The diversity of cyanobacterial metabolism: genome analysis of multiple phototrophic microorganisms

Beck, Christian; Knoop, Henning; Axmann, Ilka M; Steuer, Ralf

doi:10.1186/1471-2164-13-56

BMC Genomics

Table 4 Comparison of metabolic key enzymes: Glycolysis and Calvin Benson cycle.

From: The diversity of cyanobacterial metabolism: genome analysis of multiple phototrophic microorganisms

	Glycolysis											Calvin Benson Cycle
	GPI	FBP	SBP	FBA	TPI	PFK	GAPDH	PGM	ENO	PYK	PGK	RPI	TKT	TALDO	PRK	RPE	RBCO
Aca11017	••	••	••	••	•	•	••	• • •	•	• • •	•	••	•	• • •	•	•	••
Cyn51142	•	•	•	••	•	••	••	• • • • ••	•	• • •	•	•	•	• • •	•	•	••
Cyn8801	•	•	•	•	•	••	••	• • ••	•	••	•	•	•	••	•	•	••
Glo7421	•	•	•	••	•	-	••	• • • • •	•	• • •	•	••	•	••	• • •	•	••
Mic843	•	•	•	•	•	••	••	• • ••	•	• • •	•	•	• • •	•	•	•	••
Nos7120	•	•	•	••	•	•	• • •	• • ••	•	••	•	•	••	••	••	•	••
ProMed4	•	-	•	•	•	-	••	••	•	•	•	•	• • •	•	•	•	••
Pro9211	•	-	•	•	•	-	••	••	•	•	•	•	•	•	•	•	••
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SycJA23	•	•	•	•	•	•	• • •	• • •	•	••	•	•	•	•	••	•	••
Syc7002	•	•	•	••	•	•	••	••	•	•	•	•	•	••	••	•	••
Syc7803	•	-	•	••	•	-	• • •	••	•	•	•	•	•	•	•	•	••
Syc7942	•	•	•	•	•	•	• • •	• • ••	•	•	•	•	•	•	•	•	••
Syn6803	•	•	•	••	•	••	••	• • ••	•	••	•	••	•	•	•	•	••
ThermoBP1	•	•	•	•	•	•	••	• • ••	•	••	•	•	•	•	•	•	••
Trich101	•	•	•	••	•	-	• • •	••	•	•	•	•	•	• • •	••	•	••

A summary of the genes involved in central carbon metabolism: Glycolysis and the Calvin Benson cycle. Black dots represent the number of genes assiated with CLOGs assigned to the respective enzymatic function. The table does not distinguigh between individual CLOGs assigned to the same enzymatic function. Abbreviations are: GPI Glucose-6-phosphate isomerase (5.3.1.9), FBP Fructose-1,6-bisphosphatase (3.1.3.11), SBP Fructose-1,6-/Sedoheptulose-1,7-bisphosphatase (3.1.3.37), FBA Fructose-bisphosphate aldolase (4.1.213), TPI Triosephosphate isomerase (5.1.3.1), PFK Phosphofructokinase (2.7.1.11), GAPDH Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (1.2.1.12/59), PGM Phosphoglycerate mutase (5.4.2.1), ENO Enolase (4.2.1.11), PYK Pyruvate kinase (2.7.1.40), PGK Phosphoglycerate kinase (2.7.2.3), RPI Ribose-5-P isomerase (5.3.1.6), TKT Transketolase (2.2.1.1), TALDO Transaldolase (2.2.1.2), PRK Phosphoribulokinase (2.7.1.19), RPE Ribulose-5-P 3-epimerase (5.1.3.1), RBCO Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (4.1.1.39).

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ISSN: 1471-2164

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