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Table 1 General overview of metabolic differences within the AMD plasmas

From: Comparative genomics in acid mine drainage biofilm communities reveals metabolic and structural differentiation of co-occurring archaea

Function

APL

EPL

GPL

FER1

FER2

IPL

Aerobic metabolisms

      

Aerobic respiration

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Fe oxidation (blue-copper protein)

Y

N

Y

Y

Y

N

Aerobic CODH

N

N

N

Y

Y

Y

Anaerobic CODH

N

N

N

N

Y

N

Anaerobic metabolisms

      

Formate dehydrogenase

Y

Y

N

Y

Y

Y

Putative hydrogenase complex

Y

Y

Y

Y

Y

N

Fermentation to acetate

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Carbon catabolism

      

Glycolysis

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Entner-Doudoroff pathway

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Beta oxidation

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Methylotrophy

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Biosynthesis

      

Cobalamin biosynthesis

N

N

N

Y

Y

N

Molybdopterin biosynthesis

Y

N

N

Y

Y

Y

Histidine synthesis

Y

N

Y

Y

Y

N

Leucine/Isoleucine synthesis

Y

N

Y

Y

Y

N

Glyoxylate shunt

N

Y

N

N

N

N

Motility

      

Flagella

Y

Y

N

N

N

N

Chemotaxis

N

N

N

N

N

N

Toxic metal resistance

      

Arsenic resistance

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Copper resistance

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Mercury resistance

Y

Y

Y

Y

N

Y

Structure/Motility

      

S-layer

Y

Y

Y

N

Y

Y

Ether-linked lipids

Y

Y

Y

Y

Y

Y

Cellulose/cell wall polysaccharides

N

N

N

N

N

N

Pili

N

Y

Y

N

N

Y

  1. APL is Aplasma. EPL is Eplasma. GPL is Gplasma. FER1 and FER2 are Ferroplasma acidarmanus type I and type II. IPL is Iplasma. Y indicates that the pathway is found in the genome, whereas N indicates that it is not.
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BMC Genomics

ISSN: 1471-2164

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