Table 1 Status of combinations (a) – (d), PAS, SGD and PolC in Firmicutes taken in this study

Trend I

A. woodii

90.1

8.4

0.5

1

Y

0.78

***

Y

A. fermentans

89.2

7.3

3

0.4

Y

0.84

***

Y

A. arabaticum

87.8

11.8

0

0.4

Y

0.9

***

Y

A. urinae

69.7

29.3

1

0

Y

0.79

***

Y

A. metalliredigens

96.5

2.2

0.8

0.4

Y

0.86

***

Y

A. prevotii

88.8

9.6

0.5

1.1

Y

0.84

***

Y

A. flavithermus

73.9

23.6

1.4

1.1

Y

0.73

***

Y

B. amyloliquefaciens

82.9

15.1

0.5

1.5

Y

0.74

***

Y

B. anthracis

87.2

12.3

0

0.6

Y

0.75

***

Y

B. atrophaeus

78.8

16.6

0.7

3.9

Y

0.74

***

Y

B. cellulosilyticus

86.7

9.9

1.5

1.9

Y

0.77

***

Y

B. cereus

86.9

11.9

0

1.2

Y

0.73

***

Y

B. clausii

72.6

26.5

0.5

0.5

Y

0.76

***

Y

B. cytotoxicus

87.5

12

0

0.5

Y

0.75

***

Y

B. halodurans

77.4

20.5

0.7

1.4

Y

0.77

***

Y

B. licheniformis

79.9

18.3

0.9

1

Y

0.74

***

Y

B. megaterium

89.6

9

1.4

0

Y

0.75

***

Y

B. pseudofirmus

84.7

13.8

1

0.5

Y

0.77

***

Y

B. pumilus

84.3

13

1.9

0.8

Y

0.75

***

Y

B. selenitireducens

71.3

27

0.6

1.1

Y

0.76

***

Y

B. subtilis

80.3

17.3

0.7

1.7

Y

0.74

***

Y

B. thuringiensis

87.9

11.9

0

0.2

Y

0.75

***

Y

B. weihenstephanensis

86.9

12.2

0.2

0.8

Y

0.73

***

Y

B. brevis

82.2

16.9

0.5

0.5

Y

0.74

***

Y

B. proteoclasticus

85.4

14.7

0

0

Y

0.86

***

Y

C. bescii

88.3

5.8

0.7

5.2

Y

0.81

***

Y

C. hydrothermalis

87.7

8.3

0.7

3.3

Y

0.81

***

Y

C. hydrogenoformans

84.6

15.4

0

0

Y

0.87

***

Y

C. saccharolyticus

87.8

7.1

1.4

3.7

Y

0.81

***

Y

C. sp.

94.3

4.6

0.4

0.8

Y

0.78

***

Y

C. acetobutylicum

91.6

5.6

0.3

2.5

Y

0.79

***

Y

C. autoethanogenum

87.1

8.5

0.7

3.7

Y

0.77

***

Y

C. beijerinckii

96.8

2

0

1.2

Y

0.83

***

Y

C. botulinum

95.9

2.8

0

1.3

Y

0.82

***

Y

C. cellulovorans

92.2

6.1

0.4

1.3

Y

0.8

***

Y

C. difficile

92

4.6

0.5

2.9

Y

0.81

***

Y

C. lentocellum

91.8

4.2

0.7

3.3

Y

0.84

***

Y

C. sticklandii

95.6

3

0.7

0.7

Y

0.83

***

Y

C. novyi

96.1

3.15

0

0.8

Y

0.84

***

Y

D. reducens

81.9

14.7

1.4

1.9

Y

0.8

***

Y

E. faecalis

89.4

9.4

0.6

0.6

Y

0.8

***

Y

E. faecium

91

9.0

0

0

Y

0.71

***

Y

E. rhusiopathiae

71.9

1.1

25.8

1.1

Y

0.79

***

Y

E. rectale

94.8

2.0

0

3.2

Y

0.82

***

Y

E. AT1b

78.9

20.7

0

0.3

Y

0.64

***

Y

E. sibiricum

84.5

14.5

0.3

0.7

Y

0.7

***

Y

F. magna

89.9

5.6

1.7

2.8

Y

0.83

***

Y

H. hydrogeniformans

91.6

6.1

0.8

1.5

Y

0.89

***

Y

H. halophilus

78.1

19.3

0.2

2.4

Y

0.74

***

Y

L. acidophilus

73.9

25.6

0

0.5

Y

0.74

***

Y

L. amylovorus

74.3

25.2

0.5

0.0

Y

0.75

***

Y

L. gasseri

79.9

19.1

0.5

0.5

Y

0.77

***

Y

L. garvieae

81.6

15.8

0.5

2

Y

0.78

***

Y

L. lactis cremoris

80.1

18.7

0.4

0.8

Y

0.8

***

Y

L. lactis lactis

85.7

11.6

1.6

1.2

Y

0.81

***

Y

L. mesenteroides

78.8

20.7

0.5

0

Y

0.83

***

Y

L. innocua

84.4

11

3.7

1

Y

0.8

***

Y

L. monocytogenes

83.5

11.4

4.8

0.3

Y

0.79

***

Y

L. seeligeri

86.4

10

2.9

0.7

Y

0.79

***

Y

L. sphaericus

80.1

17.1

0.9

2

Y

0.74

***

Y

N. thermophilus

81

15.8

0.3

2.9

Y

0.8

***

Y

O. iheyensis

84

13.2

0.8

1.9

Y

0.75

***

Y

O. valericigenes

52.1

23

10

15

Y

0.61

***

Y

S. ruminantium

70.5

29.5

0

0

Y

0.86

***

Y

P. Y412MC10

76.4

22.8

0.4

0.4

Y

0.77

***

Y

R. hominis

97.5

2.2

0

0.3

Y

0.87

***

Y

S. silvestris

86.9

9.3

1.5

2.3

Y

0.76

***

Y

S. aureus

86.1

11.4

1.1

1.4

Y

0.75

***

Y

S. epidermidis

83.1

14.1

1.2

1.6

Y

0.73

***

Y

S. haemolyticus

83.2

13.5

1.9

1.5

Y

0.74

***

Y

S. lugdunensis

80.8

15.1

1.9

2.3

Y

0.74

***

Y

S. lipocalidus

74.4

21.4

1.7

2.5

Y

0.8

***

Y

S. wolfei

76.5

16

4.1

3.4

Y

0.78

***

Y

T. acetatoxydans

92.4

3.3

2.9

1.5

Y

0.84

***

Y

T. pseudethanolicus

92.4

6.8

0

0.9

Y

0.87

***

Y

T. tengcongensis

87.3

11.2

0.4

1.1

Y

0.86

***

Y

Trend II

A. intestini

54.3

40.5

2.8

2.4

N

0.8

***

Y

A. acidocaldarius

39.9

58.8

1

0.3

N

0.78

***

Y

A. degensii

45.9

49.3

0

4.7

N

0.82

***

Y

C. genomosp

63.9

34.4

0

1.7

N

0.78

***

Y

C. proteolyticus

44

52.5

1.4

2.1

N

0.69

***

Y

D. hafniense

67.3

30.6

1.3

0.8

N

0.79

***

Y

D. acetoxidans

58.8

34.6

1.8

4.8

N

0.75

***

N

D. ruminis

58.4

34.4

2

5.3

N

0.77

***

Y

E. harbinense

35

47

6

12

N

0.58

***

Y

G. kaustophilus

66.1

32.2

0.3

1.4

N

0.79

***

Y

M. thermoacetica

62.1

30.3

3.1

4.6

N

0.81

***

Y

P. polymyxa

67.1

30.6

0.4

1.9

N

0.75

***

Y

L. brevis

57.2

41.9

0.9

0

N

0.74

***

Y

S. sputigena

61.2

36.1

1.2

1.6

N

0.8

***

Y

S. agalactiae

65.2

34.8

0

0

N

0.82

***

Y

S. equi

39.3

58.9

0.5

1.4

N

0.81

***

Y

S. pneumoniae

59.8

38.7

0

1.5

N

0.8

***

Y

S. pyogenes

62.7

35.1

1.6

0.5

N

0.79

***

Y

S. thermophilum

46.9

47.5

3.4

2.3

N

0.73

***

Y

T. marianensis

41.8

53.2

3.6

1.4

N

0.76

***

N

T. narugense

43.4

47.6

0

9

N

0.72

***

Y

V. parvula

46.7

52.9

0

0.5

N

0.88

***

Y

Trend III

R. albus

52.5

18.2

7.6

21.7

N

0.6

***

Y

Trend IV

B. tusciae

26.4

72

0.5

1.1

N

0.69

***

Y

O. oeni

26.6

69.5

1.1

2.8

N

0.74

***

Y

S. acidophilus

25.7

70.6

2.9

0.9

N

0.71

***

Y