The complete sequence of the mitochondrial genome of Nautilus macromphalus (Mollusca: Cephalopoda)

BMC Genomics

Table 3 Codon usage for the 13 mitochondrial proteins of Nautilus macromphalus. The total number of codons is 3711. Stop codons were not included in this count. Here the plus strand refers arbitrarily to the one that contains cox1.

AA	Codon	All protein encoding genes		Plus strand only	Minus strand only	AA	Codon	All protein encoding genes		Plus strand only	Minus strand only
F	TTT	61 %	225	67	158	I	ATT	38 %	141	83	58
	TTC	18 %	65	62	3		ATC	15 %	57	50	7
L	TTA	40 %	149	89	60	M	ATA	19 %	71	49	22
	TTG	57 %	211	16	195		ATG	25 %	92	21	71
S	TCT	22 %	83	35	48	T	ACT	11 %	41	24	17
	TCC	13 %	50	49	1		ACC	12 %	43	39	4
	TCA	15 %	57	49	8		ACA	12 %	44	40	4
	TCG	04 %	16	3	13		ACG	04 %	14	4	10
Y	TAT	25 %	92	14	78	N	AAT	14 %	53	19	34
	TAC	13 %	49	41	8		AAC	12 %	45	40	5
*	TAA	00 %	0	0	0	K	AAA	10 %	36	24	12
*	TAG	00 %	0	0	0		AAG	11 %	42	10	32
C	TGT	18 %	66	6	60	S	AGT	11 %	39	8	31
	TGC	01 %	5	3	2		AGC	05 %	17	12	5
W	TGA	14 %	52	41	11		AGA	12 %	44	24	20
	TGG	17 %	64	16	48		AGG	20 %	73	4	69
L	CTT	22 %	80	53	27	V	GTT	45 %	168	37	131
	CTC	13 %	48	47	1		GTC	08 %	28	26	2
	CTA	21 %	77	72	5		GTA	16 %	61	36	25
	CTG	08 %	28	13	15		GTG	39 %	145	19	126
P	CCT	14 %	53	22	31	A	GCT	24 %	90	31	59
	CCC	08 %	31	26	5		GCC	09 %	35	29	6
	CCA	09 %	33	31	2		GCA	12 %	45	35	10
	CCG	05 %	19	5	14		GCG	06 %	23	0	23
H	CAT	12 %	44	24	20	D	GAT	12 %	45	18	27
	CAC	10 %	36	29	7		GAC	07 %	25	21	4
Q	CAA	12 %	43	34	9	E	GAA	09 %	35	27	8
	CAG	05 %	20	5	15		GAG	15 %	56	14	42
R	CGT	05 %	17	5	12	G	GGT	17 %	62	19	43
	CGC	02 %	9	8	1		GGC	08 %	29	19	10
	CGA	04 %	16	14	2		GGA	28 %	104	54	50
	CGG	05 %	17	4	13		GGG	41 %	153	19	134

ISSN: 1471-2164