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Table 1 R-genes catalog and conservation in plant genomes

From: Paleo-evolutionary plasticity of plant disease resistance genes

Species Genome data R-genes data set R-genes conservation
Nb chr. size (Mbp) Nb gene Nb ortholog Annot Pfam PRG db Non-redundant R-genes* OrthoSeq %
Monocot           
Oryza sativa (rice) 12 372 41046 Ref 1180 2294 1316 2637(889;539;10;16;100;1544;214;102) Ref Ref
Sorghum bicolor 10 659 34008 6147(14,9%) 570 1616 159 1717(516;284;2;20;98;1158;68;39) 413(116;16;0;7;5;347;19;3) 24,1%
Zea mays (maize) 10 2365 32540 4454(10,85%) 480 2630 399 1867(558;140;13;15;106;1255;0;45) 319(104;6;2;3;3;261;0;6) 17,1%
Brachypodium distachyon 5 271 25504 8533(20,78%) 467 1473 nd 1662(435;199;2;11;80;1094;0;104) 495(137;19;0;4;7;417;0;1) 29,8%
Monocot Total - - 133098 - 2697 8013 1874 7883(2398;1162;27;62;384;5051;282;290) 1227(357;41;2;14;15;1025;19;10) -
Eudicot           
Vitis vinifera (grape) 19 302 21189 Ref 256 892 170 1078(421;229;50;10;37;557;0;91) Ref Ref
Arabidopsis thaliana 5 119 33198 2389(11,27%) 564 1407 1105 1559(436;168;125;12;73;1010;3;126) 74(27;0;0;1;0;58;0;2) 4,7%
Populus trichocarpa (poplar) 19 294 30260 4555(21,5%) 212 1229 134 1297(413;122;31;24;63;930;0;32) 122(53;4;1;4;6;89;0;2) 9,4%
Carica papaya 9 234 19205 3199(15,1%) 113 674 nd 703(200;50;13;11;42;515;0;0) 101(45;1;1;1;4;74;0;0) 14,4%
Glycine max (soybean) 20 949 46164 4013(18,94%) 1023 3104 318 3310(1097;411;166;49;179;2172;170;146) 148(51;0;1;3;8;114;6;3) 4,5%
Malus x domestica (apple) 17 742 58979 3498(16,51%) 853 4135 243 4252(1638;860;340;9;123;2292;0;117) 125(41;0;1;1;7;94;0;2) 2,9%
Lotus japonicus 6 500 15470 1720(8,12%) nd 664 26 668(165;77;49;0;34;443;0;5) 46(18;1;0;0;2;36;0;1) 6,9%
Fragaria vesca (strawberry) 7 240 34809 3289(15,52%) nd 1452 1 1452(483;154;148;3;52;884;0;0) 108(44;2;1;0;1;89;0;0) 7,4%
Theobroma cacao 10 430 27814 4472(20,1%) nd 1439 4 1439(492;220;14;4;55;934;0;0) 149(55;3;0;1;10;113;0;0) 10,4%
Eudicot Total - - 265899 - 3021 14996 2001 15758(5345;2291;936;122;658;9737;173;517) 873(334;11;5;11;38;667;6;10) -
  1. *Number of non-redundant R-genes.
  2. Nb, number.
  3. Nd, not detected.
  4. Numbers in bracket refers to LRR, NBS, TIR, LysM, WRKY, Pkinase, Ser/Thr and Disease resistance related genes respectively.
  5. In bold, total non-redundant detected R-genes.
  6. Ref, reference.