The mitochondrial genome sequence of the ciliate Paramecium caudatum reveals a shift in nucleotide composition and codon usage within the genus Paramecium

Table 3 Comparative codon usage in the mtDNA of T. pyriformis, P. caudatu m and P. tetraurelia

		T. p.	P. c.	P. t.			T. p.	P. c.	P. t.
Ala	GCG	0.03	0.03	0.08	Pro	CCG	0.07	0.03	0.03
	GCA	0.32	0.41	0.20		CCA	0.36	0.42	0.16
	GCT	0.57	0.54	0.30		CCT	0.54	0.51	0.27
	GCC	0.07	0.02	0.41		CCC	0.03	0.04	0.54
Cys	TGT	0.86	0.85	0.24	Gln	CAG	0.06	0.14	0.58
	TGC	0.14	0.15	0.76		CAA	0.94	0.86	0.42
Asp	GAT	0.81	0.81	0.36	Arg	AGG	0.02	0.17	0.45
	GAC	0.19	0.19	0.64		AGA	0.95	0.74	0.16
						CGG	0.00	0.00	0.03
Glu	GAG	0.08	0.17	0.70		CGA	0.00	0.02	0.11
	GAA	0.92	0.83	0.30		CGT	0.02	0.06	0.06
						CGC	0.00	0.01	0.18
Phe	TTT	0.89	0.95	0.62
	TTC	0.11	0.05	0.38	Ser	AGT	0.21	0.24	0.07
						AGC	0.06	0.09	0.27
Gly	GGG	0.03	0.05	0.27		TCG	0.03	0.03	0.12
	GGA	0.16	0.19	0.20		TCA	0.32	0.20	0.10
	GGT	0.78	0.73	0.16		TCT	0.34	0.42	0.24
	GGC	0.03	0.04	0.37		TCC	0.04	0.03	0.20
His	CAT	0.69	0.69	0.31	Thr	ACG	0.01	0.03	0.22
	CAC	0.31	0.31	0.69		ACA	0.53	0.45	0.18
						ACT	0.41	0.49	0.23
Ile	ATA	0.62	0.42	0.21		ACC	0.06	0.03	0.37
	ATT	0.33	0.53	0.33
	ATC	0.06	0.05	0.46	Val	GTG	0.04	0.06	0.19
						GTA	0.49	0.35	0.20
Lys	AAG	0.04	0.11	0.64		GTT	0.42	0.55	0.30
	AAA	0.96	0.89	0.36		GTC	0.06	0.04	0.31
Leu	TTG	0.03	0.09	0.13	Trp	TGG	0.03	0.01	0.48
	TTA	0.75	0.74	0.14		TGA	0.97	0.99	0.52
	CTG	0.01	0.01	0.09
	CTA	0.13	0.05	0.15	Tyr	TAT	0.82	0.79	0.38
	CTT	0.07	0.11	0.19		TAC	0.18	0.21	0.62
	CTC	0.01	0.01	0.31
					Stop	TAG	0.00	0.00	0.39
Met	ATG	1.00	1.00	1.00		TAA	1.00	1.00	0.61
Asn	AAT	0.79	0.77	0.34		rare	28	23	5
	AAC	0.21	0.23	0.66		Nc	31.5	33.5	52.1

Bold values indicate the most frequent synonymous codons for each amino acid and species, italic values indicate rare codons. The overall number of rare codons (rare) and the effective number of codons (Nc) are also given for each species.

ISSN: 1471-2164