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Table 5 Sequences of box H/ACA snoRNA genes in E. histolytica

From: Computational prediction and validation of C/D, H/ACA and Eh_U3 snoRNAs of Entamoeba histolytica

ACA-Eh-SSU1315 TGCAAGTCTCCAC AGATTGACATAAAGAATGTCTTATCTACTAAGA CTTTGCAAGATTA AAACAAGTTTTAAACTCACGAGTAATATTGAATATTCGTGTTAATAGGGCTTGGAAATA ATC
ACA-Eh-SSU631 ATAAAGTGGAAAATTCTA TGGATGCAAATTTTTTTGCATCTTTTTTCTTT TTTGTAAATTA TTTAGATGCATTTT TTCTTTGCTAATTTTCGTACCCATAAGAAGAAAGAATAACAGAAATTTAA TGTATTATA TTT
ACA-Eh-SSU1727 CTGTGTTTAAAGT CCAAAGATCTTCAGTTATTCGAATTGCTTCTTTGGATAAT GAAAGACAGTAAAATGA GATTGATGTGAACTGTGGGACAACATTCTTGATGTCACTTTCACAATTCACACCAGTTGACA GTC
ACA-Eh-SSU626 TCCACTTCACAAAAATGACACTCATACAGAAGAGTGTGTTTTGGTATTTGACGTAGTGGAAGATTA TTTGCTTAGTAATTC TATTGATATGACTATTTCTATCAATCCTACGA ACTATGCAACA TCA
ACA-Eh-SSU461 TGACTGAGTATGTATTTTGTTCATTTTGTCATCAGCTTGGATATTATTTGTTTATCATTCGATTTAAATAA AATAATAAGGTGTTGT GTTATAATTATAGTTAAGATGGATATAATTCATGACTATC ACCTTATTTACA CCT
ACA-Eh-SSU1675 TGCAGTTATCCCCTCGTTTTAATTAGTATTAAAACGAACCATTATTATACTGCAAAATTA ATTTGCTTTATTTTT AAGGTTTATTTTACTATATTATTTACCTTCTATTTTAA AGCAATAAACA ATT
ACA-Eh-SSU526 GCATAGTTCGTAG GATTGATAGAAATAGTCATATCAATAGAATT ACTAAGCAAATAA TCTTCCACTACGTCAAATACCAAAACACACTCTTCTGTATGAGTGTCATTTTTGTGAAGTGGAATA AAT
ACA-Eh-LSU3008 GGATTTATCGAAG CATTAATATACTGAAGATAGTGATTAATGTCAAA TATAATCCAATAACA GTGGGTAAGAACTTATGATAAAAGTTTTATTTCTTTGAATAAAATTTTATTGTATTACTCTACA TTT
ACA-Eh-LSU1172a TTATTTGTGAAGTGATTATT AATCAGTTTATATAATTGATTTTAGT CATATTTAATAAATAACA TTTTTGTATGTTTCACATATTTATAATTCATTCATTTTAATTCATAAGTTAATTTATAAATACATACAAAATACA TTT
ACA-Eh-LSU1172b TATATTATATAATGTCATTGGACTTACTTTTAAATTATCAGAGTGGCACAAAGATTTTATATTTATGACATTA GTCAACAAAGATATTGACTTATT TCGTAATTCTATTATTTATGGAATTGTGATTAGT ATCTAACA ACA
ACA-Eh-LSU1107b AAATAATTTTTTATTAAT ATTGTTTTTATTTAAAAATACATAAAATGTATTTTTAAATTAGAGGAAATA GAAAATATTTAAAAATAA ATGAATAAATTTATC GATAATTTAACATAACAGTTTGTTTTGTTTATTGGTTTGA AATTCAAACA TCA
ACA-Eh-LSU1650 TACACAATCCAAA GGATGTACAATTTTTTATTTTATGTCCATGTT AATTGTGTGAGAGAA TTCTTGAAATATTGTTTAATTCTTATTGAATTGAAATATTATTTTTCAAGGTACA AAA
ACA-Eh-LSU3087 GGTGCTCCAGCT AGGCTAAACTCTTTTAGTTGTAGACCTCGTT TAAGATCACCTAGAGTA AAAGATATTATGAAAAAAAAAAGAAGACATTATTCAATTAATAATGTTTTAAATTCATAATAAATA AAT
ACA-EH-LSU2791 AAGTTAGAGTGGAAT GTTTGTTAAACAAAAAGTAGTTTAAAACTACTTAAAATAGTCAA TTTTTAATTTAAATTA ATTGTAGGAGTTGTTGGTTATGTGTTTGAGTAAGTTTAAATTGTTAATTTACTAAAACATGACGAAATCATTTTTTCATAACA AAA
ACA-Eh-LSU3155 GTAGTTCAATTGAAATGATGATAATATTCTCTGTATTCTAATCATTTTATAAATGAAGTGCAGACAATA ATGTTCCAAAGATATCTGATCTA TTGAAATAATGAATTGAATATTTTAATTTGAATTTTAATACTTT TCATATTTTAATA AGA
ACA-Eh-LSU3221 TCTTTGTTTGATT CTATTTTACTTCAAATGAGGAAGTGTAATTCATTGAAGTATTGGTATAGAATAA CCATTAAAAGAAGATAA ATAATTTTAATCAGACTGTACATTGTTTGAAATAAGGAACATGTGTATTTAATTGGAATATAACA ACA
ACA-Eh-LSU1159a AAATAAAAACAACAA TAATGTTTATATAACATTCAATAAAATATTTTGTTG TTTTTCATTTAAATAAAA TATGTTGTGAAGAATATTTCAAAAAAAGTAGAATTATAGTTGTTTATTTCAAATGAATATGAAATGTTTTTAATAATAAATA ACT
ACA-Eh-LSU2700 TGAGACAGTTTGAAGAATGGACAAATAGAAAGGTAGGAGGTGTATTATTTGATTCGTCTGTCTCTGACTGGAATCAGAGAACA TCTGTTTGTGACA AAATGTTAATTGGGAAAGAGCATATTTTGTTTGTTATAGAAGACA CAA
ACA-Eh-LSU1080 GCTTTCCTT ACAACGGCAAAGACATTTTATTCTTTGTGCAGTGGGAATA GAAAGCTATATTA ATATTGGTGCTTTACCCTTGAAAATTTCTTTTAATTTTTAAGTCAAAAACATCATATA ATT
ACA-Eh-LSU1343 AGATGGTCAA AGTTAGTGTTGCACATATGATGATTTTATAAGCAGTCATATGAAGCCGAATGAAT TTATCTAATACATAGA CTATTATGTATCGCAGCTTAACATCAAAGGTGGAGTTGTGTTATTGATAGATA TAA
ACA-Eh-LSU2997b GGAGTGATAAAGC GGATTGGTAATAGAATAGTGTTAACAATCTCGTC AGAATCTCCTAGATTGA TTATTATGTTGTATTTTCCCATGAAAAATGAATTCATTTTATCATTTAAAAAATACAATATA TTT
ACA-Eh-LSU339 TGCTACATGTGTTTTTC CATCTTTTTTTGAAGAGACAAAGGATGATTTA GTATGTAGTAATACTA GTGACAAAGAAAATATAATAAGAGAAATGATTAGGTTATATCCTTTAATATTTAATGTTTGTTGTTCTTTTTCAATTACA AAA
ACA-Eh-LSU1123 TGATTGATAGT TTGATTTGGTTTATTCTGAAAATAAAATGTAGAATTATTTATCTT GTCAAACATTGA TAATCAACCGTGCTTATTCATTGTTTCATATTGATATTCTTAATTTCACATTATCAACGAATGAAACGTGTTGTACA AAC
ACA-Eh-LSU1005 TTTTGAGAATTGAAAATATTTATTAAATATTTATTTTATTCAATAGTAAAGGTTTTTAATTTTCAAAACAAGAAAA TAATGTTTGTGATAAAACAAAGT CATTTTTCATCCATAAAATGAAAAAGGAGTTTGC TACAAAAAAATA GTC
ACA-Eh-LSU1236a TATGGTGTTAGTGTTTGATAGAAAATTTCTTATTCAATACTTCAAGAATATTATTGGACATTTATTATAATAGAA GAACGTGTATT TGTAAAGATAATAGTATTTTTACTTGTTCTGATGCAAGTAT ATGTGTTAATA TAG
ACA-Eh-LSU1236b TATGGTGTTAGTGTTTGATAGAAAATTTCTTATTCAATACTTCAAGAATATTATTGGACATTTATTATAATAGAA GAATGTGTATT TGTAAAGATAATAGTATTTTTACTTGTTCTGATGCAAGTAT ATGTGTTAATA TAG
ACA-Eh-LSU1107a GCAAAATATAATAAATGGAAAATTCTA TGGATGCAAATTATTTTGCATCTTTTTTCTTT TTTTGCAAATTA TTTAGATGCATTTTTTCTTTGCTAAT TTTCGTACCCAGTGTGATATGTCAATGAAAATGGAGAATGC AAAAGAATGAATA ATT
ACA-Eh-LSU2288 AGCATATACCTTT CTCACTATATTATTGTAGCGAGACATTCAGAG ATGCTAAGAATA AATGAATATTCATTTAACTTCTCTT TTATTACTTTAATGGTTTGAAAGAA TAATGAATATTCGATA TCT
ACA-Eh-LSU1159b TTATGTGAAATTCGATAA AATATTTTATTTTTTAAAAAATATTTTGTTG TTTTTCATTTAAATAAAA TAATATGAT GAAAATTTTAAAAGTGAAGAAATGAAGTTATTTATTTCAAATGAATATGAAAGGTTTTTTAATAAT ATTAAATA AAT
ACA-Eh-LSU2997a TGTTCCTGAAAGC GCAGAGACGCACTAGCGTTGTCTGTCGTCGC ATTGGGAACAACAGAGA AGGATGATTCCATAGTGGGTGAGATGGCAATGATGCTGTTTCAATGTGGGATTGTACA GTT
ACA-Eh-5.8S80a TATAATGTAAATACT GATATGGGGTTTATGAAAACTATAAACAATATCATTTTATT CATTGTGTAAAGTA ATAAAACACTTTTAATAATAGTACTAAAGTGAAGGGTATTATTTTAGAATATTATGAAAACTGTATA AAA
ACA-Eh-5.8S80b ATTTTTATTGATGCAAAATATT TAGCAACATTTTTATTGATGCAAAATATTTT GAAATAAAAATAAATCA TCATTTGATATTATTAATATATTTGATAATAAATTATATTATATATTAAATACATCATA TTT
ACA-Eh-SSU740 ACCTCCAAGACATTTCATACTTAAATTAAAACTTAAAGGAAGTTATGATTCTGATGAAGGTAAATTTGGAGGTAAAGAA CAAGGAATATTAGAATTT GATTTCTTTATTAAAACAATTCAAAGTAATA TTCCTAGACA TCT
ACA-Eh-SSU188 AGAGATGTACT TAGTATGGATAACATGTATAGTGCATGGAATCCTCAATTAC TTATTTCTATAAAA ACTCCTCAAGCTGTTAATGTTGCCAATGCTTGTACTCTTACCATTCATTGGCAATTTGATGTTACA TTG
ACA-Eh-SSU1216 GTTATGAAGAGGTTCTATTATCTGTTTATCTATTGAATTATAAGGAACTGGTTCAGGACAGAGAA ATGAATCAGTTGGAGGTGTT TGTTTTTGGAATTCATTAAATGAAAAGAAGAAATTGTCA CAACAGTCTGAAATA AGC
ACA-Eh-SSU299 CCATACGTTCTTTATTGGAGGCAGTCCTTATTTTGTAGAAGAAAATAAGATTTTACTTCAATCTCAAAAAACAAATGGAAACGA AGCGGTTTTAATGACAGA AGAAGAGATGAGATCATTTTATGACATTTTTGATTATTTATCTTCTTCTCA ATTACAAACCACA AAA
ACA-Eh-SSU1212 TTATCATCATCAAAGAAATTTGTTATTAATGATTGCTTTGGTTGTGATGGCTGCATAGGA ACAGCGACTTGGTGTTGATT AAGATAAGGGTTAAAAGTACTTTGTTGAAATTGAG GTTGTTGAATA TAT
ACA-Eh-LSU2809 AGTTACTGTGCAATTTTTTGTGGGTTGAACAGTTTTCCAATTCTGATTAATTGTAAGCATAGAACTAAAACAA TCATCAACAAGAGTCATTTCAGAAT AAACAGTAATAGAGTCACAATCAATTTCTGAATATTTG TTATGTGTTCTTGTACA ATC
ACA-Eh-LSU2335 GATTGAATATTTTCA GTTACTTCATGAACATGAGGTTTAGGAGGAATTGTTACT ATTTGGTTTAAAATAA CAGAATTTATACTTTCTGTTATTGGTTCAAAAAATGAATTTGATGGAAAGATAACACA TAA
ACA-Eh-LSU2493 GGGCTTTAGAGTT GTGTATTTTTTCTTTTAACCAATTTCTACAAATGGTGTGAGCATGGTT ATAAAGTTCAAATGA AAGTGGAGTAGAGGTGTTGTATTTAATCTTATCAAAATCTACTGCTTTATTTAATA AGT
ACA-Eh-LSU1176 GGTGGATATATTGTT AAGAATAGTTTTGGATACCAACATGGTCATTCATTAAAATATTGGCTTCA ACAACATTCTATTAAAGAA GAAATGCAAATATGTCCTAATGTACGTTCGTTTGAACAATGGACTCCATTAGATGAGGATTGTATTAATA AAC
ACA-Eh-LSU2268 TACTAAGACAAATTTGTCCATTTGGAAATACATTTGGATGGAAAAATCCTTCTGGTAAATAACA ACGTGGTGGTGATGCTGGGTA TCCAGTAGAAAATTTCATTTCTACTGGATAAT AACCATTTTCCCATA TCG
ACA-Eh-5.8S84 GTTTTGAGTTATTTTTGAA GATGATTGTTTATTTTCATTTTCATCTTCAC TTTCAAAGCCAAAATCA TCGAACACAGAGTTTTTATCTTTTTGTGGTTCTACAAGGGTTGTAGTTTGACTTGAAGGAATAACATTATTTTGACTAGACA ATC
EhACAOrph1 GCATTGCTTTTTTTGATAAATACTTATTTATTTATCTTCGCCGCAATGCAAGAAAA TATTTCAATTAGCAGTGCTTTCTTTAAAGGAGGAAATCACGATATAATTGAAGACA TTA
EhACAOrph2 TTTCAAATAGAATTTCCCGGAGAAATACCACAAAAGGGTGTGAAATGGGTTTTTGAAATAGAATGA ACTGATTTATTAAATCAGATATGTCGCTTTCAAACGATGGACGACGTATGAGGGGAGTGAATGATA GAA
EhACAOrph3 TTGTTTTTTGATTAAACCACAATTTTTATAATATGAAAAGATAATTGTGTTTGGACAATTTAAAACGAAAAGAA ATAGCGATTTAGGGTAGTTCATTCTATGTAAATATAAATGAACACTATTTAATCGCAATA TTA
EhACAOrph4 GCAAAGGGTTAGTATTTTATTTAGTTATTGAAATTAGATAAAAACACCCTGTGCAAGACAA ACGTGTAGATCCTAATAAAGAGAAGTCTTGTCTATTTCTTTTTATCTGTCTACAAACA AAT
EhACAOrph5 TGAGACTCTACGGTTATTAATTTATATGAATTAATAATAACCGAGTTCTCAAACAGAA AATAATCATATAAGGTATATAAAATAATAACAAATAAGATGTTATGATAATTAGATTATATGATAATA ATT
EhACAOrph6 GACATGCCATAAACAATGTTTTGTATAACATTTACGACTATCATCATAAATGTTTTATAAAACACTCCGTGTCACAGTA TTAAAGTGACCGTAATGTTAGGGAAGTTTCCCGAAAAGTAGGGACAACAAATCCCTAACGACAAAGGTGTCACACA AGT
EhACAOrph7 GTCATCCCTTCAGATCATGGAATTACATTCAACACTAATCTGGGAGATGATGACAAAAATAA TGTCATTGAGGAGCATGATTCATTTGAGTCTGTTGAATATCTTTATGATCGTAATCTCGATGATA ATC
EhACAOrph8 CCAAATAACAAAAAGAAGAGCATTAATTAGAAAGAAAAAGAATGACTAAGGTTATTTGGTAAATTA ATAGTGATAAAAGGAAACATAGTTCAAAAGAGGAGTGAGCTATGTGATTGTTTAACACAACA AAG
EhACAOrph9 GCAAATGATATTCGTATATCAATTTTCAAGTTAATTGATTTGTTATTGTTTGCGAGAAAA ATTAAAGATAGAAGTTATTTATATCTTTTGGTATAAATAAAAGAGAATCTTTGAACA TTA
EhACAOrph10 ATTAGAAGTAAAGTGAGGATAACTTAATAACTCTGTTGTTCTTATTTGTATTGAGTTGGTCAACAGATAA CAATGGACAATTATAATATAAACATTTTATTATATTTGGTGTTTCTAATTTAAATAAAATGTTACATTGTTGAACA ATT
EhACAOrph11 TTGGATTTAATTGTACATTATGTCCAGCTTGTTGAGTTAAATCTGGCAGTGGAATAAGTCCAACAGATAA TAAGAGACAATCACACTCAATTTCATATTCTGTTCCTGCAATTGGTGCAAGTGTCTTTGGATCACA TTT
EhACAOrph12 GGTTTATCATCTTCAAATCCAATGGCTGATGCTATTTCTTTGATTTGGTTAAAAGACTCAAAATA TTCTTCTTCGACAAATTTTGATTGTTCATCTAATTGATGTTTTAATTCTAAAATTTGTTGAATATA ACC
EhACAOrph13 ATTATTTTGGATAATGCTAATGTTGATTTACAGGATGTTATTCGTGATAATGTGAAAATA AAAGTTCATGTTGGTCGTGGTATTGTAGTTGGAGGATTTCAGGGATCGGATGCCGCGGATGTTGAAGCTGCATA TAA
EhACAOrph14 ATCATTAGAACATGTAAATGATGATAGTTCTGTGTCAGAAACACCAAACATCCCTTTTACTTTAGCTGATGATAAAACCA ATTCAATAACTAGTGAAATAGCTTTTTGTTGTTTATTATAATAATATTTATCACTAATACCATTGAAACA AAA
EhACAOrph15 GTAGTGGAACAATAAAATGACTATTAGGTAGTGATAGATAGTCATTATCATCAATAATTATTTTCTCTATTACTACAGCA CTATTTAATATTTGTAATTCTACAGAAGTTTCATTTTTCTTAAGAGTATAAAGAAAAGGTGGATA ATG
  1. Note: Box H and box ACA are depicted in bold. Antisense elements are in italics.