Skip to main content

Table 2 Confusion matrix. Fraction of samples of each phenotype class classified in any other class (row-wise mode). Non zero values are highlighted in bold (see Methods).

From: Microarray-based identification of antigenic variants of foot-and-mouth disease virus: a bioinformatics quality assessment

Genot. RGD RED REG S144 V144 S139N S139T RRD RGN RGV H146P RGG L147P S139G H146R S139I RGE1
RGD 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
RED 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
REG 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
S144 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
V144 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
S139N 0.002 0.000 0.000 0.000 0.000 0.993 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.001 0.000
S139T 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.983 0.000 0.001 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
RRD 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
RGN 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
RGV 0.069 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.925 0.000 0.006 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
H146P 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
RGG 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
L147P 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
S139G 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
H146R 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.002 0.002 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
S139I 0.005 0.000 0.000 0.000 0.000 0.005 0.003 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.987 0.000
RGE1 0.001 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.002 0.002 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.927