Skip to main content

Table 3 Comparative codon usage in the mtDNA of T. pyriformis, P. caudatu m and P. tetraurelia

From: The mitochondrial genome sequence of the ciliate Paramecium caudatum reveals a shift in nucleotide composition and codon usage within the genus Paramecium

   T. p. P. c. P. t.    T. p. P. c. P. t.
Ala GCG 0.03 0.03 0.08 Pro CCG 0.07 0.03 0.03
  GCA 0.32 0.41 0.20   CCA 0.36 0.42 0.16
  GCT 0.57 0.54 0.30   CCT 0.54 0.51 0.27
  GCC 0.07 0.02 0.41   CCC 0.03 0.04 0.54
Cys TGT 0.86 0.85 0.24 Gln CAG 0.06 0.14 0.58
  TGC 0.14 0.15 0.76   CAA 0.94 0.86 0.42
Asp GAT 0.81 0.81 0.36 Arg AGG 0.02 0.17 0.45
  GAC 0.19 0.19 0.64   AGA 0.95 0.74 0.16
       CGG 0.00 0.00 0.03
Glu GAG 0.08 0.17 0.70   CGA 0.00 0.02 0.11
  GAA 0.92 0.83 0.30   CGT 0.02 0.06 0.06
       CGC 0.00 0.01 0.18
Phe TTT 0.89 0.95 0.62      
  TTC 0.11 0.05 0.38 Ser AGT 0.21 0.24 0.07
       AGC 0.06 0.09 0.27
Gly GGG 0.03 0.05 0.27   TCG 0.03 0.03 0.12
  GGA 0.16 0.19 0.20   TCA 0.32 0.20 0.10
  GGT 0.78 0.73 0.16   TCT 0.34 0.42 0.24
  GGC 0.03 0.04 0.37   TCC 0.04 0.03 0.20
His CAT 0.69 0.69 0.31 Thr ACG 0.01 0.03 0.22
  CAC 0.31 0.31 0.69   ACA 0.53 0.45 0.18
       ACT 0.41 0.49 0.23
Ile ATA 0.62 0.42 0.21   ACC 0.06 0.03 0.37
  ATT 0.33 0.53 0.33      
  ATC 0.06 0.05 0.46 Val GTG 0.04 0.06 0.19
       GTA 0.49 0.35 0.20
Lys AAG 0.04 0.11 0.64   GTT 0.42 0.55 0.30
  AAA 0.96 0.89 0.36   GTC 0.06 0.04 0.31
Leu TTG 0.03 0.09 0.13 Trp TGG 0.03 0.01 0.48
  TTA 0.75 0.74 0.14   TGA 0.97 0.99 0.52
  CTG 0.01 0.01 0.09      
  CTA 0.13 0.05 0.15 Tyr TAT 0.82 0.79 0.38
  CTT 0.07 0.11 0.19   TAC 0.18 0.21 0.62
  CTC 0.01 0.01 0.31      
      Stop TAG 0.00 0.00 0.39
Met ATG 1.00 1.00 1.00   TAA 1.00 1.00 0.61
Asn AAT 0.79 0.77 0.34   rare 28 23 5
  AAC 0.21 0.23 0.66   Nc 31.5 33.5 52.1
  1. Bold values indicate the most frequent synonymous codons for each amino acid and species, italic values indicate rare codons. The overall number of rare codons (rare) and the effective number of codons (Nc) are also given for each species.