Method | 454 | CS | 454 | CS | 454 | CS | 454 | 454 | 454 | 454 | 454 | CS | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Amplicon | F2 | S1 | F5 | S2 | F5 | S2 | F4 | F6 | F7 | F8 | Total | ||||||||
MSV HCs | 1-2 | # | # | 6-8 | # | # | 7-10a* | # | # | 3-5 | # | 11-15 | # | 16-18 | # | 19-24 | # | HCs | # |
C0140 | GA | 1.566 | 112 | TCC | 664 | 136 | CCGgGc | 1.491 | 81 | TAT | 582 | CCTCG | 867 | TCG | 888 | CTACCG | 542 | Â | Â |
 | GG | 583 | 36 |  |  |  | CCGaGc | 431 | 55 | CAT | 390 | CCTAG | 816 | TTA | 288 | TCTTTA | 195 |  |  |
 | CA | 528 | 30 |  |  |  |  |  |  | TAC | 382 |  |  |  |  |  |  | 10.213 | 450 |
C0766 | GG | 1.525 | 114 | TCC | 360 | 140 | CCGgGc | 1.084 | 147 | TAC | 1.679 | Â | nd | TCG | 1.878 | CTACCG | 876 | Â | Â |
 | CA | 842 | 41 | CCC | 195 | 48 | CCGgAc | 506 | 41 | CAT | 601 |  |  |  |  |  |  | 9.546 | 531 |
C0913 | CA | 1.869 | 113 | TCC | 680 | 132 | CCGgGc | 1.221 | 145 | TAC | 1.556 | CCTCG | 1.195 | TCG | 1.816 | CTACCG | 2.153 | Â | Â |
 | GA | 1.157 | 58 | CCC | 287 | 54 | CCGgAc | 617 | 41 | TCC | 634 | CCTAG | 593 |  |  |  |  | 13.778 | 543 |
NA12760 | GA | 1.750 | 92 | TCC | 795 | 99 | CCGgGc | 1.566 | 104 | TAC | 2.825 | CCTCG | 1.669 | TTA | 2.056 | TCTTTA | 645 | Â | Â |
 | GG | 386 | 20 | CCC | 181 | 60 | CCGgAc | 339 | 55 | TAT | 981 | CTCAC | 599 | TCG | 1.696 | CTACCG | 605 |  |  |
 | CA | 319 | 19 | CTG | 184 | 0 | TGGgAc | 459 | 0 | TCC | 797 | CCTAG | 499 |  |  |  |  | 18.351 | 449 |
NA15029 | GA | 1.530 | Â | TCC | 767 | nd | CCGgGc | 1.046 | nd | TCC | 1.156 | CCTGC | 1.785 | TTA | 1.689 | TCTTTA | 377 | Â | Â |
 | GG | 805 |  |  |  |  | CCAgGc | 431 |  | TAT | 882 | CTCAT | 1.087 | TCG | 1.115 | CTACCG | 267 |  |  |
 |  |  |  | CTG | 475 |  | TGGgAc | 913 |  | TAC | 496 |  |  |  |  |  |  |  |  |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  | CAT | 420 |  |  |  |  |  |  | 15.241 |  |
NA15213 | GA | 1.326 | Â | TCC | 665 | nd | CCGgGc | 1.338 | nd | TAC | 278 | CCTCG | 1.178 | TCG | 1.496 | CTACCG | 929 | Â | Â |
 | CA | 349 |  | CTG | 171 |  | TGGgAc | 390 |  | TAT | 98 | CCTAG | 577 | TTA | 866 | TCTTTA | 551 |  |  |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  | TCC | 87 | CTCAT | 473 |  |  |  |  | 10.772 |  |
NA15385 | GA | 985 | Â | TCC | 374 | nd | CCGgGc | 702 | nd | TAC | 1.374 | CCTCG | 1.003 | TCG | 938 | CTACCG | 688 | Â | Â |
 | GG | 592 |  | CCC | 169 |  | CCGgAc | 239 |  | TAT | 673 | CCTAG | 322 | TTA | 782 | TCTTTA | 483 |  |  |
 |  |  |  | CTG | 88 |  | TGGgAc | 188 |  | TCC | 345 | CTCAT | 280 |  |  |  |  | 10.225 |  |
NA18502 | GA | 812 | 80 | TCC | 182 | 125 | CCGgGc | 265 | 139 | TAT | 1.453 | CCTCG | 415 | TTA | 856 | TCTTTA | 645 | Â | Â |
 | CA | 561 | 58 | CCC | 21 | 15 | CCGgGa | 56 | 0 |  |  | TTCAT | 65 | TCG | 418 | CTACCG | 267 |  |  |
 |  |  |  | CCG | (7) | 0 | CGGgAc | 39 | 0 |  |  |  |  |  |  |  |  | 5.995 | 402 |
NA18552 | CA | 3.490 | Â | TCC | 197 | nd | CCGgGc | 273 | nd | TAT | 225 | CCTCG | 1.653 | TCG | 1.756 | CTACCG | 1.525 | Â | Â |
 |  |  |  | CCC | 328 |  | CCGgAc | 340 |  | TAC | 1.058 |  |  |  |  |  |  |  |  |
 |  |  |  |  |  |  |  |  |  | CAT | 503 |  |  |  |  |  |  | 11.348 |  |
NA18858 | GA | 677 | 97 | TCC | 1.234 | 188 | CCGgGc | 623 | 124 | TAT | 1.490 | CCTCG | 1.327 | TTA | 1.087 | TCTTTA | 2.404 | Â | Â |
 | CA | 324 | 45 |  |  |  | CCGaGc | 218 | 51 | TAC | 822 |  |  | TCG | 404 | CTACCG | 633 |  |  |
 | GG | 205 | (16) |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | 11.448 | 505 |
NA19140 | GA | 314 | 57 | TCC | 706 | nd | CCGgGc | 234 | nd | Â | nd | CCTCG | 504 | TTA | 281 | Â | nd | Â | Â |
 | CA | 310 | 73 |  |  |  | CCGaGc | 42 |  |  |  | CTCAT | 130 | TCG | 62 |  |  |  |  |
 | GG | 105 | 24 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  |  | 2.688 | 154 |
Total | Â | 22.910 | 1.069 | Â | 8.702 | 982 | Â | 15.012 | 983 | Â | 21.787 | Â | 17.037 | Â | 20.372 | Â | 13.785 | 119.605 | 3.034 |