Skip to main content

Table 4 Repeat density of genomes, D(S| k), at various length k.

From: RandAL: a randomized approach to aligning DNA sequences to reference genomes

  Genome Repeat density at various k
   35 51 76 100 200 400
Bacteria Wolbachia endosymbiont.... 0.181 0.161 0.144 0.134 0.107 0.077
  Staphylococcus aureus... 0.064 0.058 0.053 0.050 0.043 0.036
  Escherichia coli 042 0.053 0.044 0.036 0.031 0.023 0.017
  Pseudomonas aeruginosa ... 0.041 0.037 0.033 0.031 0.026 0.021
  Streptomyces hygroscopicus ... 0.046 0.042 0.038 0.036 0.031 0.025
  Sorangium cellulosum ... 0.038 0.030 0.024 0.020 0.015 0.011
Eukaryota Debaryomyces hansenii ... 0.036 0.032 0.028 0.025 0.019 0.013
  Ectocarpus siliculosus ... 0.092 0.073 0.056 0.046 0.030 0.020
  Schizosaccharomyces pombe ... 0.050 0.047 0.045 0.042 0.036 0.030
  Caenorhabditis elegans ... 0.138 0.105 0.080 0.066 0.039 0.024
  Taeniopygia guttata ... 0.129 0.100 0.070 0.050 0.017 0.002
  Drosophila melanogaster ... 0.068 0.065 0.062 0.060 0.052 0.042