA - 2017// TI - How embryophytic is the biosynthesis of phenylpropanoids and their derivatives in streptophyte algae? JO - Plant Cell Physiol VL - 58 ID - Vries2017 ER - TY - JOUR AU - Martone, P. T. AU - Estevez, J. M. AU - Lu, F. AU - Ruel, K. AU - Denny, M. W. AU - Somerville, C. AU - Ralph, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Discovery of lignin in seaweed reveals convergent evolution of cell-wall architecture JO - Curr Biol VL - 19 ID - Martone2009 ER - TY - JOUR AU - Labeeuw, L. AU - Martone, P. T. AU - Boucher, Y. AU - Case, R. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Ancient origin of the biosynthesis of lignin precursors JO - Biol Direct VL - 10 ID - Labeeuw2015 ER - TY - JOUR AU - Barshis, D. J. AU - Ladner, J. T. AU - Oliver, T. A. AU - Seneca, F. O. AU - Traylor-Knowles, N. AU - Palumbi, S. R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genomic basis for coral resilience to climate change JO - Proc Natl Acad Sci VL - 110 ID - Barshis2013 ER - TY - JOUR AU - Rothäusler, E. AU - Corell, H. AU - Jormalainen, V. PY - 2015 DA - 2015// TI - Abundance and dispersal trajectories of floating Fucus vesiculosus in the northern Baltic Sea JO - Limnol Oceanogr VL - 60 ID - Rothäusler2015 ER - TY - JOUR AU - Dittami, S. M. AU - Scornet, D. AU - Petit, J. L. AU - Ségurens, B. AU - Silva, C. AU - Corre, E. AU - Dondrup, M. AU - Glatting, K. -. H. AU - König, R. AU - Sterck, L. AU - Rouzé, P. AU - Peer, Y. AU - Cock, J. M. AU - Boyen, C. AU - Tonon, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - Global expression analysis of the brown alga Ectocarpus siliculosus (Phaeophyceae) reveals large-scale reprogramming of the transcriptome in response to abiotic stress JO - Genome Biol VL - 10 ID - Dittami2009 ER - TY - JOUR AU - Qian, W. G. AU - Li, N. AU - Lin, L. D. AU - Xu, T. AU - Zhang, X. AU - Wang, L. H. AU - Zou, H. -. X. AU - Wu, M. -. J. AU - Yan, X. -. F. PY - 2016 DA - 2016// TI - Parallel analysis of proteins in brown seaweed Sargassum fusiforme responding to hyposalinity stress JO - Aquaculture VL - 465 ID - Qian2016 ER - TY - JOUR AU - Arnér, E. S. J. AU - Holmgren, A. PY - 2000 DA - 2000// TI - Physiological functions of thioredoxin and thioredoxin reductase JO - Eur J Biochem VL - 267 ID - Arnér2000 ER - TY - JOUR AU - Meslet-Cladiere, L. AU - Delage, L. AU - Leroux, C. J. -. J. AU - Goulitquer, S. AU - Leblanc, C. AU - Creis, E. AU - Gall, E. A. AU - Stiger-Pouvreau, V. AU - Czjzek, M. AU - Potin, P. PY - 2013 DA - 2013// TI - Structure/function analysis of a type III polyketide synthase in the brown alga Ectocarpus siliculosus reveals a biochemical pathway in phlorotannin monomer biosynthesis JO - Plant Cell VL - 25 ID - Meslet-Cladiere2013 ER - TY - JOUR AU - Roeder, V. AU - Collén, J. AU - Rousvoal, S. AU - Corre, E. AU - Leblanc, C. AU - Boyen, C. PY - 2005 DA - 2005// TI - Identification of stress gene transcripts in Laminaria digitata (Phaeophyceae) protoplast cultures by expressed sequence tag analysis JO - J Phycol VL - 41 ID - Roeder2005 ER - TY - JOUR AU - Zubia, M. AU - Robledo, D. AU - Freile-Pelegrin, Y. PY - 2007 DA - 2007// TI - Antioxidant activities in tropical marine macroalgae from the Yucatan peninsula JO - Mexico J Appl Phycol VL - 19 ID - Zubia2007 ER - TY - JOUR AU - Haavisto, F. AU - Koivikko, R. AU - Jormalainen, V. PY - 2017 DA - 2017// TI - Defensive role of macroalgal phlorotannins: benefits and trade-offs under natural herbivory JO - Mar Ecol Prog Ser VL - 566 ID - Haavisto2017 ER - TY - JOUR AU - Collén, J. AU - Guisle-Marsollier, I. AU - Léger, J. J. AU - Boyen, C. PY - 2007 DA - 2007// TI - Response of the transcriptome of the intertidal red seaweed Chondrus crispus to controlled and natural stresses JO - New Phytol VL - 176 ID - Collén2007 ER - TY - JOUR AU - Wang, W. AU - Vinocur, B. AU - Shoseyov, O. AU - Altman, A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Role of plant heat-shock proteins and molecular chaperones in the abiotic stress response JO - Trends Plant Sci VL - 9 ID - Wang2004 ER - TY - JOUR AU - Yesbergenova, Z. AU - Yang, G. AU - Oron, E. AU - Soffer, D. AU - Fluhr, R. AU - Sagi, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - The plant Mo-hydroxylases aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase have distinct reactive oxygen species signatures and are induced by drought and abscisic acid JO - Plant J VL - 42 ID - Yesbergenova2005 ER - TY - JOUR AU - Deniaud-Bouët, E. AU - Kervarec, N. AU - Michel, G. AU - Tonon, T. AU - Kloareg, B. AU - Hervé, C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Chemical and enzymatic fractionation of cell walls from Fucales: insights into the structure of the extracellular matrix of brown algae JO - Ann Bot VL - 114 ID - Deniaud-Bouët2014 ER - TY - JOUR AU - Coleman, R. A. AU - Lee, D. P. PY - 2004 DA - 2004// TI - Enzymes of triacylglycerol synthesis and their regulation JO - Prog Lipid Res VL - 43 ID - Coleman2004 ER - TY - JOUR AU - Bagniewska-Zadworna, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - The root microtubule cytoskeleton and cell cycle analysis through desiccation of Brassica napus seedlings JO - Protoplasma. VL - 233 ID - Bagniewska-Zadworna2008 ER - TY - JOUR AU - Livanos, P. AU - Galatis, B. AU - Apostolakos, P. PY - 2014 DA - 2014// TI - The interplay between ROS and tubulin cytoskeleton in plants JO - Plant Signal Behav VL - 9 ID - Livanos2014 ER - TY - BOOK AU - Wiencke, C. AU - Bischof, K. PY - 2012 DA - 2012// TI - Seaweed biology. Ecological studies 219 ID - Wiencke2012 ER - TY - JOUR AU - Mosavi, L. AU - Cammett, T. PY - 2004 DA - 2004// TI - The ankyrin repeat as molecular architecture for protein recognition JO - Protein Sci VL - 13 ID - Mosavi2004 ER - TY - BOOK AU - Amtmann, A. AU - Beilby, M. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - The role of ion channels in plant salt tolerance. Ion Channels Plant Stress Responses PB - Springer CY - Berlin, Heidelberg ID - Amtmann2010 ER - TY - JOUR AU - Schulz, B. AU - Kolukisaoglu, H. Ü. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genomics of plant ABC transporters: the alphabet of photosynthetic life forms or just holes in membranes? JO - FEBS Lett VL - 580 ID - Schulz2006 ER - TY - STD TI - Kumar M, Kumari P, Reddy CRK, Jha B. Sea plants. San Diego: BS:ABR Elsevier; 2014. ID - ref58 ER - TY - JOUR AU - Bilgin, D. D. AU - Zavala, J. A. AU - Zhu, J. AU - Clough, S. J. AU - Ort, D. R. AU - Delucia, E. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Biotic stress globally downregulates photosynthesis genes JO - Plant Cell Environ VL - 33 ID - Bilgin2010 ER - TY - JOUR AU - Flöthe, C. R. AU - Molis, M. AU - Kruse, I. AU - Weinberger, F. AU - John, U. PY - 2014 DA - 2014// TI - Herbivore-induced defence response in the brown seaweed Fucus vesiculosus ( Phaeophyceae ): temporal pattern and gene expression JO - Eur J Phycol VL - 49 ID - Flöthe2014 ER - TY - JOUR AU - Heinrich, S. AU - Valentin, K. AU - Frickenhaus, S. AU - John, U. AU - Wiencke, C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Transcriptomic analysis of acclimation to temperature and light stress in Saccharina latissima (Phaeophyceae) JO - PLoS One VL - 7 ID - Heinrich2012 ER - TY - JOUR AU - Peng, J. AU - Yuan, J. P. AU - Wu, C. F. AU - Wang, J. H. PY - 2011 DA - 2011// TI - Fucoxanthin, a marine carotenoid present in brown seaweeds and diatoms: metabolism and bioactivities relevant to human health JO - Mar Drugs VL - 9 ID - Peng2011 ER - TY - JOUR AU - Hwang, Y. S. AU - Jung, G. AU - Jin, E. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Transcriptome analysis of acclimatory responses to thermal stress in Antarctic algae JO - Biochem Biophys Res Commun VL - 367 ID - Hwang2008 ER - TY - JOUR AU - Niyogi, K. K. PY - 2000 DA - 2000// TI - Safety valves for photosynthesis JO - Curr Opin Plant Biol VL - 3 ID - Niyogi2000 ER - TY - BOOK AU - Amsler, C. D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Algal chemical ecology PB - Springer. Algal Chem. Ecol CY - Berlin ID - Amsler2008 ER - TY - JOUR AU - Reed, R. H. AU - Davison, I. R. AU - Chudek, J. A. AU - Foster, R. PY - 1985 DA - 1985// TI - The osmotic role of mannitol in the Phaeophyta: an appraisal JO - Phycologia. VL - 24 ID - Reed1985 ER - TY - JOUR AU - Rousvoal, S. AU - Groisillier, A. AU - Dittami, S. M. AU - Michel, G. AU - Boyen, C. AU - Tonon, T. PY - 2011 DA - 2011// TI - Mannitol-1-phosphate dehydrogenase activity in Ectocarpus siliculosus, a key role for mannitol synthesis in brown algae JO - Planta. VL - 233 ID - Rousvoal2011 ER - TY - JOUR AU - Nygård, C. A. AU - Ekelund, N. G. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Photosynthesis and UV-B tolerance of the marine alga Fucus vesiculosus at different sea water salinities JO - J Appl Phycol VL - 18 ID - Nygård2006 ER - TY - JOUR AU - Collén, J. AU - Pedersén, M. AU - Collén, J. PY - 1996 DA - 1996// TI - Production, scavenging and toxicity of hydrogen peroxide in the green seaweed Ulva rigida JO - Eur J Phycol VL - 31 ID - Collén1996 ER - TY - JOUR AU - Croft, M. T. AU - Lawrence, A. D. AU - Raux-Deery, E. AU - Warren, M. J. AU - Smith, A. G. PY - 2005 DA - 2005// TI - Algae acquire vitamin B12 through a symbiotic relationship with bacteria JO - Nature. VL - 438 ID - Croft2005 ER - TY - JOUR AU - Tsavkelova, E. A. AU - Klimova, S. Y. AU - Cherdyntseva, T. A. AU - Netrusov, A. I. PY - 2006 DA - 2006// TI - Microbial producers of plant growth stimulators and their practical use: a review JO - Appl Biochem Microbiol VL - 42 ID - Tsavkelova2006 ER - TY - JOUR AU - Guillard, R. R. L. AU - Ryther, J. H. PY - 1962 DA - 1962// TI - Studies of marine planktonic diatoms. I. Cyclotella nana Hustedt, and Detonula confervacea (Cleve). Can. J JO - Microbiol. VL - 8 ID - Guillard1962 ER - TY - JOUR AU - Pearson, G. AU - Lago-leston, A. AU - Valente, M. AU - Serrão, E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Simple and rapid RNA extraction from freeze-dried tissue of brown algae and seagrasses JO - Eur J Phycol VL - 41 ID - Pearson2006 ER - TY - CHAP AU - Panova, M. a. r. i. n. a. AU - Aronsson, H. e. n. r. i. k. AU - Cameron, R. A. n. d. r. e. w. AU - Dahl, P. e. t. e. r. AU - Godhe, A. n. n. a. AU - Lind, U. l. r. i. k. a. AU - Ortega-Martinez, O. l. g. a. AU - Pereyra, R. i. c. a. r. d. o. AU - Tesson, S. y. l. v. i. e. V. M. AU - Wrange, A. n. n. a. -. L. i. s. a. AU - Blomberg, A. n. d. e. r. s. AU - Johannesson, K. e. r. s. t. i. n. PY - 2016 DA - 2016// TI - DNA Extraction Protocols for Whole-Genome Sequencing in Marine Organisms BT - Methods in Molecular Biology PB - Springer New York CY - New York, NY ID - Panova2016 ER - TY - JOUR AU - Bolger, A. M. AU - Lohse, M. AU - Usadel, B. PY - 2014 DA - 2014// TI - Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data JO - Bioinformatics. VL - 30 ID - Bolger2014 ER - TY - JOUR AU - Martin, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads JO - EMBnet.j. VL - 17 ID - Martin2011 ER - TY - JOUR AU - Grabherr, M. G. AU - Haas, B. J. AU - Yassour, M. AU - Levin, J. Z. AU - Thompson, D. A. AU - Amit, I. AU - Adiconis, X. AU - Lin, F. AU - Raychowdhury, R. AU - Qiandong, Z. AU - Chen, Z. AU - Mauceli, E. AU - Hacohen, N. AU - Gnirke, A. AU - Rhind, N. AU - Palma, F. AU - Birren, B. W. AU - Nusbaum, C. AU - Lindblad-toth, K. AU - Friedman, N. AU - Regev, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Trinity: reconstructing a full-length transcriptome without a genome from RNA-Seq data. Nat JO - Biotechnol. VL - 29 ID - Grabherr2013 ER - TY - JOUR AU - Simão, F. A. AU - Waterhouse, R. M. AU - Ioannidis, P. AU - Kriventseva, E. V. AU - Zdobnov, E. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - BUSCO: assessing genome assembly and annotation completeness with single-copy orthologs JO - Bioinformatics. VL - 31 ID - Simão2015 ER - TY - JOUR AU - Smith-Unna, R. AU - Boursnell, C. AU - Patro, R. AU - Hibberd, J. M. AU - Kelly, S. PY - 2016 DA - 2016// TI - TransRate: reference-free quality assessment of de novo transcriptome assemblies JO - Genome Res VL - 26 ID - Smith-Unna2016 ER - TY - JOUR AU - Haas, B. J. AU - Papanicolaou, A. AU - Yassour, M. AU - Grabherr, M. AU - Blood, P. D. AU - Bowden, J. AU - Couger, M. B. AU - Eccles, D. AU - Li, B. AU - Lieber, M. AU - MacManes, M. D. AU - Ott, M. AU - Orvis, J. AU - Pochet, N. AU - Strozzi, F. AU - Weeks, N. AU - Westerman, R. AU - William, T. AU - Dewey, C. N. AU - Henschel, R. AU - Leduc, R. D. AU - Friedman, N. AU - Regev, A. PY - 2014 DA - 2014// TI - De novo transcript sequence reconstruction from RNA-Seq: reference generation and analysis with trinity JO - Nat Protoc VL - 8 ID - Haas2014 ER - TY - JOUR AU - Conesa, A. AU - Götz, S. AU - García-Gómez, J. M. AU - Terol, J. AU - Talón, M. AU - Robles, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Blast2GO: a universal tool for annotation, visualization and analysis in functional genomics research JO - Bioinformatics. VL - 21 ID - Conesa2005 ER - TY - JOUR AU - Tatarenkov, A. AU - Bergström, L. AU - Jönsson, R. B. AU - Serrão, E. A. AU - Kautsky, L. AU - Johannesson, K. PY - 2005 DA - 2005// TI - Intriguing asexual life in marginal populations of the brown seaweed Fucus vesiculosus JO - Mol Ecol VL - 14 ID - Tatarenkov2005 ER - TY - JOUR AU - Pereyra, R. T. AU - Huenchuñir, C. AU - Johansson, D. AU - Forslund, H. AU - Kautsky, L. AU - Jonsson, P. R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Parallel speciation or long-distance dispersal? Lessons from seaweeds (Fucus) in the Baltic Sea JO - J Evol Biol VL - 26 ID - Pereyra2013 ER - TY - JOUR AU - Ardehed, A. AU - Johansson, D. AU - Sundqvist, L. AU - Schagerstrm, E. AU - Zagrodzka, Z. AU - Kovaltchouk, N. A. AU - Bergström, L. AU - Kautsky, L. AU - Rafajlovic, P. R. AU - Johannesson, K. PY - 2016 DA - 2016// TI - Divergence within and among seaweed siblings (Fucus vesiculosus and F. radicans) in the Baltic Sea JO - PLoS One VL - 11 ID - Ardehed2016 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Trapnell, C. AU - Pop, M. AU - Salzberg, S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome JO - Genome Biol VL - 10 ID - Langmead2009 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Handsaker, B. AU - Wysoker, A. AU - Fennell, T. AU - Ruan, J. AU - Homer, N. AU - Marth, G. AU - Abecasis, G. PY - 2009 DA - 2009// TI - Durbin R and 1000 genome project data processing subgroup. The sequence alignment/map format and SAMtools JO - Bioinformatics. VL - 25 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Jombart, T. AU - Ahmed, I. PY - 2011 DA - 2011// TI - Adegenet 1.3-1: new tools for the analysis of genome-wide SNP data JO - Bioinformatics. VL - 27 ID - Jombart2011 ER - TY - JOUR AU - Kamvar, Z. N. AU - Brooks, J. C. AU - Grünwald, N. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Novel R tools for analysis of genome-wide population genetic data with emphasis on clonality JO - Front Genet VL - 6 ID - Kamvar2015 ER - TY - JOUR AU - Nei, M. PY - 1972 DA - 1972// TI - Genetic distance between populations JO - Am Nat VL - 106 ID - Nei1972 ER - TY - JOUR AU - Danecek, P. AU - Auton, A. AU - Abecasis, G. AU - Albers, C. A. AU - Banks, E. AU - DePristo, M. A. AU - Handsaker, R. E. AU - Lunter, G. AU - Marth, G. T. AU - Sherry, S. T. AU - McVean, G. PY - 2011 DA - 2011// TI - Durbin and 1000 genome project data processing subgroup. The variant call format and VCFtools JO - Bioinformatics. VL - 27 ID - Danecek2011 ER - TY - STD TI - Signorell A. DescTools: Tools for descriptive statistics. R package version 0.99.20. CRAN. 2017;297–309. ID - ref91 ER - TY - JOUR AU - Bray, N. AU - Pimentel, H. AU - Melsted, P. AU - Pachter, L. PY - 2016 DA - 2016// TI - Near-optimal RNA-Seq quantification JO - Nat Biotechnol VL - 34 ID - Bray2016 ER - TY - JOUR AU - Love, M. I. AU - Huber, W. AU - Anders, S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2 JO - Genome Biol VL - 15 ID - Love2014 ER - TY - BOOK AU - Oksanen, J. AU - Kindt, R. AU - Legendre, P. AU - O’Hara, B. AU - Henry, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - The vegan package ID - Oksanen2007 ER - TY - JOUR AU - Nei, M. PY - 1978 DA - 1978// TI - Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals JO - Genetics. VL - 89 ID - Nei1978 ER -