Skip to main content

Advertisement

Table 2 Significant genotypic associations with anthocyanin content- and fruit color-related traits

From: Linkage disequilibrium and genome-wide association analysis for anthocyanin pigmentation and fruit color in eggplant

Trait Marker Chrom. Position (cM) Association group p-value q-value PVE MAF
adlan 10532_PstI_L317 E01 28.48 E01.1 5.04E-04 1.19E-02 8% 24.6%
  21901_PstI_L329 E02 58.27 E02.1 2.34E-03 4.80E-02 6% 19.9%
  24985_PstI_L311 E06 151.80 E06.1 3.76E-11 2.32E-09 22% 33.5%
  35442_PstI_L404 E10 69.13 E10.2 2.04E-05 5.24E-04 11% 48.7%
  15158_PstI_L379 E10 69.39 E10.2 4.08E-07 1.79E-05 13% 43.5%
  36033_PstI_L358 E11 68.04 E11.1 1.69E-05 4.74E-04 11% 42.4%
stean 27031_PstI_L365 E01 110.78 E01.2 3.25E-04 1.77E-02 7% 31.4%
  21901_PstI_L329 E02 58.27 E02.1 7.73E-04 2.85E-02 7% 19.9%
  12391_PstI_L355 E05 94.93 E05.1 1.05E-03 2.85E-02 7% 46.6%
  9226_PstI_L398 E08 1.80 E08.1 1.47E-03 3.63E-02 5% 19.4%
  35442_PstI_L404 E10 69.13 E10.2 5.51E-09 1.50E-06 18% 48.7%
  15158_PstI_L379 E10 69.39 E10.2 2.89E-05 3.92E-03 9% 43.5%
  19126_PstI_L349 E10 69.39 E10.2 2.08E-04 1.41E-02 7% 5.7%
  31471_PstI_L271 E10 70.39 E10.2 1.91E-03 3.99E-02 6% 30.4%
  3382_PstI_L285 E10 128.30 E10.3 9.56E-04 2.85E-02 6% 29.8%
  19601_PstI_L364 E10 128.34 E10.3 9.56E-04 2.85E-02 6% 29.8%
  33571_PstI_L387 E10 128.55 E10.3 9.56E-04 2.85E-02 6% 29.8%
calan 21901_PstI_L329 E02 58.27 E02.1 2.87E-05 2.71E-03 11% 19.9%
  31763_PstI_L370 E10 6.25 E10.1 3.37E-04 2.39E-02 8% 43.5%
  35442_PstI_L404 E10 69.13 E10.2 5.96E-12 1.69E-09 24% 48.7%
  15158_PstI_L379 E10 69.39 E10.2 5.12E-08 7.24E-06 15% 43.5%
adlvean 21901_PstI_L329 E02 58.27 E02.1 3.74E-04 1.48E-02 8% 19.9%
  25734_PstI_L387 E05 87.34 E05.1 1.51E-03 3.26E-02 7% 39.3%
  35442_PstI_L404 E10 69.13 E10.2 1.22E-09 2.91E-07 20% 48.7%
  15158_PstI_L379 E10 69.39 E10.2 2.41E-05 2.87E-03 9% 43.5%
  19126_PstI_L349 E10 69.39 E10.2 1.36E-03 3.23E-02 5% 5.7%
  3382_PstI_L285 E10 128.30 E10.3 1.68E-04 7.99E-03 7% 29.8%
  19601_PstI_L364 E10 128.34 E10.3 1.68E-04 7.99E-03 7% 29.8%
  33571_PstI_L387 E10 128.55 E10.3 1.68E-04 7.99E-03 7% 29.8%
  36033_PstI_L358 E11 68.04 E11.1 7.80E-04 2.10E-02 7% 42.4%
ablvean 35442_PstI_L404 E10 69.13 E10.2 8.16E-07 1.35E-04 14% 48.7%
  15158_PstI_L379 E10 69.39 E10.2 4.21E-07 1.35E-04 13% 43.5%
  31471_PstI_L271 E10 70.39 E10.2 7.03E-04 3.87E-02 7% 30.4%
  3382_PstI_L285 E10 128.30 E10.3 7.28E-06 4.81E-04 10% 29.8%
  19601_PstI_L364 E10 128.34 E10.3 7.28E-06 4.81E-04 10% 29.8%
  33571_PstI_L387 E10 128.55 E10.3 7.28E-06 4.81E-04 10% 29.8%
pedan 25734_PstI_L387 E05 87.34 E05.1 3.80E-06 4.28E-04 12% 39.3%
  35442_PstI_L404 E10 69.13 E10.2 2.05E-10 6.94E-08 20% 48.7%
  15158_PstI_L379 E10 69.39 E10.2 1.39E-09 2.35E-07 17% 43.5%
  3382_PstI_L285 E10 128.30 E10.3 1.90E-04 1.07E-02 7% 29.8%
  19601_PstI_L364 E10 128.34 E10.3 1.90E-04 1.07E-02 7% 29.8%
  33571_PstI_L387 E10 128.55 E10.3 1.90E-04 1.07E-02 7% 29.8%
fcol 27031_PstI_L365 E01 110.78 E01.2 4.66E-04 9.83E-03 7% 31.4%
  25776_PstI_L386 E05 100.27 E05.1 1.07E-04 4.53E-03 11% 20.4%
  34571_PstI_L286 E07 15.66 E07.1 2.60E-04 6.09E-03 6% 46.6%
  19381_PstI_L396 E10 64.21 E10.2 8.81E-05 4.53E-03 10% 49.2%
  35442_PstI_L404 E10 69.13 E10.2 1.22E-08 2.58E-06 22% 48.7%
  19126_PstI_L349 E10 69.39 E10.2 2.15E-04 5.67E-03 10% 5.7%
  3382_PstI_L285 E10 128.30 E10.3 1.51E-04 4.53E-03 6% 29.8%
  19601_PstI_L364 E10 128.34 E10.3 1.51E-04 4.53E-03 6% 29.8%
  33571_PstI_L387 E10 128.55 E10.3 1.51E-04 4.53E-03 6% 29.8%
  36033_PstI_L358 E11 68.04 E11.1 6.92E-06 7.30E-04 17% 42.4%
fglo 3687_PstI_L304 E03 104.00 E03.1 4.87E-04 3.88E-02 6% 23%
  3382_PstI_L285 E10 128.30 E10.3 1.07E-05 1.14E-03 10% 30%
  19601_PstI_L364 E10 128.34 E10.3 1.07E-05 1.14E-03 10% 30%
  33571_PstI_L387 E10 128.55 E10.3 1.07E-05 1.14E-03 10% 30%
  1. The associated SNPs’ ID, genomic location, relevant association group, the significance of the association (both p- and q-values), PVE (phenotypic variability explained) and MAF (minimum allele frequency) are shown.