RandAL: a randomized approach to aligning DNA sequences to reference genomes

BMC Genomics

Table 4 Repeat density of genomes, D(S| k), at various length k.

	Genome	Repeat density at various k
		35	51	76	100	200	400
Bacteria	Wolbachia endosymbiont....	0.181	0.161	0.144	0.134	0.107	0.077
	Staphylococcus aureus...	0.064	0.058	0.053	0.050	0.043	0.036
	Escherichia coli 042	0.053	0.044	0.036	0.031	0.023	0.017
	Pseudomonas aeruginosa ...	0.041	0.037	0.033	0.031	0.026	0.021
	Streptomyces hygroscopicus ...	0.046	0.042	0.038	0.036	0.031	0.025
	Sorangium cellulosum ...	0.038	0.030	0.024	0.020	0.015	0.011
Eukaryota	Debaryomyces hansenii ...	0.036	0.032	0.028	0.025	0.019	0.013
	Ectocarpus siliculosus ...	0.092	0.073	0.056	0.046	0.030	0.020
	Schizosaccharomyces pombe ...	0.050	0.047	0.045	0.042	0.036	0.030
	Caenorhabditis elegans ...	0.138	0.105	0.080	0.066	0.039	0.024
	Taeniopygia guttata ...	0.129	0.100	0.070	0.050	0.017	0.002
	Drosophila melanogaster ...	0.068	0.065	0.062	0.060	0.052	0.042

ISSN: 1471-2164