Copy number variation and cytidine analogue cytotoxicity: A genome-wide association approach

Kalari, Krishna R; Hebbring, Scott J; Chai, High Seng; Li, Liang; Kocher, Jean-Pierre A; Wang, Liewei; Weinshilboum, Richard M

doi:10.1186/1471-2164-11-357

BMC Genomics

Table 1 CNV regions identified in 197 DNA samples.

From: Copy number variation and cytidine analogue cytotoxicity: A genome-wide association approach

CNV_ID	Start	Stop	Size	AA	CA	HCA	Combined CNV Frequency
chr1CNV1	12789177	12834675	45498	0.036	0.024	0.050	0.035
chr1CNV2	94906770	94925850	19080	0.091	0.000	0.000	0.025
chr1CNV3	105966892	106000090	33198	0.055	0.000	0.017	0.020
chr1CNV4	147306690	147414362	107672	0.036	0.012	0.000	0.015
chr1CNV5	187665261	187809352	144091	0.000	0.000	0.083	0.025
chr1CNV6	195092486	195160949	68463	0.073	0.000	0.083	0.045
chr1CNV7	243707190	243713984	6794	0.000	0.036	0.000	0.015
chr2CNV8	41092376	41099005	6629	0.273	0.024	0.017	0.091
chr2CNV9	57281457	57295357	13900	0.000	0.036	0.000	0.015
chr2CNV10	89397452	89877778	480326	0.036	0.060	0.017	0.040
chr2CNV11	110228954	110315618	86664	0.036	0.012	0.050	0.030
chr2CNV12	184808081	184866619	58538	0.127	0.012	0.000	0.040
chr2CNV13	242566407	242653950	87543	0.000	0.084	0.000	0.035
chr3CNV14	6194326	6211038	16712	0.073	0.000	0.000	0.020
chr3CNV15	53003415	53010084	6669	0.000	0.048	0.017	0.025
chr3CNV16	65168286	65187636	19350	0.018	0.120	0.117	0.091
chr3CNV17	75535790	75610832	75042	0.000	0.036	0.000	0.015
chr3CNV18	101837214	101854561	17347	0.000	0.036	0.000	0.015
chr3CNV19	152997395	153028291	30896	0.000	0.036	0.000	0.015
chr3CNV20	163614102	163617940	3838	0.018	0.060	0.000	0.030
chr3CNV21	163701543	163710564	9021	0.000	0.012	0.283	0.091
chr3CNV22	166750382	166766442	16060	0.036	0.012	0.000	0.015
chr3CNV23	177371924	177397828	25904	0.000	0.072	0.000	0.030
chr3CNV24	189070613	189088009	17396	0.000	0.012	0.033	0.015
chr3CNV25	192548615	192550982	2367	0.000	0.120	0.000	0.051
chr4CNV26	64386888	64391664	4776	0.000	0.024	0.033	0.020
chr4CNV27	64780488	64795145	14657	0.000	0.000	0.050	0.015
chr4CNV28	88405746	88445557	39811	0.055	0.000	0.000	0.015
chr4CNV29	104433739	104454829	21090	0.091	0.000	0.000	0.025
chr4CNV30	161277505	161290832	13327	0.000	0.060	0.000	0.025
chr4CNV31	162083578	162175279	91701	0.000	0.012	0.083	0.030
chr5CNV32	9955403	9976731	21328	0.036	0.036	0.000	0.025
chr5CNV33	97075236	97107276	32040	0.036	0.036	0.000	0.025
chr5CNV34	117418457	117420311	1854	0.109	0.060	0.000	0.056
chr5CNV35	120337992	120440119	102127	0.055	0.000	0.000	0.015
chr5CNV36	160474752	160479606	4854	0.000	0.000	0.050	0.015
chr2CNV37	67076651	67104015	27364	0.018	0.181	0.000	0.081
chr6CNV38	79031111	79086086	54975	0.255	0.410	0.083	0.268
chr6CNV39	93632051	93634213	2162	0.073	0.000	0.017	0.025
chr6CNV40	167619368	167688151	68783	0.055	0.000	0.000	0.015
chr7CNV41	64334979	64553672	218693	0.000	0.024	0.033	0.020
chr7CNV42	76038186	76394983	356797	0.073	0.036	0.033	0.045
chr7CNV43	81761377	81761849	472	0.000	0.000	0.050	0.015
chr7CNV44	89187436	89247424	59988	0.036	0.012	0.000	0.015
chr7CNV45	141420759	141433796	13037	0.036	0.060	0.067	0.056
chr8CNV46	3775146	3776955	1809	0.055	0.036	0.050	0.045
chr8CNV47	3987675	3990899	3224	0.073	0.000	0.000	0.020
chr8CNV48	5583294	5591685	8391	0.018	0.036	0.000	0.020
chr8CNV49	13643904	13652680	8776	0.036	0.012	0.000	0.015
chr8CNV50	13657871	13680110	22239	0.182	0.012	0.000	0.056
chr8CNV51	16307052	16309085	2033	0.018	0.048	0.000	0.025
chr8CNV52	72378670	72378984	314	0.000	0.036	0.000	0.015
chr8CNV53	137757412	137919630	162218	0.018	0.036	0.000	0.020
chr9CNV54	507715	513495	5780	0.055	0.000	0.000	0.015
chr9CNV55	581094	597738	16644	0.073	0.000	0.000	0.020
chr9CNV56	5376384	5382199	5815	0.109	0.000	0.000	0.030
chr9CNV57	9782326	9786116	3790	0.000	0.000	0.050	0.015
chr9CNV58	11941204	12175185	233981	0.018	0.000	0.067	0.025
chr10CNV59	20891019	20894574	3555	0.000	0.036	0.033	0.025
chr10CNV60	45489854	47173619	1683765	0.200	0.157	0.050	0.136
chr10CNV61	58186118	58188682	2564	0.036	0.024	0.000	0.020
chr10CNV62	58583657	58603555	19898	0.000	0.000	0.067	0.020
chr10CNV63	122759910	122774261	14351	0.127	0.000	0.000	0.035
chr10CNV64	135116379	135219995	103616	0.073	0.060	0.017	0.051
chr11CNV65	5858528	5889688	31160	0.000	0.000	0.050	0.015
chr11CNV66	21145662	21170916	25254	0.109	0.012	0.000	0.035
chr11CNV67	25574425	25580720	6295	0.036	0.012	0.000	0.015
chr11CNV68	25662734	25676867	14133	0.127	0.012	0.000	0.040
chr11CNV69	55139733	55201444	61711	0.036	0.120	0.267	0.141
chr11CNV70	55217364	55346872	129508	0.036	0.000	0.000	0.010
chr11CNV71	81182373	81192815	10442	0.018	0.120	0.117	0.091
chr11CNV72	99154024	99156143	2119	0.000	0.012	0.050	0.020
chr11CNV73	132499814	132509446	9632	0.000	0.036	0.000	0.015
chr11CNV74	134154053	134211153	57100	0.018	0.036	0.000	0.020
chr12CNV75	7888157	7982106	93949	0.018	0.000	0.050	0.020
chr12CNV76	19364102	19442103	78001	0.000	0.024	0.017	0.015
chr12CNV77	31180151	31298076	117925	0.036	0.060	0.017	0.040
chr12CNV78	62269256	62415375	146119	0.036	0.012	0.033	0.025
chr12CNV79	69162075	69162165	90	0.018	0.024	0.033	0.025
chr12CNV80	126056007	126056525	518	0.055	0.000	0.017	0.020
chr12CNV81	127794683	127830402	35719	0.000	0.012	0.017	0.010
chr12CNV82	130297674	130314013	16339	0.000	0.024	0.017	0.015
chr12CNV83	130368913	130378451	9538	0.036	0.024	0.033	0.030
chr14CNV84	43576901	43584372	7471	0.000	0.000	0.133	0.040
chr14CNV85	85358666	85376726	18060	0.018	0.024	0.000	0.015
chr14CNV86	85540054	85557089	17035	0.000	0.036	0.000	0.015
chr14CNV87	105997070	106237639	240569	0.073	0.157	0.067	0.106
chr15CNV88	30298847	30301633	2786	0.073	0.012	0.033	0.035
chr15CNV89	32530025	32587887	57862	0.127	0.072	0.067	0.086
chr15CNV90	32724681	32757729	33048	0.000	0.036	0.000	0.015
chr17CNV91	6047837	6061766	13929	0.036	0.012	0.000	0.015
chr17CNV92	14988424	14998870	10446	0.000	0.000	0.117	0.035
chr18CNV93	1915033	1964966	49933	0.018	0.036	0.000	0.020
chr18CNV94	64898548	64905367	6819	0.018	0.036	0.333	0.121
chr18CNV95	65360121	65362926	2805	0.000	0.036	0.017	0.020
chr19CNV96	15641747	15690364	48617	0.091	0.000	0.000	0.025
chr19CNV97	20423788	20473895	50107	0.109	0.084	0.033	0.076
chr19CNV98	48066441	48387680	321239	0.127	0.084	0.133	0.111
chr20CNV99	14729882	14770129	40247	0.036	0.036	0.000	0.025
chr22CNV100	17270615	17376565	105950	0.036	0.000	0.033	0.020
chr22CNV101	20718332	21554058	835726	0.218	0.253	0.167	0.217
chr22CNV102	23994408	24239811	245403	0.055	0.060	0.033	0.051
		Total	7805201
		Average	76522
		Median	19624
		Minimum	90

The 102 CNV regions identified using the 197 DNA samples obtained from 3 ethnic groups.

Back to article page

ISSN: 1471-2164

Contact us

Submission enquiries: bmcgenomics@biomedcentral.com
General enquiries: ORSupport@springernature.com