An empirical study of choosing efficient discriminative seeds for oligonucleotide design

BMC Genomics

Table 2 Evaluation results for nirS data set

	Efficient Discriminability			Discriminability			Efficiency
Weight	Cont	Spaced	Trans	Cont	Spaced	Trans	Cont	Spaced	Trans
7	0.0493	0.05717	0.05845	0.2952	0.3239	0.3327	0.02892	0.03411	0.03505
8	0.07998	0.08818	0.08992	0.4637	0.4877	0.499	0.05206	0.05835	0.05991
9	0.1073	0.1186	0.1191	0.6056	0.6374	0.6399	0.07727	0.08782	0.08781
10	0.1263	0.1425	0.1415	0.6991	0.7474	0.7443	0.09885	0.1155	0.1147
11	0.1406	0.1506	0.1528	0.7632	0.7766	0.7884	0.1175	0.1275	0.1315
12	0.1425	0.1558	0.1538	0.7793	0.8008	0.7941	0.1329	0.1379	0.1364
13	0.1438	0.1657	0.1657	0.7866	0.8397	0.8396	0.1449	0.1607	0.1597
14	0.1429	0.1697	0.1629	0.7833	0.8517	0.8278	0.1549	0.1712	0.1691
15	0.1401	0.1627	0.1659	0.7702	0.8193	0.8306	0.163	0.1807	0.182
16	0.138	0.1608	0.1637	0.7581	0.8132	0.8231	0.1687	0.185	0.186
17	0.138	0.1631	0.1647	0.7533	0.8148	0.8216	0.1734	0.1902	0.1913
18	0.1315	0.1622	0.1643	0.7224	0.806	0.8131	0.1754	0.193	0.1932
19	0.1299	0.1634	0.1639	0.711	0.7965	0.7985	0.178	0.1991	0.1987
20	0.1293	0.1513	0.1513	0.7037	0.7414	0.7419	0.1808	0.2003	0.2006
21	0.129	0.1536	0.1578	0.6972	0.7428	0.7569	0.1833	0.2041	0.2048
22	0.1284	0.1487	0.1491	0.6894	0.7169	0.719	0.185	0.2054	0.2057
23	0.1295	0.1504	0.151	0.6883	0.7014	0.7033	0.1873	0.2133	0.2136
24	0.1274	0.1538	0.1591	0.6747	0.6959	0.7036	0.1883	0.2193	0.2253
25	0.128	0.1496	0.1533	0.6714	0.6716	0.6727	0.1902	0.2224	0.2268

Cont indicates the continuous seed type, Spaced indicates the spaced seed type, and Trans indicates the transition-constrained seed type.

ISSN: 1471-2164